大黃魚（Larimichthys crocea）是中國重要的海水養(yǎng)殖魚類之一,具有極高的營養(yǎng)價值和經(jīng)濟(jì)價值。近十幾年來,隨著大黃魚人工育苗技術(shù)的成熟和規(guī)�；B(yǎng)殖技術(shù)的發(fā)展,大黃魚養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)迅猛發(fā)展,創(chuàng)造了顯著的社會效益和經(jīng)濟(jì)效益。然而,目前關(guān)于該物種的分子遺傳研究及轉(zhuǎn)錄組序列細(xì)致地分析較少,嚴(yán)重影響了功能基因開發(fā)的進(jìn)程和分子輔助育種計劃的開展。本研究中,利用Roche 454和Illumina Hiseq 2000高通量測序平臺分別對大黃魚肝臟和皮膚組織測序,并完成了轉(zhuǎn)錄組的組裝、注釋、微衛(wèi)星（SSR）標(biāo)記挖掘以及差異表達(dá)基因篩選。主要結(jié)果和結(jié)論如下:1、利用Roche 454焦磷酸測序的資料對大黃魚肝臟組織測序,共獲得316,523條原始序列。所有轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拼接得到93,801個unigene,包括4,993個序列重疊群（isotig）和88,808個單拷貝序列（singleton）。組裝的轉(zhuǎn)錄組平均長度332 bp,大小為48.7 Mb。其中,共38,856（41.4%）個unigene成功注釋到nt、nr、Swiss-Prot、InterPro、COG、GO和KEGG數(shù)據(jù)庫。根據(jù)注... 

【文章來源】：集美大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 轉(zhuǎn)錄組及其研究意義
    1.2 測序技術(shù)及其在魚類轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用
        1.2.1 測序技術(shù)發(fā)展概況
        1.2.2 新一代高通量測序技術(shù)
        1.2.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在魚類研究的應(yīng)用
    1.3 魚類分子標(biāo)記研究應(yīng)用
        1.3.1 RAPD
        1.3.2 AFLP
        1.3.3 微衛(wèi)星
        1.3.4 SNP
    1.4 魚類應(yīng)激的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
        1.4.1 溫度影響
        1.4.2 低氧應(yīng)激
        1.4.3 疾病免疫
        1.4.4 鹽度變化
        1.4.5 密集脅迫
    1.5 本研究的目的及內(nèi)容
第2章 基于454焦磷酸測序的大黃魚肝臟轉(zhuǎn)錄組分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實驗材料
        2.1.2 RNA提取和質(zhì)量檢測
        2.1.3 Roche454轉(zhuǎn)錄組文庫的構(gòu)建與測序
        2.1.4 數(shù)據(jù)處理
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 454焦磷酸測序數(shù)據(jù)和肝臟轉(zhuǎn)錄組拼接
        2.2.2 肝臟轉(zhuǎn)錄組功能注釋
        2.2.3 識別生長、免疫相關(guān)的基因
    2.3 討論
        2.3.1 高通量測序與肝臟轉(zhuǎn)錄組研究
        2.3.2 生長與免疫相關(guān)基因檢測
第3章 利用大黃魚轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘微衛(wèi)星標(biāo)記
    3.1 材料和方法
        3.1.1 實驗材料
        3.1.2 實驗方法
    3.2 結(jié)果和分析
        3.2.1 微衛(wèi)星位點挖掘
        3.2.2 微衛(wèi)星位點的初篩
        3.2.3 微衛(wèi)星多態(tài)性驗證
    3.3 討論
        3.3.1 轉(zhuǎn)錄組SSR標(biāo)記挖掘
        3.3.2 多態(tài)性位點分析
第4章 密集脅迫后皮膚轉(zhuǎn)錄組變化
    4.1 材料與方法
        4.1.1 樣本采集和脅迫實驗
        4.1.2 RNA提取和測序
        4.1.3 基礎(chǔ)生物信息學(xué)分析
        4.1.4 實時定量PCR(qRT-PCR)驗證
    4.2 結(jié)果和分析
        4.2.1 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
        4.2.2 樣本聚類與差異表達(dá)基因篩選
        4.2.3 GO富集和KEGG通路分析
        4.2.4 密集脅迫應(yīng)激下基因表達(dá)模式
        4.2.5 qRT-PCR驗證差異表達(dá)的基因
    4.3 討論
        4.3.1 腹部皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測序和數(shù)據(jù)分析
        4.3.2 DEG分析和脅迫應(yīng)激下基因表達(dá)模式
        4.3.3 重要的生物學(xué)功能和密集脅迫應(yīng)激通路
第5章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 創(chuàng)新點
    5.3 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間科研成果情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在水產(chǎn)動物研究中的運用[J]. 羅輝,葉華,肖世俊,鄭曙明,王曉清,王志勇.  水產(chǎn)學(xué)報. 2015(04)
[2]鯔魚鰓組織14-3-3a、NKCCla、Apo-14和Na+-K+-ATPaseβ基因表達(dá)對鹽度變化的響應(yīng)[J]. 蔣玫,李磊,沈新強(qiáng),吳慶元,牛俊翔.  生態(tài)學(xué)雜志. 2014(09)
[3]基于轉(zhuǎn)錄組平臺的蛤仔微衛(wèi)星標(biāo)記篩選[J]. 閆路路,秦艷杰,閆喜武,王琳楠,畢成隆,張津源.  生態(tài)學(xué)報. 2015(05)
[4]3種品系尼羅羅非魚生長及高密度脅迫后生理響應(yīng)變化的比較[J]. 強(qiáng)俊,楊弘,何杰,王輝,徐跑,朱志祥.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2014(01)
[5]鹽度對魚類的影響[J]. 康自強(qiáng),鄧超準(zhǔn),于慧娟,林祥日,黃永春.  福建水產(chǎn). 2013(05)
[6]大黃魚微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)及其遺傳方式分析[J]. 葉華,任鵬,劉洋,劉賢德,王志勇.  水生生物學(xué)報. 2012(06)
[7]分子標(biāo)記在魚類中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 孔杰,王金樂,關(guān)梅,楊興.  貴州農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(06)
[8]高通量測序技術(shù)在動植物研究領(lǐng)域中的應(yīng)用[J]. 岳桂東,高強(qiáng),羅龍海,王軍一,許姣卉,尹燁.  中國科學(xué):生命科學(xué). 2012(02)
[9]基于生長和死亡參數(shù)變化的官井洋大黃魚資源現(xiàn)狀分析[J]. 葉金清,徐兆禮,陳佳杰,康偉.  水產(chǎn)學(xué)報. 2012(02)
[10]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒.  遺傳. 2011(11)

博士論文
[1]泥蚶高通量轉(zhuǎn)錄組分析及生長相關(guān)基因的克隆與表達(dá)研究[D]. 董迎輝.中國海洋大學(xué) 2012



本文編號：3556910