單環(huán)刺螠（Urechis unicinctus）是一種在我國(guó)黃、渤海海區(qū)新興的海水養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)物種,其肉味鮮美,營(yíng)養(yǎng)豐富,具有極其巨大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。但隨著過(guò)度捕撈以及環(huán)境破壞,單環(huán)刺螠資源已經(jīng)呈現(xiàn)衰退趨勢(shì),單環(huán)刺螠?zhǔn)袌?chǎng)價(jià)格也不斷攀升。人工養(yǎng)殖以及有計(jì)劃的增殖放流迫在眉睫。雖然在山東地區(qū)人工育苗已經(jīng)有所突破,但其地理種群遺傳分析與遺傳結(jié)構(gòu)差異方面的研究還未曾報(bào)道,而發(fā)展的日趨成熟的微衛(wèi)星標(biāo)記輔助育種技術(shù)為水產(chǎn)養(yǎng)殖品種的人工良種選育以及快速繁育工作提供了可行而有效的工具。本研究基于RAD（restriction association site DNA）高通量測(cè)序法短時(shí)間獲得大量單環(huán)刺螠微衛(wèi)星序列,經(jīng)過(guò)層層篩選,最終開(kāi)發(fā)出22對(duì)高多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記。進(jìn)而利用這些微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)黃渤海海區(qū)5個(gè)野生地理群體（山東省煙臺(tái)市YT、山東省濰坊市WF、山東省青島市QD、河北省秦皇島市QHD、遼寧省大連市DL）進(jìn)行群體遺傳結(jié)構(gòu)的分析和評(píng)估。1.單環(huán)刺螠微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)首先,利用改良后的酚—氯仿—異戊醇抽提法提取高質(zhì)量的單環(huán)刺螠DNA,進(jìn)而進(jìn)行以Illumina HiSeq2500平臺(tái)的單環(huán)刺螠RAD文庫(kù)的構(gòu)建,再對(duì)... 

【文章來(lái)源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁(yè)數(shù)】：65 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
引言
    1 單環(huán)刺螠概述
        1.1 單環(huán)刺螠生物特征及其經(jīng)濟(jì)價(jià)值
        1.2 單環(huán)刺螠的研究現(xiàn)狀分析
    2 微衛(wèi)星標(biāo)記概述
        2.1 微衛(wèi)星標(biāo)記的特點(diǎn)
        2.2 微衛(wèi)星DNA的組成及功能
        2.3 微衛(wèi)星序列分離方法
        2.4 微衛(wèi)星標(biāo)記檢測(cè)
        2.5 微衛(wèi)星標(biāo)記在海洋經(jīng)濟(jì)動(dòng)物中的應(yīng)用
            2.5.1 檢測(cè)種群的遺傳多樣性
            2.5.2 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
            2.5.3 個(gè)體識(shí)別和親緣關(guān)系鑒定
            2.5.4 基因的定位研究(QTL)
            2.5.5 遺傳圖譜構(gòu)建
    3 RAD測(cè)序概述
        3.1 RAD測(cè)序技術(shù)特點(diǎn)
        3.2 RAD測(cè)序技術(shù)流程
        3.3 RAD測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用實(shí)例
    4 研究的目的和意義
第一章 基于單環(huán)刺螠基因組RAD測(cè)序獲得微衛(wèi)星序列
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
            1.1.1 樣品來(lái)源
            1.1.2 主要耗材和試劑
            1.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 單環(huán)刺螠基因組DNA的提取
            1.2.2 酚—氯仿—異戊醇抽提法
            1.2.3 試劑盒法
            1.2.4 Chelex100法
            1.2.5 RAD測(cè)序
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 單環(huán)刺螠基因組DNA的檢測(cè)以及純化
        2.2 單環(huán)刺螠RAD測(cè)序結(jié)果
        2.3 測(cè)序質(zhì)量分布檢查
        2.4 測(cè)序錯(cuò)誤率分布檢查
        2.5 GC含量分布檢查
        2.6 原始測(cè)序數(shù)據(jù)組成
        2.7 RAD—Tag捕獲率統(tǒng)計(jì)
        2.8 聚類結(jié)果統(tǒng)計(jì)
        2.9 組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì)及評(píng)估
        2.10 微衛(wèi)星序列檢測(cè)結(jié)果
    3 討論
        3.1 單環(huán)刺螠基因組DNA提取優(yōu)化
        3.2 利用RAD測(cè)序獲取微衛(wèi)星標(biāo)記序列
第二章 單環(huán)刺螠微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選及評(píng)價(jià)
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
            1.1.1 實(shí)驗(yàn)樣品
            1.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑和儀器
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 微衛(wèi)星序列引物設(shè)計(jì)
            1.2.2 引物的初選
            1.2.3 引物的優(yōu)化
            1.2.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)及評(píng)估
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選
        2.2 多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記評(píng)價(jià)
    3 討論
第三章 單環(huán)刺螠5個(gè)地理群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
            1.1.1 實(shí)驗(yàn)樣品
            1.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑和儀器
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 PCR擴(kuò)增反應(yīng)
            1.2.2 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 22 個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記在5個(gè)群體多態(tài)性分析
        2.2 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
    3 討論
小結(jié)
參考文獻(xiàn)
已完成的文章
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)及其在海洋生物研究中的應(yīng)用[J]. 邊力,王軍.  廈門大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(01)
[2]磁珠富集法開(kāi)發(fā)長(zhǎng)臀鮠微衛(wèi)星分子標(biāo)記[J]. 孔杰,蔣曉紅,周洲,張竹青,周路,李道友.  貴州農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(07)
[3]烏鱧和斑鱧EST序列微衛(wèi)星信息分析[J]. 謝楠,劉凱,馮曉宇,姚桂桂,潘彬斌.  淡水漁業(yè). 2016(03)
[4]利用線粒體COI和微衛(wèi)星標(biāo)記分析文蛤7個(gè)地理群體的遺傳變異[J]. 李宏俊,張晶晶,袁秀堂,張安國(guó),柳圭澤,邵魁雙,王立俊.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2016(02)
[5]許氏平鲉（Sebastes schlegeli）微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)及野生、養(yǎng)殖群體遺傳多樣性分析[J]. 韓承慧,馬海濤,姜海濱,劉陽(yáng),韓慧宗,王斐.  海洋與湖沼. 2016(01)
[6]中國(guó)沿海脈紅螺群體遺傳多樣性及其遺傳結(jié)構(gòu)[J]. 楊智鵬,于紅,于瑞海,孔令鋒,李琪.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2015(10)
[7]基于微衛(wèi)星標(biāo)記的莖柔魚(yú)赤道海域群體與秘魯外海群體遺傳變異分析[J]. 劉連為,陳新軍,許強(qiáng)華,李偉文,王從軍,余為.  中國(guó)海洋大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(07)
[8]基于Mi-Seq高通量測(cè)序分析裸體異鰾鰍鮀微衛(wèi)星組成[J]. 曾曉蕓,楊宗英,田輝伍,汪登強(qiáng).  淡水漁業(yè). 2015(01)
[9]基于轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)的蛤仔微衛(wèi)星標(biāo)記篩選[J]. 閆路路,秦艷杰,閆喜武,王琳楠,畢成隆,張津源.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2015(05)
[10]RAD-seq技術(shù)在基因組研究中的現(xiàn)狀及展望[J]. 王洋坤,胡艷,張?zhí)煺?  遺傳. 2014(01)

