高體雅羅魚線粒體基因組全序列測定及雅羅魚亞科魚類系統(tǒng)發(fā)育分析
發(fā)布時間:2021-07-15 20:55
高體雅羅魚(Leuciscus idus)是一種冷水性魚類,分布于歐洲、中亞和新疆北部的額爾齊斯河水系。高體雅羅魚屬于鯉科雅羅魚屬。世界上有雅羅魚屬魚類大約30余種,我國有7種,它們是:瓦氏雅羅魚(Leuciscus waleckii)、圖們雅羅魚(Leuciscus waleckii tumensis)、準(zhǔn)噶爾雅羅魚(Leuciscus merzbacheri)、貝加爾雅羅魚(Leuciscus leuciscus baicalensis)、高體雅羅魚(Leuciscus idus)、灘頭雅羅魚(Leuciscus brandti)和珠星雅羅魚(Leuciscus hakonensis)。近些年來,雅羅魚屬各種的種群數(shù)量與規(guī)模都在下降,有的種在人們還沒有開始了解它時就已經(jīng)消失了。2013年《經(jīng)濟觀察報》的一篇報道稱黃河雅羅魚在黃河里已經(jīng)絕跡,我國的雅羅魚類種群現(xiàn)狀可見一斑。目前雅羅魚屬魚類已經(jīng)公開的線粒體基因信息也不是很多,GenBank上面僅公布了瓦氏雅羅魚的線粒體基因全序列。本實驗以瓦氏雅羅魚的線粒體DNA為模板,使用步移法擴增并測定了高體雅羅魚的線粒體基因全序列,并已上傳Gen...
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略語表
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 線粒體
2 魚類線粒體基因組研究現(xiàn)狀
2.1 魚類線粒體基因組的結(jié)構(gòu)
2.1.1 蛋白質(zhì)編碼基因
2.1.2 tRNA基因
2.1.3 rRNA基因
2.1.4 非編碼區(qū)
2.2 魚類線粒體基因組的特點
3 線粒體DNA在魚類遺傳學(xué)中的應(yīng)用
3.1 線粒體DNA在魚類系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用
3.1.1 系統(tǒng)發(fā)育與種群關(guān)系
3.1.2 分子系統(tǒng)地理學(xué)
3.2 在魚類種間雜交漸滲的應(yīng)用
3.3 種群的識別
4 雅羅魚亞科魚類的系統(tǒng)進化關(guān)系研究現(xiàn)狀
5 研究的目的和意義
第二章 高體雅羅魚線粒體基因組全序列的測定及分析
1 實驗材料與方法
1.1 實驗儀器
1.2 實驗試劑
1.3 樣本
1.4 實驗前的準(zhǔn)備工作
1.5 實驗方法
1.5.1 DNA的提取
1.5.2 PCR引物的設(shè)計
1.5.3 PCR擴增反應(yīng)
1.5.4 電泳檢測
2 結(jié)果與分析
2.1 高體雅羅魚線粒體DNA結(jié)構(gòu)
2.2 堿基組成
2.3 蛋白質(zhì)編碼基因
2.4 rRNA基因和tRNA基因
3 討論
第三章 雅羅魚亞科16個屬的系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建
1 材料與方法
1.1 實驗數(shù)據(jù)的獲得
1.2 實驗方法
2 結(jié)果與分析
2.1 用于構(gòu)建分子樹的數(shù)據(jù)集的比較信息
2.1.1 Cyt b基因數(shù)據(jù)集的比較信息
2.1.2 16S rRNA基因數(shù)據(jù)集的比較信息
2.2 建樹結(jié)果
2.2.1 基于Cyt b基因數(shù)據(jù)集的建樹結(jié)果
2.2.2 基于16SrRNA基因數(shù)據(jù)集的建樹結(jié)果
3 討論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于線粒體Cytb基因全序列的松江鱸群體遺傳結(jié)構(gòu)分析[J]. 高天翔,畢瀟瀟,趙林林,李創(chuàng)舉. 水生生物學(xué)報. 2013(02)
[2]舌鰨亞科魚類線粒體控制區(qū)快速進化及其重復(fù)序列延伸機制初步研究[J]. 時偉,孔曉瑜,江金霞,苗憲廣. 中國海洋大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2012(Z1)
[3]動物組織線粒體DNA研究進展[J]. 樊賀明,楊明妍,畢峰. 當(dāng)代醫(yī)學(xué). 2011(29)
[4]兩種鯻科魚類線粒體16S rRNA基因片段序列分析[J]. 張龍崗,孟慶磊,安麗,董學(xué)颯,付佩勝. 生物技術(shù)通報. 2011(08)
[5]基于線粒體DNA 12S rRNA和COⅢ基因序列研究中國沿海7個長蛸(Octopus variabilis)野生群體的遺傳多樣性[J]. 徐梅英,李繼姬,郭寶英,呂振明,周超,吳常文. 海洋與湖沼. 2011(03)
[6]條石鯛養(yǎng)殖群體線粒體控制區(qū)序列遺傳變異分析[J]. 孫鵬,李杰,尹飛,彭士明,柳敏海,施兆鴻. 海洋漁業(yè). 2011(01)
[7]基于12S rRNA部分序列分析的中國8種笛鯛科魚類系統(tǒng)發(fā)育初探[J]. 唐優(yōu)良,章群,余帆洋,周佳怡,司叢利,黃小彧,馬奔. 海洋科學(xué). 2011(02)
[8]基于16SrRNA部分序列探討中國近海十三種石首魚類的分子系統(tǒng)進化關(guān)系[J]. 張永,馬春艷,馬凌波,倪勇,沈盎綠. 海洋漁業(yè). 2010(03)
[9]基于線粒體控制區(qū)全序列的長江中下游鳊的遺傳多樣性研究[J]. 楊凡,彭博,趙爽,章群. 廣東農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(03)
[10]鳙的線粒體基因組核苷酸全序列分析(英文)[J]. 楊琴玲,李思發(fā),徐嘉偉,陳琴,王成輝. 生物技術(shù)通報. 2009(02)
