齊口裂腹魚是我國(guó)著名的特種冷水經(jīng)濟(jì)魚類,具有較高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,主要分布于我國(guó)西南地區(qū)。隨著水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)的不斷發(fā)展,齊口裂腹魚的人工養(yǎng)殖技術(shù)逐漸普及,為水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)創(chuàng)造了巨大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。然而,這種高密度的人工養(yǎng)殖會(huì)引發(fā)諸多疾病的爆發(fā),造成經(jīng)濟(jì)損失。因此,深入了解齊口裂腹魚抗病免疫的機(jī)制有利于制定合理的疾病預(yù)防措施,減少疾病的爆發(fā),降低養(yǎng)殖風(fēng)險(xiǎn)。鑒此,我們利用Poly（I:C）和LPS分別模擬病毒和細(xì)菌的感染,結(jié)合轉(zhuǎn)錄組分析技術(shù)從基因表達(dá)層面上分析齊口裂腹魚的抗病免疫機(jī)制。利用Poly（I:C）和LPS進(jìn)行免疫刺激后,我們成功地構(gòu)建了其脾臟組織的轉(zhuǎn)錄組文庫(kù),通過(guò)RNA-seq進(jìn)行測(cè)序并利用Trinity軟件進(jìn)行從頭拼接,獲得三個(gè)轉(zhuǎn)錄組的數(shù)萬(wàn)個(gè)unigene,再利用不同數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)它們進(jìn)行功能注釋分析,如NT、NR、GO、COG、KEGG等。隨后,分兩組[Poly（I:C）VSPBS和LPS VS PBS]進(jìn)行基因的差異表達(dá)分析,將獲得的差異表達(dá)基因（DEGs）進(jìn)行GO和KEGG富集分析,并篩選出免疫相關(guān)的差異表達(dá)基因。在此基礎(chǔ)上,篩選出Poly（I:C）組的部分關(guān)鍵基因進(jìn)行qPCR驗(yàn)證。最... 

【文章來(lái)源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－２不同轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的流程［２ＱＩ??Ｆｉｇｕｒｅ?１－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ??

??酸測(cè)序反應(yīng)，通過(guò)檢測(cè)反應(yīng)發(fā)出的熒光信號(hào)解讀出ＤＮＡ序列，見圖１－３。此測(cè)序平??臺(tái)在測(cè)序時(shí)，有著測(cè)序讀長(zhǎng)較長(zhǎng)和耗時(shí)短的優(yōu)點(diǎn)，例如其中的Ｒｏｃｈｅ?ＧＳＦＬＸ＋的讀??長(zhǎng)可達(dá)到１?ｋｂ，一輪測(cè)序時(shí)長(zhǎng)僅為２３ｈ［２３］。與傳統(tǒng)的Ｓａｎｇｅｒ法測(cè)序相比，Ｒｏｃｈｅ?４５４??平臺(tái)在保證了較高測(cè)序準(zhǔn)確率的同時(shí)也大大降低了測(cè)序的成本，因此被廣泛地用于??轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、外顯子測(cè)序、微生物基因組分析等生物學(xué)研究。但是還存在樣品制備??復(fù)雜、單堿基重復(fù)區(qū)測(cè)序率低、費(fèi)用還稍高等缺點(diǎn)，且很難再進(jìn)一步改良，因此在??２０１６宣布停產(chǎn)。??截珠??／?＼?Ａ乳液ＰＣＲ?／?＼??詩(shī)料ｆ?‘?？￣——？?！?－?／?？卜賴、（）—，丨?，??制備馨闕文庫(kù)?乳化的磁珠??／?丁一丁?Ａ－Ｔ?Ｃ—Ｇ?Ｃ—Ｃ?Ａ—Ｇ?Ｔ?Ｃ．????????｜?／?Ｉ?ＤＮＡ?聚合的??象?７?Ａ??Ａｊ＾＼?＼??Ｙ?＼?＼?Ｆ?—ｔ锨終??．１??汗?ｉ?、??ｊ＼?＼?－ＡｐｙｆｓｗＭｒ??丄、?＼?為�。�？賺化�。蓿�??Ｕｍ，?＼?ＡＪ＊Ｓ＾＋乂：光；爾?ＡＭＰ??＼?＼ｌＶ?Ｃ魏農(nóng)一一，??鳴?＼??圖１－３?Ｒｏｃｈｅ４５４測(cè)序平臺(tái)的原理圖［２２］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｔｈｅ?ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?Ｒｏｃｈｅ４５４?ｐｌａｔｆｏｒｍ??（２）Ｉｌｌｕｍｉｎａ測(cè)序平臺(tái)??Ｉｌｌｕｍｉｎａ測(cè)序平臺(tái)是目前應(yīng)用最廣泛的二代測(cè)序技術(shù)

在２００７年和２０１０年分別推出了第一個(gè)測(cè)序平臺(tái)和新的ＳＯＬｉＤ５５００ＸＬ。該平臺(tái)的??基本原理與Ｒｏｃｈｅ?４５４相似，都是微乳液ＰＣＲ，不同的是ＳＯＬｉＤ采用的是寡核苷酸??連接測(cè)序而非焦磷酸測(cè)序，見圖１－５。??該測(cè)序平臺(tái)的具體操作過(guò)程是首先將ＤＮＡ片段加上接頭，連接到磁珠，然后??將磁珠乳化并在乳液滴中進(jìn)行微乳化ＰＣＲ反應(yīng)。將微乳化ＰＣＲ反應(yīng)的產(chǎn)物連接到??ＳＯＬｉＤ玻片上，通過(guò)互補(bǔ)反應(yīng)和連接反應(yīng)進(jìn)行測(cè)序。在測(cè)序反應(yīng)中，采用四種熒光??標(biāo)記堿基，組合為１６種二核苷酸堿基，以不同測(cè)序反應(yīng)確定堿基組成。這種雙堿??基編碼原理使得每個(gè)堿基位點(diǎn)會(huì)被檢測(cè)兩次，由此獲得的序列準(zhǔn)確率可達(dá)到９９．９４％，??９??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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本文編號(hào)：3407034