對紅螯螯蝦轉錄組測序數(shù)據(jù)進行分析,并開發(fā)引物通過PCR擴增和毛細管電泳檢測,進行了引物多態(tài)性和通用性分析。從67 369條Unigenes中共檢測到22 727個簡單重復序列(SSR)位點,并對包含SSR序列的Unigenes進行功能注釋。結果表明,紅螯螯蝦轉錄組中微衛(wèi)星序列的類型較為豐富,其中二核苷酸和三核苷酸重復類型出現(xiàn)頻率較多,分別占總SSR出現(xiàn)頻率的52.67%和44.25%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重復類型出現(xiàn)頻率較少,分別占總SSR出現(xiàn)頻率的2.62%、0.23%和0.24%。SSR重復類型共有68種,其重復次數(shù)的范圍為5～84次。篩選出SSR引物5對,對浙江本地及臺灣2個群體的60個樣品進行遺傳多樣性分析,每對引物平均產(chǎn)生5.6個多態(tài)性片段。本研究結果為深入開發(fā)紅螯螯蝦功能性SSR標記奠定了基礎,也為開展紅螯螯蝦分子標記輔助選育提供支持。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 轉錄組數(shù)據(jù)的獲得
    1.3 SSR位點搜索和引物設計
    1.4 SSR-PCR擴增及產(chǎn)物檢測
    1.5 數(shù)據(jù)分析
2 結果與分析
    2.1 轉錄組中SSR的分布及結構特點
    2.2 轉錄組中SSR重復類型和頻率特征
    2.3 轉錄組中SSR重復次數(shù)
    2.4 SSR引物篩選及驗證
    2.5 SSR多態(tài)性分析
3 小結與討論
    3.1 SSR位點出現(xiàn)頻率與其他物種的比較
    3.2 轉錄組篩選紅螯螯蝦SSR引物可行且有意義



本文編號：3788794