鯧屬魚類的線粒體基因組演化及銀鯧的遺傳多樣性分析
發(fā)布時間:2021-09-06 13:16
銀鯧(Pampus argenteus)在中國各大海域(南海、東海、黃海及渤海)沿岸都廣泛分布,但是隨著捕撈量的逐年增加,消費需求的急劇增長,環(huán)境污染的不斷惡化,銀鯧野生資源量不斷減少,可捕撈量呈顯著下降的趨勢。本研究測定和分析了銀鯧的線粒體全基因組和鯧屬魚類的線粒體全基因組,開發(fā)了銀鯧26個多態(tài)微衛(wèi)星標記,從中我們篩選了15個多態(tài)微衛(wèi)星標記分析中國沿海8個銀鯧群體的遺傳多樣性。通過分析銀鯧的線粒體全基因組結構和種群遺傳多樣性,可以更好的認識銀鯧物種的進化潛力、種群遺傳狀況,為銀鯧資源的保護和合理開發(fā)提供有力的理論支持,促進銀鯧資源的可持續(xù)發(fā)展。1.銀鯧線粒體全基因序列的測定和結構分析應用PCR直接測序的方法獲得了銀鯧(Pampus argenteus)的線粒體全基因組序列,銀鯧線粒體全基因組序列全長為17098bp,主要包括2個非編碼區(qū)(OL區(qū)和D-loop區(qū)),2個r RNA基因,23個t RNA基因和13個蛋白質編碼基因。全基因組的堿基含量為A 30.35%,C 25.55%,G 15.28%,T 28.82%,并且A+T為59.17%,存在明顯的AT偏好性。大都數(shù)基因都位于重鏈...
【文章來源】:上海海洋大學上海市
【文章頁數(shù)】:89 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
銀鯧采集位置
2.2 結果與分析2.2.1 PCR 結果利用上述設計的 17 對引物成功擴增出了所需要的目的條帶(電泳結果見圖2-2)。對比發(fā)現(xiàn) PCR 產(chǎn)物的分子量大小與引物設計的一致,且沒有雜帶、條帶特異,可直接測序。
圖 2-3 銀鯧線粒體基因組結構圖Fig.2-3 Organization in the mitochondrial genome of Pampus argenteus2.2.3 堿基組成特點
【參考文獻】:
期刊論文
[1]中國鯧屬魚類一新種(鱸形目,鯧科)(英文)[J]. 劉靜,李春生. 動物分類學報. 2013(04)
[2]基于線粒體Cyt b基因的黃海南部和東海銀鯧群體遺傳結構分析[J]. 趙峰,莊平,章龍珍,施兆鴻. 水生生物學報. 2011(05)
[3]PCR引物設計方法綜述[J]. 尤超,趙大球,梁乘榜,周春華. 現(xiàn)代農業(yè)科技. 2011(17)
[4]黑尾地鴉線粒體基因組序列測定與分析[J]. 柯楊,黃原,雷富民. 遺傳. 2010(09)
[5]根據(jù)mtDNAD-loop序列分析東海銀鯧群體遺傳多樣性[J]. 彭士明,施兆鴻,陳超,侯俊利. 海洋科學. 2010(02)
[6]基于線粒體D-loop區(qū)與COI基因序列比較分析養(yǎng)殖與野生銀鯧群體遺傳多樣性[J]. 彭士明,施兆鴻,侯俊利. 水產(chǎn)學報. 2010(01)
[7]我國鯧屬魚類養(yǎng)殖的發(fā)展?jié)摿扒熬罢雇鸞J]. 施兆鴻,彭士明,孫鵬,尹飛. 現(xiàn)代漁業(yè)信息. 2009(10)
[8]銀鯧3個野生群體線粒體COⅠ基因的序列差異分析[J]. 彭士明,施兆鴻,侯俊利,張浩,趙峰. 上海海洋大學學報. 2009(04)
[9]銀鯧4個地理種群遺傳多樣性的初步研究[J]. 孟彥羽,章龍珍,趙峰,施兆鴻,莊平. 海洋漁業(yè). 2009(01)
