腸道微生物廣泛存在于動物腸道中,它不僅參與機(jī)體對營養(yǎng)物質(zhì)的消化吸收,同時協(xié)助宿主完成多種生理生化過程。目前,國內(nèi)外在腸道微生物對人類和畜禽動物的影響方面開展了眾多研究,但對魚類腸道微生物的菌群結(jié)構(gòu)及多樣性仍缺乏系統(tǒng)性研究。本實驗對不同養(yǎng)殖環(huán)境（稻田養(yǎng)殖和池塘養(yǎng)殖）和不同品種（尼羅羅非魚、奧利亞羅非魚、奧利亞羅非魚♀×尼羅羅非魚♂和尼羅羅非魚♀×奧利亞羅非魚♂）的羅非魚腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)和多樣性影響進(jìn)行較系統(tǒng)的研究,通過Illumina Hi Seq測序平臺利用16S r RNA高通量測序方法,探究不同品種及養(yǎng)殖環(huán)境的羅非魚腸道微生物菌群組成的多樣性及差異。主要研究結(jié)果如下:1.四種不同品種羅非魚腸道微生物比較分析（1）本研究共獲得45084個OTUs,序列數(shù)排列為C組（奧利亞羅非魚♀×尼羅羅非魚♂）＞AN組（尼羅羅非魚♀×奧利亞羅非魚♂）＞N組（尼羅羅非魚）＞A組（奧利亞羅非魚）。Gra Phl An圖顯示,四種羅非魚的優(yōu)勢菌群主要為疣微菌門（Verrucomicrobia）、厚壁菌門（Firmicutes）、綠彎菌門（Chloroflexi）、浮霉菌門（Planctomycetes）... 

