基因組進(jìn)化是脊椎動物物種形成和物種多樣性的基礎(chǔ)。硬骨魚類是脊椎動物的原始祖先,在脊椎動物的基因組進(jìn)化過程中有著特殊的地位。性染色體的出現(xiàn)是脊椎動物在基因組進(jìn)化過程中的一個關(guān)鍵事件。哺乳動物XX/XY染色體和鳥類ZW/ZZ型染色體是目前已知的兩大類型性別決定系統(tǒng),分別由一對常染色體在3.1億年前獨立進(jìn)化而來。然而,對于性染色體在硬骨魚類中的起源目前尚無深入研究。黃鱔是一種天然性逆轉(zhuǎn)的硬骨魚類,其基因組形成也有待探索。本論文通過對黃鱔基因組的測序和組裝,研究了黃鱔在脊椎動物進(jìn)化史上的地位,并探討了脊椎動物性染色體的起源。同時,通過黃鱔卵巢、卵睪體和睪丸三種性腺組織轉(zhuǎn)錄組測定,分析了性逆轉(zhuǎn)過程中關(guān)鍵基因的表達(dá)。主要研究結(jié)果如下：1.通過對黃鱔基因組的序列特征分析,發(fā)現(xiàn)黃鱔基因組是一個緊湊的基因組。在全基因組復(fù)制事件發(fā)生后,大部分復(fù)制序列丟失,導(dǎo)致重復(fù)序列和大片段復(fù)制序列（SD）在基因組中的含量都較低,而編碼基因的數(shù)量卻保持穩(wěn)定。2.通過系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建和全基因組共線性分析,發(fā)現(xiàn)第三次基因組復(fù)制事件發(fā)生后,脊椎動物共同祖先的12條原始染色體,通過復(fù)制形成了具有24條染色體的硬骨魚類共同祖先。在這... 

【文章來源】：武漢大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：111 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１．１?Ｒｏｃｈｅ?４５４測序儀采用的焦璃酸測序原理（Ｍａｒｄｉｓ，２００８）??焦磯酸測序法開創(chuàng)了第二代測序技術(shù)的先?

Ｒｅｐｅ＾?ｃｙｃｌｅｓ?ｏｆ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｔｏ?ｄｖｔｅｒｎｕｎｅ?ｔｈｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｅ??ｏｆ?ｂａ？ｅ？?ｉｎ?Ａ?ｇｉｖｅｎ?ｈ?巧ｍｗｔ?ａ?Ｍ＞ｇｌｅ?ｂｄｗ?？?ａ?ｔ俯化??圖１．３川ｕｍｉｎａＨｉｓ巧測序儀采用的末端終止法ＳＢＳ測序原理（Ｍａｒｄｉｓ，２００８）。??高通量測序平臺無需進(jìn)行電泳，操作極為簡便，使得測序技術(shù)完全的智能化，??大大推動了基因組測序的應(yīng)用范圍，具有劃時代的貢獻(xiàn)意義（Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，?２００８）。盡??管如此，高通量測序平臺仍然有很大的不足。由于巧光信息在合成的過程中會產(chǎn)??生衰減，在邊合成邊測序的反應(yīng)過程中，延伸的長度始終存在很大瓶頸，導(dǎo)致測??序的讀長受到很大的限制。另外，高通量雖然大幅度降低的測序反應(yīng)的成本，但??是在樣本制備上，仍然存在著很大的花費（Ｍｅｔｚｋ巧２０１０；?Ｌｉｕ?ｅｔａｌ．，２０１巧。在此??背景之下，更新的測序技術(shù)逐步發(fā)展起

圖１．５基因組從頭組裝的組裝過程（Ｌｉ?ｅｔａｌ．，２０１０ｂ）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[3]Genetic basis and breeding application of clonal diversity and dual reproduction modes in polyploid Carassius auratus gibelio[J]. GUI JianFang* & ZHOU Li State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China.  Science China（Life Sciences）. 2010(04)



本文編號：3512003