念珠藻葛仙米藻藍(lán)蛋白α與β亞基基因克
發(fā)布時(shí)間:2021-12-24 16:27
天然抗氧化劑對于清除人體內(nèi)自由基、保障健康具有重要作用。藻藍(lán)蛋白(phycocyanin, PC)是藍(lán)藻等藻類細(xì)胞內(nèi)的一類特殊色素蛋白,具捕獲光能的功能。體外研究發(fā)現(xiàn),藻藍(lán)蛋白具有較顯著的抗氧化、抑癌細(xì)胞增殖等生物活性。試驗(yàn)利用食源性的擬球狀念珠藻葛仙米(Nostoc sphaeroides)的基因組DNA為材料,借助PCR擴(kuò)增克隆葛仙米藻藍(lán)蛋白兩個(gè)重要亞基α與β基因,Ns-PC-α和Ns-PC-β。結(jié)果表明,葛仙米基因組中,Ns-PC-α和Ns-PC-β基因編碼框長度分別為492 bp和522 bp;Ns-PC-α和Ns-PC-β基因以雙順反子形式存在,Ns-PC-α位于Ns-PC-β下游。Ns-PC-α和Ns-PC-β分別編碼由163與173個(gè)氨基酸組成的蛋白。Ns-PC-α和Ns-PC-β亞基蛋白多肽鏈中共含有3個(gè)半胱氨酸殘基(Ns-PC-α的第85位與Ns-PC-β中的第83位氨基酸殘基和第154位氨基酸殘基),很可能是藻藍(lán)膽素的結(jié)合位點(diǎn)。原核表達(dá)顯示Ns-PC-α和Ns-PC-β分子量為近18 kD,Ns-PC-α比Ns-PC-β略小,與預(yù)測結(jié)果一致。模擬其高級結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)Ns...
【文章來源】:基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
干季和濕季組的門分類組成
將所有樣品根據(jù)季節(jié)分為干季(Dry)和濕季(Wet)2組(圖2)。在門分類水平上,兩組的優(yōu)勢分類群顯示出相似的組成結(jié)構(gòu)(圖2)。綠彎菌門(Chloroflexi)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、酸桿菌門(Acidobacteria)和浮霉菌門(Planctomycetes)在干季的豐度分別為9.81%、7.66%、6.56%和5.40%,高于這些分類群在濕季所占6.79%、6.26%、4.96%和0.55%的豐度(圖2)。使用軟件STAMP(v2.1.3)(Parks et al.,2014)對干、濕兩季的菌群豐度進(jìn)行顯著差異分析(p<0.05),發(fā)現(xiàn)細(xì)菌的相對豐度在干季顯著高于濕季,而古菌在濕季則顯著高于干季(圖3A)。以及發(fā)現(xiàn)共有30個(gè)門、61個(gè)綱、75個(gè)目、88個(gè)科、115個(gè)屬和41個(gè)種在2組之間顯示出顯著差異。顯著差異的門分類(圖3B)主要包括浮霉菌門(Planctomycetes)、綠彎菌門(Chloroflexi)、放線菌門(Actinobacteria)、螺旋體門(Spirochaetes)、Latescibacteria和酸桿菌門(Acidobacteria)。其中只有放線菌門(Actinobacteria)表現(xiàn)為在干季組顯著低于濕季組。在綱水平(圖3C),顯著差異主要表現(xiàn)在γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、酸微菌綱(Acidimicrobiia)、硝化螺旋菌綱(Nitrospira)、Holophagae、噬纖維菌綱(Cytophagia)和厭氧繩菌綱(Anaerolineae),前三者在濕季組中顯著高于干季組,而后三者在干季組中顯著高于濕季組(圖3C)。
