牙鲆(Paralichthys olivaceus)干細(xì)胞多能性相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子Oct4、Nanog和Sox2的克隆與分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-01 12:04
我國(guó)是水產(chǎn)養(yǎng)殖大國(guó),近年來隨育種技術(shù)的發(fā)展已培育出大量水產(chǎn)優(yōu)良品種。而建立水產(chǎn)生物完整遺傳信息長(zhǎng)期穩(wěn)定的保存方法,對(duì)于有利地保護(hù)瀕危生物資源,實(shí)現(xiàn)優(yōu)良品種和品系優(yōu)質(zhì)遺傳資源的穩(wěn)定保存和利用具有十分重要的意義。干細(xì)胞具有無限的自我更新及分化成為胚胎的三個(gè)胚層的能力,是解決種質(zhì)資源保護(hù)的良好介質(zhì),而目前也已有多個(gè)魚類胚胎干細(xì)胞系成功建立的報(bào)道。關(guān)于維持干細(xì)胞自我更新和多潛能性的分子機(jī)制,在哺乳動(dòng)物中已經(jīng)開展了大量的研究工作,主要集中于Oct4、Nanog和Sox2等轉(zhuǎn)錄因子形成的核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò),而在重要海水養(yǎng)殖物種牙鲆中,相關(guān)研究的技術(shù)手段和分子機(jī)理還未見報(bào)道。本論文克隆得到了這三個(gè)重要轉(zhuǎn)錄因子,并對(duì)其基因結(jié)構(gòu)、調(diào)控序列及表達(dá)模式等方面進(jìn)行了初步的分析,為下一步的深入研究奠定基礎(chǔ)。牙鲆Oct4基因全長(zhǎng)3978bp,由5個(gè)外顯子和4個(gè)內(nèi)含子組成,其cDNA序列全長(zhǎng)2654/3098bp,包括1428bp的開放閱讀框(ORF),352bp的5′UTR和長(zhǎng)度分別為874bp和1318bp的3′UTR。預(yù)計(jì)編碼475個(gè)氨基酸殘基的蛋白并含有特征性的POU結(jié)構(gòu)域,由POU特異結(jié)構(gòu)域、POU同源結(jié)構(gòu)域以...
【文章來源】:中國(guó)海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:151 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
第一節(jié) 干細(xì)胞及其研究進(jìn)展
1.1.1 干細(xì)胞的分化潛能
1.1.2 干細(xì)胞的分類及特征
1.1.3 干細(xì)胞的研究進(jìn)展
第二節(jié) 維持干細(xì)胞多能性重要轉(zhuǎn)錄因子
1.2.1 干細(xì)胞多能性核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
1.2.2 轉(zhuǎn)錄因子 Oct4
1.2.3 轉(zhuǎn)錄因子 Nanog
1.2.4 轉(zhuǎn)錄因子 Sox2
第三節(jié) 本研究的目的意義與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
第二章 牙鲆(Paralichthysolivaceus)多能性轉(zhuǎn)錄因子 Oct4 的克隆與分析
2.1 引言
2.2 材料與方法
2.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.2.2 牙鲆基因組 DNA 及總 RNA 的提取
2.2.3 牙鲆 cDNA 第一鏈的合成
2.2.4 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)的獲得
2.2.5 牙鲆 Oct4 啟動(dòng)子區(qū)序列的獲得及分析
2.2.6 牙鲆 Oct4 啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化分析
2.2.7 牙鲆 Oct4 時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
2.2.8 牙鲆 Oct4 時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
2.2.9 牙鲆 Oct4 重組蛋白的體外表達(dá)與純化
2.2.10 牙鲆 Oct4 在性腺組織中的細(xì)胞定位情況分析
2.3 結(jié)果
2.3.1 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)序列特征
2.3.2 牙鲆 Oct4 氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析
2.3.3 牙鲆 Oct4 蛋白質(zhì) POU 結(jié)構(gòu)域三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
2.3.4 牙鲆 Oct4 基因結(jié)構(gòu)及染色體同線性分析
2.3.5 牙鲆 Oct4 基因啟動(dòng)子序列克隆及調(diào)控序列的生物信息學(xué)分析
2.3.6 牙鲆 Oct4 基因啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化情況分析
2.3.7 牙鲆 Oct4 基因時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
2.3.8 牙鲆 Oct4 基因時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
2.3.9 牙鲆 Oct4 重組蛋白的原核表達(dá)與純化
2.3.10 牙鲆 Oct4 重組蛋白在性腺中的細(xì)胞定位
2.4 討論
第三章 牙鲆(Paralichthys olivaceus)多能性轉(zhuǎn)錄因子 Nanog 的克隆與分析
3.1 引言
3.2 材料和方法
3.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.2.2 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)的獲得
3.2.3 牙鲆 Nanog 啟動(dòng)子區(qū)序列的獲得及分析
3.2.4 牙鲆 Nanog 啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化分析
3.2.5 牙鲆 Nanog 時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
3.2.6 牙鲆 Nanog 時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
3.2.7 牙鲆 Nanog 融合蛋白的體外表達(dá)與純化
3.3 結(jié)果
3.3.1 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)序列特征
3.3.2 牙鲆 Nanog 氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析
3.3.3 牙鲆 Nanog 蛋白質(zhì) HD 結(jié)構(gòu)域三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
