七鰓鰻CD82的分子克隆及生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-08-15 09:15
CD82分子為四次跨膜超家族(transmembrane4super-family,TM4SF)的代表成員,表達(dá)在人體的許多組織中,可以廣泛參與細(xì)胞的生長(zhǎng),粘附,凋亡等多種生命活動(dòng),在進(jìn)化上高度保守。七鰓鰻作為最為原始的無(wú)頜類脊椎動(dòng)物,是溝通無(wú)脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物的橋梁,追尋脊椎動(dòng)物的免疫起源和進(jìn)化發(fā)展的模式生物。目前主要針對(duì)高等脊椎動(dòng)物的CD82研究比較集中,而對(duì)于一些較為低等的無(wú)頜類脊椎動(dòng)物的研究甚少,尚不清楚CD82具備哪些功能及相應(yīng)的調(diào)節(jié)機(jī)制。從日本七鰓鰻免疫小體cDNA文庫(kù)中篩選出一條與哺乳動(dòng)物的CD82分子具有很高同源性的EST序列,利用Primer5.0軟件自行設(shè)計(jì)引物,采取基因克隆方法得到了CD82基因的編碼區(qū)序列,開(kāi)放閱讀框長(zhǎng)度為801bp的七鰓鰻CD82基因,編碼266個(gè)氨基酸。生物信息學(xué)分析表明,CD82具有四個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域(TM1-TM4),TM1和TM2之間形成了一個(gè)小的胞外環(huán)EC1,TM3和TM4組成一個(gè)大的胞外環(huán)EC2,EC2上有3個(gè)潛在的N型糖基化位點(diǎn)。利用blast、Biodit對(duì)不同的物種的CD82進(jìn)行序列比對(duì),此外,也對(duì)CD82高級(jí)結(jié)構(gòu)、抗原表位和保守...
【文章來(lái)源】:遼寧師范大學(xué)遼寧省
【文章頁(yè)數(shù)】:63 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1. 緒論
1.1 KAI1/CD82 的分子結(jié)構(gòu)特點(diǎn)
1.2 KAI1/CD82 基因表達(dá)的調(diào)節(jié)
1.3 KAI1/CD82 的翻譯后修飾
1.3.1 十六(烷)酰化
1.3.2 糖基化
1.4 參與免疫應(yīng)答
1.4.1 與 T 細(xì)胞的免疫應(yīng)答
1.4.2 與 B 細(xì)胞的免疫應(yīng)答
1.5 參與調(diào)節(jié)細(xì)胞黏附
1.6 調(diào)節(jié)細(xì)胞的遷移
1.7 誘導(dǎo)細(xì)胞的凋亡
1.8 CD82 與腫瘤的關(guān)系
1.9 展望
2 七鰓鰻 CD82 的分子克隆
2.1 材料
2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.2 儀器設(shè)備
2.1.3 藥品及試劑
2.2 方法
2.2.1 引物設(shè)計(jì)
2.2.2 白細(xì)胞分離
2.2.3 脂肪體總 RNA 的提取
2.2.4 反轉(zhuǎn)錄成 cDNA
2.2.5 PCR 擴(kuò)增
2.2.6 目的片段的回收
2.2.7 目的片段與載體連接及轉(zhuǎn)化
2.2.8 陽(yáng)性菌落的鑒定
2.2.9 重組質(zhì)粒的提取及測(cè)序
2.3 結(jié)果
2.3.1 免疫小體總 RNA 的提取
2.3.2 日本七鰓鰻 CD82 的基因克隆
2.4 討論
2.5 小結(jié)
3 CD82 氨基酸序列的生物信息學(xué)分析
3.1 使用的在線網(wǎng)站和軟件(表 3.1)
3.2 結(jié)果
3.2.1 一級(jí)結(jié)構(gòu)分析
3.2.2 功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)
3.2.3 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
3.2.4 三級(jí)結(jié)構(gòu)模擬
3.2.5 抗原表位預(yù)測(cè)
3.2.6 同源序列比對(duì)
3.2.7 保守性分析
3.2.8 系統(tǒng)發(fā)育分析
3.3 討論
3.4 小結(jié)
4 半定量 RT-PCR 檢測(cè) CD82 在七鰓鰻各組織中的相對(duì)表達(dá)量
4.1 材料
4.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
4.1.2 儀器設(shè)備
4.1.3 藥品及試劑
4.2 方法
4.2.1 菌液刺激七鰓鰻
4.2.2 白細(xì)胞的分離及組織提取
4.2.3 白細(xì)胞及組織總 RNA 的提取
4.2.4 半定量 RT-PCR 法檢測(cè) CD82 在七鰓鰻中相對(duì)表達(dá)量
4.3 結(jié)果
