發(fā)布時間：2025-01-15 09:40

　　 以基于酶切的簡化基因組測序技術(GBS),測定了福建省南平市、三明市和龍巖市地區(qū)野生棘胸蛙Rana spinosa子一代3齡蛙群體66份樣本的全基因組DNA,依據(jù)SNP的基因分型結果,采用鄰近法構建系統(tǒng)演化樹和主成分分析,以探究福建內(nèi)陸山區(qū)棘胸蛙群體的遺傳多樣性。共獲得66.79 Gb的測序數(shù)據(jù),平均每個樣本測序數(shù)據(jù)為1.01 Gb,經(jīng)過篩選條件過濾,最后共獲得8 615個高質量的SNP位點,其中以龍巖群體的SNP最多,為3 589個,南平群體的SNP最少,為2 153個,說明不同地區(qū)棘胸蛙群體SNP數(shù)存在較大差異。利用系統(tǒng)發(fā)生樹分析結果表明,在3個棘胸蛙群體中,南平群體能聚為一類,三明和龍巖群體未能明確分類。主成分分析結果表明,3個群體的區(qū)分度不明顯,雖然在聚類時呈現(xiàn)一定程度的分化,但未形成一定的地理隔離。福建棘胸蛙群體之間存在大量的SNP。該研究可為棘胸蛙的識別和進化提供依據(jù),為更好地保護與利用棘胸蛙種質資源提供參考。

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【部分圖文】：

圖2 三個棘胸蛙群體NJ系統(tǒng)進化樹

根據(jù)個體水平的遺傳距離對3個棘胸蛙群體進行主成分分析（圖3）。由圖3可知，3個地區(qū)的棘胸蛙群體區(qū)分度不明顯，群體遺傳差異不顯著。圖3三個棘胸蛙群體的PCA分析

圖1 棘胸蛙部分樣本提取的DNA凝膠檢測

2.3比對與SNP檢測以非洲爪蟾為參考基因組，應用BWA軟件將所有的測序數(shù)據(jù)比對到參考基因組上。其基因組大小為2734636505bp，有效基因組大小為2408724787bp（參考序列中不含N），參考基因組GC含量為34.34%。所有樣本的比對率介于58.40....

圖3 三個棘胸蛙群體的PCA分析

圖2三個棘胸蛙群體NJ系統(tǒng)進化樹3討論

本文編號：4027217