多鱗鱚vhl基因克隆及其低氧脅迫下的表達(dá)變化
發(fā)布時(shí)間：2021-12-23 10:45
【目的】克隆多鱗鱚林島綜合征基因（vhl）并分析其在低氧脅迫下的表達(dá)變化,為揭示多鱗鱚應(yīng)對(duì)低氧的適應(yīng)機(jī)制提供研究資料,也為今后開展多鱗鱚新品種選育提供候選基因�！痉椒ā坎捎肞CR克隆多鱗鱚vhl基因c DNA全長(zhǎng)序列,利用EditSeq、SMART、Signal IP 4.1及ClustalX等在線軟件進(jìn)行生物信息學(xué)分析;并以半定量PCR檢測(cè)多鱗鱚vhl基因在不同組織中的表達(dá)情況,采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析低氧脅迫對(duì)多鱗鱚vhl基因在鰓組織和心臟中表達(dá)的影響�！窘Y(jié)果】多鱗鱚vhl基因cDNA序列全長(zhǎng)727 bp,包括120 bp的5’端非編碼區(qū)（5’-TUR）、106 bp的3’端非編碼區(qū)（3’-TUR）和504 bp的開放閱讀框（ORF）,共編碼167個(gè)氨基酸殘基,編碼蛋白存在4個(gè)結(jié)構(gòu)域,即Pfam:VHL（第12～93位氨基酸）、Pfam:VHLC（第5～22、31～39和98～153位氨基酸）、ParB結(jié)構(gòu)域（第100～162位氨基酸）和SOCSbox結(jié)構(gòu)域（第104～140位氨基酸）。多鱗鱚vhl氨基酸序列與盲曹魚vhl氨基酸序列的同...
【文章來源】：南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,51(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：8 頁
【部分圖文】：
多鱗鱚vhl基因cDNA序列及其推導(dǎo)氨基酸序列
vhl氨基酸序列BLASTp比對(duì)分析結(jié)果顯示，多鱗鱚vhl氨基酸序列與盲曹魚（Lates calcarifer)vhl氨基酸序列的同源性最高（81%），與高體鰤（Seriola dumerili）、攀鱸（Anabas testudineus）、尼羅羅非魚（Oreochromis niloticus）的vhl氨基酸序列同源性較高（73%～78%），與爬行類、兩棲類和哺乳類等高級(jí)脊椎動(dòng)物的同源性為52%～54%（表2和圖2）。從基于vhl氨基酸序列同源性構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹（圖3）也可看出，所有魚類聚為一支，而爬行類、兩棲類和哺乳類聚為一支。其中，多鱗鱚與鱸形目的高體鰤、盲曹魚、尼羅羅非魚和攀鱸先聚為一小分支，且與攀鱸的親緣關(guān)系最近，與尼羅羅非魚、攀鱸和高體鰤的親緣關(guān)系次之，與斑點(diǎn)雀鱔（Lepisosteus oculatus）、斑馬魚（Danio rerio）和虹鱒（Oncorhynchus mykiss）等魚類的親緣關(guān)系相對(duì)較遠(yuǎn)。2.3 多鱗鱚vhl基因在不同組織中的表達(dá)情況
HIF介導(dǎo)的低氧信號(hào)通路是細(xì)胞產(chǎn)生低氧應(yīng)答的核心信號(hào)通路之一（李福祥等，2004;Dunwoodie,2009；肖武漢，2014），而vhl在低氧信號(hào)通路中發(fā)揮重要作用。目前，關(guān)于vhl基因的研究集中在哺乳類動(dòng)物中，針對(duì)魚類的研究較少。本研究成功克隆獲得多鱗鱚vhl基因cDNA序列全長(zhǎng)727 bp，包括120 bp的5"-TUR、106 bp的3"-TUR和504 bp的ORF，共編碼167個(gè)氨基酸殘基。多鱗鱚vhl基因編碼蛋白有4個(gè)結(jié)構(gòu)域，分別是Pfam:VHL（第12～93位氨基酸）、Pfam:VHL＿C（第5～22、31～39和98～153位氨基酸）、ParB（第100～162位氨基酸）和SOCS＿box（第104～140位氨基酸）。其中，Pfam:VHL是由β-折疊組成的β-結(jié)構(gòu)域（第12～93位氨基酸）（Stebbins et al.,1999);Pfam:VHL＿C是由2個(gè)連接體（第5～22和31～39位氨基酸）和1個(gè)極性接口（第98～153位氨基酸）組成的α-螺旋結(jié)構(gòu)域（Stebbins et al.,1999）；在哺乳動(dòng)物Sulfiredoxin-1蛋白中含有ParB結(jié)構(gòu)域，而該蛋白有助于抗氧化應(yīng)激（Chang et al.,2004;Figge et al.,2010);SOCS＿box結(jié)構(gòu)域是特定底物與蛋白結(jié)合的位點(diǎn)（Bullock et al.,2007），如E3泛素蛋白連接酶。