低溫暗培養(yǎng)下篤斯越橘代謝重組研究及轉(zhuǎn)錄組分析
【學(xué)位授予單位】:東北農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S663.9
【圖文】:
主要技術(shù)路線
動態(tài)排除設(shè)置為 4 s。在采集過程中,對每 20 個樣品進(jìn)行了質(zhì)量為了評估整個采集過程中 LC-MS 的穩(wěn)定性,在每 10 個樣本后獲得一個質(zhì)量控樣本庫)。.2 信息分析流程獲得下機(jī)數(shù)據(jù)(原始數(shù)據(jù) rawdata)后,依次根據(jù)信息分析流程步驟對下機(jī)數(shù)如圖 2-1,信息分析流程,對質(zhì)譜下機(jī)原始數(shù)據(jù)利用 Proteowizard 的 MSConve換成可讀數(shù)據(jù) mzXML。利用 XCMS 軟件進(jìn)行峰提取,并做峰提取質(zhì)控。對提用 CAMERA 進(jìn)行加和離子注釋,然后利用 metaX 軟件進(jìn)行一級鑒定。分別使息進(jìn)行鑒定和質(zhì)譜二級信息與 in-house 標(biāo)準(zhǔn)品數(shù)據(jù)庫進(jìn)行匹配。候選鑒定物質(zhì)DB、KEGG 等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行代謝物注釋,解釋代謝物的物理化學(xué)性質(zhì)、生物功能 軟件對差異代謝物進(jìn)行定量、差異代謝物篩選。S 數(shù)據(jù)預(yù)處理,包括峰選、峰分組、保留時間校正、第二次峰分組、同位素的,使用 XCMS 軟件進(jìn)行。LC MS 原始數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)換成 mzXML 格式然后由 XC圖和 metaX 工具箱與 R 軟件實現(xiàn)。每個離子通過結(jié)合保留時間(RT)和 m/z 數(shù)錄每個峰值的強(qiáng)度,并建立一個三維矩陣,其中包含任意指定的峰值指數(shù)(保)、樣本名稱(觀測)和離子強(qiáng)度信息(變量)。
【相似文獻(xiàn)】
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