最佳線性無偏預(yù)測（Best linear unbiased prediction,BLUP）育種技術(shù)被廣泛應(yīng)用于水產(chǎn)良種的繁育中,并在多個水產(chǎn)良種（如大西洋鮭、羅非魚等）的種質(zhì)創(chuàng)新上獲得成功。BLUP育種技術(shù)的優(yōu)勢在于實(shí)用性強(qiáng)、個體育種值估計更精確等,缺點(diǎn)是計算過程復(fù)雜、計算量大。R是一個開放、免費(fèi)的統(tǒng)計編程環(huán)境,是集統(tǒng)計分析與圖形直觀顯示于一體的開放平臺,具有強(qiáng)大的科學(xué)數(shù)據(jù)可視化和數(shù)學(xué)統(tǒng)計分析能力,在基于數(shù)量遺傳育種領(lǐng)域擁有越來越多的應(yīng)用。本文擬針對水產(chǎn)種質(zhì)的育種和保種等環(huán)節(jié),在R的基礎(chǔ)上開展BLUP育種技術(shù)相關(guān)配套軟件的開發(fā)和應(yīng)用,以期解決BLUP育種中的復(fù)雜計算問題,提高育種工作的計算效率和精度。全文主要結(jié)果如下:1.基于家系選育的BLUP選配計劃制定的R實(shí)現(xiàn)以軟件包R3.1.14為編程環(huán)境,開發(fā)了用于水產(chǎn)良種選育過程中BLUP選配計劃制定的BLUP選育配套腳本。BLUP選育配套腳本由i2016Tilapia.R和Mating_breeding₂016Carp05.R等兩個腳本組成。i2016Tilapia.R腳本主要用于所采集原始數(shù)據(jù)的... 

【文章頁數(shù)】：114 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞中英文對照表
緒論
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 國內(nèi)外水產(chǎn)種業(yè)的現(xiàn)狀
        1.1 我國漁業(yè)種業(yè)的現(xiàn)狀
        1.2 國際種業(yè)管理的現(xiàn)狀及啟示
        1.3 種業(yè)技術(shù)研發(fā)
    2 我國水產(chǎn)種質(zhì)資源保護(hù)和利用情況
        2.1 原良種場概況
        2.2 育種實(shí)用技術(shù)
        2.3 發(fā)展現(xiàn)代種業(yè)
    3 R語言在種質(zhì)資源管理中的應(yīng)用
    4 本文研究的內(nèi)容
    參考文獻(xiàn)
第二章 基于家系選育的BLUP選配計劃制定的R實(shí)現(xiàn)
    1 引言
    2 材料與方法
        2.1 BLUP選育配套腳本開發(fā)平臺
        2.2 BLUP選育配套腳本的編寫思路
        2.3 BLUP選育配套腳本的測試
            2.3.1 測試魚類概況
            2.3.2 數(shù)據(jù)資料收集
            2.3.3 收集數(shù)據(jù)的核對
            2.3.4 數(shù)據(jù)集數(shù)據(jù)處理原則
            2.3.5 數(shù)據(jù)分析模型的獲得
            2.3.6 選配計劃的輸出
    3 結(jié)果分析
        3.1 BLUP選育配套腳本編寫
            3.1.1 育種值計算前使用的i2016Tilapia.R數(shù)據(jù)整合和模型建立腳本
            3.1.2 育種值計算后使用的Mating_breeding_2016Carp05.R配套腳本
        3.2 BLUP選育配套腳本的測試結(jié)果
            3.2.1 鯉魚和羅非魚育種數(shù)據(jù)整合
            3.2.2 育種模型的獲得
            3.2.3 育種值與原始值的整合
            3.2.4 選配計劃的制定
    4 討論
        4.1 育種中使用的混合線性模型
        4.2 育種輔助配套腳本的實(shí)用性
        4.3 與育種相關(guān)的R軟件包的應(yīng)用
        4.4 幾個重要的分析節(jié)點(diǎn)
    參考文獻(xiàn)
第三章 疊代保種和離散隨機(jī)保種兩種保種方式模擬的R實(shí)現(xiàn)及應(yīng)用
    1 引言
    2 材料與方法
        2.1 編程平臺及使用軟件
        2.2 本文的假設(shè)
        2.3 起始群體模擬的參數(shù)設(shè)置
        2.4 瓶頸分析
    3 結(jié)果分析
        3.1 用于保種的配套腳本
        3.2 基礎(chǔ)種群的產(chǎn)生
        3.3 新一代的產(chǎn)生
        3.4 保種群體的瓶頸分析
    4 討論
    參考文獻(xiàn)
第四章 建立的育種配套技術(shù)在黃河鯉新品系選育中的應(yīng)用
    1 引言
    2 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)動物
        2.2 G3代黃河鯉的選育方法
        2.3 G3代苗種培育和個體標(biāo)記
        2.4 G3代黃河鯉生長性能測定
        2.5 數(shù)據(jù)分析
    3 結(jié)果分析
        3.1 G2代黃河鯉數(shù)據(jù)的整合
        3.2 G3代黃河鯉新品系選育所用模型選擇
        3.3 G3代黃河鯉新品系選配計劃
        3.4 G3代黃河鯉新品系養(yǎng)殖實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)采集
        3.5 G3代黃河鯉新品系選育結(jié)果分析
        3.6 G3代黃河鯉新品系對高碳水化物的適應(yīng)性生長
        3.7 使用R選育配套腳本所需時間
    4 討論
    參考文獻(xiàn)
全文結(jié)論
創(chuàng)新點(diǎn)
致謝
附錄



本文編號：3685903