3.3.4 牙鲆 Nanog 基因結(jié)構(gòu)及染色體同線性分析
3.3.5 牙鲆 Nanog 基因啟動(dòng)子序列的克隆及生物信息學(xué)分析
3.3.6 牙鲆 Nanog 基因啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化情況分析
3.3.7 牙鲆 Nanog 基因時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
3.3.8 牙鲆 Nanog 基因時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
3.3.9 牙鲆 Nanog 重組蛋白的原核表達(dá)與純化
3.4 討論
第四章 牙鲆(Paralichthysolivaceus)多能性轉(zhuǎn)錄因子 Sox2 的克隆與分析
4.1 引言
4.2 材料和方法
4.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
4.2.2 牙鲆 Sox2 cDNA 全長(zhǎng)的獲得
4.2.3 牙鲆 Sox2 啟動(dòng)子區(qū)序列的獲得及分析
4.2.4 牙鲆 Sox2 啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化分析
4.2.5 牙鲆 Sox2 時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
4.2.6 牙鲆 Sox2 時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
4.2.7 牙鲆 Sox2 融合蛋白的體外表達(dá)與純化
4.3 結(jié)果
4.3.1 牙鲆 Sox2 cDNA 全長(zhǎng)序列特征
4.3.2 牙鲆 Sox2 氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析
4.3.3 牙鲆 Sox2 蛋白質(zhì) HMG 結(jié)構(gòu)域三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
4.3.4 牙鲆 Sox2 基因啟動(dòng)子序列克隆及調(diào)控序列的生物信息學(xué)分析
4.3.5 牙鲆 Sox2 基因啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化情況分析
4.3.6 牙鲆 Sox2 基因時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
4.3.7 牙鲆 Sox2 基因時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
4.3.8 牙鲆 Sox2 重組蛋白的原核表達(dá)
4.4 討論
附錄
參考文獻(xiàn)
個(gè)人簡(jiǎn)歷
發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]誘導(dǎo)多能干細(xì)胞最新進(jìn)展[J]. 胡敏華,郭欣政,張守全. 生物技術(shù)通報(bào). 2010(10)
[2]The novel OCT4 spliced variant OCT4B1 can generate three protein isoforms by alternative splicing into OCT4B[J]. Yuan Gao a,b,1,Xia Wang a,1,Jin Han a,Zhifeng Xiao a,Bing Chen a,Guannan Su a,Jianwu Dai a,a Key Laboratory of Molecular Developmental Biology,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China b The Graduate School,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China. 遺傳學(xué)報(bào). 2010(07)
[3]Fish germ cells[J]. XU HongYan1, LI MingYou1, GUI JianFang2 & HONG YunHan1,2 1Department of Biological Sciences, National University of Singapore, Singapore 119260, Singapore; 2 State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Science China(Life Sciences). 2010(04)
[4]Sox2基因3’非翻譯區(qū)保守元件對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控作用[J]. 馬莉,孔清華,趙樹華,魏云虎,毛炳宇. 動(dòng)物學(xué)研究. 2009(06)
[5]銀鯽pou2基因在胚胎發(fā)育過程中的時(shí)空表達(dá)圖式[J]. 尹雋,周莉,劉軍,杜新征,桂建芳. 水生生物學(xué)報(bào). 2007(05)
[6]三種脂質(zhì)體介導(dǎo)的花鱸胚胎干細(xì)胞轉(zhuǎn)化效率的比較[J]. 葉寒青,陳松林,沙珍霞. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2006(06)
[7]Functional analysis of two Sp1/Sp3 binding sites in murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong Wu Zhen Yao Laboratory of Molecular Cell Biology,Laboratory of Stem Cell Biology,Institute of Biochemistry and Cell Biology,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences 320 Yue Yang Road,Shanghai 200031,China. Cell Research. 2006(03)
[8]Isolation and characterization of the murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong WU, Zhen YAO Laboratory of Molecular Cell Biology, Laboratory of Stem Cell Biology, Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, 320 Yue Yang Road, Shanghai 200031, China.. Cell Research. 2005(05)
