腸道微生物廣泛存在于動(dòng)物腸道中,它不僅參與機(jī)體對(duì)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的消化吸收,同時(shí)協(xié)助宿主完成多種生理生化過(guò)程。目前,國(guó)內(nèi)外在腸道微生物對(duì)人類(lèi)和畜禽動(dòng)物的影響方面開(kāi)展了眾多研究,但對(duì)魚(yú)類(lèi)腸道微生物的菌群結(jié)構(gòu)及多樣性仍缺乏系統(tǒng)性研究。本實(shí)驗(yàn)對(duì)不同養(yǎng)殖環(huán)境（稻田養(yǎng)殖和池塘養(yǎng)殖）和不同品種（尼羅羅非魚(yú)、奧利亞羅非魚(yú)、奧利亞羅非魚(yú)♀×尼羅羅非魚(yú)♂和尼羅羅非魚(yú)♀×奧利亞羅非魚(yú)♂）的羅非魚(yú)腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)和多樣性影響進(jìn)行較系統(tǒng)的研究,通過(guò)Illumina Hi Seq測(cè)序平臺(tái)利用16S r RNA高通量測(cè)序方法,探究不同品種及養(yǎng)殖環(huán)境的羅非魚(yú)腸道微生物菌群組成的多樣性及差異。主要研究結(jié)果如下:1.四種不同品種羅非魚(yú)腸道微生物比較分析（1）本研究共獲得45084個(gè)OTUs,序列數(shù)排列為C組（奧利亞羅非魚(yú)♀×尼羅羅非魚(yú)♂）＞AN組（尼羅羅非魚(yú)♀×奧利亞羅非魚(yú)♂）＞N組（尼羅羅非魚(yú)）＞A組（奧利亞羅非魚(yú)）。Gra Phl An圖顯示,四種羅非魚(yú)的優(yōu)勢(shì)菌群主要為疣微菌門(mén)（Verrucomicrobia）、厚壁菌門(mén)（Firmicutes）、綠彎菌門(mén)（Chloroflexi）、浮霉菌門(mén)（Planctomycetes）... 

