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基于葉球轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比較的甘藍(lán)雜種優(yōu)勢分析

發(fā)布時間:2020-08-22 11:52
【摘要】:對甘藍(lán)兩個雜交組合F_1的雜種優(yōu)勢進(jìn)行了田間性狀統(tǒng)計分析以及葉球轉(zhuǎn)錄組測序分析。所調(diào)查的9個園藝學(xué)性狀中,單球質(zhì)量和球主葉柄質(zhì)量在F_1代及其親本之間差異顯著,其中單球質(zhì)量的中親優(yōu)勢和超親優(yōu)勢在兩個組合F_1中表現(xiàn)突出,即產(chǎn)量雜種優(yōu)勢較為明顯。通過葉球轉(zhuǎn)錄組分析,分別篩選獲得了4組差異表達(dá)基因,在相同標(biāo)準(zhǔn)下,兩個雜交組合中父本與F_1代的差異表達(dá)基因明顯多于母本與F_1代的差異表達(dá)基因,表明母本的表達(dá)譜與F_1更相似,即母本在F_1葉球雜種優(yōu)勢形成中的貢獻(xiàn)較大,而且上調(diào)差異表達(dá)基因的差異倍數(shù)明顯高于下調(diào)差異表達(dá)基因,表明上調(diào)基因在F_1代甘藍(lán)葉球雜種優(yōu)勢建成中有重要作用。進(jìn)一步將差異表達(dá)基因進(jìn)行GO(Gene ontology)分類、COG(Cluster of orthologous groups of proteins)分類、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析以及可變剪接分析,發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因顯著富集到生長發(fā)育、碳水化合物轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)以及氨基酸的合成、轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝等途徑。隨機(jī)選取7個差異表達(dá)基因進(jìn)行實時熒光定量PCR驗證,結(jié)果與RNA-seq數(shù)據(jù)基本一致,證明轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可靠性。本研究中獲得的與甘藍(lán)葉球雜種優(yōu)勢形成相關(guān)的差異表達(dá)基因,為后續(xù)甘藍(lán)雜種優(yōu)勢分子機(jī)制研究提供數(shù)據(jù)支持。

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本文編號:2800650

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