博士論文
[1]東亞鯉科魚類的分子系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 王緒禎.中國科學(xué)院研究生院(水生生物研究所) 2005
碩士論文
[1]隆額網(wǎng)翅蝗線粒體基因組全序列的測定與分析[D]. 劉念.陜西師范大學(xué) 2006
[2]RNA的二級結(jié)構(gòu)[D]. 郭穎.大連理工大學(xué) 2005
本文編號:3286450
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:66 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略語表
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 線粒體
2 魚類線粒體基因組研究現(xiàn)狀
2.1 魚類線粒體基因組的結(jié)構(gòu)
2.1.1 蛋白質(zhì)編碼基因
2.1.2 tRNA基因
2.1.3 rRNA基因
2.1.4 非編碼區(qū)
2.2 魚類線粒體基因組的特點
3 線粒體DNA在魚類遺傳學(xué)中的應(yīng)用
3.1 線粒體DNA在魚類系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用
3.1.1 系統(tǒng)發(fā)育與種群關(guān)系
3.1.2 分子系統(tǒng)地理學(xué)
3.2 在魚類種間雜交漸滲的應(yīng)用
3.3 種群的識別
4 雅羅魚亞科魚類的系統(tǒng)進化關(guān)系研究現(xiàn)狀
5 研究的目的和意義
第二章 高體雅羅魚線粒體基因組全序列的測定及分析
1 實驗材料與方法
1.1 實驗儀器
1.2 實驗試劑
1.3 樣本
1.4 實驗前的準(zhǔn)備工作
1.5 實驗方法
1.5.1 DNA的提取
1.5.2 PCR引物的設(shè)計
1.5.3 PCR擴增反應(yīng)
1.5.4 電泳檢測
2 結(jié)果與分析
2.1 高體雅羅魚線粒體DNA結(jié)構(gòu)
2.2 堿基組成
2.3 蛋白質(zhì)編碼基因
2.4 rRNA基因和tRNA基因
3 討論
第三章 雅羅魚亞科16個屬的系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建
1 材料與方法
1.1 實驗數(shù)據(jù)的獲得
1.2 實驗方法
2 結(jié)果與分析
2.1 用于構(gòu)建分子樹的數(shù)據(jù)集的比較信息
2.1.1 Cyt b基因數(shù)據(jù)集的比較信息
2.1.2 16S rRNA基因數(shù)據(jù)集的比較信息
2.2 建樹結(jié)果
2.2.1 基于Cyt b基因數(shù)據(jù)集的建樹結(jié)果
2.2.2 基于16SrRNA基因數(shù)據(jù)集的建樹結(jié)果
3 討論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于線粒體Cytb基因全序列的松江鱸群體遺傳結(jié)構(gòu)分析[J]. 高天翔,畢瀟瀟,趙林林,李創(chuàng)舉. 水生生物學(xué)報. 2013(02)
[2]舌鰨亞科魚類線粒體控制區(qū)快速進化及其重復(fù)序列延伸機制初步研究[J]. 時偉,孔曉瑜,江金霞,苗憲廣. 中國海洋大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2012(Z1)
[3]動物組織線粒體DNA研究進展[J]. 樊賀明,楊明妍,畢峰. 當(dāng)代醫(yī)學(xué). 2011(29)
[4]兩種鯻科魚類線粒體16S rRNA基因片段序列分析[J]. 張龍崗,孟慶磊,安麗,董學(xué)颯,付佩勝. 生物技術(shù)通報. 2011(08)
[5]基于線粒體DNA 12S rRNA和COⅢ基因序列研究中國沿海7個長蛸(Octopus variabilis)野生群體的遺傳多樣性[J]. 徐梅英,李繼姬,郭寶英,呂振明,周超,吳常文. 海洋與湖沼. 2011(03)
[6]條石鯛養(yǎng)殖群體線粒體控制區(qū)序列遺傳變異分析[J]. 孫鵬,李杰,尹飛,彭士明,柳敏海,施兆鴻. 海洋漁業(yè). 2011(01)
[7]基于12S rRNA部分序列分析的中國8種笛鯛科魚類系統(tǒng)發(fā)育初探[J]. 唐優(yōu)良,章群,余帆洋,周佳怡,司叢利,黃小彧,馬奔. 海洋科學(xué). 2011(02)
[8]基于16SrRNA部分序列探討中國近海十三種石首魚類的分子系統(tǒng)進化關(guān)系[J]. 張永,馬春艷,馬凌波,倪勇,沈盎綠. 海洋漁業(yè). 2010(03)
[9]基于線粒體控制區(qū)全序列的長江中下游鳊的遺傳多樣性研究[J]. 楊凡,彭博,趙爽,章群. 廣東農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(03)
[10]鳙的線粒體基因組核苷酸全序列分析(英文)[J]. 楊琴玲,李思發(fā),徐嘉偉,陳琴,王成輝. 生物技術(shù)通報. 2009(02)
博士論文
[1]東亞鯉科魚類的分子系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 王緒禎.中國科學(xué)院研究生院(水生生物研究所) 2005
碩士論文
[1]隆額網(wǎng)翅蝗線粒體基因組全序列的測定與分析[D]. 劉念.陜西師范大學(xué) 2006
[2]RNA的二級結(jié)構(gòu)[D]. 郭穎.大連理工大學(xué) 2005
本文編號:3286450
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