基于MSAP標(biāo)記的山核桃(Carya cathayensis Sarg.)甲基化研究
發(fā)布時間:2021-02-25 15:18
山核桃為浙江省重要的經(jīng)濟(jì)樹種。近年來細(xì)胞生物學(xué)及分子標(biāo)記的研究發(fā)現(xiàn),山核桃中存在無融合生殖,天然群體的多態(tài)性不佳,存在iQTL(印跡數(shù)量性狀位點(diǎn))。印跡QTL與DNA甲基化有關(guān),而DNA甲基化對生物表型起著重要的作用,是可遺傳的生物現(xiàn)象。甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性(MSAP)是在AFLP技術(shù)基礎(chǔ)上衍生的基于PCR擴(kuò)增多態(tài)性的DNA甲基化檢測方法;诖,我們在山核桃中嘗試MSAP標(biāo)記,對山核桃甲基化進(jìn)行了初步研究,研究結(jié)果如下:1、建立了適用于山核桃的MSAP分析體系,并對天然林中的山核桃進(jìn)行了初步分析,將分析結(jié)果與山核桃AFLP、RAPD、ISSR、SRAP、SSR等分子標(biāo)記結(jié)果進(jìn)行了比較,發(fā)現(xiàn)山核桃MSAP分子標(biāo)記的多態(tài)性水平(93.57%)最高。2、山核桃總甲基化相對水平和非甲基化相對水平分別為25.994±2.415%和33.381±3.657%,非甲基化相對水平大于總甲基化相對水平(p<0.001);總甲基化中半甲基化相對水平和內(nèi)側(cè)胞嘧啶甲基化相對水平分別為7.892±1.525%和18.102±3.940%,內(nèi)側(cè)胞嘧啶甲基化相對水平遠(yuǎn)大于半甲基化相對水平(p<0.00...
【文章來源】:浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 國內(nèi)外相關(guān)研究進(jìn)展
1.1 山核桃遺傳研究
1.1.1 山核桃簡介
1.1.2 山核桃無融合生殖研究進(jìn)展
1.2 植物DNA甲基化的研究進(jìn)展
1.2.1 表觀遺傳學(xué)
1.2.2 DNA甲基化的概念
1.2.3 植物DNA甲基化模式的產(chǎn)生及維持機(jī)制
1.2.3.1 植物DNA甲基轉(zhuǎn)移酶
1.2.3.2 DNA的甲基化及去甲基化機(jī)制
1.2.4 植物DNA甲基化的生物學(xué)作用
1.2.4.1 DNA甲基化與雜種優(yōu)勢
1.2.4.2 DNA甲基化與親本印記
1.2.5 DNA甲基化的檢測方法
1.2.5.1 待檢測樣品的前期處理及目標(biāo)序列的定位
1.2.5.2 植物基因組DNA甲基化狀態(tài)的檢測
1.3 MSAP技術(shù)及其在植物研究中的應(yīng)用
1.3.1 MSAP技術(shù)的原理
1.3.2 MSAP技術(shù)的操作流程
1.3.3 MSAP在植物研究中的應(yīng)用
2 本文研究目的意義、內(nèi)容與技術(shù)路線
2.1 研究目的意義
2.2 主要研究內(nèi)容
2.3 技術(shù)路線
3 基于MSAP標(biāo)記的山核桃甲基化研究
3.1 材料與方法
3.1.1 材料
3.1.1.1 實(shí)驗材料
3.1.1.2 實(shí)驗試劑
3.1.1.3 實(shí)驗儀器設(shè)備
3.1.2 方法
3.1.2.1 基因組DNA的提取
3.1.2.2 山核桃MSAP分析體系的建立
3.1.2.3 山核桃MSAP分析體系在美國山核桃上的應(yīng)用
3.1.2.4 MSAP分析
3.1.2.5 山核桃多種分子標(biāo)記分析的比較
3.1.2.6 MSAP標(biāo)記數(shù)據(jù)的分析
3.2 結(jié)果與分析
3.2.1 基因組DNA的提取
3.2.2 山核桃MSAP體系的優(yōu)化
3.2.2.1 基因組DNA雙酶切
3.2.2.2 DNA預(yù)擴(kuò)增
3.2.2.3 山核桃基因組DNA選擇性擴(kuò)增
3.2.2.4 變性聚丙烯酰胺凝膠電泳
3.2.2.5 選擇性擴(kuò)增引物的篩選
3.2.3 山核桃MSAP分析體系在美國山核桃上的應(yīng)用
3.2.4 山核桃甲基化水平分析
3.2.4.1 山核桃親本甲基化敏感多態(tài)性分析
3.2.4.2 山核桃MSAP標(biāo)記與其他標(biāo)記分析結(jié)果的比較
3.2.4.3 甲基化/非甲基化相對水平分析
3.2.4.4 天然群體山核桃遺傳和表觀遺傳多樣性分析
3.2.4.5 天然群體山核桃遺傳與表觀遺傳分化及結(jié)構(gòu)分析
3.2.5 山核桃半同胞子代群體遺傳和表觀遺傳多樣性分析
