紅鰭東方鲀4個免疫基因的原核表達及群體EST-SSRs分析
發(fā)布時間:2021-12-16 12:14
紅鰭東方鲀(Takifugu rubripes)的肉質(zhì)鮮美,食用價值高,深受人們的歡迎。紅鰭東方鲀的肝臟和生殖腺等內(nèi)臟可產(chǎn)生河豚毒素,具有很高的活性和特異性,所以在醫(yī)藥開發(fā)方面具有潛在的價值,在臨床上其應(yīng)用前景較為廣闊。但與常規(guī)養(yǎng)殖魚類相比,紅鰭東方鲀的生物學特性比較復雜、特殊,所以比較容易受到外界環(huán)境因子的影響,故疾病發(fā)生率較高。在病原侵襲機體時,免疫系統(tǒng)起著重要的作用,其主要由免疫細胞,免疫器官和免疫分子(如白細胞介素)組成。白細胞介素7(IL-7)、IL-15、IL-15L和干擾素調(diào)節(jié)因子2(IRF2)是魚類免疫系統(tǒng)中較為重要的免疫分子。(1)本論文利用cDNA末端快速擴增技術(shù)(RACE)從紅鰭東方鲀頭腎組織中克隆出了干擾素調(diào)節(jié)因子2(IRF2),全長cDNA為1552bp,其ORF為936bp,編碼311個(aa)氨基酸,推導的氨基酸分子量為35.5kDa,等電點為6.56。其中5’非編碼區(qū)為187bp,3’非編碼區(qū)為429bp。經(jīng)過分析發(fā)現(xiàn),紅鰭東方鲀IRF2可能為親水蛋白,無信號肽和跨膜結(jié)構(gòu),具有DNA結(jié)合域(DBD)、IRF結(jié)合域2(IAD2)和轉(zhuǎn)錄抑制域(TRD)。與其...
【文章來源】:大連海洋大學遼寧省
【文章頁數(shù)】:92 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
紅鰭東方鲀頭腎RNAM:makerDL2000;1提取的RNAFig.2-1:RNAofheadkidneyofTakifugurubrigesM:makerDL2000;lane1:extractedRNA100
巢式 PCR 產(chǎn)物 1::TM 為 55℃擴增的 PCR 產(chǎn)1℃擴增的 PCR 產(chǎn)物:4:TM 為 64℃擴增的 PCRnested PCR product of 3'-RACE of IRF2 lane 1: P℃; lane 3: PCR product of TM 61℃; lane 4: PCR pDL2000析A 全長序列分析GGGGGGTTTCCACTTTGCTTGTTTTGCTTTCGTTCTGAACTGTCAAAAGGCAAATAAATCGGGTTCTCGGAACCACCGTGGAACTCGAGGTTAAAAGGACAAGAGG ATG CGT CCG TGG TTG GAG GAG CAG ATC GAC TCC TGT CAG ATR M R P W L E E Q I D S C Q ICCC TGG ATG CAT GCT GCT CGT CAT GGC TGG GAC TTG GAG AAA GAP W M H A A R H G W D L E K DCCT GGT ATT GAC CAT CCA GAT CCA AAG ACA TGG AAA GCT AAT TTP G I D H P D P K T W K A N FAAA AGC ATT AAA AAG GGA AGC AAT GCC TTC AGA GTG TAC AAG ATK S I K K G S N A F R V Y K MGAC AAA GAT GGG AAG CCC AAA AGA AAC AAG GAG GTA GTT TGT CCD K D G K P K R N K E V V C PAAG GAA GTA AGC AAA CAG GAA CCA GTG ATT GGC TGC ACT TCA GT
拼接得到的 TrIRF2 全長 cDNA 為 1552 bp(獲得的 GeneBank 登錄號為 KF853391)。應(yīng)用NCBI 的 Open Reading Frame Finder(ORF)分析找到其開放閱讀框,共 936 bp,編碼 311 個氨基酸,推導的氨基酸分子量為 35.5 kDa,等電點為 6.56。其中 5’非編碼區(qū)為 187 bp,3’非編碼區(qū)為 429 bp(包含 24 bp 的 PolyA 尾)。2.3.2.2 TrIRF2 的氨基酸組成分析圖 2-4 為 TrIRF2 的氨基酸組成分析,在編碼的 311 個氨基酸中,酸性氨基酸(D,E) 44 個,堿性氨基酸(K,R,H)52 個,非極性氨基酸(G,A,L,I,V,P,F,M,N,W)130 個,不帶電荷的極性氨基酸(N, C, Q, S, T, Y)85 個 (應(yīng)用 BioEdit 軟件)。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]翹嘴鱖EST-SSR標記的開發(fā)及3個群體遺傳多態(tài)性分析[J]. 朱滔,梁旭方,彭敏燕,于海靜,皮達峰. 暨南大學學報(自然科學與醫(yī)學版). 2013(03)
