由草魚呼腸孤病毒（Grass carp reo virus, GCRV）引發(fā)的草魚出血病一直是制約草魚養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)健康發(fā)展的一大難題。要解決這一難題,就必須從引發(fā)該病的分子遺傳調控機理的研究入手,找到草魚發(fā)病后魚體自身的抗病機制。近年來,關于microRNA （miRNA）領域的研究受到廣泛關注。大量研究證實miRNA與生物的生長、發(fā)育、代謝、疾病的發(fā)生、發(fā)展以及診斷治療密切相關。本研究選擇草魚和與之同屬的抗病力強的赤眼鱒為研究對象,對草魚和赤眼鱒在正常和感染GCRV下,分別采集了草魚和赤眼鱒的胸腺、頭腎、中腎、鰓、肝臟、脾臟、肌肉7個組織的混合樣本運用第二代miRNA高通量測序篩選品種間的差異表達的miRNA,并利用生物信息學分析手段對其進行靶基因的預測和富集性分析,找到差異表達的miRNA及其靶基因,以及基因之間的調控網(wǎng)絡,揭示草魚出血病miRNA的分子調控機制,為草魚與赤眼鱒的抗病雜交育種提供理論依據(jù)。主要研究結果如下：1.草魚和赤眼鱒miRNA Solexa測序構建了草魚和赤眼鱒的小RNA文庫。草魚miRNA文庫經(jīng)測序得到可用于比對的序列（valid reads）共計8,834... 

【文章來源】：湖南農(nóng)業(yè)大學湖南省

【文章頁數(shù)】：112 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
    1 病毒性草魚出血病研究進展
        1.1 病毒性草魚出血病的病原與防治
            1.1.1 草魚呼腸孤病毒(GCRV)
            1.1.2 GCRV的疫苗免疫
        1.2 GCRV的免疫途徑和免疫相關基因
            1.2.1 魚類的先天性免疫途徑
            1.2.2 GCRV的受體基因
            1.2.3 GCRV的免疫相關基因
            1.2.4 GCRV的免疫相關信號通路
            1.2.5 GCRV對草魚細胞凋亡的影響
    2 動物miRNA的研究進展
        2.1 miRNA的概念
        2.2 miRNA的作用機制
        2.3 小RNA的分類
        2.4 miRNA的檢測與鑒定方法
        2.5 miRNA的研究進展
            2.5.1 miRNA的表達特征
            2.5.2 miRNA與疾病相關研究進展
            2.5.3 魚類中已報道的miRNA
            2.5.4 miRNA的進化與保守性
        2.6 miRNA靶基因研究方法
    3 研究目的與意義
第二章 草魚和赤眼鱒miRNA Solexa測序
    1 材料與方法
        1.1 材料
            1.1.1 實驗動物
            1.1.2 攻毒實驗的病毒
        1.2 方法
            1.2.1 人工攻毒
            1.2.2 試驗樣品采集
            1.2.3 總RNA的提取
            1.2.4 總RNA質量檢測
            1.2.5 RNA混合樣本的構建
            1.2.6 草魚和赤眼鱒cDNA測序文庫的構建
            1.2.7 測序文庫質檢所用儀器和試劑
            1.2.8 上機測序
            1.2.9 測序數(shù)據(jù)分析
            1.2.10 主要分析的數(shù)據(jù)庫
            1.2.11 數(shù)據(jù)分析所用程序
    2 結果與分析
        2.1. miRNA測序數(shù)據(jù)
            2.1.1 測序數(shù)據(jù)總覽
            2.1.2 Clean小RNA長度分布
        2.2 miRNA的檢出與分類
    3 討論
        3.1 實驗樣本的選擇
        3.2 草魚和赤眼鱒miRNA文庫的構建及測序
第三章 草魚和赤眼鱒miRNA的特征分析
    1 材料與方法
        1.1 材料
        1.2 方法
    2 結果與分析
        2.1 草魚和赤眼鱒miRNA的共表達和差異表達結果
        2.2 差異基因表達水平的聚類分析
        2.3 miRNA成簇分析
        2.4 miRNA的進化分析和家族分析
        2.5 miRNA種子序列分析
    3 討論
        3.1 草魚和赤眼鱒miRNA的特征分析
        3.2 差異表達miRNA的成簇調控及進化分析
第四章 草魚和赤眼鱒miRNA的驗證、靶基因預測及通路分析
    1 材料與方法
        1.1 實驗數(shù)據(jù)
        1.2 miRNA熒光定量PCR驗證方法
            1.2.1 引物設計
            1.2.2 主要實驗試劑
            1.2.3 主要實驗儀器
            1.2.4 實驗步驟
            1.2.5 數(shù)據(jù)分析方法
        1.3 miRNA靶基因預測方法
        1.4 生物信息數(shù)據(jù)分析
            1.4.1 GO分析
            1.4.2 KEGG分析
    2 結果與分析
        2.1 miRNA的qPCR驗證
        2.2 靶基因預測
        2.3 KEGG分析
        2.4 GO富集分析
    3 討論
        3.1. miRNA測序結果的可信度
        3.2. miRNA靶基因預測分析
        3.3 KEGG和GO富集分析
第五章 結論、創(chuàng)新點及研究展望
    1 結論
    2 特色與創(chuàng)新
    3 下一步研究展望
參考文獻
附錄
致謝
作者簡介


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]豬骨骼肌發(fā)育中相關miRNA的鑒定及miR-21生物學功能研究[D]. 白立景.中國農(nóng)業(yè)大學 2014
[2]草魚與赤眼鱒雜交F1遺傳特征及對草魚呼腸孤病毒抗性的研究[D]. 劉巧林.湖南農(nóng)業(yè)大學 2013
[3]感病草魚脾臟的比較轉錄組分析[D]. 許寶紅.湖南農(nóng)業(yè)大學 2012

碩士論文
[1]農(nóng)藥氟蟲腈作用下斑馬魚microRNA-155對cyb561d2的調控作用研究[D]. 黃涵年.浙江理工大學 2014
[2]普通野生稻花期相關MicroRNA的鑒定及功能分析[D]. 陳宗祥.中國農(nóng)業(yè)科學院 2013
[3]草魚出血病細胞培養(yǎng)滅活疫苗微囊制備與口服免疫效果研究[D]. 李瑞偉.上海海洋大學 2013
[4]草魚Mx基因的克隆及表達特征的研究[D]. 彭麗敏.西北農(nóng)林科技大學 2012
[5]MiRNA let-7d在牙鲆變態(tài)發(fā)育過程中的表達及其靶基因預測[D]. 吳明林.上海海洋大學 2011



本文編號：3323746