基于微衛(wèi)星標記的中國鱚和少鱗鱚群體遺傳學研究
發(fā)布時間:2022-01-16 04:33
中國鱚(Sillago sinica)和少鱗鱚(Sillago japonica)隸屬于鱸形目(Perciforms)、鱚科(Sillaginidae)、鱚屬(Sillago),為肉食性、近岸小型經(jīng)濟魚類。中國鱚是2011年報道的鱚科魚類一新種,目前在我國的萊州灣、青島、溫州、廈門及韓國光陽港近海均有發(fā)現(xiàn)。少鱗鱚主要分布在中國、日本、韓國以及菲律賓等地沿岸淺水區(qū)。本研究采用膜富集法和磁珠富集法分別構(gòu)建中國鱚和少鱗鱚的微衛(wèi)星基因組文庫,設計并篩選多態(tài)性微衛(wèi)星引物用于評估這兩種海洋魚類的群體遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu),探討海洋環(huán)境及自身生態(tài)習性對其遺傳結(jié)構(gòu)的影響,旨在為中國鱚和少鱗鱚的種質(zhì)資源保護和合理開發(fā)利用提供理論依據(jù)。1.中國鱚微衛(wèi)星標記的開發(fā)及群體遺傳學分析(1)微衛(wèi)星標記的開發(fā)及多態(tài)位點的評價膜富集法構(gòu)建中國鱚的微衛(wèi)星基因組文庫后,經(jīng)PCR篩選獲得130個陽性克隆,測序后發(fā)現(xiàn)81條序列含有微衛(wèi)星重復。用中國鱚24個個體對設計的24對引物檢測發(fā)現(xiàn),8對引物可有效擴增且顯示多態(tài)性。遺傳多樣性參數(shù)評估顯示,等位基因數(shù)從2-14不等,觀測雜合度和期望雜合度分別為0.125-0.958和0.12...
【文章來源】:中國海洋大學山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:89 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
-1微衛(wèi)星的滑鏈錯配突變模型,引自Ellegren,2000Fig.1-1-1Modelofmicrosatellitemutationbyreplicationslippage(slipped-strandmispairing),
圖 1-2-1 微衛(wèi)星位點富集示意圖(改編自 Zane,2002)Fig 1.2.1 Show the enriched process of the microsatellite loci(adapted from Zane, 2002)1.3 微衛(wèi)星分子標記在水產(chǎn)動物研究中的應用微衛(wèi)星分子標記具有種類多、分布廣、共顯性遺傳且呈高度多態(tài)等眾多優(yōu)點,目前被廣泛應用于各種水產(chǎn)動物的研究中。1.3.1 遺傳圖譜的構(gòu)建遺傳圖譜可以顯示 DNA 標記或者基因在染色體上的線性排列或者相對距離,成為遺傳學分析的有力工具。20 世紀 90 年代,第一代水產(chǎn)動物的遺傳圖譜開始出現(xiàn),由于微衛(wèi)星標記開發(fā)技術(shù)有限,微衛(wèi)星數(shù)量較少,導致大多數(shù)水產(chǎn)動物的連鎖圖譜標記密度較低,難以滿足性狀精細的 QTL 研究的需要。目前,多
(Amplified Fragment Length Polymorphism)、微衛(wèi)星(Microsatellite DNA)等,并依次報道了各種魚的第二代遺傳連鎖圖譜,如虹鱒(Oncorhynchus mykiss)(Nichols et al., 2003)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)(Coimbra et al., 2003)、羅非魚(Tilapia)(Lee et al., 2005)。