團頭魴(Megahbrama amblycephala Yih),俗稱武昌魚,屬硬骨魚綱、鯉形目、鯉科、鲌亞科。自然分布區(qū)域狹窄,原產(chǎn)僅在長江中游的一些通江湖泊,如湖北省的梁子湖、淤泥湖和江西的鄱陽湖等。由于其獨特的文化元素以及具有草食性、成活率高、生長較快、抗病力強、含肉率高及營養(yǎng)價值較高等優(yōu)點,在20世紀60年代己確認為一種優(yōu)良養(yǎng)殖魚類。目前已經(jīng)推廣到全國各地飼養(yǎng),成為我國池塘和網(wǎng)箱養(yǎng)殖的主要或者混養(yǎng)魚類之一。由于人工繁殖的成功突破和養(yǎng)殖馴化水平的不斷提高,在2010年團頭魴在我國的養(yǎng)殖產(chǎn)量已經(jīng)達到652,215t(CAFS,2010)。然而,隨著養(yǎng)殖馴化過程中的近親繁殖、野生資源的過度捕撈以及生存環(huán)境的破壞,團頭魴的種質(zhì)資源己經(jīng)受到了嚴重的威脅。團頭魴的養(yǎng)殖群體逐漸出現(xiàn)了生長減緩、體型變長變薄、抗病力差和性成熟個體變小等問題。 目前團頭魴分子遺傳基礎(chǔ)薄弱、基因序列和分子標記資源匱乏、遺傳育種理論尚不成熟,嚴重影響團頭魴遺傳育種計劃的開展。為了更加有效地開展團頭魴先進的育種計劃,盡快培育出優(yōu)良品種,本論文從團頭魴轉(zhuǎn)錄組高通量測序入手,開發(fā)微衛(wèi)星標記,構(gòu)建親子鑒定技術(shù)平臺,并在此...

【文章頁數(shù)】：155 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
第一章 文獻綜述
    1 轉(zhuǎn)錄組高通量測序技術(shù)
        1.1 轉(zhuǎn)錄組
        1.2 轉(zhuǎn)錄組高通量測序技術(shù)
    2 水產(chǎn)動物育種技術(shù)
        2.1 傳統(tǒng)育種技術(shù)
        2.2 分子標記輔助育種
    3 微衛(wèi)星標記及其在水產(chǎn)動物育種中的應用
        3.1 群體遺傳學研究
        3.2 親緣關(guān)系鑒定和譜系分析
        3.3 構(gòu)建遺傳連鎖圖譜和QTL定位
    4 數(shù)量遺傳學及在水產(chǎn)育種中的應用
        4.1 數(shù)量性狀
        4.2 遺傳力(heritability)和遺傳相關(guān)(genetic correlation)
        4.3 育種值(breeding value)
        4.4 雜交優(yōu)勢(heterosis)與配合力(combining ability)
    5 團頭魴遺傳育種研究進展
    6 本研究的主要內(nèi)容、目的和意義
第二章 基于454 GS FLX高通量測序的團頭魴轉(zhuǎn)錄組學研究
    1 材料和方法
        1.1 實驗材料
        1.2 主要試劑
        1.3 主要儀器
        1.4 RNA的提取和質(zhì)量檢測
        1.5 cDNA合成和擴增
        1.6 cDNA文庫均一化
        1.7 樣品準備與高通量測序
        1.8 序列拼接
        1.9 功能注釋、基因分類和代謝途徑分析
        1.10 微衛(wèi)星序列(SSR)和單核苷酸多態(tài)性(SNP)查找和分析
    2 結(jié)果
        2.1 高質(zhì)量RNA的提取和454轉(zhuǎn)錄組文庫的構(gòu)建
        2.2 454焦磷酸測序
        2.3 拼接
        2.4 開放閱讀框(ORF)查找
        2.5 基因鑒定和注釋
        2.6 比較分析
        2.7 微衛(wèi)星(SSR)分布特征
        2.8 單核苷酸多態(tài)性(SNP)標記鑒定
    3 討論
    小結(jié)
第三章 團頭魴EST-SSR的開發(fā)及多重PCR的構(gòu)建
    1 實驗材料與方法
        1.1 實驗材料
        1.2 主要試劑
        1.3 主要儀器
        1.4 團頭魴基因組DNA的制備
        1.5 團頭魴微衛(wèi)星引物設(shè)計
        1.6 PCR擴增