博士論文
[1]單環(huán)刺螠硫化物應(yīng)激數(shù)字基因表達(dá)譜分析及硫雙加氧酶功能研究[D]. 張立濤.中國(guó)海洋大學(xué) 2014
[2]半滑舌鰨遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建及染色體定位的初步研究[D]. 姜黎明.中國(guó)海洋大學(xué) 2013
[3]插入缺失在模式生物中的演化研究與非模式生物中檢測(cè)技術(shù)的開(kāi)發(fā)[D]. 崇澤臣.中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所 2013
[4]長(zhǎng)牡蠣的分子標(biāo)記篩選和遺傳圖譜構(gòu)建[D]. 李莉.中國(guó)科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2003

碩士論文
[1]硫化物應(yīng)激下單環(huán)刺螠MAPK信號(hào)通路的功能初探[D]. 劉樹(shù)人.中國(guó)海洋大學(xué) 2015
[2]單環(huán)刺螠纖溶酶的重組表達(dá)及活性研究[D]. 孫雪燕.中國(guó)海洋大學(xué) 2015
[3]利用RAD-seq測(cè)序構(gòu)建美洲黑楊×小葉楊高密度遺傳連鎖圖譜[D]. 王瑩.南京林業(yè)大學(xué) 2014
[4]單環(huán)刺螠血紅蛋白F-I全長(zhǎng)cDNA序列克隆、原核表達(dá)及抗菌活性研究[D]. 陳翔.華僑大學(xué) 2014
[5]合浦珠母貝選育群體與家系的遺傳多樣性及其與生長(zhǎng)表現(xiàn)的相關(guān)性分析[D]. 許成帥.上海海洋大學(xué) 2013
[6]刺參微衛(wèi)星親子鑒定應(yīng)用及高溫脅迫下表觀遺傳調(diào)控探討[D]. 李雪燕.上海海洋大學(xué) 2014
[7]四種石首魚(yú)科魚(yú)類SSR標(biāo)記的篩選及群體遺傳多樣性分析[D]. 孫典巧.浙江海洋學(xué)院 2012
[8]中國(guó)蛤蜊群體遺傳結(jié)構(gòu)與蛤蜊科貝類系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 倪樂(lè)海.中國(guó)海洋大學(xué) 2011
[9]刺參（Apostichopus japonicus）微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選及群體分析[D]. 孫孝德.上海海洋大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3263472