1.3.2 在群體遺傳學方面的應用生物群體內(nèi)或群體間產(chǎn)生的差異都會在基因頻率上體現(xiàn)出來,微衛(wèi)星屬于共顯性標記,與顯性標記相比,共顯性標記更能精確地計算出群體的基因頻率。如圖 1-3-1 所示,共顯性標記能清晰地展示表現(xiàn)型,在膠圖中,雜合子有兩條,純合子有 1 條,在任何條件下都能清晰地計算出等位基因頻率;而顯性標記在顯性純合子和雜合子中都只出現(xiàn) 1 條帶,在隱性純合子中不會出現(xiàn)條帶,因此只有在等位基因完全平衡的條件下才能精確地計算出等位基因頻率。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]多鱗鱚(Sillago sihama)4個野生地理群體的微衛(wèi)星標記分析[J]. 郭昱嵩,顏程鐘,張宇嵐,鄭近楠,許遠民,杜濤,王中鐸,劉楚吾. 海洋與湖沼. 2013(02)
[2]黃河口及附近海域魚卵和仔魚種類組成及分布特征[J]. 劉霜,張繼民,冷宇. 海洋通報. 2011(06)
[3]鯉魚微衛(wèi)星突變速率和模式(英文)[J]. 張研,魯翠云,曹頂臣,徐鵬,王書,李恒德,趙紫霞,孫效文. 動物學研究. 2010(05)
[4]基于耳石形態(tài)的鱚屬魚類鑒別[J]. 潘曉哲,高天翔. 動物分類學報. 2010(04)
[5]對赤點石斑魚多態(tài)性微衛(wèi)星位點的跨種擴增和特征分析[J]. 董穎,韓潔,蔡厚才. 北京師范大學學報(自然科學版). 2008(05)
[6]瓊州海峽余流場季節(jié)性變化特征[J]. 陳達森,陳波,嚴金輝,徐輝奮. 海洋湖沼通報. 2006(02)
[7]長江水系草魚遺傳多樣性的微衛(wèi)星DNA分析[J]. 廖小林,俞小牧,譚德清,童金茍. 水生生物學報. 2005(02)
[8]中國鯉幾個代表種群基因組DNA遺傳多樣性分析[J]. 常玉梅,孫效文,梁利群. 水產(chǎn)學報. 2004(05)
[9]鯉的微衛(wèi)星引物對草魚基因組分析適用性的初步研究[J]. 林凱東,羅琛. 激光生物學報. 2003(02)
[10]微衛(wèi)星標記在種群生物學研究中的應用[J]. 盛巖,鄭蔚虹,裴克全,馬克平. 植物生態(tài)學報. 2002(S1)
博士論文
[1]西北太平洋兩種鮐屬魚類的分子系統(tǒng)地理學研究[D]. 程嬌.中國海洋大學 2013
[2]玉筋魚和松江鱸微衛(wèi)星標記的開發(fā)及群體遺傳學研究[D]. 任桂靜.中國海洋大學 2012
[3]基于微衛(wèi)星和SNP標記的皺紋盤鮑遺傳連鎖圖譜及其應用[D]. 張振.中國科學院研究生院(海洋研究所) 2010
碩士論文
[1]牙鲆微衛(wèi)星分子標記的篩選及多態(tài)性檢測[D]. 陳微.中國海洋大學 2005
本文編號:3591944
【文章來源】:中國海洋大學山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:89 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
-1微衛(wèi)星的滑鏈錯配突變模型,引自Ellegren,2000Fig.1-1-1Modelofmicrosatellitemutationbyreplicationslippage(slipped-strandmispairing),
圖 1-2-1 微衛(wèi)星位點富集示意圖(改編自 Zane,2002)Fig 1.2.1 Show the enriched process of the microsatellite loci(adapted from Zane, 2002)1.3 微衛(wèi)星分子標記在水產(chǎn)動物研究中的應用微衛(wèi)星分子標記具有種類多、分布廣、共顯性遺傳且呈高度多態(tài)等眾多優(yōu)點,目前被廣泛應用于各種水產(chǎn)動物的研究中。1.3.1 遺傳圖譜的構(gòu)建遺傳圖譜可以顯示 DNA 標記或者基因在染色體上的線性排列或者相對距離,成為遺傳學分析的有力工具。20 世紀 90 年代,第一代水產(chǎn)動物的遺傳圖譜開始出現(xiàn),由于微衛(wèi)星標記開發(fā)技術(shù)有限,微衛(wèi)星數(shù)量較少,導致大多數(shù)水產(chǎn)動物的連鎖圖譜標記密度較低,難以滿足性狀精細的 QTL 研究的需要。目前,多
