Circ RNA（circular RNA）是近些年研究的熱點(diǎn),它是一種依靠共價(jià)鍵結(jié)合的閉合環(huán)狀分子,與普通的線(xiàn)性RNA相比,circ RNA對(duì)RNA外切酶或RNase R更具有抵抗性,更加穩(wěn)定。circ RNA能夠通過(guò)與mi RNA、蛋白結(jié)合、調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄、編碼蛋白等途徑發(fā)揮作用。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和進(jìn)步,越來(lái)越多的circ RNA在古細(xì)菌、真菌、植物、動(dòng)物、人體中被發(fā)現(xiàn),最近還發(fā)現(xiàn)γ皰疹病毒、乙肝病毒也可以編碼circ RNA。草魚(yú)呼腸孤病毒（Grass carp reovirus,GCRV）是草魚(yú)出血病的病原體,以往有關(guān)GCRV的研究主要集中在病毒編碼的蛋白基因、病毒與宿主互作等方面,目前沒(méi)有關(guān)于GCRV circ RNAs的報(bào)道。1、基于高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)GCRV編碼的circ RNAs研究為了探討GCRV形成circ RNAs的潛力,對(duì)感染GCRV-873株的CIK細(xì)胞進(jìn)行了circ RNA測(cè)序,將測(cè)序結(jié)果與GCRV基因組序列比對(duì),得到了32種來(lái)源于GCRV的circ RNAs,其中31條是來(lái)源于GCRV基因組ds RNA的反義鏈。用Web Logo3軟件對(duì)circ RN... 

【文章來(lái)源】：蘇州大學(xué)江蘇省 211工程院校

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【部分圖文】：

circRNA的類(lèi)型及形成方式[20]

第一章草魚(yú)呼腸孤病毒起源的環(huán)狀RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究4與EIF4A3相互作用的117,000個(gè)circRNA，也找到了帶有85個(gè)AGO2結(jié)合位點(diǎn)被稱(chēng)為RBP超級(jí)海綿的hsa_circ_0024707[37]。1.3.4circRNA具有蛋白質(zhì)編碼潛力circRNA被歸類(lèi)為長(zhǎng)非編碼RNA，但最近的證據(jù)顯示內(nèi)源性circRNA與多核糖體存在一定關(guān)聯(lián)，因此circRNA具有潛在的蛋白質(zhì)編碼能力[38,39,40]（圖1-2）。來(lái)自成肌細(xì)胞的circZNF609存在于多聚核糖體中，并包含兩個(gè)框內(nèi)起始密碼子，它們之間的間隔為150nt，它還帶有一個(gè)5"保守的內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)（IRES），因此通過(guò)帽子結(jié)構(gòu)非依賴(lài)方式它能夠產(chǎn)生兩種相似強(qiáng)蛋白。使用特異性siRNA敲除circZNF609可減少人和小鼠成肌細(xì)胞系的增殖，證明circZNF609在肌細(xì)胞發(fā)生中發(fā)揮作用[38]。隨后，通過(guò)對(duì)m6A模式進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)circZNF609的IRES高度甲基化[39]，這可能與其帽子結(jié)構(gòu)非依賴(lài)翻譯機(jī)制相關(guān)。在人類(lèi)Hs68細(xì)胞系中，623個(gè)circRNA發(fā)生m6A甲基化，其中25個(gè)circRNA的翻譯起始位點(diǎn)≥150nt。另一方面，發(fā)現(xiàn)250個(gè)circRNA與多核糖體相關(guān)，對(duì)應(yīng)于約0.6circRNA/百萬(wàn)讀段具有可翻譯的編碼潛能[40]。已證明約有72種人類(lèi)circRNA可以表達(dá)circRNADb數(shù)據(jù)庫(kù)中列出的蛋白質(zhì)[41]。此外，果蠅，大鼠和小鼠的34–158個(gè)circRNA被發(fā)現(xiàn)與多核糖體相關(guān)，這些circRNA也可能被翻譯成蛋白質(zhì)[42]。但是，由于circRNA可能共享與其對(duì)應(yīng)的線(xiàn)性RNA相同的編碼序列，因此很難鑒定蛋白的真正來(lái)源。而且，核糖體的文庫(kù)建設(shè)困難，用于鑒定circRNA編碼肽的工具有限。到目前為止，尚未從植物中檢測(cè)到編碼蛋白質(zhì)或肽的circRNA，還需要進(jìn)行進(jìn)一步的研究。圖1-2circRNA的功能示意圖[43]

