本文以芮氏刻肋海膽和哈氏刻肋海膽為研究對(duì)象，利用線粒體基因組全序?qū)@兩種海膽進(jìn)行比較研究，同時(shí)從線粒體基因組的方面討論其海膽綱中9種海膽的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和遺傳分化。本研究成果為海膽的線粒體基因組數(shù)據(jù)提供了基礎(chǔ)資料，為海膽分類學(xué)提供了分子依據(jù)。 線粒體基因組全序測(cè)定方面，以long-PCR結(jié)合常規(guī)PCR方法設(shè)計(jì)了17對(duì)引物和10對(duì)檢測(cè)引物，采用步移法測(cè)定了兩種刻肋海膽的線粒體基因組全序列，其中芮氏刻肋海膽基因組長度為15696bp，哈氏刻肋海膽為15710bp。刻肋海膽的基因組結(jié)構(gòu)與棘皮動(dòng)物門的大多數(shù)已知序列種一致，包括22個(gè)tRNA、2個(gè)rRna、13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因以及非編碼區(qū)，排列順序也與棘皮動(dòng)物一致；堿基含量方面，刻肋海膽線粒體基因組兩條鏈上有明顯的AT偏倚；兩種刻肋海膽同源蛋白質(zhì)基因的長度（除COX1）和順序相同，大多數(shù)基因用標(biāo)準(zhǔn)密碼子ATG,少數(shù)使用GTG作為起始密碼子；兩種刻肋海膽的核糖體RNA長度相同，且表現(xiàn)出較高的保守性；兩種刻肋海膽的輕鏈復(fù)制起始區(qū)OL均能形成穩(wěn)定的莖環(huán)二級(jí)結(jié)構(gòu)。 系統(tǒng)發(fā)育方面，采用線粒體基因全序列、蛋白質(zhì)編碼基因聯(lián)合、tRNA聯(lián)合、rRNA聯(lián)合對(duì)9種海...

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 前言
    1.1 海膽綱研究背景
    1.2 系統(tǒng)發(fā)育學(xué)概述
        1.2.1 系統(tǒng)發(fā)育學(xué)之產(chǎn)生與發(fā)展
        1.2.2 系統(tǒng)發(fā)育學(xué)研究方法
    1.3 刻肋海膽科的形態(tài)特征及種群分布特征
    1.4 線粒體 DNA 的特征及線粒體全基因組應(yīng)用
        1.4.1 線粒體 DNA 的特征
        1.4.2 線粒體 DNA 以及線粒體全基因組在海膽研究中的應(yīng)用
    1.5 本研究的目的和意義
2 刻肋海膽科兩種種刻肋海膽線粒體基因組全序測(cè)定
    2.1 材料與方法
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 DNA 模版的提取
        2.2.2 PCR 引物的設(shè)計(jì)
        2.2.3 PCR 擴(kuò)增
        2.2.4 PCR 產(chǎn)物檢測(cè)與純化
        2.2.5 測(cè)序
    2.3 數(shù)據(jù)分析
3 兩種刻肋海膽線粒體基因組結(jié)構(gòu)組成分析
    3.1 兩種刻肋海膽基因組成
    3.2 兩種刻肋海膽線粒體基因組堿基構(gòu)成分析
        3.2.1 蛋白質(zhì)編碼基因（CDS）
        3.2.2 tRNA
        3.2.3 rRNA
        3.2.4 非編碼區(qū)
    3.3 兩種刻肋海膽線粒體基因組各片段比較分析
        3.3.1 蛋白質(zhì)編碼基因
        3.3.2 tRNA 序列分析
        3.3.3 核糖體 RNA 結(jié)構(gòu)分析
4 基于線粒體基因組全序列以及各基因片段的系統(tǒng)發(fā)育分析
    4.1 基于線粒體基因組全序列的系統(tǒng)發(fā)育分析
    4.2 基于線粒體基因組蛋白質(zhì)編碼序列的系統(tǒng)發(fā)育分析
    4.3 基于線粒體基因組核糖體 RNA 的系統(tǒng)發(fā)育分析
    4.4 基于線粒體基因組 tRNA 的系統(tǒng)發(fā)育分析
5 關(guān)于棘皮動(dòng)物門已知線粒體基因組全序的分析
    5.1 棘皮動(dòng)物基因重排
    5.2 棘皮動(dòng)物門線粒體基因組變異位點(diǎn)分析
    5.3 系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系分析
6 總結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷及發(fā)表的學(xué)術(shù)論文



本文編號(hào)：3792610