長牡蠣性腺中調控型非編碼RNA的生物信息學
發(fā)布時間:2022-09-30 10:14
本研究以日照海域同一家系的2齡長牡蠣性腺為研究對象,通過small RNA-seq和RNA-seq技術篩選和鑒定出大量的非編碼微小RNA(mi RNA)、長鏈非編碼RNA(lnc RNA)和環(huán)狀RNA(circRNA),并對其進行了生物學特征分析。結果顯示,以斑馬魚為參考序列,獲得25~30個已知miRNA成熟體和51~63個已知miRNA前體,預測到53~71個新miRNA成熟體和53~77個新miRNA前體;長牡蠣miRNA長度分布為18~26個核苷酸(nt),其中分布在20~22 nt長度的miRNA數(shù)量最多,且miRNA首位堿基多為U。測序分析獲得2 302~2 349個注釋lncRNA轉錄本,預測到20 083~24 114個新lncRNA轉錄本,其中基因間型lncRNA(lincRNA)、內含子lncRNA(intronic lncRNA)、反義lncRNA(anti-sense lncRNA)分別占29.0%、62.1%和8.9%;長牡蠣lncRNA的基因組特征與其他真核生物的lncRNA基因組特征相似,與mRNA相比,外顯子(exon)個數(shù)少,轉錄本長度較短,表達水平低...
【文章頁數(shù)】:12 頁
【參考文獻】:
期刊論文
[1]日本血吸蟲成蟲的非編碼RNA高通量測序分析[J]. 喻祎哲,楊杰,曾凡勝,王紅梅,秦志強. 熱帶病與寄生蟲學. 2017(01)
[2]X染色體失活現(xiàn)象與機制[J]. 陸綺. 自然雜志. 2017(01)
[3]綿羊不同部位脂肪組織microRNA高通量測序及生物信息學分析[J]. 張方,胡子喬,景炅婕,潘洋洋,喬利英,李寶鈞,劉建華,劉文忠. 畜牧獸醫(yī)學報. 2016(06)
[4]非編碼RNA與基因表達調控[J]. 楊福蘭,饒周舟,陳漢春. 生命的化學. 2014(01)
[5]表觀遺傳學:生物細胞非編碼RNA調控的研究進展[J]. 于紅. 遺傳. 2009(11)
本文編號:3683367
【文章頁數(shù)】:12 頁
【參考文獻】:
期刊論文
[1]日本血吸蟲成蟲的非編碼RNA高通量測序分析[J]. 喻祎哲,楊杰,曾凡勝,王紅梅,秦志強. 熱帶病與寄生蟲學. 2017(01)
[2]X染色體失活現(xiàn)象與機制[J]. 陸綺. 自然雜志. 2017(01)
[3]綿羊不同部位脂肪組織microRNA高通量測序及生物信息學分析[J]. 張方,胡子喬,景炅婕,潘洋洋,喬利英,李寶鈞,劉建華,劉文忠. 畜牧獸醫(yī)學報. 2016(06)
[4]非編碼RNA與基因表達調控[J]. 楊福蘭,饒周舟,陳漢春. 生命的化學. 2014(01)
[5]表觀遺傳學:生物細胞非編碼RNA調控的研究進展[J]. 于紅. 遺傳. 2009(11)
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