魚類是進(jìn)化較早的脊椎動(dòng)物，由于其特殊的進(jìn)化地位，已成為分析低等和高等脊椎動(dòng)物間先天免疫和適應(yīng)性免疫機(jī)制差異的理想類群。先天性免疫對(duì)魚類的生存尤為重要，它能通過模式識(shí)別受體來識(shí)別異己成分。Toll樣受體9（Toll-like receptor, TLR9）作為模式識(shí)別受體能夠識(shí)別微生物上未甲基化的CpG寡核苷酸基序，被認(rèn)為能與其配體經(jīng)歷協(xié)同進(jìn)化。因此，我們?cè)跓o脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物中檢索了TLR9基因進(jìn)行進(jìn)化分析。枝點(diǎn)模型在脊椎動(dòng)物、魚類及鱸形目魚類的祖先枝上找到了正選擇位點(diǎn)，然而在哺乳動(dòng)物的祖先枝上卻沒有發(fā)現(xiàn)，表明存在于水生和陸生環(huán)境中的不同病原微生物促使水生和陸生動(dòng)物改變了它們的基因去適應(yīng)所處的環(huán)境。位點(diǎn)模型顯示了現(xiàn)存哺乳類的TLR9基因經(jīng)歷了正選擇。而現(xiàn)存魚類的正選擇只發(fā)生鱸形目中，共發(fā)現(xiàn)14個(gè)正選擇位點(diǎn)。其中，2個(gè)位點(diǎn)位于亮氨酸重復(fù)序列（leucine-rich repeats, LRR）的氨基酸插入片段上，該區(qū)域負(fù)責(zé)結(jié)合DNA；3個(gè)位點(diǎn)位于能夠影響TLR折疊的凸面；6個(gè)位點(diǎn)位于包含TLR配體結(jié)合位點(diǎn)的β-折疊凹面。在其它最大似然法（ML）中，我們檢測(cè)出了3個(gè)與M8模型檢測(cè)結(jié)果相同的... 

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 自然選擇與分子進(jìn)化
    1.2 Toll 樣受體 TLR9 的研究進(jìn)展
        1.2.1 TLR9 識(shí)別配體 CpG 寡脫氧核苷酸
        1.2.2 TLR9 的結(jié)構(gòu)
        1.2.3 TLR9 的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑
        1.2.4 魚類 TLR9 基因的研究進(jìn)展
    1.3 轉(zhuǎn)鐵蛋白受體 TfR1 和 TfR2 的研究進(jìn)展
        1.3.1 TfR1 的結(jié)構(gòu)與功能
        1.3.2 TfR1 的表達(dá)與調(diào)控
        1.3.3 TfR2 的結(jié)構(gòu)與功能
        1.3.4 TfR2 的表達(dá)與調(diào)控
        1.3.5 魚類轉(zhuǎn)鐵蛋白受體的研究進(jìn)展
第二章 魚類 TLR9 基因的分子進(jìn)化研究
    2.1 材料與方法
        2.1.1 基因數(shù)據(jù)采集及比對(duì)
        2.1.2 選擇最優(yōu)核苷酸替代模型
        2.1.3 重建系統(tǒng)發(fā)生樹
        2.1.4 分子進(jìn)化分析
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 TLR9 基因系統(tǒng)發(fā)生樹的構(gòu)建
        2.2.2 脊椎動(dòng)物、魚類及鱸形目 TLR9 基因祖先枝上的正選擇
        2.2.3 現(xiàn)存哺乳動(dòng)物和鱸形目 TLR9 基因的正選擇
        2.2.4 鱸形目 TLR9 基因的序列結(jié)構(gòu)
        2.2.5 鱸形目魚類 TLR9 的 LRR 結(jié)構(gòu)域上的正選擇位點(diǎn)
    2.3 討論
第三章 魚類 TfR1 基因的分子進(jìn)化研究
    3.1 材料和方法
        3.1.1 基因序列的采集
        3.1.2 序列比對(duì)及系統(tǒng)樹構(gòu)建
        3.1.3 分子進(jìn)化分析
        3.1.4 基因亞族之間的功能性分歧分析
        3.1.5 分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 TfR1 基因貝葉斯樹的構(gòu)建
        3.2.2 TfR1 基因經(jīng)歷的 4 次正選擇作用
        3.2.3 現(xiàn)存哺乳動(dòng)物和魚類 TfR1 基因的正選擇
        3.2.4 哺乳類和魚類 TfR1 基因的功能分歧
        3.2.5 哺乳類 TfR1 基因的結(jié)構(gòu)與正選擇位點(diǎn)
    3.3 討論
第四章 魚類 TfR2 基因的分子進(jìn)化研究
    4.1 材料和方法
        4.1.1 基因序列的采集
        4.1.2 序列比對(duì)及系統(tǒng)樹構(gòu)建
        4.1.3 分子進(jìn)化分析
        4.1.4 功能性分歧分析
    4.2 結(jié)果分析與討論
        4.2.1 哺乳動(dòng)物 TfR2 基因祖先枝上的正選擇
        4.2.2 現(xiàn)存哺乳動(dòng)物和魚類 TfR2 基因的純化選擇
        4.2.3 哺乳類和魚類 TfR1 和 TfR2 基因間的功能分歧
    4.3 總結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝
在讀期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文及研究成果



本文編號(hào)：3730340