基于微衛(wèi)星標(biāo)記的中國(guó)鱚和少鱗鱚群體遺傳學(xué)研究
發(fā)布時(shí)間:2022-01-16 04:33
中國(guó)鱚(Sillago sinica)和少鱗鱚(Sillago japonica)隸屬于鱸形目(Perciforms)、鱚科(Sillaginidae)、鱚屬(Sillago),為肉食性、近岸小型經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)。中國(guó)鱚是2011年報(bào)道的鱚科魚(yú)類(lèi)一新種,目前在我國(guó)的萊州灣、青島、溫州、廈門(mén)及韓國(guó)光陽(yáng)港近海均有發(fā)現(xiàn)。少鱗鱚主要分布在中國(guó)、日本、韓國(guó)以及菲律賓等地沿岸淺水區(qū)。本研究采用膜富集法和磁珠富集法分別構(gòu)建中國(guó)鱚和少鱗鱚的微衛(wèi)星基因組文庫(kù),設(shè)計(jì)并篩選多態(tài)性微衛(wèi)星引物用于評(píng)估這兩種海洋魚(yú)類(lèi)的群體遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu),探討海洋環(huán)境及自身生態(tài)習(xí)性對(duì)其遺傳結(jié)構(gòu)的影響,旨在為中國(guó)鱚和少鱗鱚的種質(zhì)資源保護(hù)和合理開(kāi)發(fā)利用提供理論依據(jù)。1.中國(guó)鱚微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及群體遺傳學(xué)分析(1)微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及多態(tài)位點(diǎn)的評(píng)價(jià)膜富集法構(gòu)建中國(guó)鱚的微衛(wèi)星基因組文庫(kù)后,經(jīng)PCR篩選獲得130個(gè)陽(yáng)性克隆,測(cè)序后發(fā)現(xiàn)81條序列含有微衛(wèi)星重復(fù)。用中國(guó)鱚24個(gè)個(gè)體對(duì)設(shè)計(jì)的24對(duì)引物檢測(cè)發(fā)現(xiàn),8對(duì)引物可有效擴(kuò)增且顯示多態(tài)性。遺傳多樣性參數(shù)評(píng)估顯示,等位基因數(shù)從2-14不等,觀測(cè)雜合度和期望雜合度分別為0.125-0.958和0.12...
【文章來(lái)源】:中國(guó)海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:89 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
-1微衛(wèi)星的滑鏈錯(cuò)配突變模型,引自Ellegren,2000Fig.1-1-1Modelofmicrosatellitemutationbyreplicationslippage(slipped-strandmispairing),
圖 1-2-1 微衛(wèi)星位點(diǎn)富集示意圖(改編自 Zane,2002)Fig 1.2.1 Show the enriched process of the microsatellite loci(adapted from Zane, 2002)1.3 微衛(wèi)星分子標(biāo)記在水產(chǎn)動(dòng)物研究中的應(yīng)用微衛(wèi)星分子標(biāo)記具有種類(lèi)多、分布廣、共顯性遺傳且呈高度多態(tài)等眾多優(yōu)點(diǎn),目前被廣泛應(yīng)用于各種水產(chǎn)動(dòng)物的研究中。1.3.1 遺傳圖譜的構(gòu)建遺傳圖譜可以顯示 DNA 標(biāo)記或者基因在染色體上的線(xiàn)性排列或者相對(duì)距離,成為遺傳學(xué)分析的有力工具。20 世紀(jì) 90 年代,第一代水產(chǎn)動(dòng)物的遺傳圖譜開(kāi)始出現(xiàn),由于微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)技術(shù)有限,微衛(wèi)星數(shù)量較少,導(dǎo)致大多數(shù)水產(chǎn)動(dòng)物的連鎖圖譜標(biāo)記密度較低,難以滿(mǎn)足性狀精細(xì)的 QTL 研究的需要。目前,多
