為了開發(fā)奧利亞羅非魚有關(guān)耐鹽性的分子標(biāo)記,采用二代測序RNA-seq方法,挖掘奧利亞羅非魚的微衛(wèi)星標(biāo)記。結(jié)果顯示,拼接組裝獲得了71 009條Unigenes,并在所有序列中共發(fā)現(xiàn)了10 875個SSR位點,含有位點序列的數(shù)量為8 315條,占總序列的11.71%。奧利亞羅非魚轉(zhuǎn)錄組中SSR位點類型較為豐富,共識別到5種不同核苷酸重復(fù)類型和126種不同重復(fù)基序。其中,二核苷酸串聯(lián)重復(fù)單元類型的含量最多（5 779個）,占總位點數(shù)的53.14%;而在二核苷酸重復(fù)類型中AC/GT基序類型出現(xiàn)頻率最高（3 954個,占36.36%）。此外,SSR位點以6次重復(fù)次數(shù)為主（3 048個）,占總位點數(shù)的27.77%;SSR位點序列長度分布于12～254 bp,其中具有高度多態(tài)性位點3 480個（占比29.14%）,中等多態(tài)性位點8 462個（占比70.86%）。 

【文章來源】：河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,49(11)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

奧利亞羅非魚轉(zhuǎn)錄組中SSR主要重復(fù)單元的類型及出現(xiàn)頻率

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3644507