南海北部藍(lán)圓鲹群體遺傳學(xué)研究
發(fā)布時(shí)間：2021-11-29 10:07
藍(lán)圓鲹（Decapterus maruadsi）是我國(guó)重要的海洋經(jīng)濟(jì)魚類之一,在我國(guó)近海均有分布,以南海北部的資源量最高。近年來(lái),由于南海北部漁業(yè)捕撈壓力不斷增大,海洋生態(tài)破壞和環(huán)境污染日趨嚴(yán)重,藍(lán)圓鲹的種群生物學(xué)特征發(fā)生顯著變化,其資源衰退明顯。因此,迫切需要對(duì)南海北部的藍(lán)圓鲹群體遺傳特性和種質(zhì)資源狀況進(jìn)行研究。本研究首次采用SLAF-seq技術(shù)開發(fā)藍(lán)圓鲹微衛(wèi)星DNA（SSR）標(biāo)記,并對(duì)南海北部8個(gè)藍(lán)圓鲹群體進(jìn)行遺傳學(xué)分析,系統(tǒng)評(píng)估南海北部藍(lán)圓鲹種群的遺傳資源狀況和全面解析其遺傳結(jié)構(gòu),為藍(lán)圓鲹種群資源的科學(xué)保護(hù)與合理開發(fā)提供指導(dǎo)和理論依據(jù)。研究主要結(jié)果如下:（1）基于高通量測(cè)序平臺(tái)的SLAF-seq技術(shù),在藍(lán)圓鲹基因組DNA中共獲得了28905個(gè)一至六堿基重復(fù)微衛(wèi)星位點(diǎn)。其中單堿基重復(fù)微衛(wèi)星位點(diǎn)8138個(gè)（28.15%）,二至三堿基重復(fù)微衛(wèi)星位點(diǎn)分別為13590個(gè)（47.02%）和5727個(gè)（19.81%）;四至六堿基重復(fù)微衛(wèi)星位點(diǎn)數(shù)量相對(duì)較少,分別為1104個(gè)（3.82%）、234個(gè)（0.81%）和112個(gè)（0.39%）。從這些位點(diǎn)中隨機(jī)挑選225個(gè)二至六堿基重復(fù)微衛(wèi)星位點(diǎn),最終成...
【文章來(lái)源】：廣東海洋大學(xué)廣東省
【文章頁(yè)數(shù)】：74 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
DM6-11位點(diǎn)在32個(gè)藍(lán)圓鲹DNA樣品中的擴(kuò)增（M：pBR322DNA/MspIMarker）
南海北部藍(lán)圓鲹群體遺傳學(xué)研究22DM4-18膠圖見2-3），分別有70（87.50%）、63（78.75%）、58（72.50%）、47（58.75%）和36（45.00%）個(gè)位點(diǎn)可在頜圓鲹、長(zhǎng)體圓鲹、無(wú)斑圓鲹、竹莢魚和金帶細(xì)鲹中穩(wěn)定擴(kuò)增（其中DM4-18擴(kuò)增結(jié)果如圖2.3）。其中77個(gè)位點(diǎn)至少可在1種或1種以上鲹科魚類中有效擴(kuò)增，有21個(gè)位點(diǎn)（DM2-1、DM2-4、DM2-9、DM2-19、DM2-32、DM2-33、DM3-6、DM3-8、DM3-14、DM3-16、DM3-19、DM3-21、DM4-2、DM4-4、DM4-7、DM4-8、DM4-11、DM4-17、DM4-18、DM5-1、DM6-7）可在5種鲹科魚類中有效擴(kuò)增，26個(gè)位點(diǎn)（DM2-2、DM2-5、DM2-11、DM2-12、DM2-13、DM2-15、DM2-18、DM2-24、DM2-25、DM2-27、DM2-29、DM2-36、DM2-37、DM3-1、DM3-3、DM3-4、DM3-9、DM3-11、DM3-22、DM4-5、DM4-9、DM4-14、DM4-20、DM5-5、DM6-1、DM6-5）可在4種鲹科魚類中有效擴(kuò)增，14個(gè)位點(diǎn)（DM2-8、DM2-14、DM2-16、DM2-17、DM2-22、DM2-23、DM2-26、DM2-30、DM3-2、DM3-5、DM3-12、DM3-23、DM3-24、DM5-8）可在3種鲹科魚類中擴(kuò)增成功，7個(gè)位點(diǎn)（DM2-35、DM4-15、DM4-19、DM5-3、DM5-4、DM6-2、DM6-10）可在2種鲹科魚類中有效擴(kuò)增，其余9個(gè)位點(diǎn)（DM2-20、DM3-7、DM3-13、DM4-6、DM4-12、DM5-7、DM6-3、DM6-11、DM6-12）只能在1種鲹科魚類中有效擴(kuò)增。此外，有48個(gè)位點(diǎn)可在3種圓鲹屬魚類中擴(kuò)增成功，18個(gè)位點(diǎn)可在2種圓鲹屬魚類中擴(kuò)增成功，只有11個(gè)位點(diǎn)能在1種圓鲹屬魚類中擴(kuò)增成功。結(jié)果表明，這些藍(lán)圓鲹微衛(wèi)星位點(diǎn)在圓鲹屬魚類中具有較好的通用性，而在其它2種鲹科魚類中的通用性次之。圖2-3微衛(wèi)星DNA標(biāo)記DM4-18跨物種擴(kuò)增Fig.2-3AmplificationofDM4-18incross-speciesfishes