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 羅非魚概述
        1.1.1 羅非魚主要養(yǎng)殖品種的現(xiàn)狀
        1.1.2 羅非魚池塘和稻田養(yǎng)殖發(fā)展現(xiàn)狀
    1.2 腸道微生物研究概況
        1.2.1 魚類腸道微生物對魚類的影響
        1.2.2 魚類腸道微生物的組成結(jié)構(gòu)
        1.2.3 魚類腸道微生物的影響因素
            1.2.3.1 養(yǎng)殖環(huán)境對魚類腸道微生物的影響
            1.2.3.2 生長發(fā)育時期對魚類腸道微生物的影響
            1.2.3.3 食性對魚類腸道微生物的影響
            1.2.3.4 微生態(tài)制劑對腸道微生物的影響
    1.3 腸道微生物研究方法
    1.4 本文研究的目的與意義、創(chuàng)新點和技術(shù)路線
        1.4.1 研究目的與意義
        1.4.2 創(chuàng)新點
        1.4.3 技術(shù)路線
第二章 四種不同品種羅非魚腸道微生物比較分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實驗動物及養(yǎng)殖
        2.1.2 實驗取樣
        2.1.3 DNA的提取
        2.1.4 PCR擴(kuò)增
        2.1.5 測序數(shù)據(jù)處理
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 測序注釋結(jié)果統(tǒng)計
        2.2.2 GraPhlAn圖對物種豐度的分析
        2.2.3 分類系統(tǒng)組成樹對分組樣品結(jié)果的注釋
        2.2.4 門水平上羅非魚腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
        2.2.5 屬水平上羅非魚腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
    2.3 四種羅非魚腸道微生物多樣性分析
    2.4 四種羅非魚腸道微生物組間比較分析
        2.4.1 主坐標(biāo)分析(PCoA)
        2.4.2 主成分分析(PCA)
        2.4.3 非度量多維尺度法(NMDS)
    2.5 討論
    2.6 小結(jié)
第三章 稻田和池塘養(yǎng)殖羅非魚腸道微生物比較分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 實驗動物及養(yǎng)殖
        3.1.2 實驗方法
    3.2 PCR擴(kuò)增及基因文庫構(gòu)建
        3.2.1 基因組DNA的提取和PCR擴(kuò)增
        3.2.2 PCR產(chǎn)物的處理
        3.2.3 庫檢和測序
    3.3 測序結(jié)果分析
        3.3.1 數(shù)據(jù)處理
        3.3.2 OTU(Operational Taxonomic Units)聚類和物種注釋
    3.4 結(jié)果和分析
        3.4.1 水質(zhì)變化情況
        3.4.2 測序數(shù)據(jù)結(jié)果統(tǒng)計
        3.4.3 門水平上羅非魚腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
        3.4.4 屬水平上羅非魚腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
    3.5 不同養(yǎng)殖環(huán)境羅非魚腸道微生物多樣性分析
        3.5.1 腸道微生物菌群α多樣性分析結(jié)果
        3.5.2 主坐標(biāo)分析(PCoA)
        3.5.3 主成分分析(PCA)
        3.5.4 非度量多維尺度法(NMDS)
    3.6 討論
    3.7 小結(jié)
第四章 全文結(jié)論與展望
    4.1 結(jié)論
    4.2 不足之處
    4.3 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]海洋紅酵母菌和枯草芽孢桿菌對蛋雛雞生長性能、腸道形態(tài)和免疫功能的影響[J]. 李玲茜,惠俊楠,吳旻,蘭海楠,鄭鑫.  中國畜牧雜志. 2020(03)
[2]羅非魚為主多品種混養(yǎng)池塘氮磷收支[J]. 鐘全福.  廣東海洋大學(xué)學(xué)報. 2019(06)
[3]蒙醫(yī)“策格”療法與認(rèn)知功能障礙相關(guān)性的研究進(jìn)展[J]. 包連勝,吉日太,張佳書.  醫(yī)學(xué)綜述. 2019(20)
[4]飼料中添加螺旋藻對花鱸生長性能、消化酶活性、血液學(xué)指標(biāo)及抗氧化能力的影響[J]. 虞為,楊育凱,陳智彬,林黑著,黃小林,周傳朋,楊鏗,曹煜成,黃忠,馬振華,李濤,王珺,王蕓,荀鵬偉,黃倩倩,于萬峰.  南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(03)
[5]鵝-魚立體養(yǎng)殖環(huán)境的菌群特征研究[J]. 周萌,莫金鳳,林蠡,黃運茂,吳灶和,藍(lán)中東,陳愿,劉家志.  仲愷農(nóng)業(yè)工程學(xué)院學(xué)報. 2019(02)
[6]適合稻魚系統(tǒng)的水稻品種篩選研究[J]. 唐茂艷,王強(qiáng),陳雷,張曉麗,高國慶,呂榮華,陶偉,梁天鋒.  中國稻米. 2019(03)
[7]恩諾沙星曝露下企鵝珍珠貝腸道微生物多樣性及優(yōu)勢菌變化規(guī)律[J]. 陳明強(qiáng),李有寧,鄧正華,于剛,馬振華,鄭興,洪嘉煒,魏海軍,王雨.  南方農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2019(04)
[8]腸道微生態(tài)對消化系統(tǒng)疾病的影響及其相關(guān)機(jī)制[J]. 侯佳影,周曉明,劉清華.  中國臨床醫(yī)生雜志. 2019(03)
[9]克氏原螯蝦稻田生態(tài)種養(yǎng)技術(shù)[J]. 張勝金戈,袁赫羚,王計元,候金亮,易玉婷,劉小燕.  現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2018(22)
[10]發(fā)展稻漁綜合種養(yǎng) 打造綠色生態(tài)循環(huán)農(nóng)業(yè)典范[J]. 王祖峰.  中國水產(chǎn). 2018(09)

博士論文
[1]東北林蛙腸道菌群多樣性及其影響因素研究[D]. 佟慶.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]微生物制劑對南美白對蝦養(yǎng)殖體系微生態(tài)的影響及其與藻類關(guān)系的研究[D]. 吳定心.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]腸道菌群結(jié)構(gòu)變化與結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展關(guān)系的研究[D]. 王婷婷.上海交通大學(xué) 2012

碩士論文
[1]不同飼料對大口黑鱸消化酶及腸道形態(tài)結(jié)構(gòu)的影響[D]. 歐紅霞.上海海洋大學(xué) 2018
[2]腸道菌群變化與缺血性心肌病相關(guān)性研究[D]. 譚淑娜.天津醫(yī)科大學(xué) 2018
[3]家蠶雜交種F1及其親本的腸道微生物多樣性和血淋巴代謝組學(xué)差異研究[D]. 岳玲.蘇州大學(xué) 2018
[4]氧化魔芋葡苷露聚糖酸解物對齊口裂腹魚腸道消化酶、腸道微生物及腸黏膜免疫的影響[D]. 楊敏.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[5]養(yǎng)殖環(huán)境微生物群落的動態(tài)變化及與水環(huán)境的互作[D]. 張皓.蘇州大學(xué) 2015
[6]酵母菌對肉鴨腸道微生態(tài)平衡調(diào)節(jié)機(jī)制的研究[D]. 馬治敏.武漢輕工大學(xué) 2013



本文編號：3697133