魚類是進化較早的脊椎動物，由于其特殊的進化地位，已成為分析低等和高等脊椎動物間先天免疫和適應性免疫機制差異的理想類群。先天性免疫對魚類的生存尤為重要，它能通過模式識別受體來識別異己成分。Toll樣受體9（Toll-like receptor, TLR9）作為模式識別受體能夠識別微生物上未甲基化的CpG寡核苷酸基序，被認為能與其配體經(jīng)歷協(xié)同進化。因此，我們在無脊椎動物和脊椎動物中檢索了TLR9基因進行進化分析。枝點模型在脊椎動物、魚類及鱸形目魚類的祖先枝上找到了正選擇位點，然而在哺乳動物的祖先枝上卻沒有發(fā)現(xiàn)，表明存在于水生和陸生環(huán)境中的不同病原微生物促使水生和陸生動物改變了它們的基因去適應所處的環(huán)境。位點模型顯示了現(xiàn)存哺乳類的TLR9基因經(jīng)歷了正選擇。而現(xiàn)存魚類的正選擇只發(fā)生鱸形目中，共發(fā)現(xiàn)14個正選擇位點。其中，2個位點位于亮氨酸重復序列（leucine-rich repeats, LRR）的氨基酸插入片段上，該區(qū)域負責結合DNA；3個位點位于能夠影響TLR折疊的凸面；6個位點位于包含TLR配體結合位點的β-折疊凹面。在其它最大似然法（ML）中，我們檢測出了3個與M8模型檢測結果相同的... 

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1.1 自然選擇與分子進化
    1.2 Toll 樣受體 TLR9 的研究進展
        1.2.1 TLR9 識別配體 CpG 寡脫氧核苷酸
        1.2.2 TLR9 的結構
        1.2.3 TLR9 的信號轉導途徑
        1.2.4 魚類 TLR9 基因的研究進展
    1.3 轉鐵蛋白受體 TfR1 和 TfR2 的研究進展
        1.3.1 TfR1 的結構與功能
        1.3.2 TfR1 的表達與調控
        1.3.3 TfR2 的結構與功能
        1.3.4 TfR2 的表達與調控
        1.3.5 魚類轉鐵蛋白受體的研究進展
第二章 魚類 TLR9 基因的分子進化研究
    2.1 材料與方法
        2.1.1 基因數(shù)據(jù)采集及比對
        2.1.2 選擇最優(yōu)核苷酸替代模型
        2.1.3 重建系統(tǒng)發(fā)生樹
        2.1.4 分子進化分析
    2.2 結果與分析
        2.2.1 TLR9 基因系統(tǒng)發(fā)生樹的構建
        2.2.2 脊椎動物、魚類及鱸形目 TLR9 基因祖先枝上的正選擇
        2.2.3 現(xiàn)存哺乳動物和鱸形目 TLR9 基因的正選擇
        2.2.4 鱸形目 TLR9 基因的序列結構
        2.2.5 鱸形目魚類 TLR9 的 LRR 結構域上的正選擇位點
    2.3 討論
第三章 魚類 TfR1 基因的分子進化研究
    3.1 材料和方法
        3.1.1 基因序列的采集
        3.1.2 序列比對及系統(tǒng)樹構建
        3.1.3 分子進化分析
        3.1.4 基因亞族之間的功能性分歧分析
        3.1.5 分子結構預測
    3.2 結果與分析
        3.2.1 TfR1 基因貝葉斯樹的構建
        3.2.2 TfR1 基因經(jīng)歷的 4 次正選擇作用
        3.2.3 現(xiàn)存哺乳動物和魚類 TfR1 基因的正選擇
        3.2.4 哺乳類和魚類 TfR1 基因的功能分歧
        3.2.5 哺乳類 TfR1 基因的結構與正選擇位點
    3.3 討論
第四章 魚類 TfR2 基因的分子進化研究
    4.1 材料和方法
        4.1.1 基因序列的采集
        4.1.2 序列比對及系統(tǒng)樹構建
        4.1.3 分子進化分析
        4.1.4 功能性分歧分析
    4.2 結果分析與討論
        4.2.1 哺乳動物 TfR2 基因祖先枝上的正選擇
        4.2.2 現(xiàn)存哺乳動物和魚類 TfR2 基因的純化選擇
        4.2.3 哺乳類和魚類 TfR1 和 TfR2 基因間的功能分歧
    4.3 總結
參考文獻
致謝
在讀期間發(fā)表的學術論文及研究成果



本文編號：3730340