由草魚呼腸孤病毒（Grass carp reo virus, GCRV）引發(fā)的草魚出血病一直是制約草魚養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)健康發(fā)展的一大難題。要解決這一難題,就必須從引發(fā)該病的分子遺傳調(diào)控機(jī)理的研究入手,找到草魚發(fā)病后魚體自身的抗病機(jī)制。近年來,關(guān)于microRNA （miRNA）領(lǐng)域的研究受到廣泛關(guān)注。大量研究證實(shí)miRNA與生物的生長(zhǎng)、發(fā)育、代謝、疾病的發(fā)生、發(fā)展以及診斷治療密切相關(guān)。本研究選擇草魚和與之同屬的抗病力強(qiáng)的赤眼鱒為研究對(duì)象,對(duì)草魚和赤眼鱒在正常和感染GCRV下,分別采集了草魚和赤眼鱒的胸腺、頭腎、中腎、鰓、肝臟、脾臟、肌肉7個(gè)組織的混合樣本運(yùn)用第二代miRNA高通量測(cè)序篩選品種間的差異表達(dá)的miRNA,并利用生物信息學(xué)分析手段對(duì)其進(jìn)行靶基因的預(yù)測(cè)和富集性分析,找到差異表達(dá)的miRNA及其靶基因,以及基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),揭示草魚出血病miRNA的分子調(diào)控機(jī)制,為草魚與赤眼鱒的抗病雜交育種提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下：1.草魚和赤眼鱒miRNA Solexa測(cè)序構(gòu)建了草魚和赤眼鱒的小RNA文庫(kù)。草魚miRNA文庫(kù)經(jīng)測(cè)序得到可用于比對(duì)的序列（valid reads）共計(jì)8,834... 