(Amplified Fragment Length Polymorphism)、微衛(wèi)星(Microsatellite DNA)等,并依次報(bào)道了各種魚(yú)的第二代遺傳連鎖圖譜,如虹鱒(Oncorhynchus mykiss)(Nichols et al., 2003)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)(Coimbra et al., 2003)、羅非魚(yú)(Tilapia)(Lee et al., 2005)。1.3.2 在群體遺傳學(xué)方面的應(yīng)用生物群體內(nèi)或群體間產(chǎn)生的差異都會(huì)在基因頻率上體現(xiàn)出來(lái),微衛(wèi)星屬于共顯性標(biāo)記,與顯性標(biāo)記相比,共顯性標(biāo)記更能精確地計(jì)算出群體的基因頻率。如圖 1-3-1 所示,共顯性標(biāo)記能清晰地展示表現(xiàn)型,在膠圖中,雜合子有兩條,純合子有 1 條,在任何條件下都能清晰地計(jì)算出等位基因頻率;而顯性標(biāo)記在顯性純合子和雜合子中都只出現(xiàn) 1 條帶,在隱性純合子中不會(huì)出現(xiàn)條帶,因此只有在等位基因完全平衡的條件下才能精確地計(jì)算出等位基因頻率。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]多鱗鱚(Sillago sihama)4個(gè)野生地理群體的微衛(wèi)星標(biāo)記分析[J]. 郭昱嵩,顏程鐘,張宇嵐,鄭近楠,許遠(yuǎn)民,杜濤,王中鐸,劉楚吾. 海洋與湖沼. 2013(02)
[2]黃河口及附近海域魚(yú)卵和仔魚(yú)種類(lèi)組成及分布特征[J]. 劉霜,張繼民,冷宇. 海洋通報(bào). 2011(06)
[3]鯉魚(yú)微衛(wèi)星突變速率和模式(英文)[J]. 張研,魯翠云,曹頂臣,徐鵬,王書(shū),李恒德,趙紫霞,孫效文. 動(dòng)物學(xué)研究. 2010(05)
[4]基于耳石形態(tài)的鱚屬魚(yú)類(lèi)鑒別[J]. 潘曉哲,高天翔. 動(dòng)物分類(lèi)學(xué)報(bào). 2010(04)
[5]對(duì)赤點(diǎn)石斑魚(yú)多態(tài)性微衛(wèi)星位點(diǎn)的跨種擴(kuò)增和特征分析[J]. 董穎,韓潔,蔡厚才. 北京師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2008(05)
[6]瓊州海峽余流場(chǎng)季節(jié)性變化特征[J]. 陳達(dá)森,陳波,嚴(yán)金輝,徐輝奮. 海洋湖沼通報(bào). 2006(02)
[7]長(zhǎng)江水系草魚(yú)遺傳多樣性的微衛(wèi)星DNA分析[J]. 廖小林,俞小牧,譚德清,童金茍. 水生生物學(xué)報(bào). 2005(02)
[8]中國(guó)鯉幾個(gè)代表種群基因組DNA遺傳多樣性分析[J]. 常玉梅,孫效文,梁利群. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2004(05)
[9]鯉的微衛(wèi)星引物對(duì)草魚(yú)基因組分析適用性的初步研究[J]. 林凱東,羅琛. 激光生物學(xué)報(bào). 2003(02)
[10]微衛(wèi)星標(biāo)記在種群生物學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 盛巖,鄭蔚虹,裴克全,馬克平. 植物生態(tài)學(xué)報(bào). 2002(S1)
博士論文
[1]西北太平洋兩種鮐屬魚(yú)類(lèi)的分子系統(tǒng)地理學(xué)研究[D]. 程嬌.中國(guó)海洋大學(xué) 2013
[2]玉筋魚(yú)和松江鱸微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及群體遺傳學(xué)研究[D]. 任桂靜.中國(guó)海洋大學(xué) 2012
[3]基于微衛(wèi)星和SNP標(biāo)記的皺紋盤(pán)鮑遺傳連鎖圖譜及其應(yīng)用[D]. 張振.中國(guó)科學(xué)院研究生院(海洋研究所) 2010
碩士論文
[1]牙鲆微衛(wèi)星分子標(biāo)記的篩選及多態(tài)性檢測(cè)[D]. 陳微.中國(guó)海洋大學(xué) 2005
本文編號(hào):3591944
【文章來(lái)源】:中國(guó)海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:89 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
-1微衛(wèi)星的滑鏈錯(cuò)配突變模型,引自Ellegren,2000Fig.1-1-1Modelofmicrosatellitemutationbyreplicationslippage(slipped-strandmispairing),
圖 1-2-1 微衛(wèi)星位點(diǎn)富集示意圖(改編自 Zane,2002)Fig 1.2.1 Show the enriched process of the microsatellite loci(adapted from Zane, 2002)1.3 微衛(wèi)星分子標(biāo)記在水產(chǎn)動(dòng)物研究中的應(yīng)用微衛(wèi)星分子標(biāo)記具有種類(lèi)多、分布廣、共顯性遺傳且呈高度多態(tài)等眾多優(yōu)點(diǎn),目前被廣泛應(yīng)用于各種水產(chǎn)動(dòng)物的研究中。1.3.1 遺傳圖譜的構(gòu)建遺傳圖譜可以顯示 DNA 標(biāo)記或者基因在染色體上的線(xiàn)性排列或者相對(duì)距離,成為遺傳學(xué)分析的有力工具。20 世紀(jì) 90 年代,第一代水產(chǎn)動(dòng)物的遺傳圖譜開(kāi)始出現(xiàn),由于微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)技術(shù)有限,微衛(wèi)星數(shù)量較少,導(dǎo)致大多數(shù)水產(chǎn)動(dòng)物的連鎖圖譜標(biāo)記密度較低,難以滿(mǎn)足性狀精細(xì)的 QTL 研究的需要。目前,多
