普通白菜是一種種子春化型植物,其抽薹開(kāi)花需要經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的春化處理。普通白菜春季栽培過(guò)程中往往會(huì)因低溫造成先期抽薹,影響其商品價(jià)值,因此進(jìn)行普通白菜的春化相關(guān)研究具有實(shí)踐價(jià)值。植物春化機(jī)理在擬南芥、大白菜、小麥等植物中已經(jīng)進(jìn)行了較多研究,然而在普通白菜方面仍然較為缺乏,其春化基因參與的春化過(guò)程及機(jī)理需要進(jìn)一步研究。本試驗(yàn)利用RNA-Seq技術(shù),以大白菜基因組為參考,對(duì)春化及對(duì)照普通白菜莖尖在低溫處理后和花芽分化前分別進(jìn)行基因表達(dá)譜分析,通過(guò)比較篩選春化與對(duì)照植株之間在二個(gè)時(shí)期的差異表達(dá)基因,分析差異表達(dá)基因的功能注釋,挖掘普通白菜春化相關(guān)基因,為春化機(jī)理的研究奠定基礎(chǔ),主要結(jié)論如下：1)通過(guò)測(cè)序低溫處理后春化與對(duì)照植株、花芽分化前春化與對(duì)照植株4個(gè)文庫(kù)分別獲得9.68、11.25、11.06和10.16 M reads,各得到493.43、573.82、564.03和517.85 M總堿基,各獲得11111314、11268910、11072438和10169936條total reads,其中分別有82.94%、84.80%、85.08%和84.77%可以被參考基因組注釋。2)低溫處... 

【文章來(lái)源】：山西農(nóng)業(yè)大學(xué)山西省

【文章頁(yè)數(shù)】：61 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

RNA電泳圖

圖３測(cè)序飽和度分析圖??Ｆ＂ｉｇ．?３?Ｔｈｅ?ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｅａｃｈ?Ｈａｒａｒｙ??２．２．３?ｃＤＮＡ片段隨機(jī)性檢驗(yàn)??測(cè)序隨機(jī)性檢驗(yàn)是通過(guò)比對(duì)到參考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情況進(jìn)行評(píng)估，??即如果比對(duì)到基因序列上的ｒｅａｄｓ比較均勻地分布在整個(gè)基因上，則可Ｗ認(rèn)為測(cè)序隨機(jī)??性比較可靠。我們通過(guò)隨機(jī)性分布圖來(lái)評(píng)估整體的測(cè)序隨機(jī)性，從圖４可Ｗ看出，隨機(jī)??性分布曲線較為平坦，測(cè)序隨機(jī)性較好。試驗(yàn)采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））進(jìn)行??ｍＲＮＡ的俘獲，會(huì)傾向于測(cè)到更多的３＇端序列，因此３＇端測(cè)序覆蓋比例會(huì)出現(xiàn)偏高的情??況。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??

