長末端重復(fù)序列（LTR）逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子在真核生物中是普遍存在的,通過"復(fù)制-黏貼"的方式插入到基因組的其它位置,影響基因的活性及基因組的結(jié)構(gòu)。DNA測序技術(shù)的快速發(fā)展為分子生物學(xué)研究提供了大量的組學(xué)資源,也為全基因組水平逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的系統(tǒng)分析提供了數(shù)據(jù)支持。本研究基于已發(fā)表的櫛孔扇貝（Chlamys farreri）基因組信息,系統(tǒng)分析了櫛孔扇貝LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的基因組分布特征及在胚胎發(fā)育各個(gè)時(shí)期和成體各個(gè)組織的表達(dá)模式。研究發(fā)現(xiàn)櫛孔扇貝LTR總長度與染色體長度呈正相關(guān)關(guān)系,而LTR密度（每Mb染色體上的LTR拷貝數(shù)）與染色體長度呈負(fù)相關(guān)關(guān)系;Gypsy、Ngaro和DIRS是櫛孔扇貝基因組中數(shù)量最多、總長度最長的三類LTR亞家族,且主要分布在基因間區(qū);相比于其它種類的LTR,Gypsy和Ngaro在胚胎發(fā)育各個(gè)時(shí)期和各個(gè)成體組織/器官中具有顯著的表達(dá)優(yōu)勢,而且在胚胎發(fā)育過程中呈現(xiàn)動(dòng)態(tài)表達(dá)模式,其中表達(dá)量的峰值和低谷分別出現(xiàn)在擔(dān)輪幼蟲時(shí)期和殼頂幼蟲時(shí)期;Gypsy和Ngaro在大部分組織/器官中占據(jù)表達(dá)優(yōu)勢,唯一例外的組織是肝胰腺,其表達(dá)量最高的LTR類型為ERV1。本研究對櫛孔扇貝逆... 

【文章來源】：中國海洋大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,50(10)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子各個(gè)亞家族的長度分布

為了進(jìn)一步調(diào)查轉(zhuǎn)座子的分布與基因的關(guān)系,本研究統(tǒng)計(jì)了Gypsy、Ngaro、DIRS三大類拷貝數(shù)量較多的逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子在基因上下游3 kb及基因內(nèi)部的分布情況。三類逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子均表現(xiàn)為在基因間區(qū)的分布最多,Gypsy、DIRS分布在基因間區(qū)的轉(zhuǎn)座子占比都在50%以上,Ngaro分布在基因間區(qū)的比例是三類LTR中最低的,而Ngaro在基因區(qū)分布的比例較其它兩類偏高(見圖2)。三類逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座在基因區(qū)有相似的分布規(guī)律,絕大部分分布在內(nèi)含子區(qū)域,分布在CDS區(qū)域的轉(zhuǎn)座子數(shù)量較少(見圖3)。圖3 Gypsy、Ngaro、DIRS逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子在基因區(qū)的分布

Gypsy、Ngaro、DIRS逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子在基因區(qū)的分布

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]四倍體海島棉LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的數(shù)量與分布[J]. 劉震,張樹林,史瑩慧,彭仁海.  生物技術(shù)通報(bào). 2018(05)
[2]斑馬魚轉(zhuǎn)座子時(shí)空表達(dá)特性[J]. 高波,王偉,錢躍,陳才,鐘繼漢,沈丹,陳偉,宋成義.  生物信息學(xué). 2017(04)
[3]建鯉基因組中一個(gè)ty3-gypsy反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的發(fā)現(xiàn)與分析[J]. 丁煒東,曹麗萍,曹哲明,邴旭文.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2016(02)



本文編號：3327220