斑鱧基因組中微衛(wèi)星分布特征及野生種群遺傳結(jié)構(gòu)分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-23 20:59
斑鱧(Channa maculata)是華南地區(qū)的本土經(jīng)濟(jì)魚(yú)類,也是雜交鱧的親本之一。養(yǎng)殖個(gè)體逃逸可能會(huì)對(duì)野生種群產(chǎn)生影響,存在種質(zhì)混雜的風(fēng)險(xiǎn),亟須開(kāi)展野生資源的遺傳背景分析。該研究分析了斑鱧基因組中微衛(wèi)星標(biāo)記的分布特征,篩選獲得20個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)構(gòu)建多重PCR體系,對(duì)廣州、化州、江華、南寧、陽(yáng)江和邵武6個(gè)野生群體的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析。結(jié)果顯示,6個(gè)野生群體各位點(diǎn)的等位基因(Na)為3~28、有效等位基因(Ne)為1.28~14.88、觀測(cè)雜合度(Ho)為0.10~1.00、期望雜合度(He)為0.14~0.95以及多態(tài)信息含量(PIC)為0.13~0.95。UPGAM系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)結(jié)果顯示,化州和福建種群遺傳關(guān)系最近,化州和江華種群遺傳關(guān)系最遠(yuǎn)。該研究結(jié)果將為斑鱧的遺傳監(jiān)測(cè)和親緣關(guān)系鑒定提供技術(shù)支持,為斑鱧種質(zhì)資源養(yǎng)護(hù)及管理提供參考。
【文章來(lái)源】:南方水產(chǎn)科學(xué). 2020,16(03)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:14 頁(yè)
【部分圖文】:
斑鱧各群體采樣地點(diǎn)
基因組中微衛(wèi)星數(shù)量隨堿基重復(fù)次數(shù)變化趨勢(shì)
利用Arlequin 3.1軟件得到6個(gè)斑鱧群體間的遺傳距離(表6),GZ和JH群體間遺傳距離最大(0.476 072),NN和JH群體間次之(0.402 79),HZ和SW群體間最小(0.065 88);赨PMGA法利用MEGA 5.1軟件對(duì)6個(gè)斑鱧群體進(jìn)行聚類分析,結(jié)果顯示,HZ和SW群體遺傳距離最小,首先聚為一支,緊接著與YJ群體聚為一支,之后與NN和GZ群體聚為一支,最后與JH群體聚為一支(圖3)。AMOVA分析結(jié)果表明6個(gè)斑鱧群體間的兩兩遺傳分化系數(shù)FST介于0.061 8~0.322 8(表7),群體間的遺傳分化達(dá)到了極顯著性水平(P<0.01)。其中GZ和JH群體間的FST值最大(0.322 8),NN和JH群體次之(0.287 1),HZ和SW群體間最小(0.061 8)。群體內(nèi)和群體間的遺傳變異分析結(jié)果顯示,在總的遺傳變異中,群體間的遺傳變異占15.18%,而群體內(nèi)的遺傳變異占84.82%(表8)。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于微衛(wèi)星標(biāo)記的黃唇魚(yú)遺傳多樣性研究[J]. 趙彥花,區(qū)又君,溫久福,李加兒,周慧. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(04)
[2]基于RAD-seq技術(shù)的長(zhǎng)體圓鲹二、三核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)與評(píng)價(jià)[J]. 孔嘯蘭,李敏,陳作志,龔玉艷,張俊,張鵬. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(03)
[3]安徽省10個(gè)日本沼蝦群體遺傳多樣性微衛(wèi)星分析[J]. 陳靜,宋光同,何吉祥,黃龍,吳本麗,汪翔,武松. 淡水漁業(yè). 2018(03)
[4]大瀧六線魚(yú)6個(gè)群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J]. 武世雄,姜欣彤,王偉,張賽賽,董安然,王宏宇,李瑩. 中國(guó)漁業(yè)質(zhì)量與標(biāo)準(zhǔn). 2018(03)
[5]貴州境內(nèi)3個(gè)野生大眼鱖群體的形態(tài)差異[J]. 陳薛偉杰,郭健康,楊志,曹恒源,安苗. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2018(01)
[6]烏鱧和雜交鱧4種同工酶的比較研究[J]. 張龍崗,劉羽清,朱樹(shù)人,楊玲,付佩勝,朱永安. 長(zhǎng)江大學(xué)學(xué)報(bào)(自科版). 2017(18)
[7]致病性糞腸球菌對(duì)脊尾白蝦(Exopalaemon carinicauda)免疫相關(guān)基因表達(dá)的影響[J]. 段亞飛,李健,李吉濤,張喆,劉萍. 漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2017(05)
[8]華南地區(qū)7個(gè)大刺鰍野生群體的形態(tài)差異分析[J]. 舒琥,江小璐,楊華強(qiáng),林婷婷,周惠強(qiáng),張明清,查廣才. 廣州大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(03)
[9]基于高通量測(cè)序的達(dá)氏鱘微衛(wèi)星標(biāo)記篩選[J]. 李薇,李久煊,荊慧芳,雷毅,宋昭彬. 動(dòng)物學(xué)雜志. 2017(03)
[10]單環(huán)刺螠(Urechis unicinctus)微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)及5個(gè)地理種群遺傳結(jié)構(gòu)分析[J]. 常城,韓慧宗,王騰騰,馬海濤,劉陽(yáng),王斐,張明亮,王力勇,姜海濱. 海洋與湖沼. 2017(03)
博士論文
