Circ RNA（circular RNA）是近些年研究的熱點,它是一種依靠共價鍵結合的閉合環(huán)狀分子,與普通的線性RNA相比,circ RNA對RNA外切酶或RNase R更具有抵抗性,更加穩(wěn)定。circ RNA能夠通過與mi RNA、蛋白結合、調(diào)控基因轉錄、編碼蛋白等途徑發(fā)揮作用。隨著高通量測序技術的發(fā)展和進步,越來越多的circ RNA在古細菌、真菌、植物、動物、人體中被發(fā)現(xiàn),最近還發(fā)現(xiàn)γ皰疹病毒、乙肝病毒也可以編碼circ RNA。草魚呼腸孤病毒（Grass carp reovirus,GCRV）是草魚出血病的病原體,以往有關GCRV的研究主要集中在病毒編碼的蛋白基因、病毒與宿主互作等方面,目前沒有關于GCRV circ RNAs的報道。1、基于高通量測序技術對GCRV編碼的circ RNAs研究為了探討GCRV形成circ RNAs的潛力,對感染GCRV-873株的CIK細胞進行了circ RNA測序,將測序結果與GCRV基因組序列比對,得到了32種來源于GCRV的circ RNAs,其中31條是來源于GCRV基因組ds RNA的反義鏈。用Web Logo3軟件對circ RN... 

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circRNA的類型及形成方式[20]

第一章草魚呼腸孤病毒起源的環(huán)狀RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究4與EIF4A3相互作用的117,000個circRNA，也找到了帶有85個AGO2結合位點被稱為RBP超級海綿的hsa_circ_0024707[37]。1.3.4circRNA具有蛋白質編碼潛力circRNA被歸類為長非編碼RNA，但最近的證據(jù)顯示內(nèi)源性circRNA與多核糖體存在一定關聯(lián)，因此circRNA具有潛在的蛋白質編碼能力[38,39,40]（圖1-2）。來自成肌細胞的circZNF609存在于多聚核糖體中，并包含兩個框內(nèi)起始密碼子，它們之間的間隔為150nt，它還帶有一個5"保守的內(nèi)部核糖體進入位點（IRES），因此通過帽子結構非依賴方式它能夠產(chǎn)生兩種相似強蛋白。使用特異性siRNA敲除circZNF609可減少人和小鼠成肌細胞系的增殖，證明circZNF609在肌細胞發(fā)生中發(fā)揮作用[38]。隨后，通過對m6A模式進行分析，發(fā)現(xiàn)circZNF609的IRES高度甲基化[39]，這可能與其帽子結構非依賴翻譯機制相關。在人類Hs68細胞系中，623個circRNA發(fā)生m6A甲基化，其中25個circRNA的翻譯起始位點≥150nt。另一方面，發(fā)現(xiàn)250個circRNA與多核糖體相關，對應于約0.6circRNA/百萬讀段具有可翻譯的編碼潛能[40]。已證明約有72種人類circRNA可以表達circRNADb數(shù)據(jù)庫中列出的蛋白質[41]。此外，果蠅，大鼠和小鼠的34–158個circRNA被發(fā)現(xiàn)與多核糖體相關，這些circRNA也可能被翻譯成蛋白質[42]。但是，由于circRNA可能共享與其對應的線性RNA相同的編碼序列，因此很難鑒定蛋白的真正來源。而且，核糖體的文庫建設困難，用于鑒定circRNA編碼肽的工具有限。到目前為止，尚未從植物中檢測到編碼蛋白質或肽的circRNA，還需要進行進一步的研究。圖1-2circRNA的功能示意圖[43]

草魚呼腸孤病毒起源的環(huán)狀RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究第二章23AF403397.1。2.2.6GCRVcircRNA-miRNA-mRNA調(diào)節(jié)網(wǎng)絡構建GCRV感染草魚后，魚體內(nèi)的miRNA可分為來源于宿主和來源于病毒兩大類。其中病毒的miRNA從Vir-Mir數(shù)據(jù)庫（http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi）[16,17]獲得，宿主編碼的miRNA來源于miRBase數(shù)據(jù)庫（http://www.mirbase.org/）。利用TargetScan（http://www.targetscan.org/）軟件和miRanda軟件（http://www.microrna.org/microrna/home.do）構建[18]GCRVcircRNA-miRNA-mRNA調(diào)節(jié)網(wǎng)絡，并用Cytoscape軟件繪制互作網(wǎng)絡圖[19]。2.2.7GO和KEGG分析利用Metascape（http://metascape.org/）在線分析工具對基因進行GO和KEGG富集分析。3.結果3.1GCRV編碼circRNAs豐度對GCRV感染的CIK細胞進行circRNA測序，測序得到的數(shù)據(jù)去除低質量序列后得到cleanreads，將其與GCRV基因組的進行比對，以尋找GCRV編碼的circRNAs。通過對junctionreads進行計數(shù)，確定circRNA的種類和reads數(shù)。經(jīng)過比對，共鑒定到32種病毒編碼的候選circRNAs，共計112個reads。它們的豐度如圖2-1所示，每種circRNA的reads數(shù)從2個到9個不等，其中數(shù)量最多的為GCRV-VcircRNA-32有9個。圖2-1GCRV編碼的circRNAs的種類及reads數(shù)Fig2-1ThetypesandjunctionreadsnumberofcircRNAsencodedbyGCRV

【參考文獻】：
期刊論文
[1]草鰱鳙鯉鯽羅非，粵鄂蘇贛湘遼寧：六魚爭輝！中國淡水魚養(yǎng)殖現(xiàn)狀分析[J]. 劉敏,孫廣文,王卓鐸.  當代水產(chǎn). 2019(12)
[2]草魚出血病的綜合防治[J]. 康正榮.  中獸醫(yī)學雜志. 2018(06)
[3]草魚呼腸病毒研究進展[J]. 李賢,曾偉偉,王慶,王英英,李瑩瑩,石存斌,吳淑勤.  動物醫(yī)學進展. 2016(07)
[4]草魚出血病病毒的生長特性及高滴價培養(yǎng)[J]. 方勤,柯麗華,蔡宜權.  病毒學雜志. 1989(03)
[5]草魚出血病潛伏期和發(fā)展期的血液病理研究[J]. 朱心玲,賈麗珠,張明瑛.  水生生物學報. 1987(01)

博士論文
[1]HBV編碼的circRNA的鑒定及功能研究[D]. 朱敏.蘇州大學 2019
[2]基于全轉錄組水平的CIK細胞對GCRV感染的應答及GCRV的circRNAs研究[D]. 劉波.蘇州大學 2018



本文編號：3286879