3.2.5.1 山核桃半同胞子代群體遺傳和表觀遺傳多樣性分析
3.2.5.2 山核桃半同胞子代群體遺傳與表觀遺傳分化
3.2.6 親子代群體遺傳與表觀遺傳多樣性比較
3.3 討論
4 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個人簡介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]植物DNA甲基化調(diào)控研究進(jìn)展[J]. 馬浪浪,江舟,黃小波,沈亞歐,潘光堂. 中國生物工程雜志. 2013(09)
[2]植物DNA甲基化研究進(jìn)展[J]. 李娜,張旸,解莉楠,李玉花. 植物生理學(xué)報. 2012(11)
[3]泡桐MSAP體系建立及引物篩選[J]. 曹喜兵,趙改麗,范國強(qiáng). 河南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2012(05)
[4]蘋果MSAP技術(shù)體系的優(yōu)化及其應(yīng)用[J]. 呂曉婷,趙春梅,王愛華,戴洪義. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2012(22)
[5]三葉木通MSAP反應(yīng)體系的優(yōu)化及引物篩選[J]. 高寰,張錚,周婷,曹向然,陳陽洋,王喆之. 中草藥. 2012(03)
[6]表觀遺傳學(xué)研究進(jìn)展[J]. 李光雷,喻樹迅,范術(shù)麗,宋美珍,龐朝友. 生物技術(shù)通報. 2011(01)
[7]基于AFLP分析的山核桃群體結(jié)構(gòu)及遺傳多樣性[J]. 沈林,郭金劍,李陽,曾燕如. 福建林業(yè)科技. 2009(04)
[8]杉木親本自交系及其雜交種DNA甲基化和表觀遺傳變異[J]. 洪舟,施季森,鄭仁華,楊立偉,陳孝丑,翁玉榛,黃金華. 分子植物育種. 2009(03)
[9]植物DNA甲基化及其研究策略[J]. 南楠,曾凡鎖,詹亞光. 植物學(xué)通報. 2008(01)
[10]植物DNA甲基化及其表觀遺傳作用[J]. 陳小強(qiáng),王春國,李秀蘭,宋文芹,陳瑞陽. 細(xì)胞生物學(xué)雜志. 2007(04)
博士論文
[1]核桃砧木對樹體影響的DNA甲基化調(diào)控機(jī)制研究[D]. 周貝貝.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2014
[2]5’CpG島甲基化檢測基因芯片的研究[D]. 周東蕊.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
碩士論文
[1]平菇主栽品種DNA甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性(MSAP)分析[D]. 劉冰.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[2]山核桃群體結(jié)構(gòu)及多樣性的研究[D]. 郭金劍.浙江林學(xué)院 2008
本文編號:3051162
【文章來源】:浙江農(nóng)林大學(xué)浙江省
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 國內(nèi)外相關(guān)研究進(jìn)展
1.1 山核桃遺傳研究
1.1.1 山核桃簡介
1.1.2 山核桃無融合生殖研究進(jìn)展
1.2 植物DNA甲基化的研究進(jìn)展
1.2.1 表觀遺傳學(xué)
1.2.2 DNA甲基化的概念
1.2.3 植物DNA甲基化模式的產(chǎn)生及維持機(jī)制
1.2.3.1 植物DNA甲基轉(zhuǎn)移酶
1.2.3.2 DNA的甲基化及去甲基化機(jī)制
1.2.4 植物DNA甲基化的生物學(xué)作用
1.2.4.1 DNA甲基化與雜種優(yōu)勢
1.2.4.2 DNA甲基化與親本印記
1.2.5 DNA甲基化的檢測方法
1.2.5.1 待檢測樣品的前期處理及目標(biāo)序列的定位
1.2.5.2 植物基因組DNA甲基化狀態(tài)的檢測
1.3 MSAP技術(shù)及其在植物研究中的應(yīng)用
1.3.1 MSAP技術(shù)的原理
1.3.2 MSAP技術(shù)的操作流程
1.3.3 MSAP在植物研究中的應(yīng)用
2 本文研究目的意義、內(nèi)容與技術(shù)路線
2.1 研究目的意義
2.2 主要研究內(nèi)容
2.3 技術(shù)路線
3 基于MSAP標(biāo)記的山核桃甲基化研究
3.1 材料與方法
3.1.1 材料
3.1.1.1 實(shí)驗材料