廣東海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文31本研究的實(shí)驗(yàn)魚為2013~2016年漁業(yè)生態(tài)底拖網(wǎng)調(diào)查所采集的244尾藍(lán)圓鲹樣品（表3-1和圖3-1），包括汕頭（ST）、陽(yáng)江（YJ）、北海（BH）、防城港（FCG）、海南八所（BS）、白馬井（BMJ）、文昌（WC）等7個(gè)近海海域和三亞外海（SY）等南海北部的8個(gè)藍(lán)圓鲹群體。魚體經(jīng)形態(tài)分類鑒定后，取其背部肌肉樣，先后置于75%、85%和95%乙醇中脫水，保存于-20℃條件下備用。圖3-1南海北部藍(lán)圓鲹8個(gè)群體的地理位置Fig.3-1Geographiclocationsof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea表3-1南海北部藍(lán)圓鲹群體樣品信息Table3-1Samplesinformationof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea序號(hào)群體個(gè)體數(shù)采樣時(shí)間采樣地點(diǎn)OrderPopulationNumberofsamplesSamplingtimeLocation1ST48Aug.2016116.96E23.27N2YJ16Jan.andMar.2016112.19E21.50N3BH78Oct.2013,Apr.2015andJan.2016109.03E21.30N4FCG28Nov.2014108.38E21.56N5BS15Apr.2014108.43E19.13N6BMJ18Nov.2013109.00E19.70N7SY20Sep.andNov.2015109.86E17.52N8WC21Oct.2014110.99E19.48N3.1.2方法3.1.2.1基因組DNA的提取見2.1.2.1。3.1.2.2多態(tài)性SSR
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于線粒體cytb序列的花斑蛇鯔種群遺傳結(jié)構(gòu)研究[J]. 李敏,黃梓榮,許友偉,陳作志. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(06)
[2]黃鰭棘鯛微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及其在鯛科魚類中的跨物種擴(kuò)增[J]. 吳仁協(xié),翟云,肖瑤,牛素芳,張浩冉,黎曉,陳偉勇. 應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
[3]基于微衛(wèi)星標(biāo)記的黃唇魚遺傳多樣性研究[J]. 趙彥花,區(qū)又君,溫久福,李加兒,周慧. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(04)
[4]南海北部灣秋季藍(lán)圓鲹與竹筴魚的攝食生態(tài)及食物競(jìng)爭(zhēng)[J]. 李忠爐,張文旋,何雄波,顏云榕. 廣東海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
[5]Isolation and characterization of 49 polymorphic microsatellite loci for Decapterus maruadsi using SLAF-seq, and cross-amplifi cation to related species[J]. NIU Sufang,ZHAI Yun,WU Renxie,ZHANG Haoran,TIAN Letian,DENG Jiaxin,XIAO Yao. Journal of Oceanology and Limnology. 2019(01)
[6]北部灣藍(lán)圓鲹生物學(xué)特征及開發(fā)狀態(tài)的年際變化[J]. 耿平,張魁,陳作志,許友偉,孫銘帥. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2018(06)
[7]基于遙感數(shù)據(jù)的南海北部近海藍(lán)圓鲹棲息地模型分析[J]. 范江濤,黃梓榮,許友偉,孫銘帥,陳國(guó)寶,陳作志. 海洋湖沼通報(bào). 2018(03)
[8]藍(lán)圓鲹不同部位的營(yíng)養(yǎng)成分分析與評(píng)價(jià)[J]. 王爽,周愛梅,戴澤偉,楊小斌,王晉,黃煒超. 食品工業(yè)科技. 2018(10)
