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低溫暗培養(yǎng)下篤斯越橘代謝重組研究及轉(zhuǎn)錄組分析

發(fā)布時間:2020-06-26 11:29
【摘要】:越橘也稱為藍(lán)莓,屬杜鵑花科(Ericaceae)越橘屬(Vaccinium L.)藍(lán)漿果亞屬(Cyanococcus)植物。目前,聯(lián)合國糧農(nóng)組織將藍(lán)莓涵蓋在五大健康食品之一,藍(lán)莓成為世界上最具有潛力的灌木果樹。目前,越橘抗寒性的研究是一個前景廣,但是研究相對薄弱的一個領(lǐng)域。尤其對于北方來講,冬季防寒是一件極其重要的事情。越橘抗寒一般采用埋土、溫室等方法,耗時耗力,成本較高。要想實現(xiàn)藍(lán)莓的產(chǎn)業(yè)化發(fā)展,必須解決藍(lán)莓抗寒品種資源匱乏的難題,相對于栽培種越橘,篤斯越橘是一種耐寒性強(qiáng)的野生藍(lán)莓,分布在中國的長白山地區(qū),耐冷到-50℃。所以,深入探究低溫暗培養(yǎng)下篤斯越橘生理機(jī)制和分子機(jī)制有望為現(xiàn)代越橘抗寒品種的選育技術(shù)提供理論基礎(chǔ),培育抗寒品種以減少低溫對越橘產(chǎn)業(yè)造成的損失。(1)隨著低溫脅迫的加深,篤斯和‘比洛克西’兩種越橘的生理指標(biāo)結(jié)果呈現(xiàn)以下不同程度的變化,其中相對電導(dǎo)率走勢:上升;MDA含量走勢:上升;脯氛酸含量走勢:升高→降低;可溶性糖含量走勢:上升;可溶性蛋白含量的整體走勢:增大→減小;SOD、POD、CAT活性走勢:總體上升高→降低的變化趨勢。通過兩種越橘生理指標(biāo)結(jié)果對比分析,篤斯越橘的抗寒性較強(qiáng)。(2)通過對篤斯越橘低溫暗培養(yǎng)下轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析得出,共有70489條(100%)匹配到數(shù)據(jù)庫,NR(42.72%),eggNOG(40.37%),GO(35.46%),Pfam(32.77%),KEGG(19.79%)。差異基因共有7239條,其中上調(diào)基因有3596條,下調(diào)基因有3643條。(3)通過對代謝組學(xué)的分析,得出正負(fù)離子模式高質(zhì)量物質(zhì)數(shù)目分別為10817和7353,處理組VT對比對照組樣品VC,其中差異代謝物在正離子模式上調(diào)的數(shù)目為32,下調(diào)為106;負(fù)離子模式中上調(diào)的數(shù)目為32,下調(diào)為73。代謝物進(jìn)行了篩選,根據(jù)相似度篩選原則及方差分析,正離子模式篩選出139種差異代謝物,負(fù)離子模式篩選出105種差異代謝物。其中,次生代謝產(chǎn)物的生物合成代謝通路中的差異代謝物最多。(4)通過對轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝組學(xué)的聯(lián)合數(shù)據(jù)分析,得出差異基因與差異代謝物共富集的代謝通路共有31個,其中植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo),氨基酸生物合成通路中存在的差異基因較多,分別為152和69。本研究認(rèn)為,植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo),氨基酸生物合成通路中的差異基因是今后重點(diǎn)研究關(guān)注的基因。
【學(xué)位授予單位】:東北農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S663.9
【圖文】:

路線圖,主要技術(shù),路線


主要技術(shù)路線

流程圖,信息分析,流程圖,代謝物


動態(tài)排除設(shè)置為 4 s。在采集過程中,對每 20 個樣品進(jìn)行了質(zhì)量為了評估整個采集過程中 LC-MS 的穩(wěn)定性,在每 10 個樣本后獲得一個質(zhì)量控樣本庫)。.2 信息分析流程獲得下機(jī)數(shù)據(jù)(原始數(shù)據(jù) rawdata)后,依次根據(jù)信息分析流程步驟對下機(jī)數(shù)如圖 2-1,信息分析流程,對質(zhì)譜下機(jī)原始數(shù)據(jù)利用 Proteowizard 的 MSConve換成可讀數(shù)據(jù) mzXML。利用 XCMS 軟件進(jìn)行峰提取,并做峰提取質(zhì)控。對提用 CAMERA 進(jìn)行加和離子注釋,然后利用 metaX 軟件進(jìn)行一級鑒定。分別使息進(jìn)行鑒定和質(zhì)譜二級信息與 in-house 標(biāo)準(zhǔn)品數(shù)據(jù)庫進(jìn)行匹配。候選鑒定物質(zhì)DB、KEGG 等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行代謝物注釋,解釋代謝物的物理化學(xué)性質(zhì)、生物功能 軟件對差異代謝物進(jìn)行定量、差異代謝物篩選。S 數(shù)據(jù)預(yù)處理,包括峰選、峰分組、保留時間校正、第二次峰分組、同位素的,使用 XCMS 軟件進(jìn)行。LC MS 原始數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)換成 mzXML 格式然后由 XC圖和 metaX 工具箱與 R 軟件實現(xiàn)。每個離子通過結(jié)合保留時間(RT)和 m/z 數(shù)錄每個峰值的強(qiáng)度,并建立一個三維矩陣,其中包含任意指定的峰值指數(shù)(保)、樣本名稱(觀測)和離子強(qiáng)度信息(變量)。

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本文編號:2730249


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