大黃魚(yú)（Larimichthys crocea）是中國(guó)重要的海水養(yǎng)殖魚(yú)類(lèi)之一,具有極高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。近十幾年來(lái),隨著大黃魚(yú)人工育苗技術(shù)的成熟和規(guī)�；B(yǎng)殖技術(shù)的發(fā)展,大黃魚(yú)養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)迅猛發(fā)展,創(chuàng)造了顯著的社會(huì)效益和經(jīng)濟(jì)效益。然而,目前關(guān)于該物種的分子遺傳研究及轉(zhuǎn)錄組序列細(xì)致地分析較少,嚴(yán)重影響了功能基因開(kāi)發(fā)的進(jìn)程和分子輔助育種計(jì)劃的開(kāi)展。本研究中,利用Roche 454和Illumina Hiseq 2000高通量測(cè)序平臺(tái)分別對(duì)大黃魚(yú)肝臟和皮膚組織測(cè)序,并完成了轉(zhuǎn)錄組的組裝、注釋、微衛(wèi)星（SSR）標(biāo)記挖掘以及差異表達(dá)基因篩選。主要結(jié)果和結(jié)論如下:1、利用Roche 454焦磷酸測(cè)序的資料對(duì)大黃魚(yú)肝臟組織測(cè)序,共獲得316,523條原始序列。所有轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拼接得到93,801個(gè)unigene,包括4,993個(gè)序列重疊群（isotig）和88,808個(gè)單拷貝序列（singleton）。組裝的轉(zhuǎn)錄組平均長(zhǎng)度332 bp,大小為48.7 Mb。其中,共38,856（41.4%）個(gè)unigene成功注釋到nt、nr、Swiss-Prot、InterPro、COG、GO和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)。根據(jù)注... 

【文章來(lái)源】：集美大學(xué)福建省

【文章頁(yè)數(shù)】：66 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 轉(zhuǎn)錄組及其研究意義
    1.2 測(cè)序技術(shù)及其在魚(yú)類(lèi)轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用
        1.2.1 測(cè)序技術(shù)發(fā)展概況
        1.2.2 新一代高通量測(cè)序技術(shù)
        1.2.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在魚(yú)類(lèi)研究的應(yīng)用
    1.3 魚(yú)類(lèi)分子標(biāo)記研究應(yīng)用
        1.3.1 RAPD
        1.3.2 AFLP
        1.3.3 微衛(wèi)星
        1.3.4 SNP
    1.4 魚(yú)類(lèi)應(yīng)激的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
        1.4.1 溫度影響
        1.4.2 低氧應(yīng)激
        1.4.3 疾病免疫
        1.4.4 鹽度變化
        1.4.5 密集脅迫
    1.5 本研究的目的及內(nèi)容
第2章 基于454焦磷酸測(cè)序的大黃魚(yú)肝臟轉(zhuǎn)錄組分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.2 RNA提取和質(zhì)量檢測(cè)
        2.1.3 Roche454轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建與測(cè)序
        2.1.4 數(shù)據(jù)處理
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 454焦磷酸測(cè)序數(shù)據(jù)和肝臟轉(zhuǎn)錄組拼接
        2.2.2 肝臟轉(zhuǎn)錄組功能注釋
        2.2.3 識(shí)別生長(zhǎng)、免疫相關(guān)的基因
    2.3 討論
        2.3.1 高通量測(cè)序與肝臟轉(zhuǎn)錄組研究
        2.3.2 生長(zhǎng)與免疫相關(guān)基因檢測(cè)
第3章 利用大黃魚(yú)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘微衛(wèi)星標(biāo)記
    3.1 材料和方法
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    3.2 結(jié)果和分析
        3.2.1 微衛(wèi)星位點(diǎn)挖掘
        3.2.2 微衛(wèi)星位點(diǎn)的初篩
        3.2.3 微衛(wèi)星多態(tài)性驗(yàn)證
    3.3 討論
        3.3.1 轉(zhuǎn)錄組SSR標(biāo)記挖掘
        3.3.2 多態(tài)性位點(diǎn)分析
第4章 密集脅迫后皮膚轉(zhuǎn)錄組變化
    4.1 材料與方法
        4.1.1 樣本采集和脅迫實(shí)驗(yàn)
        4.1.2 RNA提取和測(cè)序
        4.1.3 基礎(chǔ)生物信息學(xué)分析
        4.1.4 實(shí)時(shí)定量PCR(qRT-PCR)驗(yàn)證
    4.2 結(jié)果和分析
        4.2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
        4.2.2 樣本聚類(lèi)與差異表達(dá)基因篩選
        4.2.3 GO富集和KEGG通路分析
        4.2.4 密集脅迫應(yīng)激下基因表達(dá)模式
        4.2.5 qRT-PCR驗(yàn)證差異表達(dá)的基因
    4.3 討論
        4.3.1 腹部皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和數(shù)據(jù)分析
        4.3.2 DEG分析和脅迫應(yīng)激下基因表達(dá)模式
        4.3.3 重要的生物學(xué)功能和密集脅迫應(yīng)激通路
第5章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 創(chuàng)新點(diǎn)
    5.3 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間科研成果情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]鯔魚(yú)鰓組織14-3-3a、NKCCla、Apo-14和Na+-K+-ATPaseβ基因表達(dá)對(duì)鹽度變化的響應(yīng)[J]. 蔣玫,李磊,沈新強(qiáng),吳慶元,�？∠�.  生態(tài)學(xué)雜志. 2014(09)
[3]基于轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)的蛤仔微衛(wèi)星標(biāo)記篩選[J]. 閆路路,秦艷杰,閆喜武,王琳楠,畢成隆,張津源.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2015(05)
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[5]鹽度對(duì)魚(yú)類(lèi)的影響[J]. 康自強(qiáng),鄧超準(zhǔn),于慧娟,林祥日,黃永春.  福建水產(chǎn). 2013(05)
[6]大黃魚(yú)微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及其遺傳方式分析[J]. 葉華,任鵬,劉洋,劉賢德,王志勇.  水生生物學(xué)報(bào). 2012(06)
[7]分子標(biāo)記在魚(yú)類(lèi)中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 孔杰,王金樂(lè),關(guān)梅,楊興.  貴州農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(06)
[8]高通量測(cè)序技術(shù)在動(dòng)植物研究領(lǐng)域中的應(yīng)用[J]. 岳桂東,高強(qiáng),羅龍海,王軍一,許姣卉,尹燁.  中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2012(02)
[9]基于生長(zhǎng)和死亡參數(shù)變化的官井洋大黃魚(yú)資源現(xiàn)狀分析[J]. 葉金清,徐兆禮,陳佳杰,康偉.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2012(02)
[10]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒.  遺傳. 2011(11)

博士論文
[1]泥蚶高通量轉(zhuǎn)錄組分析及生長(zhǎng)相關(guān)基因的克隆與表達(dá)研究[D]. 董迎輝.中國(guó)海洋大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3556910