隨著組學(xué)技術(shù)和生物信息方法的進(jìn)步,植物基因組學(xué)研究取得了快速的發(fā)展。柑橘作為最重要的果樹作物之一,基因組學(xué)平臺不斷完善。在此基礎(chǔ)上,對控制重要性狀基因的遺傳定位、基因發(fā)掘和變異機(jī)制研究已成為柑橘領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。本研究對代表原始、野生和栽培柑橘進(jìn)行比較基因組學(xué)和群體基因組學(xué)分析,解析了柑橘進(jìn)化過程中的選擇和變異。綜合使用對遺傳群體的集群分離分析法測序（BSA-seq）和自然群體局部區(qū)域關(guān)聯(lián)分析方法,對控制柑橘珠心多胚位點(diǎn)進(jìn)行了遺傳定位,通過繼代保存的夏橙愈傷材料間的比較,解析了離體無性系變異對體細(xì)胞胚胎發(fā)生能力的影響。對琯溪蜜柚色澤芽變材料使用基因組、轉(zhuǎn)錄組整合分析,進(jìn)行柑橘色澤芽變特點(diǎn)和規(guī)律的研究。主要研究結(jié)果如下:1.原始、野生和栽培柑橘的比較基因組和群體基因組分析（1）本實驗室在此課題前已完成了酒餅簕、宜昌橙、枸櫞和柚四個柑橘基因組的從頭組裝和注釋,再結(jié)合已發(fā)表的甜橙和克里曼丁橘兩個基因組,用于柑橘比較基因組分析。酒餅簕屬于原始柑橘,此外的五個柑橘屬于真正柑橘組。其中,宜昌橙是野生柑橘,枸櫞、柚、甜橙和克里曼丁橘都是現(xiàn)代栽培柑橘。通過基因組序列比較發(fā)現(xiàn)真正柑橘組的柑橘物種的基因組大... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：143 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

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圖 2-1 原始、野生和栽培柑橘的系統(tǒng)發(fā)生、基因組、果實和種子。(a) 柑橘亞族系統(tǒng)發(fā)生和基因組。星號表示本實驗室從頭組裝的基因組，圓圈表示已發(fā)表的基因組。紫色表示原始柑橘，綠色表示野生柑橘，棕色表示柑橘中的三個基本種。(b) 原始、野生和栽培柑橘的果實和種子的差異。Fig. 2-1 Phylogeny, genomes, fruits and seeds of primitive, wild and cultivated citrus. (a)

圖 2-3 柚相對酒餅簕基因組中特異區(qū)段中的基因的 GO 富集分析。（a）生物學(xué)過程水平富集的 GO 類別。（b）分子功能水平富集的 GO 類別。Fig. 2-3 The Gene Ontology enrichment analysis for genes in the unique regions in pummelorsus atalantia. (a) The over-represented GO terms for biological process. (b) The over-representedGO terms for molecular function.通過基因組序列比較和重測序數(shù)據(jù)過濾篩選，檢測出高置信度的 SNV。將酒餅

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]枳砧紅綿蜜柚嫁接黃化苗的光合特性及其CgSGR基因克隆與表達(dá)分析[J]. 何文,王燕,陳清,徐世榮,湯浩茹,潘東明,王小蓉.  西北植物學(xué)報. 2018(05)
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[3]三紅蜜柚體細(xì)胞胚胎的誘導(dǎo)[J]. 林亮亮.  浙江農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(02)
[4]利用SSR、SRAP分子標(biāo)記鑒定桃早熟芽變[J]. 馮濤,劉娟,華夏雪.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(06)
[5]江蘇淮北地區(qū)小麥品種資源籽粒硬度基因等位變異的KASP檢測[J]. 楊子博,顧正中,周羊梅,王安邦,高平中,熊正海,劉暢,蔣學(xué)祥,沈業(yè)松.  麥類作物學(xué)報. 2017(02)
[6]基于高通量測序的植物群體基因組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 王云生.  遺傳. 2016(08)
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博士論文
[1]柑橘胚胎發(fā)生過程中DNA甲基化/去甲基化研究及SSR標(biāo)記開發(fā)[D]. 孟海軍.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
[2]柑橘體細(xì)胞胞質(zhì)遺傳及葉綠體SSR引物開發(fā)研究[D]. 程運(yùn)江.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[3]用分子標(biāo)記研究柑橘屬及其近緣屬植物的親緣關(guān)系和枳的遺傳多樣性[D]. 龐曉明.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2002
[4]柑桔和蘋果等果樹種質(zhì)資源的離體保存及其遺傳變異[D]. 郝玉金.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2000

碩士論文
[1]玉米體細(xì)胞胚胎發(fā)生的轉(zhuǎn)錄組分析及相關(guān)基因克隆[D]. 丁美琪.吉林大學(xué) 2017
[2]長期繼代的柑橘愈傷組織中轉(zhuǎn)座子激活研究[D]. 許海丹.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]琯溪蜜柚色澤突變體類胡蘿卜素代謝特征分析[D]. 張亞卿.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[4]‘紅肉蜜柚’與‘紅綿蜜柚’汁胞差異蛋白質(zhì)組學(xué)研究[D]. 伍洋.福建農(nóng)林大學(xué) 2013



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