圖6 微生物群落結(jié)構(gòu)與pH,鹽度(Salinity),溫度(Temp),氧化還原電位(Eh)等環(huán)境因子的RDA香農(nóng)指數(shù)和Chao1指數(shù)均表明干季紅樹林沉積物的微生物α多樣性顯著高于濕季(圖4)。Ladau等(2013)的研究表明溫帶海洋中的微生物多樣性在干季達(dá)到峰值。紅樹林位于海洋和陸地的交界處,受到潮汐的反復(fù)沖刷,因此受海洋環(huán)境的影響較大,北部灣紅樹林地處亞熱帶地區(qū),這可能是紅樹林沉積物中微生物α多樣性在干季較高的原因。PCoA也顯示相比于同一采樣區(qū)域,同一季節(jié)采集的樣品之間具有更相似的微生物群落結(jié)構(gòu)(圖5)。以上α多樣性和β多樣性的分析表明了紅樹林沉積物的微生物群落結(jié)構(gòu)在干季和濕季之間有較大的差異。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]芍藥苷減輕四氯化碳誘導(dǎo)的急性肝損傷[J]. 郭心怡,尹昕茹,袁紅梅,萬敬員. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(08)
[2]油茶餅提取物的抗氧化活性研究及酚類化合物含量的測定[J]. 葉洲辰,吳友根,于靖,周開兵,林尤奮,王健,陳健妙,胡新文. 分子植物育種. 2017(09)
[3]七種藤黃科植物樹皮抗氧化性及游離型總多酚、總黃酮含量的測定[J]. 劉子金,楊小波,蘇凡,李東海,岑舉人. 分子植物育種. 2016(12)
[4]葛仙米藻膽蛋白提高小鼠免疫功能的研究(英文)[J]. 程超,徐會(huì),李偉,張秋萍,汪興平. 食品科學(xué). 2016(05)
[5]藻藍(lán)蛋白抗氧化作用及其藥理活性研究進(jìn)展[J]. 夏冬,孫軍燕,劉娜娜,劉冰,杜振寧. 海洋科學(xué). 2015(07)
[6]重組別藻藍(lán)蛋白(holo-apcB)的抗氧化活性研究[J]. 周孫林,陳華新,姜鵬,李富超,唐東山. 現(xiàn)代食品科技. 2014(08)
[7]藻藍(lán)蛋白抑制血管平滑肌細(xì)胞過度增殖性管腔狹窄的機(jī)制研究[J]. 褚現(xiàn)明,冷敏,安毅,李冰,李丹,李永紅,徐慶科,李健. 中國藥理學(xué)通報(bào). 2012(10)
[8]利用改良CTAB法提取澳洲堅(jiān)果成熟葉片高質(zhì)量DNA[J]. 郭凌飛,鄒明宏,曾輝,杜麗清,陸超忠. 分子植物育種. 2007(S1)
[9]葛仙米藻藍(lán)蛋白抗氧化作用研究[J]. 汪興平,謝筆均,潘思軼,陳德文,趙利霞. 食品科學(xué). 2007(12)
本文編號:3550818
【文章來源】:基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
干季和濕季組的門分類組成
將所有樣品根據(jù)季節(jié)分為干季(Dry)和濕季(Wet)2組(圖2)。在門分類水平上,兩組的優(yōu)勢分類群顯示出相似的組成結(jié)構(gòu)(圖2)。綠彎菌門(Chloroflexi)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、酸桿菌門(Acidobacteria)和浮霉菌門(Planctomycetes)在干季的豐度分別為9.81%、7.66%、6.56%和5.40%,高于這些分類群在濕季所占6.79%、6.26%、4.96%和0.55%的豐度(圖2)。使用軟件STAMP(v2.1.3)(Parks et al.,2014)對干、濕兩季的菌群豐度進(jìn)行顯著差異分析(p<0.05),發(fā)現(xiàn)細(xì)菌的相對豐度在干季顯著高于濕季,而古菌在濕季則顯著高于干季(圖3A)。