普通白菜是一種種子春化型植物,其抽薹開花需要經(jīng)過一段時間的春化處理。普通白菜春季栽培過程中往往會因低溫造成先期抽薹,影響其商品價值,因此進行普通白菜的春化相關(guān)研究具有實踐價值。植物春化機理在擬南芥、大白菜、小麥等植物中已經(jīng)進行了較多研究,然而在普通白菜方面仍然較為缺乏,其春化基因參與的春化過程及機理需要進一步研究。本試驗利用RNA-Seq技術(shù),以大白菜基因組為參考,對春化及對照普通白菜莖尖在低溫處理后和花芽分化前分別進行基因表達譜分析,通過比較篩選春化與對照植株之間在二個時期的差異表達基因,分析差異表達基因的功能注釋,挖掘普通白菜春化相關(guān)基因,為春化機理的研究奠定基礎(chǔ),主要結(jié)論如下：1)通過測序低溫處理后春化與對照植株、花芽分化前春化與對照植株4個文庫分別獲得9.68、11.25、11.06和10.16 M reads,各得到493.43、573.82、564.03和517.85 M總堿基,各獲得11111314、11268910、11072438和10169936條total reads,其中分別有82.94%、84.80%、85.08%和84.77%可以被參考基因組注釋。2)低溫處... 

【文章來源】：山西農(nóng)業(yè)大學(xué)山西省

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

RNA電泳圖

圖３測序飽和度分析圖??Ｆ＂ｉｇ．?３?Ｔｈｅ?ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｅａｃｈ?Ｈａｒａｒｙ??２．２．３?ｃＤＮＡ片段隨機性檢驗??測序隨機性檢驗是通過比對到參考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情況進行評估，??即如果比對到基因序列上的ｒｅａｄｓ比較均勻地分布在整個基因上，則可Ｗ認(rèn)為測序隨機??性比較可靠。我們通過隨機性分布圖來評估整體的測序隨機性，從圖４可Ｗ看出，隨機??性分布曲線較為平坦，測序隨機性較好。試驗采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））進行??ｍＲＮＡ的俘獲，會傾向于測到更多的３＇端序列，因此３＇端測序覆蓋比例會出現(xiàn)偏高的情??況。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??

測序隨機性檢驗是通過比對到參考基因序列上的ｒｅａｄｓ在基因的分布情況進行評估，??即如果比對到基因序列上的ｒｅａｄｓ比較均勻地分布在整個基因上，則可Ｗ認(rèn)為測序隨機??性比較可靠。我們通過隨機性分布圖來評估整體的測序隨機性，從圖４可Ｗ看出，隨機??性分布曲線較為平坦，測序隨機性較好。試驗采用寡聚胸腺啼巧（Ｏｌｉｇｏ?ｄ?（Ｔ））進行??ｍＲＮＡ的俘獲，會傾向于測到更多的３＇端序列，因此３＇端測序覆蓋比例會出現(xiàn)偏高的情??況。??１．５－??受！?１．０?＼?Ｓａｍｐｌｅ??＾己?ｆ?．?？？?ＣＫＩ５??？?０，５?ｆ??０．０??０，００?０．２５?０．巧?０．巧?１．００??Ｒｅａｄｓ在端巧的相對位晉（５＇?－３＞?）??Ｒｅｌａｔｉｖｅ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?Ｇ州ｅｓ（５＇?－３＇）??圖４?ｃＤＮＡ片段的隨機性檢驗圖??Ｆｉｇ．?４?民ａｎｄｏｍ?ｃｈｅｃｋ?ｏｆ?ｃＤＮＡ?ｆＶａｇｍｅｎｔｓ??－１５－??

【參考文獻】：
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碩士論文
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[5]利用RNA-seq技術(shù)挖掘胡蘿卜抽薹開花相關(guān)基因[D]. 毛笈華.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
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[8]甘藍型油菜耐濕差異性表達基因的篩選及分析[D]. 譚筱玉.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
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[10]氮素營養(yǎng)調(diào)控擬南芥開花誘導(dǎo)相關(guān)基因表達的研究[D]. 張友潤.浙江大學(xué) 2011



本文編號：3113938