(Amplified Fragment Length Polymorphism)、微衛(wèi)星(Microsatellite DNA)等,并依次報(bào)道了各種魚(yú)的第二代遺傳連鎖圖譜,如虹鱒(Oncorhynchus mykiss)(Nichols et al., 2003)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)(Coimbra et al., 2003)、羅非魚(yú)(Tilapia)(Lee et al., 2005)。1.3.2 在群體遺傳學(xué)方面的應(yīng)用生物群體內(nèi)或群體間產(chǎn)生的差異都會(huì)在基因頻率上體現(xiàn)出來(lái),微衛(wèi)星屬于共顯性標(biāo)記,與顯性標(biāo)記相比,共顯性標(biāo)記更能精確地計(jì)算出群體的基因頻率。如圖 1-3-1 所示,共顯性標(biāo)記能清晰地展示表現(xiàn)型,在膠圖中,雜合子有兩條,純合子有 1 條,在任何條件下都能清晰地計(jì)算出等位基因頻率;而顯性標(biāo)記在顯性純合子和雜合子中都只出現(xiàn) 1 條帶,在隱性純合子中不會(huì)出現(xiàn)條帶,因此只有在等位基因完全平衡的條件下才能精確地計(jì)算出等位基因頻率。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]多鱗鱚(Sillago sihama)4個(gè)野生地理群體的微衛(wèi)星標(biāo)記分析[J]. 郭昱嵩,顏程鐘,張宇嵐,鄭近楠,許遠(yuǎn)民,杜濤,王中鐸,劉楚吾. 海洋與湖沼. 2013(02)
[2]黃河口及附近海域魚(yú)卵和仔魚(yú)種類(lèi)組成及分布特征[J]. 劉霜,張繼民,冷宇. 海洋通報(bào). 2011(06)
[3]鯉魚(yú)微衛(wèi)星突變速率和模式(英文)[J]. 張研,魯翠云,曹頂臣,徐鵬,王書(shū),李恒德,趙紫霞,孫效文. 動(dòng)物學(xué)研究. 2010(05)
[4]基于耳石形態(tài)的鱚屬魚(yú)類(lèi)鑒別[J]. 潘曉哲,高天翔. 動(dòng)物分類(lèi)學(xué)報(bào). 2010(04)
[5]對(duì)赤點(diǎn)石斑魚(yú)多態(tài)性微衛(wèi)星位點(diǎn)的跨種擴(kuò)增和特征分析[J]. 董穎,韓潔,蔡厚才. 北京師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2008(05)
[6]瓊州海峽余流場(chǎng)季節(jié)性變化特征[J]. 陳達(dá)森,陳波,嚴(yán)金輝,徐輝奮. 海洋湖沼通報(bào). 2006(02)
[7]長(zhǎng)江水系草魚(yú)遺傳多樣性的微衛(wèi)星DNA分析[J]. 廖小林,俞小牧,譚德清,童金茍. 水生生物學(xué)報(bào). 2005(02)
[8]中國(guó)鯉幾個(gè)代表種群基因組DNA遺傳多樣性分析[J]. 常玉梅,孫效文,梁利群. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2004(05)
[9]鯉的微衛(wèi)星引物對(duì)草魚(yú)基因組分析適用性的初步研究[J]. 林凱東,羅琛. 激光生物學(xué)報(bào). 2003(02)
[10]微衛(wèi)星標(biāo)記在種群生物學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 盛巖,鄭蔚虹,裴克全,馬克平. 植物生態(tài)學(xué)報(bào). 2002(S1)
博士論文
[1]西北太平洋兩種鮐屬魚(yú)類(lèi)的分子系統(tǒng)地理學(xué)研究[D]. 程嬌.中國(guó)海洋大學(xué) 2013
[2]玉筋魚(yú)和松江鱸微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及群體遺傳學(xué)研究[D]. 任桂靜.中國(guó)海洋大學(xué) 2012
[3]基于微衛(wèi)星和SNP標(biāo)記的皺紋盤(pán)鮑遺傳連鎖圖譜及其應(yīng)用[D]. 張振.中國(guó)科學(xué)院研究生院(海洋研究所) 2010
碩士論文
[1]牙鲆微衛(wèi)星分子標(biāo)記的篩選及多態(tài)性檢測(cè)[D]. 陳微.中國(guó)海洋大學(xué) 2005
本文編號(hào):3591944
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/scyylw/3591944.html
最近更新
教材專(zhuān)著