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念珠藻葛仙米藻藍(lán)蛋白α與β亞基基因克

發(fā)布時(shí)間:2021-12-24 16:27
  天然抗氧化劑對于清除人體內(nèi)自由基、保障健康具有重要作用。藻藍(lán)蛋白(phycocyanin, PC)是藍(lán)藻等藻類細(xì)胞內(nèi)的一類特殊色素蛋白,具捕獲光能的功能。體外研究發(fā)現(xiàn),藻藍(lán)蛋白具有較顯著的抗氧化、抑癌細(xì)胞增殖等生物活性。試驗(yàn)利用食源性的擬球狀念珠藻葛仙米(Nostoc sphaeroides)的基因組DNA為材料,借助PCR擴(kuò)增克隆葛仙米藻藍(lán)蛋白兩個(gè)重要亞基α與β基因,Ns-PC-α和Ns-PC-β。結(jié)果表明,葛仙米基因組中,Ns-PC-α和Ns-PC-β基因編碼框長度分別為492 bp和522 bp;Ns-PC-α和Ns-PC-β基因以雙順反子形式存在,Ns-PC-α位于Ns-PC-β下游。Ns-PC-α和Ns-PC-β分別編碼由163與173個(gè)氨基酸組成的蛋白。Ns-PC-α和Ns-PC-β亞基蛋白多肽鏈中共含有3個(gè)半胱氨酸殘基(Ns-PC-α的第85位與Ns-PC-β中的第83位氨基酸殘基和第154位氨基酸殘基),很可能是藻藍(lán)膽素的結(jié)合位點(diǎn)。原核表達(dá)顯示Ns-PC-α和Ns-PC-β分子量為近18 kD,Ns-PC-α比Ns-PC-β略小,與預(yù)測結(jié)果一致。模擬其高級結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)Ns... 

【文章來源】:基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】:7 頁

【部分圖文】:

念珠藻葛仙米藻藍(lán)蛋白α與β亞基基因克


干季和濕季組的門分類組成

群落結(jié)構(gòu),概況,豐度,樣品


將所有樣品根據(jù)季節(jié)分為干季(Dry)和濕季(Wet)2組(圖2)。在門分類水平上,兩組的優(yōu)勢分類群顯示出相似的組成結(jié)構(gòu)(圖2)。綠彎菌門(Chloroflexi)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、酸桿菌門(Acidobacteria)和浮霉菌門(Planctomycetes)在干季的豐度分別為9.81%、7.66%、6.56%和5.40%,高于這些分類群在濕季所占6.79%、6.26%、4.96%和0.55%的豐度(圖2)。使用軟件STAMP(v2.1.3)(Parks et al.,2014)對干、濕兩季的菌群豐度進(jìn)行顯著差異分析(p<0.05),發(fā)現(xiàn)細(xì)菌的相對豐度在干季顯著高于濕季,而古菌在濕季則顯著高于干季(圖3A)。以及發(fā)現(xiàn)共有30個(gè)門、61個(gè)綱、75個(gè)目、88個(gè)科、115個(gè)屬和41個(gè)種在2組之間顯示出顯著差異。顯著差異的門分類(圖3B)主要包括浮霉菌門(Planctomycetes)、綠彎菌門(Chloroflexi)、放線菌門(Actinobacteria)、螺旋體門(Spirochaetes)、Latescibacteria和酸桿菌門(Acidobacteria)。其中只有放線菌門(Actinobacteria)表現(xiàn)為在干季組顯著低于濕季組。在綱水平(圖3C),顯著差異主要表現(xiàn)在γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、酸微菌綱(Acidimicrobiia)、硝化螺旋菌綱(Nitrospira)、Holophagae、噬纖維菌綱(Cytophagia)和厭氧繩菌綱(Anaerolineae),前三者在濕季組中顯著高于干季組,而后三者在干季組中顯著高于濕季組(圖3C)。

微生物,紅樹林,氧化還原,鹽度


圖6 微生物群落結(jié)構(gòu)與pH,鹽度(Salinity),溫度(Temp),氧化還原電位(Eh)等環(huán)境因子的RDA香農(nóng)指數(shù)和Chao1指數(shù)均表明干季紅樹林沉積物的微生物α多樣性顯著高于濕季(圖4)。Ladau等(2013)的研究表明溫帶海洋中的微生物多樣性在干季達(dá)到峰值。紅樹林位于海洋和陸地的交界處,受到潮汐的反復(fù)沖刷,因此受海洋環(huán)境的影響較大,北部灣紅樹林地處亞熱帶地區(qū),這可能是紅樹林沉積物中微生物α多樣性在干季較高的原因。PCoA也顯示相比于同一采樣區(qū)域,同一季節(jié)采集的樣品之間具有更相似的微生物群落結(jié)構(gòu)(圖5)。以上α多樣性和β多樣性的分析表明了紅樹林沉積物的微生物群落結(jié)構(gòu)在干季和濕季之間有較大的差異。

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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本文編號:3550818

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