中華絨螯蟹（Eriocheir sinensis），又稱河蟹、大閘蟹，是我國重要的水產(chǎn)養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)蟹類，年產(chǎn)量達(dá)到30萬噸，年產(chǎn)值已經(jīng)超過200億元。隨著水產(chǎn)養(yǎng)殖的發(fā)展及養(yǎng)殖集約化程度不斷擴(kuò)大，中華絨螯蟹病害發(fā)生日益頻繁，苗種種質(zhì)嚴(yán)重退化，在帶來巨大經(jīng)濟(jì)損失的同時，也制約了其產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。運(yùn)用新一代高通量測序技術(shù)，以轉(zhuǎn)錄組為平臺，在全基因組范圍內(nèi)規(guī)�；Y查與抗病相關(guān)的SNP位點(diǎn)及主要免疫通路的關(guān)鍵基因，不僅能達(dá)到理論的深入化、系統(tǒng)化，對其健康養(yǎng)殖、病害防治也具有很重要的實踐意義。中華絨螯蟹基因組大而復(fù)雜（約1.68G），目前已知的基因組信息還很匱乏。相比之下，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)較易獲得，可通過高通量測序快速完成。基于轉(zhuǎn)錄組水平，能夠分析全基因組范圍的基因表達(dá)和調(diào)控。為全面激活相應(yīng)免疫通路，獲得豐富、高表達(dá)的免疫相關(guān)基因，本研究采用革蘭氏陰性菌溶藻弧菌、革蘭氏陽性菌藤黃微球菌和真菌酵母菌三種菌的混合菌液聯(lián)合刺激中華絨螯蟹，以刺激后的中華絨螯蟹成體主要免疫組織肝胰腺和蚤狀幼體全個體為材料，通過Illumina HiSeq2000雙端測序獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。經(jīng)Trinity軟件從頭拼接組裝獲得轉(zhuǎn)錄本序列... 

【文章來源】：中國科學(xué)院大學(xué)(中國科學(xué)院海洋研究所)山東省

【文章頁數(shù)】：117 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

幾種轉(zhuǎn)錄組測序平臺分析流程

Roche/454測序基本流程

Illumina/Solexa測序基本流程

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]EST-derived SNP discovery and selective pressure analysis in Pacific white shrimp（Litopenaeus vannamei）[J]. 柳承璋,王霞,相建海,李富花.  Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2012(05)
[2]轉(zhuǎn)錄組平臺技術(shù)及其在代謝工程中的應(yīng)用[J]. 史碩博,陳濤,趙學(xué)明.  生物工程學(xué)報. 2010(09)
[3]注射病原菌對凡納濱對蝦血藍(lán)蛋白合成、酚氧化酶活力的影響[J]. 潘魯青,李彥飛.  中國海洋大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2009(05)
[4]SYBR GreenⅠ實時熒光定量PCR法測定中華絨螯蟹基因組大小[J]. 朱澤遠(yuǎn),楊杰,施用暉,樂國偉.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2007(05)
[5]基因表達(dá)系列分析技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 黨冬梅,魏曉萍,惠起源,符兆英.  延安大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)科學(xué)版). 2005(01)
[6]大規(guī)模平行測序技術(shù)（MPSS）研究進(jìn)展[J]. 陳杰.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2004(08)
[7]中華絨螯蟹染色體的研究[J]. 堵南山,賴偉,薛魯征.  動物學(xué)研究. 1986(03)

博士論文
[1]斑馬魚三個母源因子的表達(dá)及功能研究[D]. 許燕.武漢大學(xué) 2010
[2]凡納濱對蝦和中華絨螯蟹免疫相關(guān)因子功能及應(yīng)用的初步研究[D]. 張瑩.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2010

碩士論文
[1]三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）抗菌肽crustin的基因克隆和表達(dá)分析[D]. 宋呈文.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2013
[2]中華稻蝗若蟲和成蟲轉(zhuǎn)錄組的比較研究及線粒體轉(zhuǎn)錄組作圖[D]. 呂紅娟.陜西師范大學(xué) 2012



本文編號：3514936