本論文使用PCR-DGGE（變性梯度凝膠電泳）技術(shù)對不同飼喂模式下草魚腸道菌群結(jié)構(gòu)進行了研究。主要通過提取不同飼喂模式下的草魚腸壁和腸道內(nèi)容物、池塘水樣和底泥中微生物的總DNA,并根據(jù)微生物16S rDNA基因的V3保守區(qū)設(shè)計帶GC夾的引物對總DNA進行PCR擴增,擴增產(chǎn)物純化后使用DGGE進行分離,對DGGE圖譜中的清晰可辨條帶進行切膠回收、克隆測序,對測序序列進行同源性分析并建立系統(tǒng)發(fā)育樹。對不同飼喂模式下草魚腸道內(nèi)、水樣和底泥的微生物進行DGGE指紋圖譜的多樣性分析,并用Quantity One軟件進行UPGMA聚類分析。從DGGE圖譜中回收的優(yōu)勢菌的22個克隆在與NCBI數(shù)據(jù)庫中微生物的BLAST比對中發(fā)現(xiàn)所有克隆同源性在89%-100%之間,其中有3個克隆的同源性為100%,未知菌含量占飼喂牧草草魚腸道優(yōu)勢菌群落的44.4%。研究的主要結(jié)果如下：1、對22條克隆測序后進行系統(tǒng)進化分析,結(jié)果顯示,這22條條帶分別歸屬于5個細(xì)菌類群：厚壁菌門（Firmicutes）、變形細(xì)菌門（Proteobacteria）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、放線菌門（Actinobact... 

【文章來源】：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 魚類腸道菌群的研究現(xiàn)狀與進展
        1.1.1 魚類腸道菌群的數(shù)量及其組成
        1.1.2 腸道菌群的作用
        1.1.3 影響魚類腸道菌群的因素
    1.2 腸道微生物多樣性的研究方法
        1.2.1 傳統(tǒng)方法在腸道微生物多樣性研究中的應(yīng)用
        1.2.2 分子生物學(xué)方法在腸道微生物多樣性研究中的應(yīng)用
    1.3 PCR-DGGE(變性梯度凝膠電泳)
        1.3.1 變性梯度凝膠電泳技術(shù)簡介
        1.3.2 變性梯度凝膠電泳技術(shù)基本原理
        1.3.3 PCR-DGGE在菌群多樣性研究中的應(yīng)用
        1.3.4 PCR-DGGE技術(shù)的優(yōu)缺點與對策
    1.4 本研究的立題背景及研究意義
第二章 不同飼喂模式下草魚腸道菌群的PCR-DGGE分析
    2.1 材料
        2.1.1 飼喂模式與實驗動物
        2.1.2 主要儀器設(shè)備
    2.2 方法
        2.2.1 腸道樣品的制備
            2.2.1.1 腸道內(nèi)容物的采集
            2.2.1.2 腸道壁的采集
            2.2.1.3 水樣與底泥的采集
        2.2.2 樣品總DNA的提取
            2.2.2.1 腸道細(xì)菌總DNA的提取
            2.2.2.2 水樣細(xì)菌總DNA的提取
            2.2.2.3 底泥細(xì)菌總DNA的提取
        2.2.3 細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴增
        2.2.4 DNA片段的純化
        2.2.5 變性梯度凝膠電泳(DGGE)
            2.2.5.1 DGGE分析中所用到的試劑配方
            2.2.5.2 DGGE分析的實驗步驟
        2.2.6 優(yōu)勢條帶的回收
        2.2.7 優(yōu)勢條帶的克隆與測序
            2.2.7.1 優(yōu)勢條帶DNA的PCR擴增
            2.2.7.2 優(yōu)勢條帶的克隆與測序
        2.2.8 數(shù)據(jù)分析
        2.2.9 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 微生物總DNA的提取
            2.3.1.1 腸道細(xì)菌總DNA的提取
            2.3.1.2 水樣及底泥細(xì)菌總DNA的提取
        2.3.2 細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴增
            2.3.2.1 腸道細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴增
            2.3.2.2 水樣及底泥細(xì)菌16S rDNA-V3片段的PCR擴增
        2.3.3 DGGE指紋圖譜及腸道菌群群落差異
        2.3.4 優(yōu)勢條帶的克隆、測序及系統(tǒng)發(fā)育分析
    2.4 討論
        2.4.1 PCR-DGGE技術(shù)可有效的研究腸道微生物區(qū)系
        2.4.2 不同飼喂模式下草魚腸道菌群結(jié)構(gòu)的PCR-DGGE分析
        2.4.3 水樣和底泥微生物與草魚腸道菌群的關(guān)系
        2.4.4 投喂牧草可提高草魚腸道菌的多樣性
        2.4.5 飼喂牧草的草魚體內(nèi)含分解消化纖維素的細(xì)菌
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]不同飼喂模式對草魚的生長性能和免疫器官的影響[J]. 譚情,王榮華,肖光明,肖克宇,鐘蕾,文祝友,于喆,江為民,劉統(tǒng).  湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2013(06)
[2]PCR—DGGE法分析嬰兒腸道菌群多樣性[J]. 費鵬,白洪健,程述震,曹飛揚,郭鸰,姜亦超,苑秀娟,江巖.  食品與機械. 2013(02)
[3]不同飼草對草魚生長和品質(zhì)的影響[J]. 陳麗婷,肖光明,王曉清,王璐明,胡毅,秦溱.  科學(xué)養(yǎng)魚. 2012(10)
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[7]應(yīng)用PCR-DGGE技術(shù)研究四角蛤蜊的細(xì)菌多樣性[J]. 馬悅欣,王穎,楊鳳,閆喜武,霍忠明.  大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2011(03)
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[10]PCR-DGGE分析技術(shù)在環(huán)境科學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 金明蘭,尹軍.  吉林建筑工程學(xué)院學(xué)報. 2010(05)

碩士論文
[1]草魚早期發(fā)育階段細(xì)菌群落的研究[D]. 祝東梅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[2]草魚腸道優(yōu)勢菌種的分離、鑒定及對纖維素降解的初步研究[D]. 呂欣榮.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[3]產(chǎn)纖維素酶兼性厭氧芽孢桿菌的分離篩選及在動物生產(chǎn)上的初步應(yīng)用[D]. 吳敏峰.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007



本文編號：3213492