測(cè)序隨機(jī)性檢驗(yàn)是通過(guò)比對(duì)到參考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情況進(jìn)行評(píng)估，??即如果比對(duì)到基因序列上的ｒｅａｄｓ比較均勻地分布在整個(gè)基因上，則可Ｗ認(rèn)為測(cè)序隨機(jī)??性比較可靠。我們通過(guò)隨機(jī)性分布圖來(lái)評(píng)估整體的測(cè)序隨機(jī)性，從圖４可Ｗ看出，隨機(jī)??性分布曲線較為平坦，測(cè)序隨機(jī)性較好。試驗(yàn)采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））進(jìn)行??ｍＲＮＡ的俘獲，會(huì)傾向于測(cè)到更多的３＇端序列，因此３＇端測(cè)序覆蓋比例會(huì)出現(xiàn)偏高的情??況。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??？?０，５?ｆ??０．０??０，００?０．２５?０．巧?０．巧?１．００??Ｒｅａｄｓ在端巧的相對(duì)位晉（５＇?－３＞?）??Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?Ｇ州ｅｓ（５＇?－３＇）??圖４?ｃＤＮＡ片段的隨機(jī)性檢驗(yàn)圖??Ｆｉｇ．?４?民ａｎｄｏｍ?ｃｈｅｃｋ?ｏｆ?ｃＤＮＡ?ｆＶａｇｍｅｎｔｓ??－１５－??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]菊花開(kāi)花抑制基因CmFLC-like1的克隆及表達(dá)特性分析[J]. 展妍麗,王萃鉑,亓鈺瑩,陳發(fā)棣,蔣甲福.  園藝學(xué)報(bào). 2015(07)
[2]植物MAPK級(jí)聯(lián)途徑及其功能研究進(jìn)展[J]. 張振才,梁燕,李翠.  西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2014(04)
[3]辣椒轉(zhuǎn)錄組SNP挖掘及多態(tài)性分析[J]. 劉峰,謝玲玲,弭寶彬,歐陽(yáng)嫻,茆振川,鄒學(xué)校,謝丙炎.  園藝學(xué)報(bào). 2014(02)
[4]春化時(shí)間對(duì)不結(jié)球白菜現(xiàn)蕾、抽薹和開(kāi)花的影響[J]. 王真真,侯瑞賢,李曉峰,朱紅芳,朱玉英.  上海農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2013(05)
[5]非模式生物轉(zhuǎn)錄組研究[J]. 劉紅亮,鄭麗明,劉青青,權(quán)富生,張涌.  遺傳. 2013(08)
[6]調(diào)控小麥春化發(fā)育特性的相關(guān)基因研究進(jìn)展[J]. 金芬芬,朱燦燦,王翔,李磊,衛(wèi)麗,尹鈞.  河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(12)
[7]高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析與基因發(fā)掘[J]. 周華,張新,劉騰云,余發(fā)新.  江西科學(xué). 2012(05)
[8]蓮藕根狀莖膨大過(guò)程中淀粉合成相關(guān)基因的表達(dá)[J]. 程立寶,李淑艷,李巖,尹靜靜,陳學(xué)好,李良俊.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(16)
[9]中藥植物虎杖根的高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及轉(zhuǎn)錄組特性分析[J]. 郝大程,馬培,穆軍,陳士林,肖培根,彭勇,霍利,許利嘉,孫超.  中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2012(05)
[10]芝麻發(fā)育轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 魏利斌,苗紅梅,張海洋.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(07)

博士論文
[1]大蒜轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及核因子YB3的功能研究[D]. 孫秀東.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[2]福建桉樹(shù)焦枯病菌鑒定及其誘導(dǎo)下桉樹(shù)轉(zhuǎn)錄組和蛋白組學(xué)研究[D]. 陳全助.福建農(nóng)林大學(xué) 2013
[3]辣椒疫霉菌誘導(dǎo)的辣椒CaRGA1和CaPOD基因的表達(dá)分析與功能鑒定[D]. 王軍娥.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013
[4]大豆籽粒不同發(fā)育時(shí)期基因表達(dá)譜的研究[D]. 陳歡.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[5]色氨酸對(duì)草莓離體培養(yǎng)與生長(zhǎng)發(fā)育的調(diào)控機(jī)理研究[D]. 鐘曉紅.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[6]蘿卜春化作用及其與DNA甲基化水平的關(guān)系[D]. 汪炳良.浙江大學(xué) 2004

碩士論文
[1]甘藍(lán)開(kāi)花調(diào)控基因FLC的克隆及其表達(dá)分析[D]. 李敬.西南大學(xué) 2015
[2]白菜類作物抽薹開(kāi)花的遺傳分析[D]. 張學(xué)銘.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2014
[3]人變應(yīng)性鼻炎、鼻息肉基因表達(dá)譜差異研究[D]. 徐英.揚(yáng)州大學(xué) 2014
[4]基于RNA-Seq技術(shù)的國(guó)產(chǎn)沉香轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及數(shù)字基因表達(dá)譜分析[D]. 吳宏清.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[5]利用RNA-seq技術(shù)挖掘胡蘿卜抽薹開(kāi)花相關(guān)基因[D]. 毛笈華.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
[6]不同品種小白菜的生物學(xué)性狀及品質(zhì)比較研究[D]. 呂錫山.浙江農(nóng)林大學(xué) 2013
[7]外源水楊酸對(duì)干旱脅迫下結(jié)縷草生長(zhǎng)及生理影響[D]. 范麗霞.遼寧大學(xué) 2013
[8]甘藍(lán)型油菜耐濕差異性表達(dá)基因的篩選及分析[D]. 譚筱玉.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[9]鹽脅迫下大豆根和葉基因表達(dá)譜分析[D]. 王佳琦.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[10]氮素營(yíng)養(yǎng)調(diào)控?cái)M南芥開(kāi)花誘導(dǎo)相關(guān)基因表達(dá)的研究[D]. 張友潤(rùn).浙江大學(xué) 2011



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