草魚(yú)呼腸孤病毒起源的環(huán)狀RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究第二章23AF403397.1。2.2.6GCRVcircRNA-miRNA-mRNA調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建GCRV感染草魚(yú)后，魚(yú)體內(nèi)的miRNA可分為來(lái)源于宿主和來(lái)源于病毒兩大類(lèi)。其中病毒的miRNA從Vir-Mir數(shù)據(jù)庫(kù)（http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi）[16,17]獲得，宿主編碼的miRNA來(lái)源于miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.mirbase.org/）。利用TargetScan（http://www.targetscan.org/）軟件和miRanda軟件（http://www.microrna.org/microrna/home.do）構(gòu)建[18]GCRVcircRNA-miRNA-mRNA調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)，并用Cytoscape軟件繪制互作網(wǎng)絡(luò)圖[19]。2.2.7GO和KEGG分析利用Metascape（http://metascape.org/）在線(xiàn)分析工具對(duì)基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析。3.結(jié)果3.1GCRV編碼circRNAs豐度對(duì)GCRV感染的CIK細(xì)胞進(jìn)行circRNA測(cè)序，測(cè)序得到的數(shù)據(jù)去除低質(zhì)量序列后得到cleanreads，將其與GCRV基因組的進(jìn)行比對(duì)，以尋找GCRV編碼的circRNAs。通過(guò)對(duì)junctionreads進(jìn)行計(jì)數(shù)，確定circRNA的種類(lèi)和reads數(shù)。經(jīng)過(guò)比對(duì)，共鑒定到32種病毒編碼的候選circRNAs，共計(jì)112個(gè)reads。它們的豐度如圖2-1所示，每種circRNA的reads數(shù)從2個(gè)到9個(gè)不等，其中數(shù)量最多的為GCRV-VcircRNA-32有9個(gè)。圖2-1GCRV編碼的circRNAs的種類(lèi)及reads數(shù)Fig2-1ThetypesandjunctionreadsnumberofcircRNAsencodedbyGCRV

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]草鰱鳙鯉鯽羅非，粵鄂蘇贛湘遼寧：六魚(yú)爭(zhēng)輝！中國(guó)淡水魚(yú)養(yǎng)殖現(xiàn)狀分析[J]. 劉敏,孫廣文,王卓鐸.  當(dāng)代水產(chǎn). 2019(12)
[2]草魚(yú)出血病的綜合防治[J]. 康正榮.  中獸醫(yī)學(xué)雜志. 2018(06)
[3]草魚(yú)呼腸病毒研究進(jìn)展[J]. 李賢,曾偉偉,王慶,王英英,李瑩瑩,石存斌,吳淑勤.  動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2016(07)
[4]草魚(yú)出血病病毒的生長(zhǎng)特性及高滴價(jià)培養(yǎng)[J]. 方勤,柯麗華,蔡宜權(quán).  病毒學(xué)雜志. 1989(03)
[5]草魚(yú)出血病潛伏期和發(fā)展期的血液病理研究[J]. 朱心玲,賈麗珠,張明瑛.  水生生物學(xué)報(bào). 1987(01)

博士論文
[1]HBV編碼的circRNA的鑒定及功能研究[D]. 朱敏.蘇州大學(xué) 2019
[2]基于全轉(zhuǎn)錄組水平的CIK細(xì)胞對(duì)GCRV感染的應(yīng)答及GCRV的circRNAs研究[D]. 劉波.蘇州大學(xué) 2018



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