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多花水仙轉(zhuǎn)錄組分析及相關(guān)功能基因的研究

發(fā)布時間:2021-05-28 14:58
  中國水仙(Narcissus tazetta var.chinensis),石蒜科水仙屬植物,是多花水仙(Narcissus tazettaL.)的一個變種。由于中國水仙品種較少、花色單一、育種資源匱乏等原因,傳統(tǒng)育種方面進(jìn)展很慢,改良中國水仙依然是廣大研究者對水仙研究的重點(diǎn)之一。本研究主要分為兩個部分:第一部分圍繞’云香水仙’始花期轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。第二部分主要圍繞’漳州水仙’和’黃花水仙2號’WRKY基因的分子克隆,并通過qRT-PCR分析其在花朵呈現(xiàn)過程中的轉(zhuǎn)錄水平。本研究的開展對中國水仙花色育種及品種改良提供了一定的基因資源和理論基礎(chǔ)。主要的研究成果如下:1.構(gòu)建了’云香水仙’始花期花瓣和副冠轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫本試驗(yàn)以’云香水仙’始花期花朵為材料進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,在花瓣和副冠中分別獲得52,862,192和51,330,652條total clean reads,組裝成60,684 和 53,504 條unigene,后篩選得到8866個差異表達(dá)基因(DEGs),其中2263個DEGs上調(diào)表達(dá)(399個DEGs僅在副冠中上調(diào)表達(dá)),6603個DEGs下調(diào)表達(dá)(903個DEGs僅在花瓣中下... 

【文章來源】:福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】:106 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

多花水仙轉(zhuǎn)錄組分析及相關(guān)功能基因的研究


圖2-1?‘云香水仙’不同時期花色變化Y1:花苞期;Y2:花蕾期;Y3:始花期;Y4:盛花期??

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3結(jié)果與分析??3.?1總RNA的電泳圖與質(zhì)量檢測??圖2-4為試驗(yàn)所提取的花瓣和副冠總RNA,經(jīng)1%的瓊脂糖凝膠電泳后核酸??染料染色后,28S和18S條帶清晰且28S亮度為18S的兩倍,表明基本除去酚??類、蛋白質(zhì)和多糖等雜質(zhì)污染。〇D26〇/OD28〇介于1.8?2.0間,表明,RNA的完整??性較好,可以滿足RNA-Seq測序的要求。??Ml?M?2??JMi??i2Ss??75〇bp?}??5〇〇bP??,(,〇bpt??M:I)L20W?marker;〗:始花期花鍬(Y3P?)?RNA;?2:始?#:??M:?DL2000?marker:?I:?RXA?of?Y3P;?2:?RNA?ofY3C.??圖2-2?4云香水仙’總RNA電泳圖??Fig.2-2?Electrophoretogram?of?total?RNA?of?of?Yunxiang?variety,?N.?Tazetta??3.?2產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)和組裝結(jié)果分析??通過Il]UminaHiSeq2000平臺測序,試驗(yàn)共獲得花瓣和副冠兩個轉(zhuǎn)錄組文庫,??兩個文庫分別產(chǎn)出?52,862,192?和?51,330,652?條?cleanreads,Q20percentage?大于??15??

分布圖,始花期,花瓣,香水


第二章‘云香水仙’始花期花色轉(zhuǎn)錄組分析??使用這個標(biāo)準(zhǔn),轉(zhuǎn)錄組總共獲得8,866個DEGs,其中2263和6603個基因分別??上調(diào)和下調(diào)表達(dá)(圖2-3),399個DEGs僅在副冠中差異表達(dá),903個DEGs僅??在花瓣中差異表達(dá)。??Expression?Level?Y3P?vs?Y3C??6????r?FDR?<?0.001?AND?|log2Ratio|?>?1??5???■?up-regulated?genes??9?down-regulated??????????4?*?■?Not?DEGs?.?'、.??3?????.??’??i:?i?Jp'??2? ̄3-????Ol??°?-4?-?1.?,?L?,,?,??…_??^3?^2?"B?^?2?^?A?S?6??logl0(Y3P?FPKM)??圖2-3?‘云香水仙’花瓣和副冠差異表達(dá)基因分布圖Y3P:始花期花瓣;Y3C:始花期副??冠。??Fig.?2-3?The?Illustration?of?Differentially?expressed?genes?of?the?Yunxiang?variety

