本研究以三代測序技術(shù)及Hi-C技術(shù)獲得的馬氏珠母貝高精度染色體水平基因組為參考,對馬氏珠母貝兩個群體（“海選1號”新品種-H群體和金黃殼色選育群體-Y群體）開展基因組重測序,基于全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study,GWAS）和基因組選擇消除分析解析馬氏珠母貝生長性狀（殼長、殼寬、殼高、總重、殼重）和礦化性狀（珍珠的珍珠層厚度）關(guān)聯(lián)位點及候選基因。結(jié)合差異性狀轉(zhuǎn)錄組分析篩選性狀關(guān)鍵基因,并對關(guān)鍵基因進(jìn)行SNP位點及功能分析。結(jié)果如下:（1）對H群體和Y群體848個體進(jìn)行基因組重測序獲得28.7M超高密度SNP標(biāo)記,并進(jìn)行生長和礦化性狀GWAS分析,篩選性狀關(guān)聯(lián)位點及候選基因。表型分析顯示,生長性狀變異系數(shù)在7.68-20.02之間;礦化性狀變異系數(shù)為41.2,且性狀均呈正態(tài)分布或偏正態(tài)分布;性狀之間呈極顯著正相關(guān);群體結(jié)構(gòu)分析顯示測序群體可分為2個群體;利用混合線性模型（MLM）進(jìn)行GWAS分析共檢測到163個顯著關(guān)聯(lián)位點（SNP位點對表型解釋度PVE在2.55%-8.03%）,其中生長性狀共檢測到156個顯著關(guān)聯(lián)位點,主要位于3號染色體上,注釋... 

【文章來源】：廣東海洋大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：189 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 雙殼貝類生長和礦化性狀研究概況
        1.1.1 雙殼貝類生長性狀研究概況
        1.1.2 雙殼貝類礦化性狀的研究進(jìn)展
    1.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析在水產(chǎn)動物中的研究進(jìn)展
        1.2.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        1.2.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析在水產(chǎn)動物中的應(yīng)用
    1.3 基因組選擇消除分析在水產(chǎn)動物中的研究進(jìn)展
        1.3.1 選擇信號及其檢測方法
        1.3.2 選擇消除分析在動物中的應(yīng)用
        1.3.3 選擇消除分析在水產(chǎn)動物中的應(yīng)用
    1.4 研究目的和意義及技術(shù)路線
2 生長和礦化性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 實驗材料
        2.2.2 表型數(shù)據(jù)測量
        2.2.3 DNA提取及測序分析
        2.2.4 數(shù)據(jù)比對分析
        2.2.5 群體結(jié)構(gòu)分析
        2.2.6 GWAS分析數(shù)據(jù)處理及模型選擇
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 表型數(shù)據(jù)統(tǒng)計及相關(guān)性分析
        2.3.2 重測序原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計及比對分析
        2.3.3 SNP及 Indel檢測及注釋
        2.3.4 群體結(jié)構(gòu)及親緣關(guān)系分析
        2.3.5 連鎖不平衡分析
        2.3.6 生長性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.3.7 礦化性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.3.8 生長相關(guān)基因的多效性分析
    2.4 討論
    2.5 本章小結(jié)
3 馬氏珠母貝群體基因組選擇消除分析
    3.1 引言
    3.2 分析方法
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 群體表型分析
        3.3.2 群體選擇消除分析
        3.3.3 選擇區(qū)域基因功能注釋和富集分析
        3.3.4 生長相關(guān)選擇基因
        3.3.5 礦化相關(guān)選擇基因
    3.4 討論
    3.5 本章小結(jié)
4 馬氏珠母貝生長性狀相關(guān)基因篩選及驗證分析
    4.1 引言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 實驗材料
        4.2.2 實驗方法
        4.2.3 數(shù)據(jù)處理
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 馬氏珠母貝不同生長個體表型分析
        4.3.2 馬氏珠母貝快速和慢速生長組轉(zhuǎn)錄組分析
        4.3.3 基于GWAS及轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析生長關(guān)鍵基因
        4.3.4 馬氏珠母貝Kazal-type serine proteinase inhibitor基因分析
        4.3.5 馬氏珠母貝molluscan insulin-related peptide基因分析
        4.3.6 馬氏珠母貝ras-related and estrogen-regulated growth inhibitor基因分析
    4.4 討論
        4.4.1 馬氏珠母貝生長差異表達(dá)基因分析
        4.4.2 馬氏珠母貝Pm KSPI基因
        4.4.3 馬氏珠母貝PmMIP基因
        4.4.4 馬氏珠母貝Pm RERG基因
    4.5 本章小結(jié)
5 馬氏珠母貝礦化性狀相關(guān)基因篩選及驗證分析
    5.1 引言
    5.2 材料與方法
        5.2.1 實驗材料
        5.2.2 實驗方法
        5.2.3 GWAS與轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析鑒定礦化相關(guān)基因
        5.2.4 礦化關(guān)鍵基因序列及SNP變異信息分析
        5.2.5 數(shù)據(jù)處理
    5.3 結(jié)果與分析
        5.3.1 馬氏珠母貝ARS標(biāo)記驗證群體表型分析
        5.3.2 轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)分析
        5.3.3 差異表達(dá)基因分析
        5.3.4 差異表達(dá)基因GO和 KEGG注釋分析
        5.3.5 基于GWAS及轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析礦化關(guān)鍵基因
        5.3.6 馬氏珠母貝baculoviral IAP repeat-containing protein基因分析
    5.4 討論
        5.4.1 馬氏珠母貝礦化相關(guān)基因分析
        5.4.2 馬氏珠母貝baculoviral IAP repeat-containing protein基因分析
    5.5 本章小結(jié)
6 全文總結(jié)、創(chuàng)新點及研究展望
    6.1 全文總結(jié)
    6.2 創(chuàng)新點
    6.3 研究展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡介
導(dǎo)師簡介


【參考文獻(xiàn)】：
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[4]基于RNA-Seq的小麥產(chǎn)量性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 李洪娜.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[5]羅非魚生長相關(guān)基因的多態(tài)性及遺傳效應(yīng)研究[D]. 張小敏.廣西師范大學(xué) 2017
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[8]馬氏珠母貝磺基轉(zhuǎn)移酶基因的克隆及功能分析[D]. 郝瑞娟.廣東海洋大學(xué) 2016
[9]家兔RERG、TGFBR1基因多態(tài)性與生長性狀關(guān)聯(lián)性分析及TGFBR1對骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞生長的影響[D]. 朱建爐.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
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本文編號：3542723