【摘要】：為了明確三角梅轉(zhuǎn)錄組SSR總體特征、開發(fā)出適用于分子育種的SSR引物,篩選出和鑒定苞片差異表達(dá)基因,本實驗采用Illumina測序平臺對B.spectabilis cv‘Speciosa’不同發(fā)育時期的葉片、苞片,及初開期的花的轉(zhuǎn)錄組進行高通量測序。根據(jù)轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,采用MISA分析'Speciosa'轉(zhuǎn)錄組SSR位點信息,利用Primer 3設(shè)計引物,并選擇50對引物對6個不同種和雜交種三角梅進行可轉(zhuǎn)移性與多樣性分析。結(jié)果表明:在‘Speciosa’轉(zhuǎn)錄組中,共檢測出79 210個SSR位點,分布于60 318條Unigene中,出現(xiàn)頻率為44.91%。優(yōu)勢重復(fù)基序為單核苷酸、雙核苷酸,分別占總SSR位點的76.37%和13.26%。A/T和AG/CT分別是單核苷酸、雙核苷酸的優(yōu)勢重復(fù)基元,占總SSR重復(fù)類型的71.66%和6.77%。挑選的50對引物中,有42對引物可以擴增到清晰穩(wěn)定的目標(biāo)條帶,有效擴增率為84.00%,不同品種間的平均可轉(zhuǎn)移率為85.86%;其中33對引物具有多態(tài)性,平均He和PIC分別為0.5548和0.4603。為實現(xiàn)三角梅種質(zhì)創(chuàng)新的目的,誘導(dǎo)足夠的愈傷組織,在組培水平上誘導(dǎo)多倍體育種做鋪墊,實驗取B.glabra cv‘Singerpore Pink’、B.specto-peruviana cv‘Mrs Butt’的幼嫩莖段、葉片,B.glabra cv‘Formosa’、B.spectabis cv‘Speciosa’播種兩周后長出的下胚軸和子葉,以MS為基本培養(yǎng)基,設(shè)計不同激素水平的培養(yǎng)基加以比較,篩選出愈傷組織長勢良好的生長素和細(xì)胞分裂素的最優(yōu)配比,用最適的培養(yǎng)基繼續(xù)增殖以獲得足夠的愈傷組織。結(jié)果表明,三角梅莖段與下胚軸更適合作為外植體來誘導(dǎo)愈傷組織。其中,適宜‘Singerpore Pink’莖段愈傷組織的培養(yǎng)基為MS+NAA0.2mg/L+6-BA1.0mg/L,適宜‘Mrs Butt'的莖段愈傷組織的培養(yǎng)基為MS+NAA0.2mg/L+6-BA0.5-1.0mg/L;適宜'Formosa'下胚軸愈傷組織培養(yǎng)基為 MS+IBA 0.1mg/L+6-BA 2.Omg/L。尚未發(fā)現(xiàn)適宜'Speciosa'下胚軸愈傷組織的培養(yǎng)基。
【圖文】：

諾禾致源科技股份有限公司進行轉(zhuǎn)錄組測序，以期明確遺傳信息。逡逑２．１．２建庫測序逡逑樣品上機測序前需經(jīng)過樣品檢驗、建庫、測序等環(huán)節(jié)，具體流程圖見圖２－１：逡逑ｆ邋Ｔｏｔａｌ邋品檢測」逡逑ｎｉＲＮＡ富篥逡逑雙鏈ｃＤＮＡ合成逡逑末端修復(fù)加Ａ和接頭逡逑＿邋＿ｖ邋邋邋．．．＂邋邋以ｗ．＇．．邋邋邋逡逑片段選擇和ＰＣＫ竄集逡逑邐邐邐邐；邋邐邐邐邋ｖ逡逑文庫質(zhì)量檢測逡逑Ｉｌｌｕｍｉｎａ邋ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ逡逑圖２－１測序流程圖逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋２－１邋Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ邋ｆｌｏｗｃｈａｒｔ逡逑２．１．３文庫構(gòu)建及庫檢逡逑樣品檢測合格后，先富集真核生物ｍＲＮＡ。隨后將ｍＲＮＡ打斷成短片段，以逡逑ｍＲＮＡ為模板，，合成并純化雙鏈ｃＤＮＡ。之后對ＰＣＲ產(chǎn)物進行擴增并純化，以建立逡逑最終的文庫。在文庫成功構(gòu)建之后，先使用Ｑｕｂｉｔ２．０進行初步定量，稀釋文庫至逡逑１．５ｎｇ／ｕｌ，隨后使用Ａｇｉｌｅｎｔ邋２１００對文庫的ｉｎｓｅｒｔ邋ｓｉｚｅ進行檢測，檢測結(jié)果符合預(yù)期后逡逑８逡逑

測序后獲得大量數(shù)據(jù)信息，對獲得的數(shù)據(jù)要進行生物信息分析，從而獲得所需的數(shù)據(jù)逡逑信息，分析包括原始測序數(shù)據(jù)處理，測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，轉(zhuǎn)錄本拼接，功能注釋等內(nèi)容，逡逑具體信息分析流程見圖２－２。逡逑Ｋ始n甲數(shù)指逡逑測＊數(shù)據(jù)圿■評估逡逑轉(zhuǎn)錄本拼接逡逑ＳＮＰ和ＩｎＤｅｌ分析逡逑功能分類注釋邐Ｃｏｉｓｅｔ逡逑ＳＳＲ分析逡逑ＣＤＳ預(yù)測邐０考字列比對分析逡逑基因表達(dá)好}逡逑邐ｉ邐逡逑差異表達(dá)基因分析逡逑ＧＯ富集分析邋ＫＥＧＧ畜集分析邐ＰＰＩ分析逡逑圖２－２生物信息分析流程逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋２－２邋Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ邋ａｎａｌｙｓｉｓ邋ｐｒｏｃｅｓｓ逡逑２．１．５．１測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估逡逑利用ＣＡＳＡＶＡ堿基對Ｉｌｌｕｍｉｎａ下機后給出的原始圖像數(shù)據(jù)文件進行識別分析后逡逑獲得原始測序數(shù)據(jù)，原始測序數(shù)據(jù)以ＦＡＳＴＱ的文件格式存儲；該測序單次運行能夠逡逑產(chǎn)生數(shù)十億級的ｒｅａｄｓ，由于原始測序數(shù)據(jù)量巨大，需要運用統(tǒng)計學(xué)的方法，對所測逡逑的序列進行統(tǒng)計和質(zhì)量控制。逡逑測序數(shù)據(jù)質(zhì)控主要包括三部分：１．測序錯誤率分布檢查，從而提高數(shù)據(jù)的整體質(zhì)逡逑量及可靠性；２．邋Ａ／Ｔ／Ｇ／Ｃ含量分布檢測以排除ＡＴ
【學(xué)位授予單位】：海南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：S685.99

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2652934