[9]Stem cell pluripotency and transcription factor Oct4[J]. GUANG JIN PAN, ZENG YI CHANG, HANS R. SCHOLER, DUANQING PEI Departments of Pharmacology and Biological Sciences & Biotechnology, Schools of Sciences and Medicine,Tsinghua University, Beijing 100084, China Center for Animal Transgenesis and Germ Cell Research, School of Veterinary Medicine, Department of Animal Biology, University of Pennsylvania, New Bolton Center, 382 West Street Road, Kennett Square, PA 19348, USA,Department of Pharmacology, University of Minnesota, Minneapolis, MN 55455, USA. Cell Research. 2002(Z2)
[10]魚類雄核發(fā)育的研究進(jìn)展[J]. 趙振山,吳清江,高貴琴. 遺傳. 2000(02)
本文編號(hào):3562302
【文章來源】:中國(guó)海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:151 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
第一節(jié) 干細(xì)胞及其研究進(jìn)展
1.1.1 干細(xì)胞的分化潛能
1.1.2 干細(xì)胞的分類及特征
1.1.3 干細(xì)胞的研究進(jìn)展
第二節(jié) 維持干細(xì)胞多能性重要轉(zhuǎn)錄因子
1.2.1 干細(xì)胞多能性核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
1.2.2 轉(zhuǎn)錄因子 Oct4
1.2.3 轉(zhuǎn)錄因子 Nanog
1.2.4 轉(zhuǎn)錄因子 Sox2
第三節(jié) 本研究的目的意義與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
第二章 牙鲆(Paralichthysolivaceus)多能性轉(zhuǎn)錄因子 Oct4 的克隆與分析
2.1 引言
2.2 材料與方法
2.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.2.2 牙鲆基因組 DNA 及總 RNA 的提取
2.2.3 牙鲆 cDNA 第一鏈的合成
2.2.4 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)的獲得
2.2.5 牙鲆 Oct4 啟動(dòng)子區(qū)序列的獲得及分析
2.2.6 牙鲆 Oct4 啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化分析
2.2.7 牙鲆 Oct4 時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
2.2.8 牙鲆 Oct4 時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
2.2.9 牙鲆 Oct4 重組蛋白的體外表達(dá)與純化
2.2.10 牙鲆 Oct4 在性腺組織中的細(xì)胞定位情況分析
2.3 結(jié)果
2.3.1 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)序列特征
2.3.2 牙鲆 Oct4 氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析
2.3.3 牙鲆 Oct4 蛋白質(zhì) POU 結(jié)構(gòu)域三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
2.3.4 牙鲆 Oct4 基因結(jié)構(gòu)及染色體同線性分析
2.3.5 牙鲆 Oct4 基因啟動(dòng)子序列克隆及調(diào)控序列的生物信息學(xué)分析
2.3.6 牙鲆 Oct4 基因啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化情況分析
2.3.7 牙鲆 Oct4 基因時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
2.3.8 牙鲆 Oct4 基因時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
2.3.9 牙鲆 Oct4 重組蛋白的原核表達(dá)與純化
2.3.10 牙鲆 Oct4 重組蛋白在性腺中的細(xì)胞定位
2.4 討論
第三章 牙鲆(Paralichthys olivaceus)多能性轉(zhuǎn)錄因子 Nanog 的克隆與分析
3.1 引言
3.2 材料和方法
3.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.2.2 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)的獲得
3.2.3 牙鲆 Nanog 啟動(dòng)子區(qū)序列的獲得及分析
3.2.4 牙鲆 Nanog 啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化分析
3.2.5 牙鲆 Nanog 時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
3.2.6 牙鲆 Nanog 時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
3.2.7 牙鲆 Nanog 融合蛋白的體外表達(dá)與純化
3.3 結(jié)果
3.3.1 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全長(zhǎng)序列特征
3.3.2 牙鲆 Nanog 氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析
3.3.3 牙鲆 Nanog 蛋白質(zhì) HD 結(jié)構(gòu)域三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
3.3.4 牙鲆 Nanog 基因結(jié)構(gòu)及染色體同線性分析
3.3.5 牙鲆 Nanog 基因啟動(dòng)子序列的克隆及生物信息學(xué)分析
3.3.6 牙鲆 Nanog 基因啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化情況分析
3.3.7 牙鲆 Nanog 基因時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
3.3.8 牙鲆 Nanog 基因時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
3.3.9 牙鲆 Nanog 重組蛋白的原核表達(dá)與純化
3.4 討論
第四章 牙鲆(Paralichthysolivaceus)多能性轉(zhuǎn)錄因子 Sox2 的克隆與分析
4.1 引言
4.2 材料和方法
4.2.1 實(shí)驗(yàn)材料
4.2.2 牙鲆 Sox2 cDNA 全長(zhǎng)的獲得