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]蓮NnFUL基因克隆、亞細(xì)胞定位及表達(dá)分析[J]. 陳岳,張微微,田代科,王金剛.  上海農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2015(04)
[2]多花水仙WRKY轉(zhuǎn)錄因子的克隆與序列分析[J]. 李歡,何炎森,李科,申艷紅,吳用,陳曉靜.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2014(12)
[3]花青素積累相關(guān)負(fù)調(diào)控因子的研究進(jìn)展[J]. 楊琳,王宇,楊劍飛,李玉花.  園藝學(xué)報(bào). 2014(09)
[4]植物非生物脅迫相關(guān)的WRKY轉(zhuǎn)錄因子研究進(jìn)展[J]. 冉昆,王少敏,魏樹偉,王宏偉.  青島農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2014(03)
[5]擬南芥AtTTG1基因的克隆及用于轉(zhuǎn)化花生的MAR調(diào)控表達(dá)載體構(gòu)建[J]. 陳湘瑜,鄭國棟,黃金堂,莊偉建.  花生學(xué)報(bào). 2014(02)
[6]油桐花芽2個不同發(fā)育時期轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 孫穎,譚曉風(fēng),羅敏,李建安.  林業(yè)科學(xué). 2014(05)
[7]轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在玉米中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 許波,張偉強(qiáng),馮曉曦,王成業(yè),張海申,許海濤,王友華,張今瀚.  玉米科學(xué). 2014(01)
[8]中國水仙NtBCH基因的克隆及LCYE RNAi與反義BCH雙價植物表達(dá)載體的構(gòu)建[J]. 廖正平,鄭益平,羅鵬,吳雪琴,曾黎輝.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2013(12)
[9]多花水仙花朵全長cDNA文庫的構(gòu)建[J]. 魯娜,陳曉靜,申艷紅,何瑋毅.  福建農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2013(05)
[10]棉花纖維發(fā)育早期RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 李錫花,吳嫚,于霽雯,張金發(fā),范術(shù)麗,宋美珍,龐朝友,喻樹迅.  棉花學(xué)報(bào). 2013(03)

博士論文
[1]多花水仙花色相關(guān)基因的分離及功能分析[D]. 何炎森.福建農(nóng)林大學(xué) 2013
[2]基于SAQPCR的轉(zhuǎn)基因拷貝數(shù)鑒定及基于轉(zhuǎn)基因的MrMYB1功能分析[D]. 黃玉吉.浙江大學(xué) 2013

碩士論文
[1]漳州水仙鱗莖盤轉(zhuǎn)錄組分析及類黃酮合成途徑基因的表達(dá)[D]. 羅鵬.福建農(nóng)林大學(xué) 2014
[2]多花水仙花色相關(guān)基因的克隆與cDNA文庫的構(gòu)建[D]. 魯娜.福建農(nóng)林大學(xué) 2013
[3]多花水仙類黃酮生物合成相關(guān)酶基因的克隆與表達(dá)分析[D]. 蔡雪玲.福建農(nóng)林大學(xué) 2012
[4]多花水仙類胡蘿卜素生物合成途徑部分酶基因的克隆與分析[D]. 葉一江.福建農(nóng)林大學(xué) 2012
[5]彩色玉米籽粒中參與花青素合成基因的表達(dá)分析[D]. 亓燕紅.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[6]重組類胡蘿卜素合成相關(guān)酶的純化及紫外線對煙草Ggps基因表達(dá)的影響[D]. 劉敏.山東師范大學(xué) 2007



本文編號:3208255

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