基于RNA-seq的熱應(yīng)激條件下虹鱒肝臟和頭腎轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時(shí)間:2021-06-05 22:36
魚類作為生活在水體環(huán)境中的變溫動(dòng)物,其代謝活動(dòng)、生長(zhǎng)發(fā)育、生理狀況等都受到水溫變化的影響。魚類經(jīng)常遭受日;蚣竟(jié)性的溫度變化,雖然它們可以通過(guò)生理可塑性或微進(jìn)化來(lái)應(yīng)對(duì)一定范圍內(nèi)的溫度變化,但當(dāng)這種改變超出它們的耐受能力時(shí)會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的疾病甚至死亡。隨著全球變暖的不斷加劇,大部分地區(qū)平均水溫均在上升,這對(duì)半開放式水產(chǎn)養(yǎng)殖,特別是冷水魚養(yǎng)殖是不可避免的挑戰(zhàn)。由于魚類在生態(tài)和經(jīng)濟(jì)上的重要性,它們的生理反應(yīng)和熱可塑性已成為當(dāng)前應(yīng)激研究的熱點(diǎn)。虹鱒是世界范圍內(nèi)重要的養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)魚類,該物種對(duì)夏季高溫的耐受力十分有限,常導(dǎo)致大面積的減產(chǎn)或死亡,成為研究魚類熱應(yīng)激反應(yīng)的極好模型。對(duì)虹鱒熱應(yīng)激反應(yīng)分子機(jī)制的了解,可為培育耐高溫虹鱒新品系提供理論依據(jù)和基因資源,也有助于優(yōu)化虹鱒養(yǎng)殖場(chǎng)的現(xiàn)場(chǎng)管理。然而,虹鱒熱應(yīng)激反應(yīng)分子機(jī)制目前仍不清楚。肝臟和頭腎是魚類重要的熱應(yīng)激反應(yīng)調(diào)控器官,本研究以虹鱒全同胞家系的雌魚作為實(shí)驗(yàn)材料,取熱激組(24℃)與對(duì)照組(18℃)各3尾魚的兩個(gè)組織(肝臟和頭腎)用Hi Seq 4000?測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及生物信息學(xué)分析。主要結(jié)果如下:1.通過(guò)測(cè)序并對(duì)測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)(raw r...
【文章來(lái)源】:甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁(yè)數(shù)】:118 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
HSP70家族的分子伴侶功能模型
轉(zhuǎn)位來(lái)激活它的轉(zhuǎn)錄活性,然后通過(guò)磷酸化和 HSPs 的負(fù)反饋調(diào)節(jié)它的活性從而促進(jìn) HSP70 的快速合成。圖 1-2 是熱激信號(hào)通路 Ca2+-CaM-HSF1-HSP70 傳導(dǎo)機(jī)制示意圖,熱應(yīng)激時(shí),Ca2+濃度上升激活 CaM 激酶活性及 CaM 自身酶結(jié)合活性并作用于下游的兩種靶蛋白,通過(guò) 2 條信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)支路提高 HSF1 轉(zhuǎn)錄活性,進(jìn)而調(diào)節(jié) HSP70 的表達(dá),使機(jī)體獲得耐熱性。
RNA-seq流程圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]溫度變化對(duì)魚類行為影響的研究進(jìn)展[J]. 呂為群,袁明哲. 上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(06)
[2]慢性熱應(yīng)激對(duì)虹鱒部分血清非特異性免疫指標(biāo)的影響[J]. 夏斌鵬,劉哲,周彥靜,王永杰,黃進(jìn)強(qiáng),李永娟,康玉軍,王建福,劉曉霞. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2017(07)
[3]小分子熱休克蛋白的結(jié)構(gòu)與功能[J]. 李艷,張國(guó)強(qiáng),邵東燕,師俊玲,黃慶生,楊慧,李琦,靳明亮. 生命科學(xué). 2017(01)
