火龍果HubHLH1-like基因的克隆及功能分析
【學(xué)位授予單位】:貴州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號(hào)】:Q943.2;S667.9
【圖文】:
2.3 結(jié)果與分析2.3.1 總RNA提取及反轉(zhuǎn)錄檢測(cè)圖2-1 總RNA質(zhì)量檢測(cè)A:總RNA;B:內(nèi)參基因Actin/PCR擴(kuò)增;M:DL2000Fig. 2-1 Quantification analysis of extracted total RNA and cDNAA: Total RNA; B: Amplification of Actin gene; M: DL2000高質(zhì)量的植物總RNA提取是基因全長(zhǎng)克隆成功的關(guān)鍵,本實(shí)驗(yàn)采用離心柱法提取火龍果幼嫩莖段總RNA,通過1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA的完整性,電泳結(jié)果(圖2-1,A)顯示RNA條帶無拖尾現(xiàn)象,18S和28S條帶清晰可見,并且28S條帶亮度約為18S的兩倍,說明提取的RNA質(zhì)量好
貴州大學(xué) 2017 屆碩士研究生學(xué)位論文23圖2-2 “紫紅龍”HubHLH1-like基因PCR擴(kuò)增注:1:HubHLH1-like 基因3’-RACE;2:HubHLH1-like基因5’-RACE;3:HubHLH1-like基因的ORF片段;M:DL 2000 markerFig. 2-2 Electrophoretogram of HubHLH1-like RACE PCR amplificationNote:PCR product showing the 3’-RACE (1), 5’-RACE (2), the ORF (3) of HubHLH1-like usingspecific primers;M, DL 2000 marker2.3.3 HubHLH1-like基因cDNA全長(zhǎng)及ORF的獲得將3’、5’-RACE所得到的基因片段序列與中間片段進(jìn)行拼接,得到全長(zhǎng)2,343bp的HubHLH1-like基因cDNA序列,利用ORF Finder對(duì)拼接的全長(zhǎng)進(jìn)行開放閱讀框預(yù)測(cè),獲得HubHLH1-like基因的開放閱讀框大小為1,221 bp,共編碼406個(gè)氨基酸,非翻譯區(qū)5’-UTR大小235 bp,非翻譯區(qū)3’-UTR大小為887 bp,用Primer Premier5.0在開放閱讀框兩端設(shè)計(jì)引物HubHLH1-like-Full-F和HubHLH1-like-Full-R進(jìn)行PCR擴(kuò)增
圖 2-3 HubHLH1-like cDNA 序列及其推測(cè)的氨基酸序列Fig. 2-3 The complete cDNA sequence and amino acids sequences of the proteinencoded by HubHLH1-like注:紅色劃線部分代表 HLH 結(jié)構(gòu)域;紅色方框?yàn)槠鹗济艽a子,星號(hào)代表終止密碼子。Note: The amino acid sequence is displayed in a one-letter code under the coding sequence,with the underlined amino acids in red representing the HLH domain. The translation start codonis framed, the asterisk denotes the stop codon.2.3.4 HubHLH1-like的生物信息學(xué)分析2.3.4.1 HubHLH1-like蛋白結(jié)構(gòu)域與氨基酸序列比對(duì)分析使用NCBI的CDD(Conserved Domain Database)數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)“紫紅龍”HubHLH1-like全長(zhǎng)序列中可能存在的蛋白結(jié)構(gòu)功能進(jìn)行預(yù)測(cè),預(yù)測(cè)結(jié)果表明HubHLH1-like蛋白在340aa-389aa位有一個(gè)HLH保守結(jié)構(gòu)域,且HLH區(qū)域位于C末端,可參與形成同型或異型二聚體,調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄。通過GenBank accession數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.ncbLnlm.nih.gov/Genbank/update.html)進(jìn)行登錄,命名HubHLH1-like,獲得基因登錄號(hào):KU976397.1。
【參考文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2778510
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