[2]鯽體長和體高相關(guān)的EST-SSR標記的篩選[J]. 崔曉亮,鄭先虎,匡友誼,郭薇,曹頂臣,孫效文. 水產(chǎn)學雜志. 2013(03)
[3]基于公共數(shù)據(jù)庫牙鲆EST-SSR的開發(fā)及特征分析[J]. 劉奕,陳偉興,周丹,陳曉婷,王美玉,王桂興,劉海金. 海洋漁業(yè). 2013(02)
[4]細鱗鮭早期發(fā)育過程中免疫器官發(fā)生[J]. 徐革鋒,劉洋,牟振波,李永發(fā). 中國水產(chǎn)科學. 2012(04)
[5]鯉魚干擾素γ-2β全長cDNA的克隆及序列分析(英文)[J]. 陳義龍,馮祥汝,趙曉,王文東,張俊輝,楊振國,孫真,賈生美,盧強. Agricultural Science & Technology. 2012(06)
[6]草魚EST-SSRs標記的篩選及其與生長性狀相關(guān)分析[J]. 王解香,白俊杰,于凌云. 淡水漁業(yè). 2012(01)
[7]縊蟶(Sinonovacula constricta)EST-SSR分布特征及引物開發(fā)利用[J]. 劉博,邵艷卿,滕爽爽,柴雪良,肖國強. 海洋與湖沼. 2012(01)
[8]雉雞免疫器官組織學觀察[J]. 馮昕煒,努爾勝·科肯,那孜古麗·阿曼太. 中國畜牧獸醫(yī). 2011(12)
[9]鮸魚EST序列中微衛(wèi)星標記的初步篩選及特征分析[J]. 孫典巧,孫悅娜,王日昕,徐田軍. 水生生物學報. 2011(05)
[10]基于原核表達的副溶血性弧菌類毒素疫苗對海水魚類免疫保護作用[J]. 王洪斌,李士虎,李信書,楊艷艷,閻斌倫. 生物技術(shù). 2011(04)
碩士論文
[1]IRF-7對草魚(Ctenopharyngodon idella)Ⅰ型干擾素轉(zhuǎn)錄的調(diào)控[D]. 譚婉瓏.南昌大學 2012
[2]褐牙鲆干擾素調(diào)節(jié)因子5(IRF-5)的克隆與表達分析[D]. 婁慧敏.中國海洋大學 2012
[3]大菱鲆干擾素調(diào)節(jié)因子3(IRF-3)和干擾素調(diào)節(jié)因子7(IRF-7)基因克隆與表達分析[D]. 夏軍.中國海洋大學 2011
[4]哈維氏弧菌超氧化物歧化酶的原核表達及免疫原性的研究[D]. 辛瑞曉.中國海洋大學 2011
[5]斑馬魚干擾素γ基因克隆表達及生物信息學分析[D]. 高昌.中國協(xié)和醫(yī)科大學 2009
[6]玉筋魚微衛(wèi)星標記的篩選及種群SSR分析[D]. 任桂靜.中國海洋大學 2009
[7]斑點叉尾鮰干擾素α基因的克隆和原核表達及生物活性初探[D]. 馮婷.四川農(nóng)業(yè)大學 2008
[8]南方鲇主要免疫器官發(fā)育的研究[D]. 史則超.華中農(nóng)業(yè)大學 2007
本文編號:3538117
【文章來源】:大連海洋大學遼寧省
【文章頁數(shù)】:92 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
紅鰭東方鲀頭腎RNAM:makerDL2000;1提取的RNAFig.2-1:RNAofheadkidneyofTakifugurubrigesM:makerDL2000;lane1:extractedRNA100
巢式 PCR 產(chǎn)物 1::TM 為 55℃擴增的 PCR 產(chǎn)1℃擴增的 PCR 產(chǎn)物:4:TM 為 64℃擴增的 PCRnested PCR product of 3'-RACE of IRF2 lane 1: P℃; lane 3: PCR product of TM 61℃; lane 4: PCR pDL2000析A 全長序列分析GGGGGGTTTCCACTTTGCTTGTTTTGCTTTCGTTCTGAACTGTCAAAAGGCAAATAAATCGGGTTCTCGGAACCACCGTGGAACTCGAGGTTAAAAGGACAAGAGG ATG CGT CCG TGG TTG GAG GAG CAG ATC GAC TCC TGT CAG ATR M R P W L E E Q I D S C Q ICCC TGG ATG CAT GCT GCT CGT CAT GGC TGG GAC TTG GAG AAA GAP W M H A A R H G W D L E K DCCT GGT ATT GAC CAT CCA GAT CCA AAG ACA TGG AAA GCT AAT TTP G I D H P D P K T W K A N FAAA AGC ATT AAA AAG GGA AGC AAT GCC TTC AGA GTG TAC AAG ATK S I K K G S N A F R V Y K MGAC AAA GAT GGG AAG CCC AAA AGA AAC AAG GAG GTA GTT TGT CCD K D G K P K R N K E V V C PAAG GAA GTA AGC AAA CAG GAA CCA GTG ATT GGC TGC ACT TCA GT
