石珊瑚目動物是珊瑚礁生態(tài)群落的主要建群種,因此研究石珊瑚系統(tǒng)演化對珊瑚礁資源保護(hù)具有重要意義。本研究利用第二代測序技術(shù)（Next Generation Sequencing,NGS）得到團(tuán)塊角孔珊瑚線粒體基因組數(shù)據(jù)并基于此構(gòu)建石珊瑚目系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。同時根據(jù)石珊瑚目與類珊瑚目基因組數(shù)據(jù)鑒定了石珊瑚目超保守元件和設(shè)計(jì)了石珊瑚目超保守元件探針,并且使用超保守元件數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)演化研究。其中主要研究結(jié)果如下:1、組裝團(tuán)塊角孔珊瑚基因組數(shù)據(jù)集（覆蓋度約為10%）總長62,270,395bp,其中包含團(tuán)塊角孔珊瑚線粒體全基因組大小為18,770bp,GC含量為37.01%,堿基A、C、G、T占總堿基的比例為25.72%、13.59%、23.42%、37.27%。線粒體基因組成為13個編碼蛋白基因,3個t RNA基因和2個核糖體RNA基因。基于石珊瑚目線粒體基因組構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,團(tuán)塊角孔珊瑚與二異角孔珊瑚和柱狀角孔珊瑚進(jìn)化距離約為0.0101,角孔珊瑚屬大約在1.17億年前從濱珊瑚科中分支出來,團(tuán)塊角孔珊瑚從角孔珊瑚屬祖先分歧時間大于2千萬年。2、以多孔鹿角珊瑚基因組為參考基因組,基于PHYLUCE流... 

【文章來源】：廣東海洋大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：102 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

*PHYLUCE保守元件鑒定與探針設(shè)計(jì)流程圖

基于線粒體基因組和超保守元件團(tuán)塊角孔珊瑚系統(tǒng)演化研究 3 研究結(jié)果與分析 3.1 數(shù)據(jù)檢驗(yàn) 3.1.1 團(tuán)塊角孔珊瑚基因組 DNA 提取結(jié)果 團(tuán)塊角孔珊瑚 DNA 提取產(chǎn)物電泳結(jié)果如圖 3-1，其中 M 為標(biāo)準(zhǔn)分子量蛋白marker，1 為樣品 8.5R1，2 為樣品 8.7R9，3 為 R28.8，4 為 R38.8。檢測 DNA 含量結(jié)果 R28.8 樣品質(zhì)量較高，Picogreen 熒光檢測熒光濃度為 18.47ng/μl，總量1.551μg。

廣東海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文19象，通常這種現(xiàn)象由建庫或測序引入，并影響后續(xù)的生物信息分析結(jié)果，圖3-2結(jié)果顯示，建庫和測序表現(xiàn)出較好的均一度，可以進(jìn)行后續(xù)信息分析。GCcontent分布圖(圖3-4)主要用來檢測測序數(shù)據(jù)的GC分布是否正常，曲線形狀的偏差往往提示存在不均一的序列組分，這通常是由于文庫的內(nèi)源或外源污染，通過不同的峰值，大致能夠判斷污染性質(zhì)和來源。Sequencebasequality分布圖(圖3-5)主要用來檢測測序數(shù)據(jù)的平均質(zhì)量分布情況。峰尖代表測序質(zhì)量，峰寬表示測序整體質(zhì)量分布，較大峰寬或者前拖尾峰表示測序數(shù)據(jù)的部分?jǐn)?shù)據(jù)質(zhì)量偏低，峰尖對應(yīng)的值較低表明整體測序結(jié)果較差。本次測序的峰值在Q36左右，表示測序質(zhì)量較高。圖3-2單堿基質(zhì)量分布圖Figure3-2distributionofsinglebasequality橫坐標(biāo)是reads中堿基位置(5’->3’)，縱坐標(biāo)是該位點(diǎn)堿基Q值統(tǒng)計(jì)。紅線代表中位數(shù)，藍(lán)線代表平均數(shù)，黃色區(qū)域代表25%-75%區(qū)間(按照四分位數(shù)劃分)，觸須表示10%-90%區(qū)間。Theabscissaisthebaseposition(5’->3’)inthereads,andtheordinateisthebaseQvaluestatisticsofthesite.Theredlinerepresentsthemedian,thebluelinerepresentstheaverage,theyellowarearepresentsthe25%-75%interval(dividedbyquartiles),andthewhiskersrepresentthe10%-90%interval.

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]廣東徐聞珊瑚礁國家級自然保護(hù)區(qū)珊瑚種類及覆蓋率分析[J]. 李鋒,沈城,張艷蘋,周潔,彭慧湃,劉麗.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(24)
[2]全球珊瑚礁生態(tài)保護(hù)的困境與應(yīng)對[J]. 張寧.  生態(tài)經(jīng)濟(jì). 2019(11)

碩士論文
[1]鹿角珊瑚科（Acroporidae）七種珊瑚線粒體基因組結(jié)構(gòu)與系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 于雙恩.自然資源部第三海洋研究所 2019
[2]中國珊瑚礁及其生態(tài)系統(tǒng)綜合分析與研究[D]. 安曉華.中國海洋大學(xué) 2003



本文編號：3503659