上述結(jié)構(gòu)域功能進(jìn)一步證實(shí)vhl在低氧信號(hào)通路中發(fā)揮重要作用。多鱗鱚與其他脊椎動(dòng)物的vhl氨基酸序列同源性比對(duì)分析結(jié)果表明，多鱗鱚與盲曹魚的同源性最高，為81%，與鱸形目其他魚類的同源性為73%～78%，與其他硬骨魚類的同源性為60%～67%，與爬行類、兩棲類和哺乳類的同源性較低（52%～54%）。系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化分析結(jié)果也顯示，多鱗鱚與鱸形目魚類聚為一支，即vhl的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化關(guān)系與分類學(xué)進(jìn)化關(guān)系一致。圖4 多鱗鱚vhl基因在各組織中的表達(dá)分布情況
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]低氧和復(fù)氧對(duì)日本沼蝦抗氧化酶活力及組織結(jié)構(gòu)的影響[J]. 楊明,孫盛明,傅洪拓,喬慧,張文宜,龔永生,蔣速飛,熊貽偉,許蕾,趙才源,王亞冰,胡宇寧. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2019(03)
[2]低氧脅迫與常氧條件下斑馬魚鰓中熱休克蛋白基因家族的表達(dá)差異比較[J]. 狄治朝,周濤,許強(qiáng)華. 大連海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(06)
[3]低氧對(duì)斑馬魚細(xì)胞存活能力的影響[J]. 武曉會(huì),劉洋,狄治朝,趙文靜,王叢叢,許強(qiáng)華. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(08)
[4]低氧信號(hào)傳導(dǎo)途徑與魚類低氧適應(yīng)[J]. 肖武漢. 中國科學(xué):生命科學(xué). 2014(12)
[5]多鱗鱚Sillago sihama Forskál人工繁殖研究[J]. 黃洋,杜濤,黃海立. 廣東海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(01)
[6]多鱗鱚采捕暫養(yǎng)的初步研究[J]. 杜濤,黃洋,曹劍香. 養(yǎng)殖與飼料. 2009(10)
[7]多鱗(魚喜)生物學(xué)特性及室內(nèi)養(yǎng)殖試驗(yàn)[J]. 杜濤,黃洋. 水產(chǎn)養(yǎng)殖. 2009(03)
[8]低氧誘導(dǎo)因子及其低氧調(diào)節(jié)機(jī)制[J]. 李福祥,全燕,夏前明. 中國臨床康復(fù). 2004(30)
碩士論文
[1]鱚科幾種魚類的形態(tài)學(xué)及遺傳學(xué)研究[D]. 薛泰強(qiáng).中國海洋大學(xué) 2010
本文編號(hào)：3548331
【文章來源】：南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,51(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：8 頁
【部分圖文】：
多鱗鱚vhl基因cDNA序列及其推導(dǎo)氨基酸序列
vhl氨基酸序列BLASTp比對(duì)分析結(jié)果顯示，多鱗鱚vhl氨基酸序列與盲曹魚（Lates calcarifer)vhl氨基酸序列的同源性最高（81%），與高體鰤（Seriola dumerili）、攀鱸（Anabas testudineus）、尼羅羅非魚（Oreochromis niloticus）的vhl氨基酸序列同源性較高（73%～78%），與爬行類、兩棲類和哺乳類等高級(jí)脊椎動(dòng)物的同源性為52%～54%（表2和圖2）。從基于vhl氨基酸序列同源性構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹（圖3）也可看出，所有魚類聚為一支，而爬行類、兩棲類和哺乳類聚為一支。其中，多鱗鱚與鱸形目的高體鰤、盲曹魚、尼羅羅非魚和攀鱸先聚為一小分支，且與攀鱸的親緣關(guān)系最近，與尼羅羅非魚、攀鱸和高體鰤的親緣關(guān)系次之，與斑點(diǎn)雀鱔（Lepisosteus oculatus）、斑馬魚（Danio rerio）和虹鱒（Oncorhynchus mykiss）等魚類的親緣關(guān)系相對(duì)較遠(yuǎn)。2.3 多鱗鱚vhl基因在不同組織中的表達(dá)情況