[4]熱應(yīng)激對(duì)齊口裂腹魚非特異性免疫功能及細(xì)胞凋亡的影響[J]. 黃正瀾懿,陳世靜,張爭(zhēng)世,向夢(mèng)斌,羅輝,葉華. 水生生物學(xué)報(bào). 2016(06)
[5]魚類應(yīng)激生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 孔淑碧,江德中,祖學(xué)勤,靳濤. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2015(16)
[6]急性熱應(yīng)激對(duì)西伯利亞鱘HSP70 mRNA表達(dá)、血清皮質(zhì)醇和非特異性免疫的影響[J]. 田照輝,徐紹剛,王巍,胡紅霞,馬國(guó)慶. 水生生物學(xué)報(bào). 2013(02)
[7]草魚hsp70和hsp90對(duì)溫度急性變化的響應(yīng)[J]. 周鑫,董云偉,王芳,董雙林. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2013(02)
[8]急性溫度應(yīng)激對(duì)吉富品系尼羅羅非魚(Oreochromis niloticus)幼魚生化指標(biāo)和肝臟HSP70 mRNA表達(dá)的影響[J]. 強(qiáng)俊,楊弘,王輝,徐跑,何杰. 海洋與湖沼. 2012(05)
[9]低溫脅迫對(duì)羅非魚生理生化指標(biāo)的影響[J]. 黃姻,唐章生,林勇,陳忠,楊慧贊,張永德,彭婷,張妍. 水產(chǎn)科技情報(bào). 2012(04)
[10]溫度和病原菌感染對(duì)大黃魚熱激蛋白90基因表達(dá)的影響[J]. 林天勢(shì),薛良義,孫愛飛,朱藝峰. 中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào). 2012(06)
博士論文
[1]高溫應(yīng)激與大黃蒽醌提取物對(duì)團(tuán)頭魴生理反應(yīng)及相關(guān)應(yīng)激蛋白表達(dá)的影響[D]. 劉波.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
碩士論文
[1]熱應(yīng)激過(guò)程中虹鱒熱休克蛋白基因HSP40和HSP90β mRNA表達(dá)變化[D]. 李珍.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]熱應(yīng)激對(duì)虹鱒免疫指標(biāo)及熱休克蛋白基因HSP47 mRNA表達(dá)的影響[D]. 王艷妮.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]低溫脅迫對(duì)黃姑魚生理生化指標(biāo)和Hsp70基因表達(dá)模式的影響[D]. 羅勝玉.浙江海洋大學(xué) 2016
[4]溫度刺激和鰻弧菌感染對(duì)牙鲆Hsp90基因表達(dá)的影響[D]. 生安志.揚(yáng)州大學(xué) 2015
[5]低溫脅迫對(duì)奧尼羅非魚的生長(zhǎng)、肌肉組成和血液生理生化指標(biāo)的影響[D]. 賈明亮.廣東海洋大學(xué) 2010
[6]不同溫度條件下鯉魚攝食節(jié)律與呼吸代謝的研究[D]. 陳松波.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
本文編號(hào):3213047
【文章來(lái)源】:甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁(yè)數(shù)】:118 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
HSP70家族的分子伴侶功能模型
轉(zhuǎn)位來(lái)激活它的轉(zhuǎn)錄活性,然后通過(guò)磷酸化和 HSPs 的負(fù)反饋調(diào)節(jié)它的活性從而促進(jìn) HSP70 的快速合成。圖 1-2 是熱激信號(hào)通路 Ca2+-CaM-HSF1-HSP70 傳導(dǎo)機(jī)制示意圖,熱應(yīng)激時(shí),Ca2+濃度上升激活 CaM 激酶活性及 CaM 自身酶結(jié)合活性并作用于下游的兩種靶蛋白,通過(guò) 2 條信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)支路提高 HSF1 轉(zhuǎn)錄活性,進(jìn)而調(diào)節(jié) HSP70 的表達(dá),使機(jī)體獲得耐熱性。
