滇山茶Camellia reticulata為國(guó)家二級(jí)保護(hù)植物、云南八大名花之首、昆明市花,以樹(shù)高花大而馳名中外。研究表明,滇山茶為多倍體復(fù)合體,二倍體滇山茶(2X)和西南山茶C.pitardii雜交多倍化形成了四倍體滇山茶(4X),四倍體滇山茶(4X)和怒江山茶C.saluenensis雜交多倍化形成了六倍體滇山茶(6X)。本研究采用RNA-Seq技術(shù)對(duì)不同倍性的滇山茶及其親本種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及比較,探索滇山茶雜交多倍化的轉(zhuǎn)錄組變異。研究結(jié)果主要包括以下幾個(gè)方面:1.五個(gè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共得到403 158條單基因序列,N50值為432bp,平均長(zhǎng)度為412.81bp,與Nr等數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)后,有177 849條(44.11%)單基因序列獲得注釋。通過(guò)GO注釋將91 769條單基因序列分為3個(gè)大類(lèi),44個(gè)功能組;利用COG數(shù)據(jù)庫(kù)將103 941條單基因序列劃分為25類(lèi);與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)共有53 627條單基因序列分為4個(gè)大分支,涉及到280條代謝通路。共獲得55 322個(gè)CDS,平均長(zhǎng)度為647.95bp,N50長(zhǎng)738bp。發(fā)現(xiàn)包含SSR的序列共有55 257條,共搜索出61 533個(gè)SSR位點(diǎn),SSR位點(diǎn)出現(xiàn)頻率為15.26%,平均跨度為2.70 kb。SSR的平均長(zhǎng)度為15.69bp,主要分布在序列較短的范圍內(nèi),SSR的出現(xiàn)頻率與SSR的序列長(zhǎng)度負(fù)相關(guān);預(yù)測(cè)多態(tài)性較高的SSR分布在長(zhǎng)度較長(zhǎng)的短重復(fù)基元類(lèi)型里。2.在四倍體滇山茶與兩個(gè)親本(二倍體滇山茶和西南山茶)之間共篩選到1 817個(gè)差異表達(dá)基因,六倍體與兩個(gè)親本(四倍體滇山茶和怒江山茶)之間共篩選到2 914個(gè)差異表達(dá)基因。這些差異表達(dá)基因主要與物質(zhì)合成、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)過(guò)程有關(guān)。在萜類(lèi)和黃酮類(lèi)化合物合成及代謝通路中,DXS、HDS、CHS基因的上調(diào)表達(dá)和DFR、LAR基因的下調(diào)表達(dá),使得多倍體中有效物質(zhì)合成量增多。此外,差異表達(dá)基因主要以非加性表達(dá)為主,同時(shí)存在親本偏向性,也存在少量基因沉默和被激活現(xiàn)象,沉默的基因參與了含有核堿基的化合物代謝過(guò)程等生物學(xué)過(guò)程,激活基因參與了逆境反應(yīng)等生物學(xué)過(guò)程。
【學(xué)位單位】：昆明理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類(lèi)】：S685.14;TS272
【部分圖文】：

材料用的材料為山茶屬植物 5 個(gè)品種的葉片（二倍體滇山茶、四茶、怒江山茶、西南山茶）其中二倍體滇山茶和西南山茶是，而四倍體滇山茶和怒江山茶是六倍體滇山茶的雜交親本（明植物園山茶園的小溫室環(huán)境內(nèi)，栽培環(huán)境和生長(zhǎng)狀況都相采集，其中西南山茶、二倍體及四倍體滇山茶植株非常珍貴此株植物的不同方位采集了六片嫩葉，混合作為一個(gè)重復(fù)，我們采集了 4 個(gè)不同植株的多片嫩葉，每 2 株植物不用方位設(shè)置兩個(gè)重復(fù)；六倍體滇山茶我們采集了 12 個(gè)不同植株的多方位嫩葉混合作為一個(gè)重復(fù)，設(shè)置四個(gè)重復(fù)。采集后馬上使置于固態(tài)干冰中帶回實(shí)驗(yàn)室，放入-70℃超低溫冰箱中保存，息詳見(jiàn)表 2.1。

樣品存在輕度降解或輕度污染，但樣品合格，質(zhì)量較好，且總量滿(mǎn)足單次建庫(kù)�？梢赃M(jìn)行 cDNA 文庫(kù)構(gòu)建。表 2.2 樣本 RNA 濃度和完整性檢測(cè)數(shù)據(jù)Table 2.2 RNA concentration and integrity detection of sample樣本SampleNanodrop 檢測(cè)RNA完整性RIN28s/1濃度concentration/ng·ul-1OD260/280 OD260/230Camellia reticulata (2X) 158.6 1.95 1.13 7.9 1.7Camellia reticulata (4X) 105.0 2.07 1.30 8.2 1.8Camellia reticulata (6X) 152.4 2.11 1.13 8.7 2.5Camellia saluenensis 74.0 1.19 0.94 8.1 1.8Camellia pitardii 50.3 2.16 1.60 8.4 2.7注：數(shù)據(jù)來(lái)源：本研究。

1000~200084 723 (10.08%) 18 089 (4.49%)≥20008 147 (0.97%) 3 318 (0.82%)總數(shù)Total number801 803 403 158總長(zhǎng)度Total length/bp357 360 538 166 427 592N50 長(zhǎng)度N50 length/bp489 432平均長(zhǎng)度Mean length/bp445.7 412.81最大長(zhǎng)度Max length/bp10 509 10 509最小長(zhǎng)度Min length/bp201 201注：數(shù)據(jù)來(lái)源：本研究。
【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2879005