4.3.1 七鰓鰻各組織總 RNA 提取
4.3.2 CD82 在七鰓鰻不同組織中的相對(duì)表達(dá)量
4.4 討論
4.5 小結(jié)
5 原核表達(dá)載體的構(gòu)建
5.1 材料
5.1.1 儀器設(shè)備
5.1.2 藥品及試劑
5.2 方法
5.2.1 設(shè)計(jì)引物
5.2.2 PCR 擴(kuò)增
5.2.3 目的片段的回收與雙酶切
5.2.4 重組表達(dá)菌的鑒定
5.3 結(jié)果
5.4 討論
5.5 小結(jié)
6 結(jié)論
本論文的創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄A 脂肪體 cDNA 文庫(kù)中 CD82 的 EST 序列
附錄B 不同物種的 CD82 的 FASTA 格式氨基酸序列
研究生期間發(fā)表文章及研究成果
致謝
本文編號(hào):3344265
【文章來(lái)源】:遼寧師范大學(xué)遼寧省
【文章頁(yè)數(shù)】:63 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
1. 緒論
1.1 KAI1/CD82 的分子結(jié)構(gòu)特點(diǎn)
1.2 KAI1/CD82 基因表達(dá)的調(diào)節(jié)
1.3 KAI1/CD82 的翻譯后修飾
1.3.1 十六(烷)酰化
1.3.2 糖基化
1.4 參與免疫應(yīng)答
1.4.1 與 T 細(xì)胞的免疫應(yīng)答
1.4.2 與 B 細(xì)胞的免疫應(yīng)答
1.5 參與調(diào)節(jié)細(xì)胞黏附
1.6 調(diào)節(jié)細(xì)胞的遷移
1.7 誘導(dǎo)細(xì)胞的凋亡
1.8 CD82 與腫瘤的關(guān)系
1.9 展望
2 七鰓鰻 CD82 的分子克隆
2.1 材料
2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.2 儀器設(shè)備
2.1.3 藥品及試劑
2.2 方法
2.2.1 引物設(shè)計(jì)
2.2.2 白細(xì)胞分離
2.2.3 脂肪體總 RNA 的提取
2.2.4 反轉(zhuǎn)錄成 cDNA
2.2.5 PCR 擴(kuò)增
2.2.6 目的片段的回收
2.2.7 目的片段與載體連接及轉(zhuǎn)化
2.2.8 陽(yáng)性菌落的鑒定
2.2.9 重組質(zhì)粒的提取及測(cè)序
2.3 結(jié)果
2.3.1 免疫小體總 RNA 的提取
2.3.2 日本七鰓鰻 CD82 的基因克隆
2.4 討論
2.5 小結(jié)
3 CD82 氨基酸序列的生物信息學(xué)分析
3.1 使用的在線網(wǎng)站和軟件(表 3.1)
3.2 結(jié)果
3.2.1 一級(jí)結(jié)構(gòu)分析
3.2.2 功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)
3.2.3 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
3.2.4 三級(jí)結(jié)構(gòu)模擬
3.2.5 抗原表位預(yù)測(cè)
3.2.6 同源序列比對(duì)
3.2.7 保守性分析
3.2.8 系統(tǒng)發(fā)育分析
3.3 討論
3.4 小結(jié)
4 半定量 RT-PCR 檢測(cè) CD82 在七鰓鰻各組織中的相對(duì)表達(dá)量
4.1 材料
4.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
4.1.2 儀器設(shè)備
4.1.3 藥品及試劑
4.2 方法
4.2.1 菌液刺激七鰓鰻
4.2.2 白細(xì)胞的分離及組織提取
4.2.3 白細(xì)胞及組織總 RNA 的提取
4.2.4 半定量 RT-PCR 法檢測(cè) CD82 在七鰓鰻中相對(duì)表達(dá)量
4.3 結(jié)果
4.3.1 七鰓鰻各組織總 RNA 提取
4.3.2 CD82 在七鰓鰻不同組織中的相對(duì)表達(dá)量
4.4 討論
4.5 小結(jié)
5 原核表達(dá)載體的構(gòu)建
5.1 材料
5.1.1 儀器設(shè)備
5.1.2 藥品及試劑
5.2 方法
5.2.1 設(shè)計(jì)引物
5.2.2 PCR 擴(kuò)增
5.2.3 目的片段的回收與雙酶切
5.2.4 重組表達(dá)菌的鑒定
5.3 結(jié)果
5.4 討論
5.5 小結(jié)
6 結(jié)論
本論文的創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄A 脂肪體 cDNA 文庫(kù)中 CD82 的 EST 序列
附錄B 不同物種的 CD82 的 FASTA 格式氨基酸序列
研究生期間發(fā)表文章及研究成果
致謝
本文編號(hào):3344265
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