[9]基于Cyt b基因序列的南海北部藍(lán)圓鲹群體遺傳多樣性研究[J]. 牛素芳,吳仁協(xié),張麗艷,張浩冉,梁銳,李忠爐. 應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報(bào). 2018(02)
[10]基于SLAF-seq技術(shù)的魚康浪白魚SNP位點(diǎn)開發(fā)[J]. 金方彭,周睿,李光華,武祥偉,冷云,張文魁,左鵬翔. 水產(chǎn)科技情報(bào). 2018(02)
碩士論文
[1]青蝦高多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記的篩選及遺傳多樣性的研究[D]. 周巧.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
本文編號(hào)：3526315
【文章來(lái)源】：廣東海洋大學(xué)廣東省
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【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
DM6-11位點(diǎn)在32個(gè)藍(lán)圓鲹DNA樣品中的擴(kuò)增（M：pBR322DNA/MspIMarker）
南海北部藍(lán)圓鲹群體遺傳學(xué)研究22DM4-18膠圖見2-3），分別有70（87.50%）、63（78.75%）、58（72.50%）、47（58.75%）和36（45.00%）個(gè)位點(diǎn)可在頜圓鲹、長(zhǎng)體圓鲹、無(wú)斑圓鲹、竹莢魚和金帶細(xì)鲹中穩(wěn)定擴(kuò)增（其中DM4-18擴(kuò)增結(jié)果如圖2.3）。其中77個(gè)位點(diǎn)至少可在1種或1種以上鲹科魚類中有效擴(kuò)增，有21個(gè)位點(diǎn)（DM2-1、DM2-4、DM2-9、DM2-19、DM2-32、DM2-33、DM3-6、DM3-8、DM3-14、DM3-16、DM3-19、DM3-21、DM4-2、DM4-4、DM4-7、DM4-8、DM4-11、DM4-17、DM4-18、DM5-1、DM6-7）可在5種鲹科魚類中有效擴(kuò)增，26個(gè)位點(diǎn)（DM2-2、DM2-5、DM2-11、DM2-12、DM2-13、DM2-15、DM2-18、DM2-24、DM2-25、DM2-27、DM2-29、DM2-36、DM2-37、DM3-1、DM3-3、DM3-4、DM3-9、DM3-11、DM3-22、DM4-5、DM4-9、DM4-14、DM4-20、DM5-5、DM6-1、DM6-5）可在4種鲹科魚類中有效擴(kuò)增，14個(gè)位點(diǎn)（DM2-8、DM2-14、DM2-16、DM2-17、DM2-22、DM2-23、DM2-26、DM2-30、DM3-2、DM3-5、DM3-12、DM3-23、DM3-24、DM5-8）可在3種鲹科魚類中擴(kuò)增成功，7個(gè)位點(diǎn)（DM2-35、DM4-15、DM4-19、DM5-3、DM5-4、DM6-2、DM6-10）可在2種鲹科魚類中有效擴(kuò)增，其余9個(gè)位點(diǎn)（DM2-20、DM3-7、DM3-13、DM4-6、DM4-12、DM5-7、DM6-3、DM6-11、DM6-12）只能在1種鲹科魚類中有效擴(kuò)增。此外，有48個(gè)位點(diǎn)可在3種圓鲹屬魚類中擴(kuò)增成功，18個(gè)位點(diǎn)可在2種圓鲹屬魚類中擴(kuò)增成功，只有11個(gè)位點(diǎn)能在1種圓鲹屬魚類中擴(kuò)增成功。結(jié)果表明，這些藍(lán)圓鲹微衛(wèi)星位點(diǎn)在圓鲹屬魚類中具有較好的通用性，而在其它2種鲹科魚類中的通用性次之。圖2-3微衛(wèi)星DNA標(biāo)記DM4-18跨物種擴(kuò)增Fig.2-3AmplificationofDM4-18incross-speciesfishes
廣東海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文31本研究的實(shí)驗(yàn)魚為2013~2016年漁業(yè)生態(tài)底拖網(wǎng)調(diào)查所采集的244尾藍(lán)圓鲹樣品（表3-1和圖3-1），包括汕頭（ST）、陽(yáng)江（YJ）、北海（BH）、防城港（FCG）、海南八所（BS）、白馬井（BMJ）、文昌（WC）等7個(gè)近海海域和三亞外海（SY）等南海北部的8個(gè)藍(lán)圓鲹群體。魚體經(jīng)形態(tài)分類鑒定后，取其背部肌肉樣，先后置于75%、85%和95%乙醇中脫水，保存于-20℃條件下備用。