魚類作為生活在水中的變溫動物,溫度的變化會對魚類機(jī)體各方面產(chǎn)生不同程度的影響。當(dāng)溫度變化處于魚類適宜的溫度區(qū)范圍時(shí),魚類可以進(jìn)行正常的生長和繁殖等活動,但是當(dāng)環(huán)境溫度的變化太大,超出它們可以承受的能力范圍時(shí),就會對魚類機(jī)體的各種生命活動產(chǎn)生不利影響,嚴(yán)重時(shí)極有可能會導(dǎo)致病害的發(fā)生或死亡。羅非魚是具有重大經(jīng)濟(jì)價(jià)值的養(yǎng)殖魚類,夏季持續(xù)性高溫及全球變暖的加劇,對羅非魚的生長和養(yǎng)殖產(chǎn)生很大的影響。因此,對羅非魚在高溫脅迫下的分子機(jī)制的探究,對于羅非魚在持續(xù)性高溫下的養(yǎng)殖管理技術(shù)及其應(yīng)用研究具有重要的指導(dǎo)和現(xiàn)實(shí)意義。但是目前羅非魚在轉(zhuǎn)錄水平上進(jìn)行的持續(xù)性高溫脅迫的研究仍顯薄弱,高溫條件影響羅非魚生長的分子機(jī)制尚未見報(bào)道。大腦和肝臟是魚類重要的溫度響應(yīng)調(diào)控器官,本研究以尼羅羅非魚幼魚為實(shí)驗(yàn)材料,在持續(xù)性的高溫處理過程中,統(tǒng)計(jì)其體長、體重生理指標(biāo),并采集高溫組（36℃）和對照組（28℃）的腦和肝臟組織樣品,基于RNA-seq對各組織樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果如下:本實(shí)驗(yàn)對高溫脅迫不同時(shí)間下的羅非魚幼魚進(jìn)行體長及體重生理指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)分析,結(jié)果表明,與對照組（28℃）相比,在持續(xù)性高溫（36℃）處理下,羅非... 

【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

RNA-seq流程圖[48]

上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文950天、70天)，統(tǒng)計(jì)其體長、體重生理指標(biāo)，并采集高溫組(36℃)和對照組(28℃)的腦和肝臟樣品，基于RNA-seq及相關(guān)的生物信息學(xué)分析，對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能富集，明確其富集的功能分類和信號通路，對其進(jìn)行功能解析及驗(yàn)證(如圖1-2)。為解析羅非魚高溫脅迫響應(yīng)的復(fù)雜的分子機(jī)制提供理論基礎(chǔ)，為發(fā)展羅非魚高溫養(yǎng)殖管理技術(shù)奠定理論和技術(shù)基矗圖1-2本研究的技術(shù)路線Fig.1-2Schemeofthepresentstudy

上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文13圖2-1轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程Fig.2-1Theprocessoftranscriptomebiologicalanalysis2.1.6.1測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制由于經(jīng)測序得到的原始數(shù)據(jù)中會含有很多低質(zhì)量的reads，本研究通過FAST-QC軟件來評估測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量，將原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾后以得到高質(zhì)量的CleanData，后續(xù)的轉(zhuǎn)錄組分析均基于高質(zhì)量的CleanData。2.1.6.2參考基因組比對TopHat2[63]是一個(gè)來自RNA測序?qū)嶒?yàn)reads的高效比對系統(tǒng)，本研究以羅非魚的基因組作為參考進(jìn)行序列比對及后續(xù)的分析，使用TopHat2比對系統(tǒng)將得到的Cleanreads與羅非魚參考基因組進(jìn)行序列比對(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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