團(tuán)頭魴(Megahbrama amblycephala Yih),俗稱武昌魚,屬硬骨魚綱、鯉形目、鯉科、鲌亞科。自然分布區(qū)域狹窄,原產(chǎn)僅在長(zhǎng)江中游的一些通江湖泊,如湖北省的梁子湖、淤泥湖和江西的鄱陽湖等。由于其獨(dú)特的文化元素以及具有草食性、成活率高、生長(zhǎng)較快、抗病力強(qiáng)、含肉率高及營(yíng)養(yǎng)價(jià)值較高等優(yōu)點(diǎn),在20世紀(jì)60年代己確認(rèn)為一種優(yōu)良養(yǎng)殖魚類。目前已經(jīng)推廣到全國(guó)各地飼養(yǎng),成為我國(guó)池塘和網(wǎng)箱養(yǎng)殖的主要或者混養(yǎng)魚類之一。由于人工繁殖的成功突破和養(yǎng)殖馴化水平的不斷提高,在2010年團(tuán)頭魴在我國(guó)的養(yǎng)殖產(chǎn)量已經(jīng)達(dá)到652,215t(CAFS,2010)。然而,隨著養(yǎng)殖馴化過程中的近親繁殖、野生資源的過度捕撈以及生存環(huán)境的破壞,團(tuán)頭魴的種質(zhì)資源己經(jīng)受到了嚴(yán)重的威脅。團(tuán)頭魴的養(yǎng)殖群體逐漸出現(xiàn)了生長(zhǎng)減緩、體型變長(zhǎng)變薄、抗病力差和性成熟個(gè)體變小等問題。 目前團(tuán)頭魴分子遺傳基礎(chǔ)薄弱、基因序列和分子標(biāo)記資源匱乏、遺傳育種理論尚不成熟,嚴(yán)重影響團(tuán)頭魴遺傳育種計(jì)劃的開展。為了更加有效地開展團(tuán)頭魴先進(jìn)的育種計(jì)劃,盡快培育出優(yōu)良品種,本論文從團(tuán)頭魴轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序入手,開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)記,構(gòu)建親子鑒定技術(shù)平臺(tái),并在此...

【文章頁數(shù)】：155 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序技術(shù)
        1.1 轉(zhuǎn)錄組
        1.2 轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序技術(shù)
    2 水產(chǎn)動(dòng)物育種技術(shù)
        2.1 傳統(tǒng)育種技術(shù)
        2.2 分子標(biāo)記輔助育種
    3 微衛(wèi)星標(biāo)記及其在水產(chǎn)動(dòng)物育種中的應(yīng)用
        3.1 群體遺傳學(xué)研究
        3.2 親緣關(guān)系鑒定和譜系分析
        3.3 構(gòu)建遺傳連鎖圖譜和QTL定位
    4 數(shù)量遺傳學(xué)及在水產(chǎn)育種中的應(yīng)用
        4.1 數(shù)量性狀
        4.2 遺傳力(heritability)和遺傳相關(guān)(genetic correlation)
        4.3 育種值(breeding value)
        4.4 雜交優(yōu)勢(shì)(heterosis)與配合力(combining ability)
    5 團(tuán)頭魴遺傳育種研究進(jìn)展
    6 本研究的主要內(nèi)容、目的和意義
第二章 基于454 GS FLX高通量測(cè)序的團(tuán)頭魴轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
    1 材料和方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 主要試劑
        1.3 主要儀器
        1.4 RNA的提取和質(zhì)量檢測(cè)
        1.5 cDNA合成和擴(kuò)增
        1.6 cDNA文庫均一化
        1.7 樣品準(zhǔn)備與高通量測(cè)序
        1.8 序列拼接
        1.9 功能注釋、基因分類和代謝途徑分析
        1.10 微衛(wèi)星序列(SSR)和單核苷酸多態(tài)性(SNP)查找和分析
    2 結(jié)果
        2.1 高質(zhì)量RNA的提取和454轉(zhuǎn)錄組文庫的構(gòu)建
        2.2 454焦磷酸測(cè)序
        2.3 拼接
        2.4 開放閱讀框(ORF)查找
        2.5 基因鑒定和注釋
        2.6 比較分析
        2.7 微衛(wèi)星(SSR)分布特征
        2.8 單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記鑒定
    3 討論
    小結(jié)
第三章 團(tuán)頭魴EST-SSR的開發(fā)及多重PCR的構(gòu)建
    1 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 主要試劑
        1.3 主要儀器
        1.4 團(tuán)頭魴基因組DNA的制備
        1.5 團(tuán)頭魴微衛(wèi)星引物設(shè)計(jì)
        1.6 PCR擴(kuò)增
        1.7 聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)