[1]海灣扇貝微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D]. 李宏俊.中國(guó)科學(xué)院研究生院(海洋研究所) 2009
碩士論文
[1]中華絨螯蟹的生長(zhǎng)動(dòng)態(tài)、基因表達(dá)與水質(zhì)環(huán)境(水溫、溶氧、pH及氨氮)的相關(guān)性[D]. 劉金生.上海海洋大學(xué) 2016
[2]臺(tái)灣海峽及其鄰近海域四種底層及近底層魚(yú)類生態(tài)學(xué)特征變化的研究[D]. 鞠培龍.廈門(mén)大學(xué) 2014
[3]永州地區(qū)斑鱧與烏鱧種質(zhì)特性比較研究[D]. 楊四秀.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3605141
【文章來(lái)源】:南方水產(chǎn)科學(xué). 2020,16(03)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:14 頁(yè)
【部分圖文】:
斑鱧各群體采樣地點(diǎn)
基因組中微衛(wèi)星數(shù)量隨堿基重復(fù)次數(shù)變化趨勢(shì)
利用Arlequin 3.1軟件得到6個(gè)斑鱧群體間的遺傳距離(表6),GZ和JH群體間遺傳距離最大(0.476 072),NN和JH群體間次之(0.402 79),HZ和SW群體間最小(0.065 88);赨PMGA法利用MEGA 5.1軟件對(duì)6個(gè)斑鱧群體進(jìn)行聚類分析,結(jié)果顯示,HZ和SW群體遺傳距離最小,首先聚為一支,緊接著與YJ群體聚為一支,之后與NN和GZ群體聚為一支,最后與JH群體聚為一支(圖3)。AMOVA分析結(jié)果表明6個(gè)斑鱧群體間的兩兩遺傳分化系數(shù)FST介于0.061 8~0.322 8(表7),群體間的遺傳分化達(dá)到了極顯著性水平(P<0.01)。其中GZ和JH群體間的FST值最大(0.322 8),NN和JH群體次之(0.287 1),HZ和SW群體間最小(0.061 8)。群體內(nèi)和群體間的遺傳變異分析結(jié)果顯示,在總的遺傳變異中,群體間的遺傳變異占15.18%,而群體內(nèi)的遺傳變異占84.82%(表8)。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于微衛(wèi)星標(biāo)記的黃唇魚(yú)遺傳多樣性研究[J]. 趙彥花,區(qū)又君,溫久福,李加兒,周慧. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(04)
[2]基于RAD-seq技術(shù)的長(zhǎng)體圓鲹二、三核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)與評(píng)價(jià)[J]. 孔嘯蘭,李敏,陳作志,龔玉艷,張俊,張鵬. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(03)
[3]安徽省10個(gè)日本沼蝦群體遺傳多樣性微衛(wèi)星分析[J]. 陳靜,宋光同,何吉祥,黃龍,吳本麗,汪翔,武松. 淡水漁業(yè). 2018(03)
[4]大瀧六線魚(yú)6個(gè)群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J]. 武世雄,姜欣彤,王偉,張賽賽,董安然,王宏宇,李瑩. 中國(guó)漁業(yè)質(zhì)量與標(biāo)準(zhǔn). 2018(03)
[5]貴州境內(nèi)3個(gè)野生大眼鱖群體的形態(tài)差異[J]. 陳薛偉杰,郭健康,楊志,曹恒源,安苗. 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué). 2018(01)
[6]烏鱧和雜交鱧4種同工酶的比較研究[J]. 張龍崗,劉羽清,朱樹(shù)人,楊玲,付佩勝,朱永安. 長(zhǎng)江大學(xué)學(xué)報(bào)(自科版). 2017(18)
[7]致病性糞腸球菌對(duì)脊尾白蝦(Exopalaemon carinicauda)免疫相關(guān)基因表達(dá)的影響[J]. 段亞飛,李健,李吉濤,張喆,劉萍. 漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2017(05)
[8]華南地區(qū)7個(gè)大刺鰍野生群體的形態(tài)差異分析[J]. 舒琥,江小璐,楊華強(qiáng),林婷婷,周惠強(qiáng),張明清,查廣才. 廣州大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(03)
[9]基于高通量測(cè)序的達(dá)氏鱘微衛(wèi)星標(biāo)記篩選[J]. 李薇,李久煊,荊慧芳,雷毅,宋昭彬. 動(dòng)物學(xué)雜志. 2017(03)
[10]單環(huán)刺螠(Urechis unicinctus)微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)及5個(gè)地理種群遺傳結(jié)構(gòu)分析[J]. 常城,韓慧宗,王騰騰,馬海濤,劉陽(yáng),王斐,張明亮,王力勇,姜海濱. 海洋與湖沼. 2017(03)
博士論文
[1]海灣扇貝微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D]. 李宏俊.中國(guó)科學(xué)院研究生院(海洋研究所) 2009
碩士論文
[1]中華絨螯蟹的生長(zhǎng)動(dòng)態(tài)、基因表達(dá)與水質(zhì)環(huán)境(水溫、溶氧、pH及氨氮)的相關(guān)性[D]. 劉金生.上海海洋大學(xué) 2016
[2]臺(tái)灣海峽及其鄰近海域四種底層及近底層魚(yú)類生態(tài)學(xué)特征變化的研究[D]. 鞠培龍.廈門(mén)大學(xué) 2014
[3]永州地區(qū)斑鱧與烏鱧種質(zhì)特性比較研究[D]. 楊四秀.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3605141
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