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七鰓鰻CD82的分子克隆及生物信息學(xué)分析

發(fā)布時間:2021-08-15 09:15
  CD82分子為四次跨膜超家族(transmembrane4super-family,TM4SF)的代表成員,表達在人體的許多組織中,可以廣泛參與細胞的生長,粘附,凋亡等多種生命活動,在進化上高度保守。七鰓鰻作為最為原始的無頜類脊椎動物,是溝通無脊椎動物和脊椎動物的橋梁,追尋脊椎動物的免疫起源和進化發(fā)展的模式生物。目前主要針對高等脊椎動物的CD82研究比較集中,而對于一些較為低等的無頜類脊椎動物的研究甚少,尚不清楚CD82具備哪些功能及相應(yīng)的調(diào)節(jié)機制。從日本七鰓鰻免疫小體cDNA文庫中篩選出一條與哺乳動物的CD82分子具有很高同源性的EST序列,利用Primer5.0軟件自行設(shè)計引物,采取基因克隆方法得到了CD82基因的編碼區(qū)序列,開放閱讀框長度為801bp的七鰓鰻CD82基因,編碼266個氨基酸。生物信息學(xué)分析表明,CD82具有四個跨膜結(jié)構(gòu)域(TM1-TM4),TM1和TM2之間形成了一個小的胞外環(huán)EC1,TM3和TM4組成一個大的胞外環(huán)EC2,EC2上有3個潛在的N型糖基化位點。利用blast、Biodit對不同的物種的CD82進行序列比對,此外,也對CD82高級結(jié)構(gòu)、抗原表位和保守... 

【文章來源】:遼寧師范大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】:63 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【文章目錄】:
摘要
Abstract
1. 緒論
    1.1 KAI1/CD82 的分子結(jié)構(gòu)特點
    1.2 KAI1/CD82 基因表達的調(diào)節(jié)
    1.3 KAI1/CD82 的翻譯后修飾
        1.3.1 十六(烷);
        1.3.2 糖基化
    1.4 參與免疫應(yīng)答
        1.4.1 與 T 細胞的免疫應(yīng)答
        1.4.2 與 B 細胞的免疫應(yīng)答
    1.5 參與調(diào)節(jié)細胞黏附
    1.6 調(diào)節(jié)細胞的遷移
    1.7 誘導(dǎo)細胞的凋亡
    1.8 CD82 與腫瘤的關(guān)系
    1.9 展望
2 七鰓鰻 CD82 的分子克隆
    2.1 材料
        2.1.1 實驗材料
        2.1.2 儀器設(shè)備
        2.1.3 藥品及試劑
    2.2 方法
        2.2.1 引物設(shè)計
        2.2.2 白細胞分離
        2.2.3 脂肪體總 RNA 的提取
        2.2.4 反轉(zhuǎn)錄成 cDNA
        2.2.5 PCR 擴增
        2.2.6 目的片段的回收
        2.2.7 目的片段與載體連接及轉(zhuǎn)化
        2.2.8 陽性菌落的鑒定
        2.2.9 重組質(zhì)粒的提取及測序
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 免疫小體總 RNA 的提取
        2.3.2 日本七鰓鰻 CD82 的基因克隆
    2.4 討論
    2.5 小結(jié)
3 CD82 氨基酸序列的生物信息學(xué)分析
    3.1 使用的在線網(wǎng)站和軟件(表 3.1)
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 一級結(jié)構(gòu)分析
        3.2.2 功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測
        3.2.3 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
        3.2.4 三級結(jié)構(gòu)模擬
        3.2.5 抗原表位預(yù)測
        3.2.6 同源序列比對
        3.2.7 保守性分析
        3.2.8 系統(tǒng)發(fā)育分析
    3.3 討論
    3.4 小結(jié)
4 半定量 RT-PCR 檢測 CD82 在七鰓鰻各組織中的相對表達量
    4.1 材料
        4.1.1 實驗材料
        4.1.2 儀器設(shè)備
        4.1.3 藥品及試劑
    4.2 方法
        4.2.1 菌液刺激七鰓鰻
        4.2.2 白細胞的分離及組織提取
        4.2.3 白細胞及組織總 RNA 的提取
        4.2.4 半定量 RT-PCR 法檢測 CD82 在七鰓鰻中相對表達量
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 七鰓鰻各組織總 RNA 提取
        4.3.2 CD82 在七鰓鰻不同組織中的相對表達量
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
5 原核表達載體的構(gòu)建
    5.1 材料
        5.1.1 儀器設(shè)備
        5.1.2 藥品及試劑
    5.2 方法
        5.2.1 設(shè)計引物
        5.2.2 PCR 擴增
        5.2.3 目的片段的回收與雙酶切
        5.2.4 重組表達菌的鑒定
    5.3 結(jié)果
    5.4 討論
    5.5 小結(jié)
6 結(jié)論
本論文的創(chuàng)新點
參考文獻
附錄A 脂肪體 cDNA 文庫中 CD82 的 EST 序列
附錄B 不同物種的 CD82 的 FASTA 格式氨基酸序列
研究生期間發(fā)表文章及研究成果
致謝



本文編號:3344265

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