        1.8 數(shù)據(jù)處理和分析
        1.9 團(tuán)頭魴微衛(wèi)星多重PCR體系的篩選
        1.10 淤泥湖群體遺傳多樣性分析
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 基因組DNA的提取結(jié)果
        2.2 微衛(wèi)星引物篩選結(jié)果
        2.3 微衛(wèi)星多重PCR體系構(gòu)建
        2.4 淤泥湖野生群體遺傳多樣性分析
    3 討論
    小結(jié)
第四章 團(tuán)頭魴微衛(wèi)星親子鑒定平臺(tái)構(gòu)建
    1 材料和方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 主要實(shí)驗(yàn)儀器和試劑
        1.3 樣品采集
        1.4 DNA提取
        1.5 微衛(wèi)星PCR擴(kuò)增
        1.6 微衛(wèi)星基因型分型
        1.7 計(jì)算機(jī)模擬分析
        1.8 分養(yǎng)家系的親子鑒定分析
        1.9 混合家系的親子鑒定分析
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 親本和子代的基因型分析
        2.2 計(jì)算機(jī)模擬分析
        2.3 單養(yǎng)家系的親子鑒定
        2.4 混養(yǎng)家系的親子鑒定
    3 討論
    小結(jié)
第五章 團(tuán)頭魴不同地理群體間雜交優(yōu)勢(shì)和配合力分析
    1 材料和方法
        1.1 團(tuán)頭魴野生群體親本收集
        1.2 人工繁殖
        1.3 團(tuán)頭魴子代飼養(yǎng)和數(shù)據(jù)測(cè)量
        1.4 微衛(wèi)星基因型分型
        1.5 雜交優(yōu)勢(shì)和配合力分析
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 團(tuán)頭魴F₁代親緣關(guān)系鑒定
        2.2 團(tuán)頭魴親本群體遺傳多樣性分析
        2.3 團(tuán)頭魴F₁代優(yōu)良家系篩選
        2.4 團(tuán)頭魴群體雜交優(yōu)勢(shì)分析
        2.5 3個(gè)群體生長(zhǎng)性狀配合力分析
        2.6 團(tuán)頭魴不同地里群體間的雜交優(yōu)勢(shì)分析
    3 討論
    小結(jié)
第六章 團(tuán)頭魴F₁代20月齡生長(zhǎng)性狀的遺傳參數(shù)
    1 材料與方法
        1.1 家系的構(gòu)建
        1.2 子代培育與生長(zhǎng)性狀數(shù)據(jù)測(cè)量與分析
        1.3 微衛(wèi)星基因型分型和親子鑒定
        1.4 遺傳參數(shù)估計(jì)
        1.5 單性狀育種值估計(jì)
        1.6 綜合育種值估計(jì)
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 親子鑒定結(jié)果與子代生長(zhǎng)
        2.2 遺傳參數(shù)估計(jì)
        2.3 育種值估計(jì)
        2.4 綜合育種值估計(jì)
    3 討論
    小結(jié)
第七章 親本對(duì)子代生長(zhǎng)快和生長(zhǎng)慢群體的貢獻(xiàn)
    1 材料與方法
        1.1 繁殖策略和子代飼養(yǎng)
        1.2 樣品采集和數(shù)據(jù)測(cè)量
        1.3 微衛(wèi)星親子鑒定
        1.4 數(shù)據(jù)分析
        1.5 有效群體數(shù)量(Ne)
        1.6 親本對(duì)子代生長(zhǎng)快和慢群體的貢獻(xiàn)
        1.7 親本育種值估計(jì)
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 親子鑒定結(jié)果
        2.2 生長(zhǎng)快和生長(zhǎng)慢群體的生長(zhǎng)表現(xiàn)和遺傳特征
        2.3 有效群體數(shù)量
        2.4 親本對(duì)生長(zhǎng)快和慢群體的貢獻(xiàn)及優(yōu)良親本的選擇
        2.5 中選親本育種值分析
    3 討論
    小結(jié)
本論文的主要研究結(jié)果及創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄一 實(shí)驗(yàn)室常用試劑、緩沖液的配制方法
附錄二 團(tuán)頭魴454高通量測(cè)序數(shù)據(jù)儲(chǔ)存列表
附錄三 團(tuán)頭魴92個(gè)多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記詳細(xì)信息
附錄四 攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表論文和授權(quán)專利
附錄五 攻讀博士學(xué)位期間所獲得獎(jiǎng)勵(lì)與榮譽(yù)
致謝



本文編號(hào)：4014236