長牡蠣又稱太平洋牡蠣，屬軟體動物門、瓣鰓綱、珍珠貝目、牡蠣科、巨蠣屬，廣泛分布于中國，韓國和日本的沿海，是一種廣溫、廣鹽性的內(nèi)灣貝類。它是世界上最重要的海水養(yǎng)殖貝類之一，也是我國目前重要的海水養(yǎng)殖主導(dǎo)種類。單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms, SNP)是當(dāng)前最具潛力的分子遺傳標(biāo)記，遍布整個基因組，具有密度高，共顯性，能穩(wěn)定遺傳且易自動化檢測的優(yōu)點(diǎn),是研究遺傳學(xué)和基因組學(xué)的理想分子標(biāo)記。目前，利用EST數(shù)據(jù)庫來進(jìn)行突變位點(diǎn)的篩查是開發(fā)SNP標(biāo)記的重要途徑。高分辨率熔解曲線(Highresolution melting, HRM)是一種高效的突變篩查與基因分型技術(shù)，具有簡單、精確及低成本等特點(diǎn)。本研究利用HRM技術(shù)開發(fā)長牡蠣EST-SNP標(biāo)記，并對SNP在家系分析和物種鑒定中的應(yīng)用進(jìn)行了探討，為今后牡蠣的高密度遺傳圖譜構(gòu)建，種群結(jié)構(gòu)分析，生物多樣性保護(hù)和分子標(biāo)記輔助育種等遺傳學(xué)研究提供了基礎(chǔ)資料。 1.長牡蠣SNP標(biāo)記的開發(fā) 通過檢索EST序列庫，經(jīng)過進(jìn)一步的人工比對篩選，得到5781個EST簇和48796個候選SNP位點(diǎn)。隨機(jī)挑選150個...

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖2-1PCR反應(yīng)程序Figure2-1TheprotocolofPCR

引物用于下一步的HRM分析。反應(yīng)采用10μl體系，具體見表2-1，PCR反應(yīng)程序如下圖2-1。表2-1PCR反應(yīng)體系Table2-1ThestockforPCR成分體積（μl）10×PCRbuffer1MgCl20.6dNTP0.8Taq....

圖2-2HRM反應(yīng)程序Figure2-2TheprotocolofHRM

19圖2-2HRM反應(yīng)程序Figure2-2TheprotocolofHRM擴(kuò)增結(jié)束后，程序自動運(yùn)行高分辨率熔解曲線程序，設(shè)定軟件收集60℃—95℃之間的數(shù)據(jù)，每升高1℃采集熒光25次，升溫速率設(shè)定為0.1℃/S，以滿足對單堿基差異的區(qū)分。采集數(shù)據(jù)在L....

圖2藍(lán)色2-3.SNP位點(diǎn)色曲線代表純點(diǎn)jy06（T/A純合體，表示）經(jīng)對數(shù)轉(zhuǎn)換示該擴(kuò)增序列

圖2藍(lán)色Fig2jy02-3.SNP位點(diǎn)色曲線代表純2-3Normaliz06showingtwnoSNP;red點(diǎn)jy06（T/A純合體，表示zedandshiftewodifferentpcurvesrepre）經(jīng)對數(shù)轉(zhuǎn)換示該擴(kuò)增序列增序edh....

圖2藍(lán)色2-4SNP位點(diǎn)色和綠色曲線

圖2藍(lán)色Fig2jy02-3.SNP位點(diǎn)色曲線代表純2-3Normaliz06showingtwnoSNP;red點(diǎn)jy06（T/A純合體，表示zedandshiftewodifferentpcurvesrepre）經(jīng)對數(shù)轉(zhuǎn)換示該擴(kuò)增序列增序edh....

本文編號：4037386