circRNA是一類由mRNA前體反向可變剪切而來、通過細(xì)胞類型特異性表達(dá)以及組織特異性表達(dá)參與調(diào)控多個生命過程。山核桃屬雌雄同株異花多年生喬木,雌雄花發(fā)育存在時空表達(dá)差異。為了探究山核桃雌雄花芽分化過程中circRNA的表達(dá)模式,本研究通過分別構(gòu)建山核桃雌雄花芽未分化期、分化期和分化后期總共六個樣本circRNA特異文庫,使用鏈特異性雙端150bp高通量測序技術(shù)獲得山核桃雌雄花發(fā)育過程中circRNA的表達(dá)譜,差異circRNA靶miRNA互作進(jìn)行預(yù)測,結(jié)合熒光定量PCR技術(shù)研究circRNA在雌花發(fā)育過程中的表達(dá),并構(gòu)建circRNA開花相關(guān)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖,主要結(jié)果如下:（1）雌花芽三個時期樣本測序總共獲得76.54G過濾后可用測試數(shù)據(jù),以山核桃基因?yàn)閰⒄?新鑒定4857條circRNA。通過CPM對其表達(dá)量進(jìn)行歸一化處理并對對來源基因進(jìn)行注釋,在4449條差異表達(dá)的circRNA中總共獲得76條與開花相關(guān)的circRNA。（2）雄花芽三個時期樣本測序總共獲得76.3G質(zhì)控后干凈的數(shù)據(jù),使用相同的方法鑒定,總共獲得5517條circRNA。CPM歸一化處理表達(dá)數(shù)據(jù)后,在整一個雄花芽分... 

【文章來源】：浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

circRNA生物發(fā)生及其調(diào)控[41]

等在擬南芥和水稻中發(fā)現(xiàn) 700 多個直系同源基因，其中 300 多個 circRNA 均來自于基因組相同位點(diǎn)，說明在不同的植物中 circRNA 高度保守。但是，在這些保守的circRNA 側(cè)翼內(nèi)含子中并沒有發(fā)現(xiàn)相似的序列或者共享相同的基序，說明在植物中circRNA 的生物合成可能還存在其他機(jī)制[42]。1.2.2 circRNA 序列組成和結(jié)構(gòu)研究發(fā)現(xiàn)，在單個基因表達(dá)水平，同一個基因座能夠通過可變剪切以及可變剪切位點(diǎn)的選擇產(chǎn)生多個 circRNA(圖 1.2C)，且一個 circRNA 能夠包含不同數(shù)量的外顯子序列[50]。根據(jù)可變剪切類型，產(chǎn)生 circRNA 能夠分為以下 4 種類型：盒式外顯子(cassette exon), 內(nèi)含子保留 (intron retention), 可變 5'剪切 (alternative 5' splicing), 以及可變 3'剪切 (alternative 3' splicing)。通過以上方式產(chǎn)生于同一個基因座的 circRNAs具有相同的反向剪切位點(diǎn) (back ss)，但是每一個 circRNA 都包含不同的經(jīng)典剪切位點(diǎn) (canonical ss) (圖 1.2C)�？勺兎聪蚣艚拥倪x擇及 circRNA 特異的可變剪切的選擇將會進(jìn)一步豐富外顯子的種類，而這些新的盒式外顯子主要參與 circRNA 中的可變剪切，幾乎不轉(zhuǎn)錄線性 mRNA，但是剪切子如何準(zhǔn)確識別外顯子能否環(huán)化的機(jī)制仍需要進(jìn)一步探究。

因富含不飽和脂肪酸及人體所需的元素及木質(zhì)堅(jiān)硬具有很高的經(jīng)濟(jì)核桃花發(fā)育過程有助于提高山核桃產(chǎn)量。根據(jù)解剖學(xué)研究，山核桃主要分為：（1）花芽與葉芽并無明顯區(qū)別的未分化期；（2）花芽初步小點(diǎn)；（3）花序分化，開始形成花原基；（4）苞片形成期，每一個苞片和三片小苞片；（5）雌蕊發(fā)育期，逐步形成胚囊（圖 1.6）。高要分為以下三個階段：開花誘導(dǎo)、花原基形成及花器官發(fā)育，其中是開花誘導(dǎo)階段。植物開花主要受到多個基因調(diào)控，主要以 FT 和，包含開花時間調(diào)控基因、分生組織調(diào)控基因和花器官調(diào)控基因。A 在開花調(diào)控中的功能研究主要集中在 miRNA 上，例如，擬南芥6 和 miR172 在營養(yǎng)生長過渡到生殖生長過程中發(fā)揮著關(guān)鍵功能； 和玉米、金魚草中的 miR169 參與花發(fā)育早期過程中。miR164、iR167 在花發(fā)育后期發(fā)揮功能。但是在 circRNA 層面的調(diào)控尚未過與 miRNA 互作、結(jié)合蛋白和干擾剪切過程等方式來調(diào)節(jié)基因的提升了植物轉(zhuǎn)錄調(diào)控過程的多樣性和復(fù)雜性[41]。本研究主要通過二山核桃雌雄花芽發(fā)育過程中參與調(diào)控花芽形成及花器官發(fā)育的 cir

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3065008