        1.7 聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)
        1.8 數(shù)據(jù)處理和分析
        1.9 團頭魴微衛(wèi)星多重PCR體系的篩選
        1.10 淤泥湖群體遺傳多樣性分析
    2 實驗結(jié)果
        2.1 基因組DNA的提取結(jié)果
        2.2 微衛(wèi)星引物篩選結(jié)果
        2.3 微衛(wèi)星多重PCR體系構(gòu)建
        2.4 淤泥湖野生群體遺傳多樣性分析
    3 討論
    小結(jié)
第四章 團頭魴微衛(wèi)星親子鑒定平臺構(gòu)建
    1 材料和方法
        1.1 實驗材料
        1.2 主要實驗儀器和試劑
        1.3 樣品采集
        1.4 DNA提取
        1.5 微衛(wèi)星PCR擴增
        1.6 微衛(wèi)星基因型分型
        1.7 計算機模擬分析
        1.8 分養(yǎng)家系的親子鑒定分析
        1.9 混合家系的親子鑒定分析
    2 實驗結(jié)果
        2.1 親本和子代的基因型分析
        2.2 計算機模擬分析
        2.3 單養(yǎng)家系的親子鑒定
        2.4 混養(yǎng)家系的親子鑒定
    3 討論
    小結(jié)
第五章 團頭魴不同地理群體間雜交優(yōu)勢和配合力分析
    1 材料和方法
        1.1 團頭魴野生群體親本收集
        1.2 人工繁殖
        1.3 團頭魴子代飼養(yǎng)和數(shù)據(jù)測量
        1.4 微衛(wèi)星基因型分型
        1.5 雜交優(yōu)勢和配合力分析
    2 實驗結(jié)果
        2.1 團頭魴F₁代親緣關(guān)系鑒定
        2.2 團頭魴親本群體遺傳多樣性分析
        2.3 團頭魴F₁代優(yōu)良家系篩選
        2.4 團頭魴群體雜交優(yōu)勢分析
        2.5 3個群體生長性狀配合力分析
        2.6 團頭魴不同地里群體間的雜交優(yōu)勢分析
    3 討論
    小結(jié)
第六章 團頭魴F₁代20月齡生長性狀的遺傳參數(shù)
    1 材料與方法
        1.1 家系的構(gòu)建
        1.2 子代培育與生長性狀數(shù)據(jù)測量與分析
        1.3 微衛(wèi)星基因型分型和親子鑒定
        1.4 遺傳參數(shù)估計
        1.5 單性狀育種值估計
        1.6 綜合育種值估計
    2 實驗結(jié)果
        2.1 親子鑒定結(jié)果與子代生長
        2.2 遺傳參數(shù)估計
        2.3 育種值估計
        2.4 綜合育種值估計
    3 討論
    小結(jié)
第七章 親本對子代生長快和生長慢群體的貢獻
    1 材料與方法
        1.1 繁殖策略和子代飼養(yǎng)
        1.2 樣品采集和數(shù)據(jù)測量
        1.3 微衛(wèi)星親子鑒定
        1.4 數(shù)據(jù)分析
        1.5 有效群體數(shù)量(Ne)
        1.6 親本對子代生長快和慢群體的貢獻
        1.7 親本育種值估計
    2 實驗結(jié)果
        2.1 親子鑒定結(jié)果
        2.2 生長快和生長慢群體的生長表現(xiàn)和遺傳特征
        2.3 有效群體數(shù)量
        2.4 親本對生長快和慢群體的貢獻及優(yōu)良親本的選擇
        2.5 中選親本育種值分析
    3 討論
    小結(jié)
本論文的主要研究結(jié)果及創(chuàng)新點
參考文獻
附錄一 實驗室常用試劑、緩沖液的配制方法
附錄二 團頭魴454高通量測序數(shù)據(jù)儲存列表
附錄三 團頭魴92個多態(tài)性微衛(wèi)星標記詳細信息
附錄四 攻讀博士學位期間發(fā)表論文和授權(quán)專利
附錄五 攻讀博士學位期間所獲得獎勵與榮譽
致謝



本文編號：4014236