菊花在世界范圍內(nèi)是重要的觀賞植物種類,廣泛應(yīng)用于切花、盆花及城市景觀綠化中。菊花白色銹病是菊花首要病害之一,在多個國家被列為檢疫性病害。菊花白色銹病不僅嚴重的影響菊花的栽培生產(chǎn)和推廣應(yīng)用,還限制了它的產(chǎn)量和分布。目前,對菊花抗白色銹病的分子機理研究較少,本研究利用RNA-Seq技術(shù)對菊花響應(yīng)白色銹病病原菌侵染的轉(zhuǎn)錄組和數(shù)字基因表達譜進行分析,篩選表達有差異的基因進行功能注釋和代謝途徑分析。取得以下主要研究結(jié)果：分別采用CTAB法、Trizol法、改良Trizol法和試劑盒法4種方法對菊花葉片總RNA進行提取試驗,并對提取質(zhì)量進行分析比較。結(jié)果表明,CTAB法提取的總RNA存在DNA污染。Trizol法提取的總RNA條帶復雜,有蛋白等雜質(zhì)污染。改良Trizol法提取的總RNA條帶清晰,但RNA存在降解。試劑盒法提取的總RNA條帶清晰,純度更高,OD260/OD28O為1.889,濃度為144.000μg/mL,是一種適合于菊花葉片總RNA提取的簡單、高效的方法。利用Illumina HiSeqTM 2000對菊花抗（C029）、感（C008）品種的4個樣品（R0、 R1、S0、S1）進行... 

【文章來源】：沈陽農(nóng)業(yè)大學遼寧省

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 菊花白色銹病的研究進展
        1.1.1 菊花白色銹病的危害及分布
        1.1.2 菊花白色銹病的癥狀及發(fā)病規(guī)律
        1.1.3 菊花白色銹病抗病研究
        1.1.4 菊花白色銹病的綜合防治
    1.2 RNA-Seq技術(shù)
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)概述
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組測序的應(yīng)用
    1.3 RNA提取方法概述
    1.4 研究目的及意義
第二章 菊花葉片總RNA提取方法的比較研究
    2.1 材料與方法
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 主要試劑與儀器
        2.1.3 試驗方法
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 菊花葉片總RNA的完整性分析
        2.2.2 菊花葉片總RNA的純度分析
第三章 菊花響應(yīng)白色銹病病原菌的轉(zhuǎn)錄組分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 材料
        3.1.2 接菌處理和RNA提取
        3.1.3 cDNA文庫的構(gòu)建、測序及組裝
        3.1.4 基因功能注釋
        3.1.5 預測編碼蛋白框CDS
        3.1.6 SSR分析
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 RNA提取質(zhì)量分析
        3.2.2 測序結(jié)果和轉(zhuǎn)錄本拼接
        3.2.3 基因功能注釋
        3.2.4 CDS預測
        3.2.5 SSR分析結(jié)果
第四章 菊花響應(yīng)白色銹病病原菌的表達譜構(gòu)建及分析
    4.1 材料與方法
        4.1.1 材料
        4.1.2 接菌處理和RNA提取
        4.1.3 cDNA文庫的構(gòu)建、測序及組裝
        4.1.4 測序結(jié)果統(tǒng)計
        4.1.5 基因表達量分析
        4.1.6 篩選差異表達的Unigene
        4.1.7 差異基因表達模式聚類
        4.1.8 差異表達Unigene的GO、Pathway顯著性富集分析
        4.1.9 qRT-PCR驗證
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 測序結(jié)果統(tǒng)計
        4.2.2 基因表達水平分析
        4.2.3 基因差異表達分析
        4.2.4 差異基因表達模式聚類
        4.2.5 差異表達基因的GO富集分析
        4.2.6 差異表達基因的pathway富集分析
        4.2.7 qRT-PCR分析
第五章 結(jié)論與討論
    5.1 結(jié)論
    5.2 討論
        5.2.1 高效提取總RNA
        5.2.2 菊花轉(zhuǎn)錄組測序
        5.2.3 菊花DREBa轉(zhuǎn)錄因子分析
        5.2.4 苯丙烷類代謝途徑分析
參考文獻
附錄
致謝
攻讀學位期間發(fā)表的學術(shù)論文


【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3207554