縊蟶（Sinonovacula constricta Lamarck）是我國重要海產(chǎn)灘涂貝類之一，與牡蠣、泥蚶、文蛤一起被稱為我國四大養(yǎng)殖貝類。對縊蟶生長基因的研究對縊蟶育種、養(yǎng)殖等有重要意義。本研究建立了縊蟶轉(zhuǎn)錄組文庫，從中獲得縊蟶肌肉生長抑制素基因（Myostatin）、表皮生長因子受體基因（EGFR）和成纖維細胞生長因子受體基因（FGFR）序列，分別對他們的分子特性進行分析，并利用實時熒光定量PCR技術(shù)分析這三個基因在不同組織和發(fā)育階段以及水管受創(chuàng)后的表達情況及修復功能。1.縊蟶轉(zhuǎn)錄組特征分析，注釋添加以及分子標記多態(tài)性分析采用新一代454GS FLX高通量測序技術(shù)，首次構(gòu)建了縊蟶轉(zhuǎn)錄組文庫，共拼接得到859313條reads，平均長度為486bp。經(jīng)過篩選獲得147669條非冗余EST，有14615條EST（9.9%）與已知基因顯著匹配，其中重疊群（contig）與單一序列（singleton）分別占21.0%和79.0%。通過與蛋白質(zhì)庫比對，將基因語義注釋匹配到對應的序列片段后，共獲得4724條GO分類信息，主要分為三大類：分子功能、生物學過程及細胞組分。篩選獲得了一系列與縊... 

【文章來源】：上海海洋大學上海市

【文章頁數(shù)】：96 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

縊蟶轉(zhuǎn)錄組EST文庫中reads（A）與contigs（B）片段長度分布

73, 74]。在比對過程中，占51.5%的配對來自于無脊椎動物或非哺乳類脊椎動物（圖2-2），如S.kowalevskii, S. purpuratus, A. gambiae, N. vectensis, O. niloticus, D. rerio, X. tropicalis,C. intestinalis, I. scapularis以及A. carolinensis，這個現(xiàn)象充分證明了上述的推斷。通過分析發(fā)現(xiàn)，有總計1019條序列（6.9%）與27個雙殼貝類的基因匹配；匹配數(shù)最高的5個物種分別是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（圖2-3）。由于關(guān)于S.constricta遺傳信息十分有限，因此只有8條注釋序列與S. constricta匹配。通過與SWISS-Prot，TrEMBL數(shù)據(jù)庫中已知蛋白比對，將基因語義注釋（GeneOntology（GO） term）匹配到對應的序列。獲得總計4724條GO分類信息，包含6663條序列。GO分類體系被分為三大類：分子功能（molecular function）

通過分析發(fā)現(xiàn)，有總計1019條序列（6.9%）與27個雙殼貝類的基因匹配；匹配數(shù)最高的5個物種分別是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（圖2-3）。由于關(guān)于S.constricta遺傳信息十分有限，因此只有8條注釋序列與S. constricta匹配。通過與SWISS-Prot，TrEMBL數(shù)據(jù)庫中已知蛋白比對，將基因語義注釋（GeneOntology（GO） term）匹配到對應的序列。獲得總計4724條GO分類信息，包含6663條序列。GO分類體系被分為三大類：分子功能（molecular function），生物學過程（biological process）以及細胞組分（cellular component）[75]。在GO分類體系中，分子功能、生物學過程和細胞組分3個大的類別被劃分為更詳細的小類，圖2-4是基因在這些小類別中分布的總體情況（圖2-4）。這一分類顯示基因表達譜的總體情況。在分子功能大類中

【參考文獻】：
期刊論文
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