【文章來源】：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)湖南省

【文章頁(yè)數(shù)】：112 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 病毒性草魚出血病研究進(jìn)展
        1.1 病毒性草魚出血病的病原與防治
            1.1.1 草魚呼腸孤病毒(GCRV)
            1.1.2 GCRV的疫苗免疫
        1.2 GCRV的免疫途徑和免疫相關(guān)基因
            1.2.1 魚類的先天性免疫途徑
            1.2.2 GCRV的受體基因
            1.2.3 GCRV的免疫相關(guān)基因
            1.2.4 GCRV的免疫相關(guān)信號(hào)通路
            1.2.5 GCRV對(duì)草魚細(xì)胞凋亡的影響
    2 動(dòng)物miRNA的研究進(jìn)展
        2.1 miRNA的概念
        2.2 miRNA的作用機(jī)制
        2.3 小RNA的分類
        2.4 miRNA的檢測(cè)與鑒定方法
        2.5 miRNA的研究進(jìn)展
            2.5.1 miRNA的表達(dá)特征
            2.5.2 miRNA與疾病相關(guān)研究進(jìn)展
            2.5.3 魚類中已報(bào)道的miRNA
            2.5.4 miRNA的進(jìn)化與保守性
        2.6 miRNA靶基因研究方法
    3 研究目的與意義
第二章 草魚和赤眼鱒miRNA Solexa測(cè)序
    1 材料與方法
        1.1 材料
            1.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
            1.1.2 攻毒實(shí)驗(yàn)的病毒
        1.2 方法
            1.2.1 人工攻毒
            1.2.2 試驗(yàn)樣品采集
            1.2.3 總RNA的提取
            1.2.4 總RNA質(zhì)量檢測(cè)
            1.2.5 RNA混合樣本的構(gòu)建
            1.2.6 草魚和赤眼鱒cDNA測(cè)序文庫(kù)的構(gòu)建
            1.2.7 測(cè)序文庫(kù)質(zhì)檢所用儀器和試劑
            1.2.8 上機(jī)測(cè)序
            1.2.9 測(cè)序數(shù)據(jù)分析
            1.2.10 主要分析的數(shù)據(jù)庫(kù)
            1.2.11 數(shù)據(jù)分析所用程序
    2 結(jié)果與分析
        2.1. miRNA測(cè)序數(shù)據(jù)
            2.1.1 測(cè)序數(shù)據(jù)總覽
            2.1.2 Clean小RNA長(zhǎng)度分布
        2.2 miRNA的檢出與分類
    3 討論
        3.1 實(shí)驗(yàn)樣本的選擇
        3.2 草魚和赤眼鱒miRNA文庫(kù)的構(gòu)建及測(cè)序
第三章 草魚和赤眼鱒miRNA的特征分析
    1 材料與方法
        1.1 材料
        1.2 方法
    2 結(jié)果與分析
        2.1 草魚和赤眼鱒miRNA的共表達(dá)和差異表達(dá)結(jié)果
        2.2 差異基因表達(dá)水平的聚類分析
        2.3 miRNA成簇分析
        2.4 miRNA的進(jìn)化分析和家族分析
        2.5 miRNA種子序列分析
    3 討論
        3.1 草魚和赤眼鱒miRNA的特征分析
        3.2 差異表達(dá)miRNA的成簇調(diào)控及進(jìn)化分析
第四章 草魚和赤眼鱒miRNA的驗(yàn)證、靶基因預(yù)測(cè)及通路分析
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
        1.2 miRNA熒光定量PCR驗(yàn)證方法
            1.2.1 引物設(shè)計(jì)
            1.2.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑
            1.2.3 主要實(shí)驗(yàn)儀器
            1.2.4 實(shí)驗(yàn)步驟
            1.2.5 數(shù)據(jù)分析方法
        1.3 miRNA靶基因預(yù)測(cè)方法
        1.4 生物信息數(shù)據(jù)分析
            1.4.1 GO分析
            1.4.2 KEGG分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 miRNA的qPCR驗(yàn)證
        2.2 靶基因預(yù)測(cè)
        2.3 KEGG分析
        2.4 GO富集分析
    3 討論
        3.1. miRNA測(cè)序結(jié)果的可信度
        3.2. miRNA靶基因預(yù)測(cè)分析
        3.3 KEGG和GO富集分析
第五章 結(jié)論、創(chuàng)新點(diǎn)及研究展望
    1 結(jié)論
    2 特色與創(chuàng)新
    3 下一步研究展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡(jiǎn)介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[5]魚類microRNAs研究進(jìn)展[J]. 唐雪蓮,李洪,付京花.  水產(chǎn)科學(xué). 2013(01)
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[10]豬繁殖與呼吸綜合征病毒相關(guān)豬microRNA的初步篩選[J]. 郜原,薄聯(lián)鋒,武小椿,孫柏,溫俊歌,孫巖,徐志坤,張德禮.  中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2012(03)

博士論文
[1]豬骨骼肌發(fā)育中相關(guān)miRNA的鑒定及miR-21生物學(xué)功能研究[D]. 白立景.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]草魚與赤眼鱒雜交F1遺傳特征及對(duì)草魚呼腸孤病毒抗性的研究[D]. 劉巧林.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[3]感病草魚脾臟的比較轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 許寶紅.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012

碩士論文
[1]農(nóng)藥氟蟲腈作用下斑馬魚microRNA-155對(duì)cyb561d2的調(diào)控作用研究[D]. 黃涵年.浙江理工大學(xué) 2014
[2]普通野生稻花期相關(guān)MicroRNA的鑒定及功能分析[D]. 陳宗祥.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2013
[3]草魚出血病細(xì)胞培養(yǎng)滅活疫苗微囊制備與口服免疫效果研究[D]. 李瑞偉.上海海洋大學(xué) 2013
[4]草魚Mx基因的克隆及表達(dá)特征的研究[D]. 彭麗敏.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2012
[5]MiRNA let-7d在牙鲆變態(tài)發(fā)育過程中的表達(dá)及其靶基因預(yù)測(cè)[D]. 吳明林.上海海洋大學(xué) 2011



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