圖3-1南海北部藍(lán)圓鲹8個(gè)群體的地理位置Fig.3-1Geographiclocationsof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea表3-1南海北部藍(lán)圓鲹群體樣品信息Table3-1Samplesinformationof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea序號(hào)群體個(gè)體數(shù)采樣時(shí)間采樣地點(diǎn)OrderPopulationNumberofsamplesSamplingtimeLocation1ST48Aug.2016116.96E23.27N2YJ16Jan.andMar.2016112.19E21.50N3BH78Oct.2013,Apr.2015andJan.2016109.03E21.30N4FCG28Nov.2014108.38E21.56N5BS15Apr.2014108.43E19.13N6BMJ18Nov.2013109.00E19.70N7SY20Sep.andNov.2015109.86E17.52N8WC21Oct.2014110.99E19.48N3.1.2方法3.1.2.1基因組DNA的提取見2.1.2.1。3.1.2.2多態(tài)性SSR
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于線粒體cytb序列的花斑蛇鯔種群遺傳結(jié)構(gòu)研究[J]. 李敏,黃梓榮,許友偉,陳作志. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(06)
[2]黃鰭棘鯛微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及其在鯛科魚類中的跨物種擴(kuò)增[J]. 吳仁協(xié),翟云,肖瑤,牛素芳,張浩冉,黎曉,陳偉勇. 應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
[3]基于微衛(wèi)星標(biāo)記的黃唇魚遺傳多樣性研究[J]. 趙彥花,區(qū)又君,溫久福,李加兒,周慧. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2019(04)
[4]南海北部灣秋季藍(lán)圓鲹與竹筴魚的攝食生態(tài)及食物競(jìng)爭(zhēng)[J]. 李忠爐,張文旋,何雄波,顏云榕. 廣東海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
[5]Isolation and characterization of 49 polymorphic microsatellite loci for Decapterus maruadsi using SLAF-seq, and cross-amplifi cation to related species[J]. NIU Sufang,ZHAI Yun,WU Renxie,ZHANG Haoran,TIAN Letian,DENG Jiaxin,XIAO Yao. Journal of Oceanology and Limnology. 2019(01)
[6]北部灣藍(lán)圓鲹生物學(xué)特征及開發(fā)狀態(tài)的年際變化[J]. 耿平,張魁,陳作志,許友偉,孫銘帥. 南方水產(chǎn)科學(xué). 2018(06)
[7]基于遙感數(shù)據(jù)的南海北部近海藍(lán)圓鲹棲息地模型分析[J]. 范江濤,黃梓榮,許友偉,孫銘帥,陳國(guó)寶,陳作志. 海洋湖沼通報(bào). 2018(03)
[8]藍(lán)圓鲹不同部位的營(yíng)養(yǎng)成分分析與評(píng)價(jià)[J]. 王爽,周愛梅,戴澤偉,楊小斌,王晉,黃煒超. 食品工業(yè)科技. 2018(10)
[9]基于Cyt b基因序列的南海北部藍(lán)圓鲹群體遺傳多樣性研究[J]. 牛素芳,吳仁協(xié),張麗艷,張浩冉,梁銳,李忠爐. 應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報(bào). 2018(02)
[10]基于SLAF-seq技術(shù)的魚康浪白魚SNP位點(diǎn)開發(fā)[J]. 金方彭,周睿,李光華,武祥偉,冷云,張文魁,左鵬翔. 水產(chǎn)科技情報(bào). 2018(02)
碩士論文
[1]青蝦高多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記的篩選及遺傳多樣性的研究[D]. 周巧.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
本文編號(hào)：3526315
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