【文章頁(yè)數(shù)】：76 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 羅非魚(yú)概述
        1.1.1 羅非魚(yú)主要養(yǎng)殖品種的現(xiàn)狀
        1.1.2 羅非魚(yú)池塘和稻田養(yǎng)殖發(fā)展現(xiàn)狀
    1.2 腸道微生物研究概況
        1.2.1 魚(yú)類(lèi)腸道微生物對(duì)魚(yú)類(lèi)的影響
        1.2.2 魚(yú)類(lèi)腸道微生物的組成結(jié)構(gòu)
        1.2.3 魚(yú)類(lèi)腸道微生物的影響因素
            1.2.3.1 養(yǎng)殖環(huán)境對(duì)魚(yú)類(lèi)腸道微生物的影響
            1.2.3.2 生長(zhǎng)發(fā)育時(shí)期對(duì)魚(yú)類(lèi)腸道微生物的影響
            1.2.3.3 食性對(duì)魚(yú)類(lèi)腸道微生物的影響
            1.2.3.4 微生態(tài)制劑對(duì)腸道微生物的影響
    1.3 腸道微生物研究方法
    1.4 本文研究的目的與意義、創(chuàng)新點(diǎn)和技術(shù)路線
        1.4.1 研究目的與意義
        1.4.2 創(chuàng)新點(diǎn)
        1.4.3 技術(shù)路線
第二章 四種不同品種羅非魚(yú)腸道微生物比較分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物及養(yǎng)殖
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)取樣
        2.1.3 DNA的提取
        2.1.4 PCR擴(kuò)增
        2.1.5 測(cè)序數(shù)據(jù)處理
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 測(cè)序注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)
        2.2.2 GraPhlAn圖對(duì)物種豐度的分析
        2.2.3 分類(lèi)系統(tǒng)組成樹(shù)對(duì)分組樣品結(jié)果的注釋
        2.2.4 門(mén)水平上羅非魚(yú)腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
        2.2.5 屬水平上羅非魚(yú)腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
    2.3 四種羅非魚(yú)腸道微生物多樣性分析
    2.4 四種羅非魚(yú)腸道微生物組間比較分析
        2.4.1 主坐標(biāo)分析(PCoA)
        2.4.2 主成分分析(PCA)
        2.4.3 非度量多維尺度法(NMDS)
    2.5 討論
    2.6 小結(jié)
第三章 稻田和池塘養(yǎng)殖羅非魚(yú)腸道微生物比較分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物及養(yǎng)殖
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    3.2 PCR擴(kuò)增及基因文庫(kù)構(gòu)建
        3.2.1 基因組DNA的提取和PCR擴(kuò)增
        3.2.2 PCR產(chǎn)物的處理
        3.2.3 庫(kù)檢和測(cè)序
    3.3 測(cè)序結(jié)果分析
        3.3.1 數(shù)據(jù)處理
        3.3.2 OTU(Operational Taxonomic Units)聚類(lèi)和物種注釋
    3.4 結(jié)果和分析
        3.4.1 水質(zhì)變化情況
        3.4.2 測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)果統(tǒng)計(jì)
        3.4.3 門(mén)水平上羅非魚(yú)腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
        3.4.4 屬水平上羅非魚(yú)腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)
    3.5 不同養(yǎng)殖環(huán)境羅非魚(yú)腸道微生物多樣性分析
        3.5.1 腸道微生物菌群α多樣性分析結(jié)果
        3.5.2 主坐標(biāo)分析(PCoA)
        3.5.3 主成分分析(PCA)
        3.5.4 非度量多維尺度法(NMDS)
    3.6 討論
    3.7 小結(jié)
第四章 全文結(jié)論與展望
    4.1 結(jié)論
    4.2 不足之處
    4.3 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]海洋紅酵母菌和枯草芽孢桿菌對(duì)蛋雛雞生長(zhǎng)性能、腸道形態(tài)和免疫功能的影響[J]. 李玲茜,惠俊楠,吳旻,蘭海楠,鄭鑫.  中國(guó)畜牧雜志. 2020(03)
[2]羅非魚(yú)為主多品種混養(yǎng)池塘氮磷收支[J]. 鐘全福.  廣東海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(06)
[3]蒙醫(yī)“策格”療法與認(rèn)知功能障礙相關(guān)性的研究進(jìn)展[J]. 包連勝,吉日太,張佳書(shū).  醫(yī)學(xué)綜述. 2019(20)
[4]飼料中添加螺旋藻對(duì)花鱸生長(zhǎng)性能、消化酶活性、血液學(xué)指標(biāo)及抗氧化能力的影響[J]. 虞為,楊育凱,陳智彬,林黑著,黃小林,周傳朋,楊鏗,曹煜成,黃忠,馬振華,李濤,王珺,王蕓,荀鵬偉,黃倩倩,于萬(wàn)峰.  南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(03)
[5]鵝-魚(yú)立體養(yǎng)殖環(huán)境的菌群特征研究[J]. 周萌,莫金鳳,林蠡,黃運(yùn)茂,吳灶和,藍(lán)中東,陳愿,劉家志.  仲愷農(nóng)業(yè)工程學(xué)院學(xué)報(bào). 2019(02)
[6]適合稻魚(yú)系統(tǒng)的水稻品種篩選研究[J]. 唐茂艷,王強(qiáng),陳雷,張曉麗,高國(guó)慶,呂榮華,陶偉,梁天鋒.  中國(guó)稻米. 2019(03)
[7]恩諾沙星曝露下企鵝珍珠貝腸道微生物多樣性及優(yōu)勢(shì)菌變化規(guī)律[J]. 陳明強(qiáng),李有寧,鄧正華,于剛,馬振華,鄭興,洪嘉煒,魏海軍,王雨.  南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(04)
[8]腸道微生態(tài)對(duì)消化系統(tǒng)疾病的影響及其相關(guān)機(jī)制[J]. 侯佳影,周曉明,劉清華.  中國(guó)臨床醫(yī)生雜志. 2019(03)
[9]克氏原螯蝦稻田生態(tài)種養(yǎng)技術(shù)[J]. 張勝金戈,袁赫羚,王計(jì)元,候金亮,易玉婷,劉小燕.  現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2018(22)
[10]發(fā)展稻漁綜合種養(yǎng) 打造綠色生態(tài)循環(huán)農(nóng)業(yè)典范[J]. 王祖峰.  中國(guó)水產(chǎn). 2018(09)

博士論文
[1]東北林蛙腸道菌群多樣性及其影響因素研究[D]. 佟慶.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]微生物制劑對(duì)南美白對(duì)蝦養(yǎng)殖體系微生態(tài)的影響及其與藻類(lèi)關(guān)系的研究[D]. 吳定心.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]腸道菌群結(jié)構(gòu)變化與結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展關(guān)系的研究[D]. 王婷婷.上海交通大學(xué) 2012

碩士論文
[1]不同飼料對(duì)大口黑鱸消化酶及腸道形態(tài)結(jié)構(gòu)的影響[D]. 歐紅霞.上海海洋大學(xué) 2018
[2]腸道菌群變化與缺血性心肌病相關(guān)性研究[D]. 譚淑娜.天津醫(yī)科大學(xué) 2018
[3]家蠶雜交種F1及其親本的腸道微生物多樣性和血淋巴代謝組學(xué)差異研究[D]. 岳玲.蘇州大學(xué) 2018
[4]氧化魔芋葡苷露聚糖酸解物對(duì)齊口裂腹魚(yú)腸道消化酶、腸道微生物及腸黏膜免疫的影響[D]. 楊敏.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[5]養(yǎng)殖環(huán)境微生物群落的動(dòng)態(tài)變化及與水環(huán)境的互作[D]. 張皓.蘇州大學(xué) 2015
[6]酵母菌對(duì)肉鴨腸道微生態(tài)平衡調(diào)節(jié)機(jī)制的研究[D]. 馬治敏.武漢輕工大學(xué) 2013



本文編號(hào)：3697133