為篩選合適的DNA條形碼對氣單胞菌屬（Aeromonas）進行鑒定,以33株氣單胞菌為材料,選取cpn60、recA和ppsA 3個候選DNA條形碼進行PCR擴增及序列分析。以種間和種內遺傳距離、序列擴增測序成功率、DNA條形碼間隙（DNA barcoding gap）和系統(tǒng)發(fā)育樹作為評價條形碼片段的指標,篩選出該屬的DNA條形碼。分析表明,cpn60基因的擴增及測序的成功率最高,種內遺傳平均距離（0.017）和種間遺傳平均距離（0.133）差異顯著,且存在較明顯的DNA barcoding gap,表明cpn60可作為氣單胞菌鑒定的DNA條形碼。 

【文章來源】：動物醫(yī)學進展. 2020,41(08)北大核心

【文章頁數】：7 頁

【部分圖文】：

cpn60、recA、ppsA基因PCR擴增結果

為更準確地評估cpn60和recA對氣單胞菌的區(qū)分能力,繪制出這2個基因的種內遺傳距離、種間遺傳距離的頻率分布直方圖,驗證其作為氣單胞菌屬條形碼的適用性。理想的條形碼檢測到的種內遺傳變異應小于種間遺傳變異,recA基因出現了較大程度的遺傳距離的重疊,沒有出現非常明顯的條形碼間隙。氣單胞菌屬cpn60基因的種間遺傳變異較大,種內和種間遺傳距離重疊程度小。97.9%序列的種內遺傳距離小于0.04,而98.1%的序列種間遺傳距離要大于0.04,條形碼間隔比較明顯(圖3)。圖3 氣單胞菌屬cpn60和recA基因的barcoding gap圖

氣單胞菌屬cpn60和recA基因的barcoding gap圖


本文編號：3531735