日本囊對(duì)蝦（Marsupenaeus japonicus）,又名日本對(duì)蝦，是國(guó)內(nèi)外主要海水養(yǎng)殖對(duì)蝦品種之一，具有較強(qiáng)抗病力，受到養(yǎng)殖業(yè)者的青睞。然而目前日本囊對(duì)蝦的基因組序列信息還比較匱乏，分子遺傳基礎(chǔ)也很薄弱，遺傳育種工作也屬于起步階段，進(jìn)而影響到與之相關(guān)的功能基因的開(kāi)發(fā)和分子育種的實(shí)踐。因此，本研究擬利用新一代高通量Illumina測(cè)序技術(shù)，對(duì)日本囊對(duì)蝦早期胚胎（原腸胚時(shí)期）進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，通過(guò)對(duì)高質(zhì)量序列的拼接組裝以及功能基因的注釋和分類(lèi)，發(fā)掘與生長(zhǎng)、繁殖、代謝和抗病等相關(guān)性狀的候選基因，從而為后續(xù)研究對(duì)蝦功能基因和分子育種實(shí)踐提供有價(jià)值信息。同時(shí)，利用RT-PCR技術(shù)，對(duì)日本囊對(duì)蝦轉(zhuǎn)錄因子Mj-POU3進(jìn)行基因克隆和特異性表達(dá)分析，并構(gòu)建真核表達(dá)載體pcDNA3.1-Ptctp-POU3，為進(jìn)一步探究其在細(xì)胞中的表達(dá)和作用奠定了基礎(chǔ)。應(yīng)用Illumina高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)日本囊對(duì)蝦早期胚胎進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得如下結(jié)果：（1）共獲得108，320，302條高質(zhì)量序列，通過(guò)序列拼接得到67183個(gè)轉(zhuǎn)錄本（Transcripts）和46661個(gè)單基因簇（Unigenes），Transc... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：88 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

生物信息學(xué)分析流程圖

檢測(cè)結(jié)果 的量不高，所以為得到不少于 3法；為了后續(xù)的構(gòu)建文庫(kù)對(duì)高質(zhì)5%乙醇洗滌。所提取的總 RNA 的瓊 RNA 的 28 S 和 18 S 條帶均清晰明 較完整，沒(méi)有發(fā)生明顯的降解。發(fā)現(xiàn)所提取的 RNA 的 A260/A280 的1124 ng/ul，共38 ul，表明總RN求。

測(cè)序錯(cuò)誤率分布圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于高通量測(cè)序的凡納濱對(duì)蝦的轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 曾地剛,陳秀荔,謝達(dá)祥,趙永貞,楊春玲,馬寧,李詠梅,陳曉漢.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2013(03)
[2]BAC end sequencing of Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei: a glimpse into the genome of Penaeid shrimp[J]. 趙翠,張曉軍,柳承璋,郇聘,李富花,相建海,黃超.  Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2012(03)
[3]凡納濱對(duì)蝦基因組fosmid文庫(kù)的構(gòu)建及鈣離子通道基因的篩選[J]. 馬寧,曾地剛,陳曉漢.  武漢大學(xué)學(xué)報(bào)(理學(xué)版). 2010(03)
[4]轉(zhuǎn)錄組學(xué)在藥用植物研究中的應(yīng)用[J]. 吳瓊,孫超,陳士林,羅紅梅,李瀅,孫永珍,牛云云.  世界科學(xué)技術(shù)(中醫(yī)藥現(xiàn)代化). 2010(03)
[5]中國(guó)對(duì)蝦遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[J]. 李健,劉萍,王清印,李朝霞,孫昭寧,何玉英.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2008(02)
[6]日本囊對(duì)蝦基因組小衛(wèi)星的特征分析[J]. 欒生,孔杰,王清印,高煥,王偉繼,張慶文.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2007(02)
[7]凡納濱對(duì)蝦微衛(wèi)星DNA的篩選及其特性的研究[J]. 賈智英,全迎春,梁利群,孫效文.  上海水產(chǎn)大學(xué)學(xué)報(bào). 2007(01)
[8]MAPK信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路與HCMV感染[J]. 劉永俊,鄒文輝,李建鋒.  西北民族大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2005(03)
[9]半定量RT-PCR法測(cè)定鏈球菌透明質(zhì)酸合酶mRNA的水平[J]. 石艷麗,郭學(xué)平,王鳳山,凌沛學(xué).  食品與藥品. 2005(02)
[10]POU結(jié)構(gòu)域家族在耳科學(xué)中的研究進(jìn)展[J]. 劉婭,孫建軍,孔維佳.  國(guó)外醫(yī)學(xué).耳鼻咽喉科學(xué)分冊(cè). 2004(06)

博士論文
[1]越橘果實(shí)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)Solexa測(cè)序及花色素苷合成相關(guān)基因的表達(dá)分析[D]. 李曉艷.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[2]泥蚶高通量轉(zhuǎn)錄組分析及生長(zhǎng)相關(guān)基因的克隆與表達(dá)研究[D]. 董迎輝.中國(guó)海洋大學(xué) 2012
[3]扇貝、對(duì)蝦基因組BAC文庫(kù)構(gòu)建及其重要功能基因的初步篩選和分析[D]. 張洋.中國(guó)科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2008

碩士論文
[1]Oct4蛋白在非小細(xì)胞肺癌中的表達(dá)及臨床意義的研究[D]. 劉衡.瀘州醫(yī)學(xué)院 2012
[2]凡納濱對(duì)蝦腸道微生物宏基因組測(cè)序初步分析及培養(yǎng)條件的探討[D]. 嚴(yán)雪平.中國(guó)科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2011



本文編號(hào)：3468652