以及發(fā)現(xiàn)共有30個(gè)門、61個(gè)綱、75個(gè)目、88個(gè)科、115個(gè)屬和41個(gè)種在2組之間顯示出顯著差異。顯著差異的門分類(圖3B)主要包括浮霉菌門(Planctomycetes)、綠彎菌門(Chloroflexi)、放線菌門(Actinobacteria)、螺旋體門(Spirochaetes)、Latescibacteria和酸桿菌門(Acidobacteria)。其中只有放線菌門(Actinobacteria)表現(xiàn)為在干季組顯著低于濕季組。在綱水平(圖3C),顯著差異主要表現(xiàn)在γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、酸微菌綱(Acidimicrobiia)、硝化螺旋菌綱(Nitrospira)、Holophagae、噬纖維菌綱(Cytophagia)和厭氧繩菌綱(Anaerolineae),前三者在濕季組中顯著高于干季組,而后三者在干季組中顯著高于濕季組(圖3C)。
圖6 微生物群落結(jié)構(gòu)與pH,鹽度(Salinity),溫度(Temp),氧化還原電位(Eh)等環(huán)境因子的RDA香農(nóng)指數(shù)和Chao1指數(shù)均表明干季紅樹林沉積物的微生物α多樣性顯著高于濕季(圖4)。Ladau等(2013)的研究表明溫帶海洋中的微生物多樣性在干季達(dá)到峰值。紅樹林位于海洋和陸地的交界處,受到潮汐的反復(fù)沖刷,因此受海洋環(huán)境的影響較大,北部灣紅樹林地處亞熱帶地區(qū),這可能是紅樹林沉積物中微生物α多樣性在干季較高的原因。PCoA也顯示相比于同一采樣區(qū)域,同一季節(jié)采集的樣品之間具有更相似的微生物群落結(jié)構(gòu)(圖5)。以上α多樣性和β多樣性的分析表明了紅樹林沉積物的微生物群落結(jié)構(gòu)在干季和濕季之間有較大的差異。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]芍藥苷減輕四氯化碳誘導(dǎo)的急性肝損傷[J]. 郭心怡,尹昕茹,袁紅梅,萬敬員. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(08)
[2]油茶餅提取物的抗氧化活性研究及酚類化合物含量的測定[J]. 葉洲辰,吳友根,于靖,周開兵,林尤奮,王健,陳健妙,胡新文. 分子植物育種. 2017(09)
[3]七種藤黃科植物樹皮抗氧化性及游離型總多酚、總黃酮含量的測定[J]. 劉子金,楊小波,蘇凡,李東海,岑舉人. 分子植物育種. 2016(12)
[4]葛仙米藻膽蛋白提高小鼠免疫功能的研究(英文)[J]. 程超,徐會(huì),李偉,張秋萍,汪興平. 食品科學(xué). 2016(05)
[5]藻藍(lán)蛋白抗氧化作用及其藥理活性研究進(jìn)展[J]. 夏冬,孫軍燕,劉娜娜,劉冰,杜振寧. 海洋科學(xué). 2015(07)
[6]重組別藻藍(lán)蛋白(holo-apcB)的抗氧化活性研究[J]. 周孫林,陳華新,姜鵬,李富超,唐東山. 現(xiàn)代食品科技. 2014(08)
[7]藻藍(lán)蛋白抑制血管平滑肌細(xì)胞過度增殖性管腔狹窄的機(jī)制研究[J]. 褚現(xiàn)明,冷敏,安毅,李冰,李丹,李永紅,徐慶科,李健. 中國藥理學(xué)通報(bào). 2012(10)
[8]利用改良CTAB法提取澳洲堅(jiān)果成熟葉片高質(zhì)量DNA[J]. 郭凌飛,鄒明宏,曾輝,杜麗清,陸超忠. 分子植物育種. 2007(S1)
[9]葛仙米藻藍(lán)蛋白抗氧化作用研究[J]. 汪興平,謝筆均,潘思軼,陳德文,趙利霞. 食品科學(xué). 2007(12)
本文編號:3550818
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