4.2.3 牙鲆 Sox2 啟動(dòng)子區(qū)序列的獲得及分析
4.2.4 牙鲆 Sox2 啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化分析
4.2.5 牙鲆 Sox2 時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
4.2.6 牙鲆 Sox2 時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
4.2.7 牙鲆 Sox2 融合蛋白的體外表達(dá)與純化
4.3 結(jié)果
4.3.1 牙鲆 Sox2 cDNA 全長(zhǎng)序列特征
4.3.2 牙鲆 Sox2 氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析
4.3.3 牙鲆 Sox2 蛋白質(zhì) HMG 結(jié)構(gòu)域三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
4.3.4 牙鲆 Sox2 基因啟動(dòng)子序列克隆及調(diào)控序列的生物信息學(xué)分析
4.3.5 牙鲆 Sox2 基因啟動(dòng)子區(qū) CpG 位點(diǎn)甲基化情況分析
4.3.6 牙鲆 Sox2 基因時(shí)空表達(dá)的 RT-PCR 分析
4.3.7 牙鲆 Sox2 基因時(shí)空表達(dá)的原位雜交分析
4.3.8 牙鲆 Sox2 重組蛋白的原核表達(dá)
4.4 討論
附錄
參考文獻(xiàn)
個(gè)人簡(jiǎn)歷
發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]誘導(dǎo)多能干細(xì)胞最新進(jìn)展[J]. 胡敏華,郭欣政,張守全. 生物技術(shù)通報(bào). 2010(10)
[2]The novel OCT4 spliced variant OCT4B1 can generate three protein isoforms by alternative splicing into OCT4B[J]. Yuan Gao a,b,1,Xia Wang a,1,Jin Han a,Zhifeng Xiao a,Bing Chen a,Guannan Su a,Jianwu Dai a,a Key Laboratory of Molecular Developmental Biology,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China b The Graduate School,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China. 遺傳學(xué)報(bào). 2010(07)
[3]Fish germ cells[J]. XU HongYan1, LI MingYou1, GUI JianFang2 & HONG YunHan1,2 1Department of Biological Sciences, National University of Singapore, Singapore 119260, Singapore; 2 State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Science China(Life Sciences). 2010(04)
[4]Sox2基因3’非翻譯區(qū)保守元件對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控作用[J]. 馬莉,孔清華,趙樹華,魏云虎,毛炳宇. 動(dòng)物學(xué)研究. 2009(06)
[5]銀鯽pou2基因在胚胎發(fā)育過程中的時(shí)空表達(dá)圖式[J]. 尹雋,周莉,劉軍,杜新征,桂建芳. 水生生物學(xué)報(bào). 2007(05)
[6]三種脂質(zhì)體介導(dǎo)的花鱸胚胎干細(xì)胞轉(zhuǎn)化效率的比較[J]. 葉寒青,陳松林,沙珍霞. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2006(06)
[7]Functional analysis of two Sp1/Sp3 binding sites in murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong Wu Zhen Yao Laboratory of Molecular Cell Biology,Laboratory of Stem Cell Biology,Institute of Biochemistry and Cell Biology,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences 320 Yue Yang Road,Shanghai 200031,China. Cell Research. 2006(03)
[8]Isolation and characterization of the murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong WU, Zhen YAO Laboratory of Molecular Cell Biology, Laboratory of Stem Cell Biology, Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, 320 Yue Yang Road, Shanghai 200031, China.. Cell Research. 2005(05)
[9]Stem cell pluripotency and transcription factor Oct4[J]. GUANG JIN PAN, ZENG YI CHANG, HANS R. SCHOLER, DUANQING PEI Departments of Pharmacology and Biological Sciences & Biotechnology, Schools of Sciences and Medicine,Tsinghua University, Beijing 100084, China Center for Animal Transgenesis and Germ Cell Research, School of Veterinary Medicine, Department of Animal Biology, University of Pennsylvania, New Bolton Center, 382 West Street Road, Kennett Square, PA 19348, USA,Department of Pharmacology, University of Minnesota, Minneapolis, MN 55455, USA. Cell Research. 2002(Z2)
[10]魚類雄核發(fā)育的研究進(jìn)展[J]. 趙振山,吳清江,高貴琴. 遺傳. 2000(02)
本文編號(hào):3562302
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/scyylw/3562302.html
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