HIF介導(dǎo)的低氧信號(hào)通路是細(xì)胞產(chǎn)生低氧應(yīng)答的核心信號(hào)通路之一（李福祥等，2004;Dunwoodie,2009；肖武漢，2014），而vhl在低氧信號(hào)通路中發(fā)揮重要作用。目前，關(guān)于vhl基因的研究集中在哺乳類動(dòng)物中，針對(duì)魚類的研究較少。本研究成功克隆獲得多鱗鱚vhl基因cDNA序列全長(zhǎng)727 bp，包括120 bp的5"-TUR、106 bp的3"-TUR和504 bp的ORF，共編碼167個(gè)氨基酸殘基。多鱗鱚vhl基因編碼蛋白有4個(gè)結(jié)構(gòu)域，分別是Pfam:VHL（第12～93位氨基酸）、Pfam:VHL＿C（第5～22、31～39和98～153位氨基酸）、ParB（第100～162位氨基酸）和SOCS＿box（第104～140位氨基酸）。其中，Pfam:VHL是由β-折疊組成的β-結(jié)構(gòu)域（第12～93位氨基酸）（Stebbins et al.,1999);Pfam:VHL＿C是由2個(gè)連接體（第5～22和31～39位氨基酸）和1個(gè)極性接口（第98～153位氨基酸）組成的α-螺旋結(jié)構(gòu)域（Stebbins et al.,1999）；在哺乳動(dòng)物Sulfiredoxin-1蛋白中含有ParB結(jié)構(gòu)域，而該蛋白有助于抗氧化應(yīng)激（Chang et al.,2004;Figge et al.,2010);SOCS＿box結(jié)構(gòu)域是特定底物與蛋白結(jié)合的位點(diǎn)（Bullock et al.,2007），如E3泛素蛋白連接酶。上述結(jié)構(gòu)域功能進(jìn)一步證實(shí)vhl在低氧信號(hào)通路中發(fā)揮重要作用。多鱗鱚與其他脊椎動(dòng)物的vhl氨基酸序列同源性比對(duì)分析結(jié)果表明，多鱗鱚與盲曹魚的同源性最高，為81%，與鱸形目其他魚類的同源性為73%～78%，與其他硬骨魚類的同源性為60%～67%，與爬行類、兩棲類和哺乳類的同源性較低（52%～54%）。系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化分析結(jié)果也顯示，多鱗鱚與鱸形目魚類聚為一支，即vhl的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化關(guān)系與分類學(xué)進(jìn)化關(guān)系一致。圖4 多鱗鱚vhl基因在各組織中的表達(dá)分布情況
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]低氧和復(fù)氧對(duì)日本沼蝦抗氧化酶活力及組織結(jié)構(gòu)的影響[J]. 楊明,孫盛明,傅洪拓,喬慧,張文宜,龔永生,蔣速飛,熊貽偉,許蕾,趙才源,王亞冰,胡宇寧. 中國水產(chǎn)科學(xué). 2019(03)
[2]低氧脅迫與常氧條件下斑馬魚鰓中熱休克蛋白基因家族的表達(dá)差異比較[J]. 狄治朝,周濤,許強(qiáng)華. 大連海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(06)
[3]低氧對(duì)斑馬魚細(xì)胞存活能力的影響[J]. 武曉會(huì),劉洋,狄治朝,趙文靜,王叢叢,許強(qiáng)華. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(08)
[4]低氧信號(hào)傳導(dǎo)途徑與魚類低氧適應(yīng)[J]. 肖武漢. 中國科學(xué):生命科學(xué). 2014(12)
[5]多鱗鱚Sillago sihama Forskál人工繁殖研究[J]. 黃洋,杜濤,黃海立. 廣東海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(01)
[6]多鱗鱚采捕暫養(yǎng)的初步研究[J]. 杜濤,黃洋,曹劍香. 養(yǎng)殖與飼料. 2009(10)
[7]多鱗(魚喜)生物學(xué)特性及室內(nèi)養(yǎng)殖試驗(yàn)[J]. 杜濤,黃洋. 水產(chǎn)養(yǎng)殖. 2009(03)
[8]低氧誘導(dǎo)因子及其低氧調(diào)節(jié)機(jī)制[J]. 李福祥,全燕,夏前明. 中國臨床康復(fù). 2004(30)
碩士論文
[1]鱚科幾種魚類的形態(tài)學(xué)及遺傳學(xué)研究[D]. 薛泰強(qiáng).中國海洋大學(xué) 2010
本文編號(hào)：3548331
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