拼接得到的 TrIRF2 全長 cDNA 為 1552 bp(獲得的 GeneBank 登錄號為 KF853391)。應(yīng)用NCBI 的 Open Reading Frame Finder(ORF)分析找到其開放閱讀框,共 936 bp,編碼 311 個氨基酸,推導的氨基酸分子量為 35.5 kDa,等電點為 6.56。其中 5’非編碼區(qū)為 187 bp,3’非編碼區(qū)為 429 bp(包含 24 bp 的 PolyA 尾)。2.3.2.2 TrIRF2 的氨基酸組成分析圖 2-4 為 TrIRF2 的氨基酸組成分析,在編碼的 311 個氨基酸中,酸性氨基酸(D,E) 44 個,堿性氨基酸(K,R,H)52 個,非極性氨基酸(G,A,L,I,V,P,F,M,N,W)130 個,不帶電荷的極性氨基酸(N, C, Q, S, T, Y)85 個 (應(yīng)用 BioEdit 軟件)。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]翹嘴鱖EST-SSR標記的開發(fā)及3個群體遺傳多態(tài)性分析[J]. 朱滔,梁旭方,彭敏燕,于海靜,皮達峰. 暨南大學學報(自然科學與醫(yī)學版). 2013(03)
[2]鯽體長和體高相關(guān)的EST-SSR標記的篩選[J]. 崔曉亮,鄭先虎,匡友誼,郭薇,曹頂臣,孫效文. 水產(chǎn)學雜志. 2013(03)
[3]基于公共數(shù)據(jù)庫牙鲆EST-SSR的開發(fā)及特征分析[J]. 劉奕,陳偉興,周丹,陳曉婷,王美玉,王桂興,劉海金. 海洋漁業(yè). 2013(02)
[4]細鱗鮭早期發(fā)育過程中免疫器官發(fā)生[J]. 徐革鋒,劉洋,牟振波,李永發(fā). 中國水產(chǎn)科學. 2012(04)
[5]鯉魚干擾素γ-2β全長cDNA的克隆及序列分析(英文)[J]. 陳義龍,馮祥汝,趙曉,王文東,張俊輝,楊振國,孫真,賈生美,盧強. Agricultural Science & Technology. 2012(06)
[6]草魚EST-SSRs標記的篩選及其與生長性狀相關(guān)分析[J]. 王解香,白俊杰,于凌云. 淡水漁業(yè). 2012(01)
[7]縊蟶(Sinonovacula constricta)EST-SSR分布特征及引物開發(fā)利用[J]. 劉博,邵艷卿,滕爽爽,柴雪良,肖國強. 海洋與湖沼. 2012(01)
[8]雉雞免疫器官組織學觀察[J]. 馮昕煒,努爾勝·科肯,那孜古麗·阿曼太. 中國畜牧獸醫(yī). 2011(12)
[9]鮸魚EST序列中微衛(wèi)星標記的初步篩選及特征分析[J]. 孫典巧,孫悅娜,王日昕,徐田軍. 水生生物學報. 2011(05)
[10]基于原核表達的副溶血性弧菌類毒素疫苗對海水魚類免疫保護作用[J]. 王洪斌,李士虎,李信書,楊艷艷,閻斌倫. 生物技術(shù). 2011(04)
碩士論文
[1]IRF-7對草魚(Ctenopharyngodon idella)Ⅰ型干擾素轉(zhuǎn)錄的調(diào)控[D]. 譚婉瓏.南昌大學 2012
[2]褐牙鲆干擾素調(diào)節(jié)因子5(IRF-5)的克隆與表達分析[D]. 婁慧敏.中國海洋大學 2012
[3]大菱鲆干擾素調(diào)節(jié)因子3(IRF-3)和干擾素調(diào)節(jié)因子7(IRF-7)基因克隆與表達分析[D]. 夏軍.中國海洋大學 2011
[4]哈維氏弧菌超氧化物歧化酶的原核表達及免疫原性的研究[D]. 辛瑞曉.中國海洋大學 2011
[5]斑馬魚干擾素γ基因克隆表達及生物信息學分析[D]. 高昌.中國協(xié)和醫(yī)科大學 2009
[6]玉筋魚微衛(wèi)星標記的篩選及種群SSR分析[D]. 任桂靜.中國海洋大學 2009
[7]斑點叉尾鮰干擾素α基因的克隆和原核表達及生物活性初探[D]. 馮婷.四川農(nóng)業(yè)大學 2008
[8]南方鲇主要免疫器官發(fā)育的研究[D]. 史則超.華中農(nóng)業(yè)大學 2007
本文編號:3538117
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