3.1.1.2 實(shí)驗試劑
3.1.1.3 實(shí)驗儀器設(shè)備
3.1.2 方法
3.1.2.1 基因組DNA的提取
3.1.2.2 山核桃MSAP分析體系的建立
3.1.2.3 山核桃MSAP分析體系在美國山核桃上的應(yīng)用
3.1.2.4 MSAP分析
3.1.2.5 山核桃多種分子標(biāo)記分析的比較
3.1.2.6 MSAP標(biāo)記數(shù)據(jù)的分析
3.2 結(jié)果與分析
3.2.1 基因組DNA的提取
3.2.2 山核桃MSAP體系的優(yōu)化
3.2.2.1 基因組DNA雙酶切
3.2.2.2 DNA預(yù)擴(kuò)增
3.2.2.3 山核桃基因組DNA選擇性擴(kuò)增
3.2.2.4 變性聚丙烯酰胺凝膠電泳
3.2.2.5 選擇性擴(kuò)增引物的篩選
3.2.3 山核桃MSAP分析體系在美國山核桃上的應(yīng)用
3.2.4 山核桃甲基化水平分析
3.2.4.1 山核桃親本甲基化敏感多態(tài)性分析
3.2.4.2 山核桃MSAP標(biāo)記與其他標(biāo)記分析結(jié)果的比較
3.2.4.3 甲基化/非甲基化相對水平分析
3.2.4.4 天然群體山核桃遺傳和表觀遺傳多樣性分析
3.2.4.5 天然群體山核桃遺傳與表觀遺傳分化及結(jié)構(gòu)分析
3.2.5 山核桃半同胞子代群體遺傳和表觀遺傳多樣性分析
3.2.5.1 山核桃半同胞子代群體遺傳和表觀遺傳多樣性分析
3.2.5.2 山核桃半同胞子代群體遺傳與表觀遺傳分化
3.2.6 親子代群體遺傳與表觀遺傳多樣性比較
3.3 討論
4 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個人簡介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]植物DNA甲基化調(diào)控研究進(jìn)展[J]. 馬浪浪,江舟,黃小波,沈亞歐,潘光堂. 中國生物工程雜志. 2013(09)
[2]植物DNA甲基化研究進(jìn)展[J]. 李娜,張旸,解莉楠,李玉花. 植物生理學(xué)報. 2012(11)
[3]泡桐MSAP體系建立及引物篩選[J]. 曹喜兵,趙改麗,范國強(qiáng). 河南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2012(05)
[4]蘋果MSAP技術(shù)體系的優(yōu)化及其應(yīng)用[J]. 呂曉婷,趙春梅,王愛華,戴洪義. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2012(22)
[5]三葉木通MSAP反應(yīng)體系的優(yōu)化及引物篩選[J]. 高寰,張錚,周婷,曹向然,陳陽洋,王喆之. 中草藥. 2012(03)
[6]表觀遺傳學(xué)研究進(jìn)展[J]. 李光雷,喻樹迅,范術(shù)麗,宋美珍,龐朝友. 生物技術(shù)通報. 2011(01)
[7]基于AFLP分析的山核桃群體結(jié)構(gòu)及遺傳多樣性[J]. 沈林,郭金劍,李陽,曾燕如. 福建林業(yè)科技. 2009(04)
[8]杉木親本自交系及其雜交種DNA甲基化和表觀遺傳變異[J]. 洪舟,施季森,鄭仁華,楊立偉,陳孝丑,翁玉榛,黃金華. 分子植物育種. 2009(03)
[9]植物DNA甲基化及其研究策略[J]. 南楠,曾凡鎖,詹亞光. 植物學(xué)通報. 2008(01)
[10]植物DNA甲基化及其表觀遺傳作用[J]. 陳小強(qiáng),王春國,李秀蘭,宋文芹,陳瑞陽. 細(xì)胞生物學(xué)雜志. 2007(04)
博士論文
[1]核桃砧木對樹體影響的DNA甲基化調(diào)控機(jī)制研究[D]. 周貝貝.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2014
[2]5’CpG島甲基化檢測基因芯片的研究[D]. 周東蕊.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005
碩士論文
[1]平菇主栽品種DNA甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性(MSAP)分析[D]. 劉冰.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[2]山核桃群體結(jié)構(gòu)及多樣性的研究[D]. 郭金劍.浙江林學(xué)院 2008
本文編號:3051162
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