RNA-seq流程圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]溫度變化對(duì)魚類行為影響的研究進(jìn)展[J]. 呂為群,袁明哲. 上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(06)
[2]慢性熱應(yīng)激對(duì)虹鱒部分血清非特異性免疫指標(biāo)的影響[J]. 夏斌鵬,劉哲,周彥靜,王永杰,黃進(jìn)強(qiáng),李永娟,康玉軍,王建福,劉曉霞. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2017(07)
[3]小分子熱休克蛋白的結(jié)構(gòu)與功能[J]. 李艷,張國(guó)強(qiáng),邵東燕,師俊玲,黃慶生,楊慧,李琦,靳明亮. 生命科學(xué). 2017(01)
[4]熱應(yīng)激對(duì)齊口裂腹魚非特異性免疫功能及細(xì)胞凋亡的影響[J]. 黃正瀾懿,陳世靜,張爭(zhēng)世,向夢(mèng)斌,羅輝,葉華. 水生生物學(xué)報(bào). 2016(06)
[5]魚類應(yīng)激生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 孔淑碧,江德中,祖學(xué)勤,靳濤. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2015(16)
[6]急性熱應(yīng)激對(duì)西伯利亞鱘HSP70 mRNA表達(dá)、血清皮質(zhì)醇和非特異性免疫的影響[J]. 田照輝,徐紹剛,王巍,胡紅霞,馬國(guó)慶. 水生生物學(xué)報(bào). 2013(02)
[7]草魚hsp70和hsp90對(duì)溫度急性變化的響應(yīng)[J]. 周鑫,董云偉,王芳,董雙林. 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2013(02)
[8]急性溫度應(yīng)激對(duì)吉富品系尼羅羅非魚(Oreochromis niloticus)幼魚生化指標(biāo)和肝臟HSP70 mRNA表達(dá)的影響[J]. 強(qiáng)俊,楊弘,王輝,徐跑,何杰. 海洋與湖沼. 2012(05)
[9]低溫脅迫對(duì)羅非魚生理生化指標(biāo)的影響[J]. 黃姻,唐章生,林勇,陳忠,楊慧贊,張永德,彭婷,張妍. 水產(chǎn)科技情報(bào). 2012(04)
[10]溫度和病原菌感染對(duì)大黃魚熱激蛋白90基因表達(dá)的影響[J]. 林天勢(shì),薛良義,孫愛飛,朱藝峰. 中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào). 2012(06)
博士論文
[1]高溫應(yīng)激與大黃蒽醌提取物對(duì)團(tuán)頭魴生理反應(yīng)及相關(guān)應(yīng)激蛋白表達(dá)的影響[D]. 劉波.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
碩士論文
[1]熱應(yīng)激過(guò)程中虹鱒熱休克蛋白基因HSP40和HSP90β mRNA表達(dá)變化[D]. 李珍.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]熱應(yīng)激對(duì)虹鱒免疫指標(biāo)及熱休克蛋白基因HSP47 mRNA表達(dá)的影響[D]. 王艷妮.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]低溫脅迫對(duì)黃姑魚生理生化指標(biāo)和Hsp70基因表達(dá)模式的影響[D]. 羅勝玉.浙江海洋大學(xué) 2016
[4]溫度刺激和鰻弧菌感染對(duì)牙鲆Hsp90基因表達(dá)的影響[D]. 生安志.揚(yáng)州大學(xué) 2015
[5]低溫脅迫對(duì)奧尼羅非魚的生長(zhǎng)、肌肉組成和血液生理生化指標(biāo)的影響[D]. 賈明亮.廣東海洋大學(xué) 2010
[6]不同溫度條件下鯉魚攝食節(jié)律與呼吸代謝的研究[D]. 陳松波.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
本文編號(hào):3213047
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