發(fā)布時(shí)間：2021-07-28 05:08

　　縊蟶（Sinonovacula constricta Lamarck）是我國(guó)重要海產(chǎn)灘涂貝類之一，與牡蠣、泥蚶、文蛤一起被稱為我國(guó)四大養(yǎng)殖貝類。對(duì)縊蟶生長(zhǎng)基因的研究對(duì)縊蟶育種、養(yǎng)殖等有重要意義。本研究建立了縊蟶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)，從中獲得縊蟶肌肉生長(zhǎng)抑制素基因（Myostatin）、表皮生長(zhǎng)因子受體基因（EGFR）和成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體基因（FGFR）序列，分別對(duì)他們的分子特性進(jìn)行分析，并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)分析這三個(gè)基因在不同組織和發(fā)育階段以及水管受創(chuàng)后的表達(dá)情況及修復(fù)功能。1.縊蟶轉(zhuǎn)錄組特征分析，注釋添加以及分子標(biāo)記多態(tài)性分析采用新一代454GS FLX高通量測(cè)序技術(shù)，首次構(gòu)建了縊蟶轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)，共拼接得到859313條reads，平均長(zhǎng)度為486bp。經(jīng)過(guò)篩選獲得147669條非冗余EST，有14615條EST（9.9%）與已知基因顯著匹配，其中重疊群（contig）與單一序列（singleton）分別占21.0%和79.0%。通過(guò)與蛋白質(zhì)庫(kù)比對(duì)，將基因語(yǔ)義注釋匹配到對(duì)應(yīng)的序列片段后，共獲得4724條GO分類信息，主要分為三大類：分子功能、生物學(xué)過(guò)程及細(xì)胞組分。篩選獲得了一系列與縊... 

【文章來(lái)源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁(yè)數(shù)】：96 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

縊蟶轉(zhuǎn)錄組EST文庫(kù)中reads（A）與contigs（B）片段長(zhǎng)度分布

73, 74]。在比對(duì)過(guò)程中，占51.5%的配對(duì)來(lái)自于無(wú)脊椎動(dòng)物或非哺乳類脊椎動(dòng)物（圖2-2），如S.kowalevskii, S. purpuratus, A. gambiae, N. vectensis, O. niloticus, D. rerio, X. tropicalis,C. intestinalis, I. scapularis以及A. carolinensis，這個(gè)現(xiàn)象充分證明了上述的推斷。通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)，有總計(jì)1019條序列（6.9%）與27個(gè)雙殼貝類的基因匹配；匹配數(shù)最高的5個(gè)物種分別是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（圖2-3）。由于關(guān)于S.constricta遺傳信息十分有限，因此只有8條注釋序列與S. constricta匹配。通過(guò)與SWISS-Prot，TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中已知蛋白比對(duì)，將基因語(yǔ)義注釋（GeneOntology（GO） term）匹配到對(duì)應(yīng)的序列。獲得總計(jì)4724條GO分類信息，包含6663條序列。GO分類體系被分為三大類：分子功能（molecular function）

通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)，有總計(jì)1019條序列（6.9%）與27個(gè)雙殼貝類的基因匹配；匹配數(shù)最高的5個(gè)物種分別是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（圖2-3）。由于關(guān)于S.constricta遺傳信息十分有限，因此只有8條注釋序列與S. constricta匹配。通過(guò)與SWISS-Prot，TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中已知蛋白比對(duì)，將基因語(yǔ)義注釋（GeneOntology（GO） term）匹配到對(duì)應(yīng)的序列。獲得總計(jì)4724條GO分類信息，包含6663條序列。GO分類體系被分為三大類：分子功能（molecular function），生物學(xué)過(guò)程（biological process）以及細(xì)胞組分（cellular component）[75]。在GO分類體系中，分子功能、生物學(xué)過(guò)程和細(xì)胞組分3個(gè)大的類別被劃分為更詳細(xì)的小類，圖2-4是基因在這些小類別中分布的總體情況（圖2-4）。這一分類顯示基因表達(dá)譜的總體情況。在分子功能大類中

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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