發(fā)布時間：2021-06-06 03:20

　　本論文使用PCR-DGGE（變性梯度凝膠電泳）技術(shù)對不同飼喂模式下草魚腸道菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究。主要通過提取不同飼喂模式下的草魚腸壁和腸道內(nèi)容物、池塘水樣和底泥中微生物的總DNA,并根據(jù)微生物16S rDNA基因的V3保守區(qū)設(shè)計帶GC夾的引物對總DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物純化后使用DGGE進(jìn)行分離,對DGGE圖譜中的清晰可辨條帶進(jìn)行切膠回收、克隆測序,對測序序列進(jìn)行同源性分析并建立系統(tǒng)發(fā)育樹。對不同飼喂模式下草魚腸道內(nèi)、水樣和底泥的微生物進(jìn)行DGGE指紋圖譜的多樣性分析,并用Quantity One軟件進(jìn)行UPGMA聚類分析。從DGGE圖譜中回收的優(yōu)勢菌的22個克隆在與NCBI數(shù)據(jù)庫中微生物的BLAST比對中發(fā)現(xiàn)所有克隆同源性在89%-100%之間,其中有3個克隆的同源性為100%,未知菌含量占飼喂牧草草魚腸道優(yōu)勢菌群落的44.4%。研究的主要結(jié)果如下：1、對22條克隆測序后進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析,結(jié)果顯示,這22條條帶分別歸屬于5個細(xì)菌類群：厚壁菌門（Firmicutes）、變形細(xì)菌門（Proteobacteria）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、放線菌門（Actinobact... 

【文章來源】：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 魚類腸道菌群的研究現(xiàn)狀與進(jìn)展
        1.1.1 魚類腸道菌群的數(shù)量及其組成
        1.1.2 腸道菌群的作用
        1.1.3 影響魚類腸道菌群的因素
    1.2 腸道微生物多樣性的研究方法
        1.2.1 傳統(tǒng)方法在腸道微生物多樣性研究中的應(yīng)用
        1.2.2 分子生物學(xué)方法在腸道微生物多樣性研究中的應(yīng)用
    1.3 PCR-DGGE(變性梯度凝膠電泳)
        1.3.1 變性梯度凝膠電泳技術(shù)簡介
        1.3.2 變性梯度凝膠電泳技術(shù)基本原理
        1.3.3 PCR-DGGE在菌群多樣性研究中的應(yīng)用
        1.3.4 PCR-DGGE技術(shù)的優(yōu)缺點與對策
    1.4 本研究的立題背景及研究意義
第二章 不同飼喂模式下草魚腸道菌群的PCR-DGGE分析
    2.1 材料
        2.1.1 飼喂模式與實驗動物
        2.1.2 主要儀器設(shè)備
    2.2 方法
        2.2.1 腸道樣品的制備
            2.2.1.1 腸道內(nèi)容物的采集
            2.2.1.2 腸道壁的采集
            2.2.1.3 水樣與底泥的采集
        2.2.2 樣品總DNA的提取
            2.2.2.1 腸道細(xì)菌總DNA的提取
            2.2.2.2 水樣細(xì)菌總DNA的提取
            2.2.2.3 底泥細(xì)菌總DNA的提取
        2.2.3 細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴(kuò)增
        2.2.4 DNA片段的純化
        2.2.5 變性梯度凝膠電泳(DGGE)
            2.2.5.1 DGGE分析中所用到的試劑配方
            2.2.5.2 DGGE分析的實驗步驟
        2.2.6 優(yōu)勢條帶的回收
        2.2.7 優(yōu)勢條帶的克隆與測序
            2.2.7.1 優(yōu)勢條帶DNA的PCR擴(kuò)增
            2.2.7.2 優(yōu)勢條帶的克隆與測序
        2.2.8 數(shù)據(jù)分析
        2.2.9 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 微生物總DNA的提取
            2.3.1.1 腸道細(xì)菌總DNA的提取
            2.3.1.2 水樣及底泥細(xì)菌總DNA的提取
        2.3.2 細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴(kuò)增
            2.3.2.1 腸道細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴(kuò)增
            2.3.2.2 水樣及底泥細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴(kuò)增
        2.3.3 DGGE指紋圖譜及腸道菌群群落差異
        2.3.4 優(yōu)勢條帶的克隆、測序及系統(tǒng)發(fā)育分析
    2.4 討論
        2.4.1 PCR-DGGE技術(shù)可有效的研究腸道微生物區(qū)系
        2.4.2 不同飼喂模式下草魚腸道菌群結(jié)構(gòu)的PCR-DGGE分析
        2.4.3 水樣和底泥微生物與草魚腸道菌群的關(guān)系
        2.4.4 投喂牧草可提高草魚腸道菌的多樣性
        2.4.5 飼喂牧草的草魚體內(nèi)含分解消化纖維素的細(xì)菌
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]不同飼喂模式對草魚的生長性能和免疫器官的影響[J]. 譚情,王榮華,肖光明,肖克宇,鐘蕾,文祝友,于喆,江為民,劉統(tǒng).  湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2013(06)
[2]PCR—DGGE法分析嬰兒腸道菌群多樣性[J]. 費鵬,白洪健,程述震,曹飛揚,郭鸰,姜亦超,苑秀娟,江巖.  食品與機(jī)械. 2013(02)
[3]不同飼草對草魚生長和品質(zhì)的影響[J]. 陳麗婷,肖光明,王曉清,王璐明,胡毅,秦溱.  科學(xué)養(yǎng)魚. 2012(10)
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[5]主養(yǎng)草魚池塘三種混養(yǎng)模式下魚類腸道菌群PCR-DGGE比較[J]. 王琴,熊邦喜,朱玉婷,施培松,余育和.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2012(03)
[6]DGGE技術(shù)及其在食品微生物研究中應(yīng)用[J]. 岑璐伽,唐善虎,郝小倩,李雪.  糧食與油脂. 2012(01)
[7]應(yīng)用PCR-DGGE技術(shù)研究四角蛤蜊的細(xì)菌多樣性[J]. 馬悅欣,王穎,楊鳳,閆喜武,霍忠明.  大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2011(03)
[8]變性梯度凝膠電泳在微生物生態(tài)學(xué)中的應(yīng)用[J]. 李德斌,楊洪一,盧磊.  生物技術(shù)通報. 2010(12)
[9]黃顙魚腸道及養(yǎng)殖水體中菌群的分析[J]. 周金敏,吳志新,曾令兵,王樹云,畢鵬,陳孝煊.  華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2010(05)
[10]PCR-DGGE分析技術(shù)在環(huán)境科學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 金明蘭,尹軍.  吉林建筑工程學(xué)院學(xué)報. 2010(05)

碩士論文
[1]草魚早期發(fā)育階段細(xì)菌群落的研究[D]. 祝東梅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[2]草魚腸道優(yōu)勢菌種的分離、鑒定及對纖維素降解的初步研究[D]. 呂欣榮.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[3]產(chǎn)纖維素酶兼性厭氧芽孢桿菌的分離篩選及在動物生產(chǎn)上的初步應(yīng)用[D]. 吳敏峰.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007



本文編號：3213492