雜種優(yōu)勢對刺參的育種具有重要意義,但其分子機理仍未得到充分研究。在本研究中,利用俄羅斯（R）和中國（C）刺參的親本,構(gòu)建了純種（CC和RR）和雜交家系F1代（CR和RC）。并通過第二代測序技術(shù)進行了F1純種和正反交群體的刺參轉(zhuǎn)錄組和miRNA測序,獲得了不同發(fā)育時期的純種和雜交群體的轉(zhuǎn)錄譜。本次實驗獲得了60.27Gb的數(shù)據(jù)量,并鑒定了176,649個unigene,其中有50,312個unigene基因被成功注釋,以及202個miRNA,包括7個已知的miRNA、195個未被鑒定的miRNA和175個miRNA被鑒定為差異表達(dá)的miRNA（diffmRNA）。此外,對于不同家系的刺參基因的表達(dá),構(gòu)建了不同的差異分組,在刺參受精的45天、75天以及9月的雜交群體和純種家系中發(fā)現(xiàn)了1,097-8,218個DEGs。為了獲得生長性狀的差異,對刺參45日齡和75日齡的不同家系構(gòu)建了生長相關(guān)基因表達(dá)趨勢圖譜。根據(jù)GO和nr注釋,共發(fā)現(xiàn)了31個生長相關(guān)的差異基因,這些生長相關(guān)的基因在雜種刺參中出現(xiàn)了上調(diào)表達(dá),如gfs、igfs、megfs和hgfs等。此外,我們將這些差異基因進行了KEGG調(diào)控網(wǎng)... 

【文章來源】：大連海洋大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

刺參體壁結(jié)構(gòu)圖

可以間接推測未知 miRNA 的功能，為人們更好地從分子生物學(xué)的角度了參的生長發(fā)育及培育新品種提供了有效的理論基礎(chǔ)。1.6.1 研究內(nèi)容（1）原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控和統(tǒng)計（2）轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)組裝（3）基因和小 RNA 的注釋（4）基因和 miRNA 表達(dá)量分析（5）基因功能注釋（6）基因結(jié)構(gòu)和靶基因預(yù)測分析（7）差異基因功能富集分析1.6.2 技術(shù)路線本研究的技術(shù)路線如圖 1.2 所示：

2.3.2.2 cDNA 文庫的構(gòu)建待樣品檢測合格后，進行 cDNA 文庫的構(gòu)建，主要流程如下：(1)用帶有 Oligo（dT）的磁珠富集刺參轉(zhuǎn)錄本 mRNA；(2) 加入片段化緩沖液將 mRNA 進行隨機打斷；(3) 以 mRNA為模板，用 6 堿基隨機引物合成 cDNA 第一條鏈，然后加入緩沖液、核糖核酸酶、脫氧核苷三磷酸和 DNA 聚合酶合成第二條 cDNA 鏈，利用 AMPure XP 磁珠純化 cDNA；(4) 純化的雙鏈 cDNA 再進行末端修復(fù)、加 poly A 尾并連接測序接頭，然后用核酸純化試劑盒進行片段大小選擇；(5) 最后通過 PCR 反應(yīng)富集得到 cDNA 文庫。2.3.2.3 小 RNA 文庫的構(gòu)建樣品檢測合格后，取 1.5ug 檢測后的 RNA 樣本加水補充體積至 6ul，使用 small RNASample Pre Kit 試劑盒進行文庫構(gòu)建。利用 T4 RNA 連接酶 1 與小 RNA 的 5'端的磷酸基團接合，利用 3'端的羥基與 T4 RNA 連接酶 2 連接上接頭，之后將 miRNA 反轉(zhuǎn)錄合成 cDNA，進行 PCR 擴增，利用膠分離技術(shù)篩選目的片段，切膠回收得到的片段即為小 RNA 文庫，具體步驟如圖 2.1 A 所示。AB

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]4個不同地理群體刺參雜交的雜種優(yōu)勢及配合力分析[J]. 鄭言鑫,趙春暖,于濤,蔡忠強,林建國,秦搏.  上海海洋大學(xué)學(xué)報. 2017(01)
[2]刺參補體AjC3活性相關(guān)miRNA的篩選與初步研究[J]. 翟鈺,曹雁惠,張峰,常亞青.  大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2015(06)
[3]中間球海膽(♀)與光棘球海膽(♂)種間雜交及自繁后代生長與表型特征比較[J]. 亓守冰,張偉杰,常亞青,田曉飛,王海峰,趙帥,經(jīng)晨晨.  大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2015(05)
[4]影響仿刺參生長的主要因子研究進展[J]. 李樂,王宇辰,高磊,李云峰,高祥剛,蘇浩,鮑相渤,劉衛(wèi)東,赫崇波.  水產(chǎn)科學(xué). 2015(01)
[5]中間球海膽、光棘球海膽自繁和雜交后代幼體發(fā)育及對高溫的反應(yīng)[J]. 田曉飛,常亞青,張偉杰,經(jīng)晨晨,亓守冰.  大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2014(05)
[6]夏眠期間仿刺參生長、腸體比以及RNA/DNA比值變化的研究[J]. 王青林,于姍姍,董云偉.  廈門大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2014(04)
[7]固體膠原蛋白加熱變性過程中的太赫茲介電譜研究[J]. 李向軍,付秀華,劉建軍,杜勇,洪治.  生物物理學(xué)報. 2013(03)
[8]俄羅斯仿刺參與中國仿刺參雜交F1幼參的早期生長比較[J]. 張黎黎,曹學(xué)彬,李君華,劉佳亮,侯明華,周文江,常亞青.  水產(chǎn)科學(xué). 2013(02)
[9]刺參（Apostichopus japonicus）高溫脅迫應(yīng)答基因應(yīng)激表達(dá)特性的分析[J]. 孫國華,吉成龍,楊建敏,王衛(wèi)軍,任利華.  海洋與湖沼. 2013(01)
[10]福建海區(qū)網(wǎng)箱養(yǎng)殖刺參“腐皮綜合癥”病原分析與鑒定[J]. 葛輝,何麗斌,林琪,方旅平,周宸.  福建水產(chǎn). 2012(02)

碩士論文
[1]中韓刺參（Apostichopus japonicus）雜交與自交子一代抗逆性比較及其甲基化分析[D]. 范超晶.上海海洋大學(xué) 2015



本文編號：3545685