[10]人工育苗條件下銀鯧仔稚幼魚攝食與生長特性[J]. 施兆鴻,馬凌波,高露姣,于宏,柳敏海,陳波,傅榮兵. 海洋水產(chǎn)研究. 2007(04)
碩士論文
[1]銀鯧微衛(wèi)星標記開發(fā)及群體遺傳結構分析[D]. 秦玉.浙江海洋學院 2013
[2]棘胸蛙線粒體基因組全序列的測序與分析[D]. 周妍.浙江師范大學 2009
[3]鱖魚微衛(wèi)星標記的開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 匡剛橋.湖南農業(yè)大學 2007
本文編號:3387528
【文章來源】:上海海洋大學上海市
【文章頁數(shù)】:89 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
銀鯧采集位置
2.2 結果與分析2.2.1 PCR 結果利用上述設計的 17 對引物成功擴增出了所需要的目的條帶(電泳結果見圖2-2)。對比發(fā)現(xiàn) PCR 產(chǎn)物的分子量大小與引物設計的一致,且沒有雜帶、條帶特異,可直接測序。
圖 2-3 銀鯧線粒體基因組結構圖Fig.2-3 Organization in the mitochondrial genome of Pampus argenteus2.2.3 堿基組成特點
【參考文獻】:
期刊論文
[1]中國鯧屬魚類一新種(鱸形目,鯧科)(英文)[J]. 劉靜,李春生. 動物分類學報. 2013(04)
[2]基于線粒體Cyt b基因的黃海南部和東海銀鯧群體遺傳結構分析[J]. 趙峰,莊平,章龍珍,施兆鴻. 水生生物學報. 2011(05)
[3]PCR引物設計方法綜述[J]. 尤超,趙大球,梁乘榜,周春華. 現(xiàn)代農業(yè)科技. 2011(17)
[4]黑尾地鴉線粒體基因組序列測定與分析[J]. 柯楊,黃原,雷富民. 遺傳. 2010(09)
[5]根據(jù)mtDNAD-loop序列分析東海銀鯧群體遺傳多樣性[J]. 彭士明,施兆鴻,陳超,侯俊利. 海洋科學. 2010(02)
[6]基于線粒體D-loop區(qū)與COI基因序列比較分析養(yǎng)殖與野生銀鯧群體遺傳多樣性[J]. 彭士明,施兆鴻,侯俊利. 水產(chǎn)學報. 2010(01)
[7]我國鯧屬魚類養(yǎng)殖的發(fā)展?jié)摿扒熬罢雇鸞J]. 施兆鴻,彭士明,孫鵬,尹飛. 現(xiàn)代漁業(yè)信息. 2009(10)
[8]銀鯧3個野生群體線粒體COⅠ基因的序列差異分析[J]. 彭士明,施兆鴻,侯俊利,張浩,趙峰. 上海海洋大學學報. 2009(04)
[9]銀鯧4個地理種群遺傳多樣性的初步研究[J]. 孟彥羽,章龍珍,趙峰,施兆鴻,莊平. 海洋漁業(yè). 2009(01)
[10]人工育苗條件下銀鯧仔稚幼魚攝食與生長特性[J]. 施兆鴻,馬凌波,高露姣,于宏,柳敏海,陳波,傅榮兵. 海洋水產(chǎn)研究. 2007(04)
碩士論文
[1]銀鯧微衛(wèi)星標記開發(fā)及群體遺傳結構分析[D]. 秦玉.浙江海洋學院 2013
[2]棘胸蛙線粒體基因組全序列的測序與分析[D]. 周妍.浙江師范大學 2009
[3]鱖魚微衛(wèi)星標記的開發(fā)及遺傳多樣性研究[D]. 匡剛橋.湖南農業(yè)大學 2007
本文編號:3387528
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