microRNA是一類內(nèi)源的小非編碼RNA，通過轉(zhuǎn)錄后抑制mRNA從而調(diào)控基因表達，在動物的個體發(fā)育、細胞分化、組織器官的形成等過程中發(fā)揮重要的作用。海膽隸屬于棘皮動物門，是發(fā)育研究的模式生物，同時是一種重要的海洋經(jīng)濟動物，其性腺具有很高的經(jīng)濟價值。然而，到目前為止有關(guān)海膽性腺分化相關(guān)miRNA的尚未見報道。為此，本研究利用第二代高通量測序solexa測序平臺構(gòu)分別構(gòu)建了成熟大連紫海膽雌雄性腺miRNA文庫，鑒定了雌雄性腺組織中保守的miRNA和新miRNA。進一步對本次鑒定的miRNA進行組織差異表達分析，并對差異極大的miRNA預(yù)測靶基因和靶基因的GO功能注釋。本研究首次揭示了大連紫海膽性腺分化的miRNA表達譜，并分析了海膽miRNA表達的性別差異。本研究主要結(jié)果如下：1.通過對雄性海膽性腺組織和雌性海膽性腺組織的測序，雄性海膽性腺樣本共獲得原始序列7,012,368條，用于miRNA分析的干凈的序列2,146,398條，雌性海膽性腺樣本共獲得1,5159,991條原始數(shù)據(jù)，8,522,275條干凈的序列。2.按照miRNA數(shù)據(jù)庫和海膽基因組的比對情況，本研究共鑒定了66種保守的... 

【文章來源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

動物miRNA的形成模式圖

圖 1-2 miRNA 介導(dǎo)的 mRNA 降解和翻譯抑制Fig.1-2 mRNA cleavage and translational repression targeted by miRNA最近有科學(xué)家在對人、小鼠、大鼠和犬的基因組比對分析中指出，在 3′UTR 區(qū)域存在大量的調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)域，而近一半的這些調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)域與 miRNA 的調(diào)節(jié)有關(guān)，如 Johnston RJ 等發(fā)現(xiàn)線蟲中的 miR-273 在 ASER 中表達，并結(jié)合其抑制靶基因 DIE-1(lsy-6 的上游調(diào)控因子)的 3′-UTR 區(qū)，最終促使 GCY-5 高表達且抑制 GCY-7 的表達，影響線蟲的發(fā)育(Chang et al. 2004)。已有研究表明，miRNA 結(jié)合位點不只存在于 3’UTR 區(qū)，也存在于 5’UTR 區(qū)(Lytle et al. 2007; Lahiri et al. 2008; Lee et al. 2008)和基因編碼區(qū)(Gu et al.5

圖 2-1 小 RNA 建庫流程Fig.2-1 The flow chart of construction of small RNA library2.2.4 小 RNA 測序分析下機后將使用聯(lián)川生物的 ACGT101-miR v4.2 分析平臺進行序列 pipeline 分析。在堿基測定和質(zhì)量分?jǐn)?shù)測定后得到原始序列 raw reads。然后將 Raw data 相同的序列歸類到同一個 unique family 形成 Unique 序列，并且統(tǒng)計 Copy 數(shù)目。然后，去除由于樣品制備，測序化學(xué)與處理以及測序儀器的光學(xué)數(shù)碼處理而產(chǎn)生的非純序列。最后去除接頭序列和低質(zhì)量的序列(即除垃圾序列，指序列中有 80%A，或 C，或 G，或 T，3N（不一定是連續(xù)的），只有 A、C 沒有 G、T，或只有 G、T 沒有 A、C，或者是連續(xù)的核苷酸二聚體，三聚體的序列。)后，再去除堿基長度小于 16 和大于 29 的序列和拷貝數(shù)小于 的序列后，得到的長度在 16~29nt 的序列作為可比對序列（mappable reads）。可比對序列將進一步用于小 RNA 預(yù)測�？杀葘π蛄袑⑹紫韧ㄟ^ Blast 分別比對到 Repbase 數(shù)據(jù)庫、mRNA 序列以及 Rfam 數(shù)據(jù)庫以鑒定并去除重復(fù)序列、mRNA 和除 miRNA 以外的小 RNA（rRNA、tRNA、snRNA

【參考文獻】：
期刊論文
[1]蝦夷馬糞海膽不同家系和性別間性腺性狀的比較[J]. 常亞青,張偉杰,丁君,石生寶,趙沖,張勃.  水產(chǎn)學(xué)報. 2010(07)
[2]miRNA在免疫系統(tǒng)中的研究進展[J]. 薛茜,楊安鋼.  細胞與分子免疫學(xué)雜志. 2010(01)
[3]MicroRNA作用機制研究的新進展[J]. 趙爽,劉默芳.  中國科學(xué)（C輯:生命科學(xué)）. 2009(01)
[4]microRNA與免疫系統(tǒng)[J]. 丁瑜,張學(xué)峰,張嘉保.  中國生物制品學(xué)雜志. 2008(12)
[5]MicroRNA調(diào)控造血干細胞發(fā)育[J]. 孫建國,廖榮霞,周度金.  中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報. 2008(07)
[6]我國海膽?zhàn)B殖現(xiàn)狀及存在問題[J]. 周瑋,孫儉,王俊杰,杜俊義.  水產(chǎn)科學(xué). 2008(03)
[7]海膽的生態(tài)習(xí)性及其養(yǎng)殖實用技術(shù)[J]. 蔡玉婷.  中國水產(chǎn). 2006(08)
[8]海膽雜交育種技術(shù)研究進展[J]. 王麗梅.  水產(chǎn)科學(xué). 2005(03)
[9]幾種經(jīng)濟海膽生殖腺的研究進展[J]. 袁修寶,曾曉起.  海洋湖沼通報. 2004(02)
[10]三種海膽性腺總脂的脂肪酸組成的研究[J]. 童圣英,陳煒,由學(xué)策,劉煥亮.  水產(chǎn)學(xué)報. 1998(03)

博士論文
[1]牙鲆變態(tài)過程中microRNA的表達及其功能分析[D]. 付元帥.上海海洋大學(xué) 2011
[2]豬不同發(fā)育階段microRNA轉(zhuǎn)錄組的鑒定[D]. 羅宗剛.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011

碩士論文
[1]光棘球海膽MYP基因非編碼區(qū)序列及其SNPs分析[D]. 耿慧君.遼寧師范大學(xué) 2009



本文編號：3404222