發(fā)布時間：2022-12-23 03:51

　　金錢魚（Scatophagus argus）食性廣、抗逆性強,是我國東南沿海的名優(yōu)養(yǎng)殖物種,也是大面積推廣養(yǎng)殖的候選物種,經(jīng)濟潛力巨大。開展遺傳多樣性研究是種質(zhì)資源保存利用的必要前提及改良物種遺傳性狀的關(guān)鍵手段。本文利用金錢魚基因組survey文庫分析金錢魚基因組中微衛(wèi)星分布特征并開發(fā)多態(tài)性微衛(wèi)星標記。使用微衛(wèi)星、線粒體DNA兩種分子標記獲取三亞（SY）、�？冢℉K）、北海（BH）、湛江（ZJ）、珠海（ZH）、高雄（TW）、漳浦（ZP）、羅源（LR）以及樂清（YQ）9個金錢魚群體的遺傳多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)參數(shù),并利用這些參數(shù)作為指標對金錢魚群體遺傳多樣性與種群歷史動態(tài)等進行分析。主要結(jié)果如下:（1）利用MISA軟件對金錢魚基因組中微衛(wèi)星進行挖掘并分析其分布特征。金錢魚基因組總共挖掘390967個SSR位點,相對豐度為653個/Mb。二至六堿基重復的SSR位點249902個,其中二堿基重復類型的SSR最多（52.64%）。隨機選擇50個SSR位點并成功開發(fā)出23個具有多態(tài)性的標記,選擇其中的7個標記進行毛細管電泳并檢測來自湛江的30尾野生金錢魚遺傳多樣性。7個SSR標記位點共檢測到58個等位... 

【文章頁數(shù)】：100 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 文獻綜述
    1.1 種群遺傳學概述
        1.1.1 種群遺傳多樣性
        1.1.2 種群遺傳結(jié)構(gòu)
    1.2 分子標記技術(shù)及其應用
        1.2.1 線粒體標記在魚類群體遺傳學研究中的應用
        1.2.2 微衛(wèi)星標記在魚類群體遺傳學研究中的應用
    1.3 .金錢魚研究現(xiàn)狀
        1.3.1 繁殖生物學與養(yǎng)殖生物學研究相繼開展
        1.3.2 經(jīng)濟價值高市場潛力大但缺乏良種
        1.3.3 遺傳學研究進展相對緩慢標記資源稀少
    1.4 本研究目的和意義
        1.4.1 立題依據(jù)與研究意義
        1.4.2 研究內(nèi)容及目標
        1.4.3 技術(shù)路線
2 金錢魚基因組微衛(wèi)星分布特征分析及SSR標記開發(fā)
    2.1 前言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 金錢魚基因組來源
        2.2.2 樣本采集
        2.2.3 基因組DNA的提取
        2.2.4 金錢魚基因組微衛(wèi)星標記挖掘
        2.2.5 微衛(wèi)星標記引物篩選
        2.2.6 多態(tài)性標記篩選
        2.2.7 數(shù)據(jù)分析
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 金錢魚基因組微衛(wèi)星各重復類型總體分布特征
        2.3.2 不同重復類型微衛(wèi)星核心區(qū)序列拷貝數(shù)分布
        2.3.3 金錢魚微衛(wèi)星核心區(qū)重復堿基類型特征
        2.3.4 金錢魚微衛(wèi)星標記多態(tài)性檢驗
    2.4 討論
        2.4.1 金錢魚基因組微衛(wèi)星分布特征規(guī)律
        2.4.2 金錢魚基因組微衛(wèi)星標記的開發(fā)
        2.4.3 微衛(wèi)星標記的多態(tài)性及其遺傳學特征
    2.5 小結(jié)
3 基于微衛(wèi)星標記的金錢魚遺傳多樣性研究
    3.1 引言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 樣本采集
        3.2.2 微衛(wèi)星標記分型
        3.2.3 遺傳多樣性分析
        3.2.4 遺傳結(jié)構(gòu)分析
        3.2.5 種群歷史動態(tài)分析
        3.2.6 IBD分析
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 遺傳多樣性分析
        3.3.2 遺傳結(jié)構(gòu)與遺傳距離分析
        3.3.3 IBD分析
        3.3.4 金錢魚種群歷史動態(tài)分析
    3.4 討論
        3.4.1 遺傳多樣性分析
        3.4.2 遺傳結(jié)構(gòu)分析
        3.4.3 金錢魚種質(zhì)資源
    3.5 小結(jié)
4 基于線粒體標記的金錢魚遺傳多樣性分析
    4.1 前言
    4.2 材料及方法
        4.2.1 線粒體標記基因的擴增及堿基序列測定
        4.2.2 基于線粒體標記的遺傳多樣性分析
        4.2.3 基于線粒體標記的系統(tǒng)發(fā)育及單倍型網(wǎng)絡分析
        4.2.4 基于線粒體標記的群體遺傳分化研究
        4.2.5 基于線粒體標記的種群歷史動態(tài)分析
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 基于D-loop和 Cyt b標記的種群遺傳多樣性
        4.3.2 單倍型分布及遺傳發(fā)育關(guān)系
        4.3.3 基于線粒體標記金錢魚群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        4.3.4 基于線粒體標記金錢魚群體歷史動態(tài)分析
    4.4 討論
        4.4.1 基于線粒體標記的遺傳多樣性研究
        4.4.2 基于線粒體標記的遺傳結(jié)構(gòu)研究
        4.4.3 基于線粒體標記的種群歷史動態(tài)分析
    4.5 小結(jié)
5 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 展望
參考文獻
致謝
作者簡介
導師簡介



本文編號：3724659