(Amplified Fragment Length Polymorphism)、微衛(wèi)星(Microsatellite DNA)等,并依次報道了各種魚的第二代遺傳連鎖圖譜,如虹鱒(Oncorhynchus mykiss)(Nichols et al., 2003)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)(Coimbra et al., 2003)、羅非魚(Tilapia)(Lee et al., 2005)。1.3.2 在群體遺傳學方面的應用生物群體內(nèi)或群體間產(chǎn)生的差異都會在基因頻率上體現(xiàn)出來,微衛(wèi)星屬于共顯性標記,與顯性標記相比,共顯性標記更能精確地計算出群體的基因頻率。如圖 1-3-1 所示,共顯性標記能清晰地展示表現(xiàn)型,在膠圖中,雜合子有兩條,純合子有 1 條,在任何條件下都能清晰地計算出等位基因頻率;而顯性標記在顯性純合子和雜合子中都只出現(xiàn) 1 條帶,在隱性純合子中不會出現(xiàn)條帶,因此只有在等位基因完全平衡的條件下才能精確地計算出等位基因頻率。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]多鱗鱚(Sillago sihama)4個野生地理群體的微衛(wèi)星標記分析[J]. 郭昱嵩,顏程鐘,張宇嵐,鄭近楠,許遠民,杜濤,王中鐸,劉楚吾. 海洋與湖沼. 2013(02)
[2]黃河口及附近海域魚卵和仔魚種類組成及分布特征[J]. 劉霜,張繼民,冷宇. 海洋通報. 2011(06)
[3]鯉魚微衛(wèi)星突變速率和模式(英文)[J]. 張研,魯翠云,曹頂臣,徐鵬,王書,李恒德,趙紫霞,孫效文. 動物學研究. 2010(05)
[4]基于耳石形態(tài)的鱚屬魚類鑒別[J]. 潘曉哲,高天翔. 動物分類學報. 2010(04)
[5]對赤點石斑魚多態(tài)性微衛(wèi)星位點的跨種擴增和特征分析[J]. 董穎,韓潔,蔡厚才. 北京師范大學學報(自然科學版). 2008(05)
[6]瓊州海峽余流場季節(jié)性變化特征[J]. 陳達森,陳波,嚴金輝,徐輝奮. 海洋湖沼通報. 2006(02)
[7]長江水系草魚遺傳多樣性的微衛(wèi)星DNA分析[J]. 廖小林,俞小牧,譚德清,童金茍. 水生生物學報. 2005(02)
[8]中國鯉幾個代表種群基因組DNA遺傳多樣性分析[J]. 常玉梅,孫效文,梁利群. 水產(chǎn)學報. 2004(05)
[9]鯉的微衛(wèi)星引物對草魚基因組分析適用性的初步研究[J]. 林凱東,羅琛. 激光生物學報. 2003(02)
[10]微衛(wèi)星標記在種群生物學研究中的應用[J]. 盛巖,鄭蔚虹,裴克全,馬克平. 植物生態(tài)學報. 2002(S1)
博士論文
[1]西北太平洋兩種鮐屬魚類的分子系統(tǒng)地理學研究[D]. 程嬌.中國海洋大學 2013
[2]玉筋魚和松江鱸微衛(wèi)星標記的開發(fā)及群體遺傳學研究[D]. 任桂靜.中國海洋大學 2012
[3]基于微衛(wèi)星和SNP標記的皺紋盤鮑遺傳連鎖圖譜及其應用[D]. 張振.中國科學院研究生院(海洋研究所) 2010
碩士論文
[1]牙鲆微衛(wèi)星分子標記的篩選及多態(tài)性檢測[D]. 陳微.中國海洋大學 2005
本文編號:3591944
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